Zu Beginn einer weiteren Behandlungsrunde zur Zulassung von Leistungserbringenden fasste Pirmin Bischof (cvp, SO) in der Wintersession 2019 im Ständerat die Situation aus Sicht der Kommission zusammen: Zwar gebe es in der Kommission keine Minderheiten und beinahe alle Beschlüsse seien einstimmig gefasst worden, jedoch bestünden noch immer grosse Differenzen zum Nationalrat sowie teilweise zum Bundesrat.
Wie Bischof gehofft hatte, bereinigte der Ständerat in der Wintersession dann einige Differenzen zum Erstrat: So lenkte er bezüglich der sprachlichen Voraussetzungen zur Zulassung von Ärztinnen und Ärzten auf das Konzept des Nationalrates ein, das eine grosszügigere Anerkennung von Vorkenntnissen vorsah und entsprechend zu weniger Sprachprüfungen führen würde. Zudem stimmte er dem Nationalrat zu, der eine Gabelung der Rechtswege verhindern wollte: Wie bis anhin sollen folglich gesundheitspolitische Verfügungen vor Bundesgericht und sozialversicherungsrechtliche Verfügungen vor dem Bundesverfassungsgericht angefochten werden können. Über seinen Schatten sprang der Ständerat bezüglich der Frage, ob Kantone zur Einschränkung der Anzahl Ärztinnen und Ärzte verpflichtet werden sollen oder nicht, ob also die vom Bundesrat vorgeschlagene Kann-Formulierung in eine Muss-Formulierung geändert werden soll. Hatte der Ständerat dies zuvor deutlich abgelehnt, willigte er nun in eine Muss-Formulierung ein, zumal 22 von 26 Kantonen bereits solche Einschränkungen kennen würden.
Die grossen Differenzen der Vorlage blieben jedoch auch nach der ständerätlichen Behandlung bestehen. So konnte die SGK-SR in Rücksprache mit den Kantonen dem neuen nationalrätlichen Vorschlag zur Rollenverteilung zwischen Krankenversicherungen und Kantonen nichts abgewinnen. Die grössere Rolle, die der Nationalrat den Krankenversicherungen bei der Frage zur Aufsicht über die Qualität und Wirtschaftlichkeit habe zukommen lassen wollen, beanspruchten die Kantone sowie die GDK für sich, betonte Bischof. Sie erachteten diesen Vorschlag als «Casus Belli». Die Kommission habe daher einstimmig beschlossen, an ihrer Position festzuhalten und die Sanktionsmöglichkeiten bei Verstössen gegen die Qualitätsauflagen auch bei den kantonalen Behörden zu belassen. Stillschweigend stimmte der Ständerat dem Antrag auf Festhalten seiner Kommission zu.
Auch einen zwingenden Zulassungsstopp bei einem überdurchschnittlichen Kostenanstieg in einem medizinischen Fachgebiet lehnte der Ständerat ab. Ein solcher würde die Zahl der Spezialisten in den Städten reduzieren, tatsächlich könne er aber auch zu Versorgungsproblemen bei Kinderärzten führen, kritisierte Bischof. So dürfte ein Kanton, der über zu wenige Kinderärzte verfügt, keine solchen mehr einstellen, wenn dies zu Kostensteigerungen gegenüber dem Vorjahr führen würde.
Des Weiteren lehnte der Ständerat die Ausweitung des Beschwerderechts für die Krankenversicherungen gegenüber Beschlüssen der Kantonsregierungen bezüglich der Bandbreiten und Höchstzahlen zugelassener Ärztinnen und Ärzte ab. Damit riskiere man eine Blockade des Systems, befürchtete Bundesrat Berset. Auch diesen Punkt erachte die GDK zudem als Kampfansage an die Kantone, welche die Regeln grösstenteils bereits umsetzten.
«Wahrscheinlich die wichtigste Differenz in der ganzen Vorlage», wie es der Kommissionssprecher formulierte, behandelte der Ständerat zum Schluss – die Verknüpfung der Vorlage mit der Einführung eines monistischen Finanzierungssystems für die Gesundheitsleistungen (EFAS). Die Kantone liessen sich ungern mit einer Verknüpfung unter Druck setzen, betonte Bischof. EFAS sei «eigentlich noch nirgends» und es brauche noch einige Zeit, damit ein Kompromiss zustande kommen könne. Die Inkraftsetzung der Zulassungsvorlage dulde jedoch keine Verzögerung mehr. Folglich hielt der Ständerat auch bei diesem Aspekt an seiner Position fest und lehnte eine Verknüpfung mit EFAS weiterhin ab.

