Bei den Ständeratswahlen im Kanton Obwalden musste der langjährige FDP-Vertreter Hans Hess ersetzt werden. Hess hatte nach 17 Jahren Amtszeit seinen Rücktritt vom «Stöckli» angekündigt. Um den Obwaldner Sitz stritten sich in der Folge drei Kandidaten. Die Freisinnigen versuchten ihn mit André Windlin zu halten. Die CVP präsentierte mit Erich Ettlin eine bekannte Persönlichkeit, die allerdings keine Parlamentserfahrung aufweisen konnte. Die SVP wollte sich schliesslich mit Adrian Halter ebenfalls ins Rennen um das Mandat einbringen.
Im Kanton war eine gewisse Überraschung zu spüren, dass der Ständeratswahlkampf wieder einmal ausgeglichen und spannend werden würde – Hess war zweimal in stiller Wahl gewählt worden und hatte sich 2011 lediglich gegen einen chancenlosen Aussenseiter durchsetzen müssen. Insbesondere die Kandidatur von Erich Ettlin als CVP-Kandidat wurde als Coup und geschickter Schachzug bezeichnet. Ettlin war Leiter einer Steuerabteilung sowie Mitglied der Geschäftsleitung bei einem Treuhandbüro und galt in der kantonalen Wirtschaftslandschaft als sehr gut vernetzt. Zwar fehlte ihm die Legislativ-Erfahrung, aber er hatte sich zwischen 1996 und 2001 als Vorsteher der kantonalen Steuerverwaltung einige politische Erfahrung aneignen können. Bei der auf die Sitzverteidigung erpichten FDP zeigte man entsprechend einigen Respekt vor der CVP-Kandidatur. Der freisinnige Kandidat André Windlin war Meisterlandwirt und als Gemeindepräsident von Kerns ein bekannter Lokalpolitiker. Die SVP schliesslich hatte zwar früh eine Kandidatur angekündigt, präsentierte ihren Kandidaten Adrian Halter aber erst Ende August. Der Sarner Unternehmer war bis 2012 Kantonsrat. Alle drei Kandidaten vertraten klar bürgerliche Positionen die sich rechts der Mitte befanden. Etwas überraschend unterstützte die SP den FDP-Kandidaten Windlin, welcher laut den Sozialdemokraten in den Hearings am überzeugendsten war. Während Halter mit seinen Ansichten als typischer SVP-Kandidat galt, war in den Medien immer wieder die Rede davon wie nahe sich CVP-Kandidat Ettlin und FDP-Mann Windlin politisch standen. Dementsprechend schwer tat man sich, ein Abschneiden im ersten Wahlgang zu prognostizieren.

In diesem tat sich Erich Ettlin dann mit 6'754 Stimmen als relativ klarer Spitzenreiter hervor. FDP-Kandidat André Windlin holte als Zweitplatzierter 4'306 Stimmen. SVP-Mann Adrian Halter erhielt 4'023 Stimmen. Am Tag nach dem ersten Wahlgang entschied sich die SVP, ihren Kandidaten zurückzuziehen. Da die SVP-Kandidatur für den Nationalrat ebenfalls gescheitert war, blieb Obwalden der einzige Innerschweizer Kanton, aus welchem die Volkspartei keinen Vertreter nach Bern schicken würde. Die SVP empfahl für den zweiten Durchgang den FDP-Kandidaten Windlin. Bei der SP gab es heftige Diskussionen, ob Windlin weiterhin offiziell unterstützt werden sollte. Auf der eine Seite war zu hören, dass ein Abwenden im zweiten Durchgang nicht glaubwürdig wäre, da man sich für Windlin explizit aufgrund seiner Persönlichkeit entschieden habe. Auf der anderen Seite war einigen Sozialdemokraten die Unterstützung eines FDP-Kandidaten nicht mehr geheuer, nachdem am Wahlsonntag ein nationaler Rechtsrutsch Gewissheit geworden war. Zudem sprach sich Windlin für die Wahl eines SVP-Bundesratskandidaten anstelle von Widmer-Schlumpf aus. Äusserst knapp entschied sich die SP dann doch, auch im zweiten Durchgang den FDP-Mann zu unterstützen. Ettlin hingegen erhielt nun auch die Unterstützung der CSP, welche im ersten Wahlgang noch Stimmfreigabe beschlossen hatte.
Am zweiten Wahltermin konnte CVP-Kandidat Erich Ettlin seinen Vorsprung behaupten. Er wurde mit 7'441 Stimmen als neuer Obwaldner Ständerat gewählt. FDP-Kandidat André Windlin schafft es zwar wie erwartet den Abstand zu verkürzen, der Sitz blieb für ihn aber mit 6'248 Stimmen letztlich ausser Reichweite. Die Wahlbeteiligung war von 60.2% auf 54.5% gesunken, was dem Freisinnigen wohl ebenfalls nicht zum Vorteil gereichte. Die CVP eroberte somit nach 17-jährigem Intermezzo ihren angestammten Sitz im Stöckli zurück.

