Nachdem sie vor vier Jahren in Basel-Stadt einen Erdrutschsieg hatte erringen können, büsste die SP nun den Sitz der Bisherigen Margrit von Felten ein. Diese war während der Legislatur zum linksgrünen „Bündnis“ übergelaufen, konnte ihr Mandat dort aber nicht verteidigen. Der SP blieben somit drei Nationalratsmandate. Zweitstärkste Partei wurde die SVP, die, nachdem sie 1995 nicht angetreten war, gleich einen Stimmenanteil von 13,6% und einen der sechs Sitze eroberte. Die FDP konnte ihren Sitz halten und auch die Liberalen verteidigten trotz massiven Stimmenverlusten ihr Mandat. Im Kanton Basel-Landschaft rückte die SVP mit einem beinahe verdoppelten Wählerstimmenanteil von 18,0% auf den dritten Platz vor. Zu einem Sitzgewinn reichte es aber nicht. Dafür konnte die FDP ihren vor vier Jahren verlorenen Sitz wieder gewinnen. 1995 war der damalige FDP-Nationalrat Miesch mit einer eigenen Liste gegen die Mutterpartei angetreten und hatte ihr entscheidende Stimmen abgeworben. An erster Stelle blieb die SP mit 23,3% Stimmenanteil und zwei Sitzen. CVP und GP gingen unverändert mit einem Sitz aus dem Rennen, letztere allerdings nur dank der Listenverbindung mit der SP. Die SD erzielten mit 10,1% in Basel-Land ihr schweizerisches Spitzenergebnis, verloren aber trotzdem den bisherigen Sitz ihres Zentralpräsidenten Keller.

Bei den Nationalratswahlen verloren die SD zwei ihrer drei Sitze. Der Wähleranteil reduzierte sich von 3,1% auf 1,8%. Obwohl die SD im Kanton Baselland mit einem Wähleranteil von 10,1% ihr bestes Resultat erreichten, schaffte Präsident Keller die Wiederwahl nicht.

In der Kampagne für die Nationalratswahlen bildetete die Forderung nach einer restriktiven Asylpolitik im Sinne ihrer lancierten Initiative den Schwerpunkt, während der Ruf nach einer repressiven Drogenpolitik und die Ablehnung sowohl des EWR-Vertrags als auch eines möglichen EG-Beitrittsgesuchs an zweiter und dritter Stelle folgten.
Die Schweizer Demokraten legten über ein halbes Prozent an Wählerstimmen (ohne Vigilance) hinzu und konnten ihre Vertretung von drei auf fünf Mandate erhöhen; damit erreichten sie ihr gestecktes Ziel, Fraktionsstärke zu erlangen. Wie die Autopartei und die SVP, welche dieselben Schwerpunkte in den Wahlkampfthemen gesetzt hatten, konnten die SD von einer diffusen Proteststimmung in der Wählerschaft profitieren. Im Kanton Bern erreichten sie einen zweiten Sitz und in Baselland, wo die SD wie im Kanton Zürich eine Listenverbindung mit der Auto-Partei eingegangen waren, wurde der Zentralpräsident, Rudolf Keller, neu in den Nationalrat gewählt.
Die Partei versuchte, vermehrt die weibliche Wählerschaft anzusprechen und stellte unter anderem im Baselbiet auch eine Frauenliste auf. SD-Kandidaturen gab es in zehn Kantonen; zudem bewarben sich erstmals Vertreter der SD in den Kantonen Luzern, Neuenburg, Aargau und Thurgau um einen Ständeratssitz. Die SD gingen mit der Lega dei ticinesi, welche zwei Nationalräte stellt, eine Fraktionsgemeinschaft ein; die beiden Fraktionspartner haben sich gegenseitig die Freiheit zugesichert, in Einzelfragen – etwa bezüglich der Armee oder der Lex Friedrich – abweichende Ansichten zu vertreten.