Nach der schon Ende 2013 gemachten Ankündigung von Christophe Darbellay (cvp, VS), per Ende Legislatur sowohl von seinem Amt als Nationalrat als auch als CVP-Präsident zurückzutreten, tat sich parteiintern lange Zeit nicht viel hinsichtlich Nachfolge für das CVP-Präsidium. Die Medien vermuteten Anfang 2015, dass Darbellay wohl noch ein Jahr anhängen werde, weil die Neubesetzung bisher so harzig verlaufen sei. Als dieser allerdings öffentlich verneinte, weil er sich ganz auf seine Kandidatur für die Walliser Kantonsregierung 2017 konzentrieren wolle, und innerhalb der CVP auf einen Plan für die Wachablösung gedrängt wurde, fing das Kandidatenkarussell dann doch langsam an zu drehen. Freilich sagten zuerst zahlreiche potenzielle Kandidierende ab: Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) und Martin Candinas (cvp, GR) gaben berufliche und familiäre Gründe an, die gegen eine Präsidentschaft sprächen, und auch Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) und Viola Amherd (cvp, VS) wollten sich nicht zur Verfügung stellen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse Pirmin Bischof (cvp, SO), Filippo Lombardi (cvp, TI) und Gerhard Pfister (cvp, ZG) gehandelt. Lange hielten sich aber auch diese drei bedeckt bezüglich der Frage, ob sie überhaupt Ambitionen auf das Amt hegten. Dies führte in den Medien zu zahlreichen Spekulationen. Pfister wolle eine Art Philipp Müller (fdp, AG) der CVP werden und diese auf eine härtere Rechtsposition führen, während Lombardi Ambitionen habe, einst Doris Leuthard zu beerben, kommentierte etwa die Aargauer Zeitung das lange Schweigen. Für beides dürfe man sich nicht zu früh in Stellung bringen. Die NZZ forderte hingegen «Ordnung für den Hühnerhaufen»: Der neue Präsident werde eine entscheidende Rolle bei der Neuausrichtung der Partei spielen, die momentan in ganz verschiedene Richtungen strebe.
Mitte Dezember 2015 gab die CVP dann bekannt, eine Findungskommission bestehend aus Konrad Graber (cvp, LU), Filippo Lombardi, Viola Amherd, Marco Romano (cvp, TI) sowie Christophe Darbellay einzusetzen, die bis im Frühling mögliche Kandidierende präsentieren wolle. Bis Mitte Februar 2016 konnten Bewerbungen eingereicht werden. Schon kurz vor dieser Ankündigung wurde durch eine Indiskretion bekannt, dass sich Gerhard Pfister zur Verfügung stellen wollte. Er habe seine Kandidatur eigentlich erst im Januar 2016 ankündigen wollen, so Pfister. In den Medien wurde der Zuger als konservativer Politiker beschrieben, der am rechten Rand der Partei politisiere. Dies käme vor allem der SVP zupass, urteilte etwa der Tages-Anzeiger. Neben Pfister meldete niemand weiteres Ambitionen an und Mitte Februar verkündete die Findungskommission, dass sich insgesamt 13 Personen für das CVP-Präsidium beworben hätten, darunter «eine für das Amt des Präsidenten».
Ohne Konkurrenz wurde Gerhard Pfister schliesslich an der Delegiertenversammlung Ende April 2016 in Winterthur mit 340 von 376 Stimmen zum neuen Parteipräsidenten gekürt. Der ehemalige Zuger Kantonsrat (1998-2003) und seit 2003 im Nationalrat sitzende Pfister versprach, alles zu tun, was der CVP Erfolg bringe. Der nach 10-jähriger Amtszeit scheidende Präsident Christophe Darbellay wurde mit Applaus verabschiedet, der lauf Sonntags-Blick «eine Minute und 14 Sekunden» dauerte.
Ins erweiterte Präsidium wurden zudem Yannick Buttet (cvp, VS) und Ida Glanzmann-Hunkeler (cvp, LU) als Vizepräsident und Vizepräsidentin sowie die weiteren nationalen Parlamentsmitglieder Pirmin Bischof, Martin Candinas, Stefan Müller-Altermatt, Elisabeth Schneider-Schneiter und Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) und kantonalen Vertretungen Marianne Binder-Keller (AG, cvp) und Tino Schneider (GR, cvp) gewählt. Als Fraktionspräsident gehörte auch Filippo Lombardi von Amtes wegen dem Präsidium an.

