In jeweils vier Sitzungen bereinigten National- und Ständerat das Bundesratsgeschäft über die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten. Die beiden Räte konnten sich in der Frage, ob der Kinderabzug bei den direkten Bundessteuern pro minderjährigem oder in schulischer Ausbildung stehendem Kind von CHF 6'500 auf CHF 10'000 erhöht werden soll, bis zum Ende des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einigen: Der Nationalrat befürwortete die entsprechende Erhöhung, wobei die Zustimmung zwischen den Behandlungen von 98 zu 90 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf 126 zu 67 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stieg. Die FDP-Liberale-Fraktion hatte dazwischen vom gegnerischen ins Befürworterlager des erhöhten Abzugs gewechselt. Beat Walti (fdp, ZH) erklärte, man könne zu diesem Punkt stehen, da er als Konter gegen einen Abzug von CHF 25'000 für alle Familien ohne Erwerbserfordernis ins Gesetz aufgenommen worden sei. Im Grundsatz sei es auch nicht falsch, die Familien steuerlich zu entlasten. Die SP-, die Grüne und die GLP-Fraktion lehnten die Änderungen bis zum Schluss ab. Sie komme vor allem Familien mit hohen Einkommen zugute, kritisierte zum Beispiel Prisca Birrer-Heimo (sp, LU). Zudem schränke sie den Handlungsspielraum für Massnahmen ein, die wirkungsvoller und effizienter wären, legte Kathrin Bertschy (glp, BE) das Hauptargument für die grünliberale Ablehnung dar.
Diese Argumente dominierten auch das Differenzbereinigungsverfahren im Ständerat. Kurz vor dessen erster Behandlung des Geschäfts hatte die WAK-SR gemäss ihrem Sprecher Pirmin Bischof (cvp, SO) ihre Position geändert: Da das Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe kurz zuvor an die Kommission zurückgewiesen worden sei, wodurch man zwar einerseits Geld spare, aber andererseits die Ehepaare vorerst nicht unterstützen könne, wolle man wenigstens die Kinderzulagen erhöhen. Der Ständerat sprach sich jedoch mit 22 zu 21 Stimmen und mit 23 zu 20 Stimmen zweimal für Minderheitsanträge auf Festhalten aus. Die folglich notwendig gewordene Einigungskonferenz empfahl die Position des Nationalrats mit 19 zu 7 Stimmen zur Annahme, eine Minderheit Birrer-Heimo sprach sich für die Abschreibung der gesamten Vorlage in dieser Form aus. Ihr Antrag war jedoch im Nationalrat wie erwartet chancenlos: Mit 124 zu 55 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer der Vorlage erneut zu. Im Ständerat stellte Paul Rechsteiner (sp, SG) einen Ordnungsantrag auf Rückweisung an die Kommission als Alternative zum Abschreibungsantrag. Die Kommission solle die «finanziellen und verteilungspolitischen Folgen auch im Quervergleich der Steuervorlagen unter Einbezug der Kantone» abklären; Finanzminister Maurer versprach eine Auslegeordnung bis zur Wintersession. Der Ständerat lehnte jedoch den Ordnungsantrag mit 23 zu 15 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab und stimmte schliesslich dem Antrag der Einigungskonferenz mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) äusserst knapp zu. Somit setzte sich der Nationalrat mit seiner Version durch. Die Schlussabstimmungen waren nur noch Formsache, mit denselben Allianzen wie zuvor nahmen der Nationalrat die Vorlage mit 132 zu 62 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) und der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Damit war das Geschäft jedoch noch nicht vom Tisch: SP-Fraktionschef Nordmann (sp, VD) kündigte noch vor der Schlussabstimmung an, dass seine Partei ein weiteres Mal das Referendum «gegen eine verfehlte steuerpolitische Vorlage» ergreifen werde.

Die Wahl von Beat Walti (fdp, ZH) zum neuen Fraktionschef der FDP galt als Formsache, trat der seit 2014 im Nationalrat sitzende Kantonalzürcher Parteipräsident doch ohne Gegenkandidierende zur Wahl. Zwar wurde in den Medien zuerst vermutet, dass auch Christian Wasserfallen (fdp, BE) die Fraktion präsidieren wollte, dieser zog sich freilich früh mit dem Argument mangelnder Zeit zurück. Da Walti seit der Wahl des vorherigen Fraktionschefs Ignazio Cassis in den Bundesrat die FDP-Gruppe als Vize-Präsident ad interim geleitet und «keine Anlaufschwierigkeiten» gehabt hatte, wie Ständerat und Ex-FDP-Präsident Philipp Müller (fdp, AG) in den Medien betonte, wurde nicht mit Überraschungen gerechnet. In der Tat war nach der fraktionsinternen Wahl in den Medien zu lesen, dass der Zürcher einstimmig gewählt worden sei.