Anlässlich der eidgenössischen Wahlen traten 26 Nationalrätinnen und Nationalräte und 11 Ständerätinnen und Ständeräte nicht mehr an. Die Zahl verringerte sich damit im Vergleich zu 2011, als im Nationalrat 38 und im Ständerat 12 Rücktritte zu verzeichnen waren. In der grossen Kammer musste die SVP die meisten Nachfolger finden, da sich neun ihrer Vertreterinnen und Vertreter nicht mehr zur Wahl stellten. Bei der SP waren es fünf, bei der FDP und den Grünen vier und bei der CVP drei Nationalratsmitglieder, die ersetzt werden mussten. Von der BDP legte nur der Bündner Nationalrat Hansjörg Hassler sein Amt nieder, während bei der GLP alle Bisherigen erneut kandidierten. In der kleinen Kammer musste die CVP vier und die FDP fünf Abgänge verkraften. Bei den Christdemokraten betraf dies die Ständeräte Peter Bieri (Zug), René Imoberdorf (Wallis), Paul Niederberger (Nidwalden) und Urs Schwaller (Freiburg); bei den Freisinnigen Hans Altherr (Appenzell Ausserrhoden), Christine Egerszegi (Aargau), Felix Gutzwiller (Zürich), Hans Hess (Obwalden) und Georges Theiler (Luzern). Die Grünliberalen waren mit der schwierigen Situation konfrontiert, dass ihre einzigen beiden Ständeratsmitglieder – Verena Diener (Zürich) und Markus Stadler (Uri) – gleich beide den Rücktritt bekanntgaben.

Auch bei den Wahlen in den Ständerat musste die FDP Verluste hinnehmen. Mit neu elf Mandaten in der kleinen Kammer musste der Freisinn zwar im Vergleich zu 2007 per Saldo lediglich einen Sitzverlust verkraften. Dies bedeutete aber erstens ein Rekordtief und zweitens gleich viele Sitze wie die SP, die zusammen mit der FDP neu die zweitstärkste Kraft in der kleinen Kammer stellt. Verteidigen konnte der Freisinn seine Ständeratssitze in den Kantonen Zürich (Gutzwiller), Luzern (Theiler), Obwalden (Hess), Glarus (Freitag), Appenzell Ausserrhoden (Altherr), Aargau (Egerszegi) und Neuenburg (Comte). Neu in den Ständerat zogen – den freisinnigen Sitz in ihrem jeweiligen Kanton verteidigend – Karin Keller-Sutter (SG), die trotz einer gegen sie gerichteten Kampagne der Weltwoche einen grossen Erfolg feierte, Joachim Eder (ZG) und – wenn auch nur äusserst knapp mit 763 Stimmen Vorsprung – Fabio Abate (TI). Im Kanton Graubünden konnte zudem der Sitz der nicht mehr angetretenen SVP erobert werden (Martin Schmid). Historische Niederlagen musste die FDP hingegen in den Kantonen Solothurn und Schaffhausen hinnehmen. In beiden Kantonen konnte der Ständeratssitz, den man in Solothurn seit 163 Jahren inne gehabt hatte, nicht gehalten werden. Mit dem Verlust in Schaffhausen war der dortige Freisinn erstmals seit 1848 nicht mehr in Bern vertreten. Keine Chance auf einen Sitzgewinn hatten die Freisinnigen Kandidierenden schliesslich in den Kantonen Bern (weder im Frühjahr für die Ersatzwahl von Bundesrätin Sommaruga noch im Herbst), Schwyz, Freiburg, Basel-Stadt, Thurgau, Waadt, Wallis, Genf und Jura.

Im Kanton Obwalden wurde der amtierende Hans Hess (fdp) vom Juso-Kandidaten Bashkim Rexhepi herausgefordert. Die Juso wollte mit ihrer Kandidatur unter anderem gegen die drohende, von ihr als undemokratisch taxierte stille Wahl protestieren. Rexhepi hatte freilich mit seinen 2'170 Stimmen keine Chance. Hess wurde mit 12'739 Stimmen bestätigt.