An ihrer ersten Tagung in der 50. Legislatur Ende November 2015 bestätigte die neu zusammengesetzte CVP-Fraktion – fünf Nationalräte und vier Ständeräte waren nach den eidgenössischen Wahlen neu dabei – das Fraktionspräsidium der CVP. Sowohl Filippo Lombardi (TI) als Präsident als auch Viola Amherd (VS) als Vizepräsidentin wurden einstimmig gewählt.
Der restliche Fraktionsvorstand wurde zu Beginn der Wintersession 2015 konstituiert. Als Ersatz für den vor den Wahlen zurückgetretenen Peter Bieri (ZG) wurde Stefan Engler (GR) gewählt. Die restlichen Mitglieder – Pirmin Bischof (SO), Jean-Paul Gschwind (JU), Daniel Fässler (AI), Ruth Humbel (AG), Elisabeth Schneider-Schneiter (BL) und Brigitte Häberli-Koller (TG) – wurden allesamt bestätigt. Von Amtes wegen gehörte auch Parteipräsident Christoph Darbellay (VS) dem Vorstand an, obwohl er, der nicht mehr zu den Wahlen 2015 angetreten war, gar nicht mehr im Parlament vertreten war. In der CVP-Fraktion Unterschlupf finden auch die beiden EVP-Nationalrätinnen, weshalb auch Marianne Streiff (evp, BE) dem Fraktionsvorstand angehörte.

Die geplante schrittweise Annäherung zwischen CVP und BDP war auch 2014 im medialen Fokus, kam aber nicht voran. Nachdem man sich bereits 2013 gegen eine Fusion ausgesprochen hatte, wurden im Februar 2014 auch Pläne für eine gemeinsame Fraktion begraben. Während sich Neo-Fraktionspräsident Filippo Lombardi (cvp, TI) in einem Interview für eine gemeinsame Fraktion aussprach, relativierte BDP-Parteipräsident Martin Landolt (bdp, GL) diese Idee. In der Presse wurde gemutmasst, dass eine interne Arbeitsgruppe aus BDP- und CVP- Vertretern (Christophe Darbellay, Gerhard Pfister und Pirmin Bischof bei der CVP sowie Martin Landolt, Lorenz Hess und Rosmarie Quadranti bei der BDP) Pläne für eine Union nach dem Vorbild der CDU-CSU in Deutschland schmiede. Ziel sei vor allem die Verteidigung der jeweiligen Bundesratssitze. Gemeinsam kämen die beiden Parteien auf 17,7% Wählerstärke, was mindestens eine mathematische Legitimierung von zwei Sitzen in der Regierung bedeuten würde. Die medialen Spekulationen wurden von den Parteienvertretern wenn überhaupt nur sehr zurückhaltend interpretiert. Geplant sei eine Kooperation, nicht mehr aber auch nicht weniger. Angestrebt würden vor allem flächendeckende Listenverbindungen für die eidgenössischen Wahlen 2015. Die Basis der BDP, die bereits einer mittlerweile nicht mehr spruchreifen Fusion sehr skeptisch gegenüber stand, befürchtete auch in einer Union einen Identitätsverlust der noch jungen Partei. Ende August informierte die Arbeitsgruppe die Öffentlichkeit, dass die Fraktionen von CVP und BDP künftig unter dem Namen BDP-CVP-Union die Bundespolitik gemeinsam gestalten wollten. Beschlossen sei aber noch nichts, weil zuerst die Kantonalsektionen vertieft informiert werden müssten. Anfang Oktober wehte dem Plan dann aus eben diesen Kantonen ein steifer Wind entgegen. Insbesondere die BDP Graubünden, Heimatkanton der BDP-Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf, lehnte jede strukturelle Verschmelzung kategorisch ab. Die Wählerschaft würde ein Zusammengehen mit der katholischen CVP nicht goutieren. In anderen Kantonen war man ebenfalls vonseiten der BDP nicht grundsätzlich gegen eine Zusammenarbeit, wollte aber nicht auf Eigenständigkeit verzichten. Definitiv war die Absage dann Ende Oktober. Die Gründe für das Nein – die in den letzten Jahren vorgenommene, beschwerliche Aufbauarbeit einer neuen Partei, die mit einer Union obsolet würde, sowie die in einzelnen Kantonen schwierige Zusammenarbeit – waren zwar nachvollziehbar. In der Presse, und hinter vorgehaltener Hand auch in der CVP, wurde aber von einem Fehlentscheid der BDP gesprochen. Die Unterstützung für Bundesrätin Widmer-Schlumpf werde durch den BDP-Entscheid nicht grösser, liess sich Gerhard Pfister (cvp, ZG) zitieren. Die CVP werde ihre Zusammenarbeit vermehrt wieder auf andere Parteien ausrichten. Es sei eine historische Chance verpasst worden. Die BDP war demgegenüber bemüht, den Ball flach zu halten. Die Kantonalsektionen hätten sich nicht nur zu einer Absage der Union, sondern auch zu einer Stärkung der lösungsorientierten Mitte bekannt. Daran wolle man weiterhin zusammen mit der CVP arbeiten.