Nach dem Rücktritt von Gabi Huber (fdp, UR) aus Bundesbern, musste die FDP ein neues Fraktionspräsidium bestimmen. Zwei Kandidaten wollten in die Fussstapfen der Urnerin treten: Christian Wasserfallen (fdp, BE) und Ignazio Cassis (fdp, TI), beide seit 2007 für die FDP im Nationalrat. In den Medien wurde auch eine mögliche Kandidatur von Beat Walti (fdp, ZH) diskutiert, der seit 2014 im Nationalrat sass. Nach den für die FDP erfolgreichen eidgenössischen Wahlen 2015 und kurz vor den anstehenden Gesamterneuerungswahlen des Bundesrats musste der Nachfolger der in der Presse als «eiserne Lady» bezeichneten Huber gefunden werden. Die Deutschschweizer Medien sahen Beat Walti als Favoriten, da ein Gespann aus Christian Wasserfallen und Parteipräsident Philipp Müller als zu rechts wahrgenommen werde und Ignazio Cassis zwar als Vertreter der lateinischen Schweiz punkten könne, aber als zu wenig stark gelte. Allerdings stellte sich Walti gar nicht zur Verfügung, da sich der zeitliche Anspruch des Amtes nicht mit seinem Beruf vereinbaren lasse. Die Wahl am 20. November fiel dann schliesslich auf Ignazio Cassis, der letztlich deutliche 38 von 54 Stimmen auf sich vereinen konnte. Die Medien waren sich einig, dass es für Cassis schwierig werden würde, Gabi Huber vergessen zu machen, die es geschafft habe, aus der losen FDP-Fraktion eine geschlossen auftretende liberale Kraft zu machen.

Auch bei den kantonalen Gesamterneuerungswahlen, die im Berichtsjahr in sieben Kantonen (AI, AR, BL, FR, LU, TI und ZH) stattfanden, musste die FDP Verluste verkraften. Insgesamt gab der Freisinn in diesen sieben Kantonen 26 Parlamentsmandate und einen Regierungssitz ab. In den drei Kantonen Basel-Landschaft, Luzern und Zürich verlor die FDP je sechs Legislativsitze: In Basel-Landschaft gar ein Viertel ihrer Wählerschaft (neu: 15,2% und 14 Sitze). Die beiden Landratssitze konnten jedoch knapp verteidigt werden. Im Kanton Zürich hielt die FDP nach den kantonalen Wahlen noch 23 Sitze, was einer Halbierung der Sitzzahl innert 16 Jahren gleichkam (12,9% Wähleranteil). Der Verlust der sechs Mandate und der drei Prozentpunkte im Vergleich zu 2007 waren eine grosse Enttäuschung. Man habe ein Glaubwürdigkeitsproblem, da man sich zwar auch für die derzeit wichtigen ökologischen Themen einsetze, dies bei der Wählerschaft aber offenbar nicht ankomme, gab Kantonalpräsident Beat Walti zu Protokoll. Trösten konnte man sich in Zürich mit dem guten Abschneiden der beiden amtierenden Regierungsräte. Auch im Kanton Luzern musste die FDP einen Verlust von sechs Sitzen verkraften. Mit neu 18,9% Wähleranteil (-4 Prozentpunkte) und 23 Mandaten wurde sie von der SVP als zweitstärkste Kraft im Luzerner Kantonsrat abgelöst. Ihren Regierungssitz konnte sie allerdings verteidigen. Im Kanton Tessin wurde einer der letzten FDP-Hochburgen geschleift. Mit 25,2% (-4,2 Prozentpunkte) und 23 Sitzen (-4 Mandate) blieb die FDP zwar knapp vor der Lega stärkste Fraktion, musste aber einen ihrer beiden Regierungssitze an die rechtskonservative Regionalpartei abgeben. Seit der Verkleinerung der Tessiner Regierung auf fünf Sitze im Jahr 1923, hatte der Freisinn immer über zwei Regierungssitze verfügt. Im Kanton Appenzell Ausserrhoden blieb die FDP ebenfalls stärkste Fraktion, aber auch hier musste sie zwei Sitze abgeben (neu 24 Mandate). Die vier Appenzeller FDP-Regierungsräte wurden zwar bestätigt, allerdings stellte die Partei erstmals in ihrer Geschichte nicht den Landammann. Auch im Kanton Freiburg verloren die Freisinnigen aufgrund eines Rückgangs des Wähleranteils um 3,3 Prozentpunkte zwei Sitze (neu: 15,3%, 17 Mandate). Im Staatsrat konnte der einzige Sitz zwar verteidigt werden, der Angriff auf ein frei werdendes Regierungsmandat blieb jedoch erfolglos. Viele FDP-Vertreterinnen und Vertreter erklärten sich die kantonalen Niederlagen mit einem Fukushima-Effekt. Die schwache Präsenz der FDP in der Umweltpolitik und der Einsatz gegen das Verbandsbeschwerderecht hätten sich hier gerächt. Insgeheim wurde die Schuld aber auch der nationalen Mutterpartei zugeschoben, die es verpasst habe, die energiepolitische Wende mitzugehen und ihr Image als Partei der Hochfinanz zu bekämpfen.