Der Altersschnitt im Nationalrat betrug nach den Wahlen rund 50 Jahre und war damit leicht tiefer als 2007 (51 Jahre). Der jüngste Nationalrat war der 24-jährige Mathias Reynard (sp, VS), Jacques Neirynck (cvp, VD) war mit 80 Jahren wie bereits vier Jahre zuvor der älteste Volksvertreter. Die kleine Kammer wies wie gewohnt einen höheren Altersschnitt auf. Das Durchschnittsalter betrug hier 55 Jahre. Auch im Ständerat fand eine geringfügige Verjüngung statt. Der jüngste Ständerat war der 32jährige Raphaël Comte (fdp, NE). Hans Hess (fdp, OW), der den Kanton Obwalden seit 1998 im Ständerat vertrat, war das älteste Mitglied der kleinen Kammer (66 Jahre). Mit durchschnittlich 46 Jahren stellte die GLP die jüngste Fraktion. Am anderen Ende der Altersskala fand sich die BDP mit einem Altersdurchschnitt von rund 53 Jahren.

Bei den Ständeratswahlen im Oktober ging es um die Besetzung von 41 Sitzen. Ihre Ständeratssitze bereits besetzt hatten die Kantone Zug mit Peter Bieri (cvp) und Rolf Schweiger (fdp) sowie Appenzell Innerrhoden mit Ivo Bischofberger (cvp). Zu einer stillen Wahl kam es in Obwalden (Hans Hess, fdp) und in Nidwalden (Paul Niederberger, cvp). In Appenzell Ausserrhoden, Glarus und Uri hatten die bisherigen Ständeräte keine Herausforderer und wurden problemlos gewählt. Unverändert blieb die Ständeratsvertretung auch in den Kantonen Schwyz, Graubünden, Schaffhausen, Solothurn und Thurgau.

In den neun Kantonen LU, BL, SG, AG, TG, TI, VS, VD und NE waren zweite Wahlgänge notwendig. Ende November standen die letzten Resultate fest. Parteipolitisch hat sich die Zusammensetzung auch nach den zweiten Wahlgängen nur gering verändert. Nachdem der LdU bereits 1998 nach dem Rücktritt von Monika Weber (ZH) in den Ersatzwahlen seinen Sitz verloren hatte, musste nun auch die LP ihre beiden Mandate hergeben. Die Bisherigen Rochat (lp, VD) und Cavadini (lp, NE) wurden durch zwei Sozialdemokraten ersetzt. Zu einem Intermezzo zwischen der CVP und der FDP kam es im Kanton St. Gallen. Der aus dem Nationalrat wechselnde CVP-Kandidat Eugen David schaffte im ersten Wahlgang das absolute Mehr nicht. Die FDP, die Erika Forster im ersten Wahlgang durchgebracht hatte, wollte vorerst David nicht unterstützen, weil er zu weit links stehen würde. Schliesslich beschlossen sie Stimmfreigabe und David wurde mit grossem Vorsprung auf den SVP-Kandidaten gewählt. Die FDP, zusammen mit dem Parteilosen Hess (OW), stellt neu 18 Mandate und bleibt weiterhin stärkste Kraft im Ständerat. Die CVP erreichte mit 15 Sitzen ihr schlechtestes Resultat seit 1896. Die SVP vermochte die im Verlauf der letzten Legislatur bei Ersatzwahlen in den Kantonen Zürich und Glarus gewonnenen zwei Sitze zu halten und kam insgesamt auf sieben Mandate. Dank einem Sitzgewinn steigerte die SP ihre Vertretung auf sechs. Die Regierungsparteien sind damit in der kleinen Kammer unter sich. Von 23 Ständeräten, die sich der Wiederwahl stellten, wurden 20 im Amt bestätigt. Der Ständerat zählte in der Wintersession 20 neue Gesichter und hat sich damit gegenüber 1995 (17 Neue) stärker erneuert. Unter den Neugewählten sind sieben ehemalige Nationalräte vertreten. Weitgehend stabil blieb die Frauenvertretung. Im Vergleich zu den Wahlen 1995 sitzt 1999 eine Frau mehr im Rat (9), wobei der Frauenanteil im Laufe der Legislatur durch den Rücktritt von Monika Weber (ldu, ZH) zwischenzeitlich auf sieben Frauen gefallen war.