Im Spätjahr trat eine Findungskommission unter der Leitung von Peter Bieri (ZG) in Aktion, um einen Nachfolger für den Ende Berichtjahr zurücktretenden Fraktionspräsident Urs Schwaller zu suchen. Schwaller hatte bereits 2012 angekündigt, das Amt nicht mehr weiterführen zu wollen. Der ehemalige Freiburger Finanzdirektor Schwaller, 2003 in den Ständerat gewählt, war seit Dezember 2007 Präsident der Bundeshausfraktion. Lange wurden keine Namen von potentiellen Nachfolgern genannt. Bekannt wurde lediglich, dass sich einige von der Presse als Kronfavoriten gehandelte Parlamentarier selber aus dem Spiel nahmen, so etwa Gerhard Pfister (ZG), Elisabeth Schneider-Schneiter (BL) oder Viola Amherd (VS). Es wurde zudem gemutmasst, dass sich einige CVP-Schwergewichte – kolportiert wurden etwa auch die Namen Pirmin Bischof (SO) oder Konrad Graber (LU) – nicht zur Verfügung stellten, weil sie sich die Chance für mögliche Bundesratsweihen nicht verbauen lassen wollten, wurde doch gemunkelt, dass sich die amtierende Bundesrätin Doris Leuthard nach Ende der Legislatur eine neue Herausforderung suchen könnte. In die Offensive wagte sich Mitte Dezember schliesslich Filippo Lombardi (TI), der sich als einziger Kandidat für ein Hearing des KMU-Klubs, also des Wirtschaftsflügels der CVP-Fraktion, anmeldete. Lombardi war zwar in der Vergangenheit vor allem wegen Strassenverkehrsdelikten aufgefallen, konnte sich im Berichtsjahr als Ständeratspräsident aber rehabilitieren. Zudem durfte er auch aufgrund seiner perfekten Dreisprachigkeit auf einigen Zuspruch in der Fraktion hoffen. Die Fraktion wollte sich im Januar 2014 an ihrer Fraktionsklausur entscheiden.

Immerhin wurde das Ziel, stärkste Partei der kleinen Kammer zu bleiben, erreicht. Allerdings mussten auch bei den Ständeratswahlen Verluste verkraftet werden. Mit insgesamt dreizehn Mandaten präsentierte sich die CVP zwar um zwei Sitze stärker als die FDP und SP (je elf Sitze), musste aber im Vergleich zu 2007 per Saldo zwei Mandate abgeben. Den Urner Sitz hatte die Partei bereits bei den Ersatzwahlen 2010 an die GLP verloren. Bei den ordentlichen Wahlen büsste sie zudem beide Sitze in den Kantonen Schwyz und St. Gallen ein. In Schwyz konnte der langjährige Ständerat Bruno Frick seinen Sitz nicht gegen die Angriffe der SVP halten. Im Kanton St. Gallen fiel der Sitz der CVP der SP zu. Auch hier verteidigte mit Eugen David ein langjähriger Ständerat seinen Sitz erfolglos. David trat nicht mehr zum zweiten Wahlgang an und mit ihrem Ersatzkandidaten war die CVP gegen die Angriffe von links und rechts chancenlos. Dass sie im Vergleich zu 2007 nicht drei Mandatsverluste beklagen musste, verdankte sie Pirmin Bischof, der den Sitz der FDP im Kanton Solothurn erobern konnte. Ihre Sitze verteidigen konnte die CVP zudem in den Kantonen Luzern (Graber), Nidwalden (Niederberger), Zug (Bieri), Freiburg (Schwaller), Appenzell Innerrhoden (Bischofberger), Tessin (Lombardi), Wallis (Fournier und Imoberdorf) und Jura (Seydoux). Neue CVP-Kantonsvertreter verteidigten den Sitz ihrer Partei in den Kantonen Uri (Isidor Baumann), Graubünden (Stefan Engler) und Thurgau (Brigitte Häberli). Chancenlos waren die Christlichdemokraten in den Kantonen Zürich, Bern, Basel-Landschaft, Aargau, Waadt, Neuenburg und Genf.