Nach dem Rücktritt von Sicherheitsdirektor Jörg Schild (fdp) aus dem Basler Regierungsrat schlugen die Freisinnigen Saskia Frei als Nachfolgerin für ihren einzigen Sitz in der kantonalen Regierung vor. Mit dieser Kandidatin stiess die FDP von Beginn an auf Widerstände, die sich zunächst auf die ausdrückliche Positionierung Freis am rechten Flügel der Partei bezogen. Mit ihren Standpunkten zur Sozial- und Verkehrspolitik begab sich Frei auf deutliche Distanz zum mehrheitlich rot-grünen Regierungsrat (3 SP, 1 CVP, 1 FDP, 1 GP, 1 LP). Demgegenüber bezog ihre Konkurrentin Agatha Wirth von der parteiungebundenen Liste gegen Armut und Ausgrenzung dezidiert für sozial Schwache Position. Die eigentlichen Schwierigkeiten für die freisinnige Kandidatin entstanden jedoch aus der Tätigkeit ihres Mannes als Verwaltungsrat zweier Nachtlokale. Verschiedene Parteien und Verbände monierten die Gefahr von Interessenkonflikten zwischen diesen Aktivitäten und dem von seiner Frau angestrebten Amt einer kantonalen Sicherheitsdirektorin. Die Sozialdemokraten enthielten sich aus diesem Grund einer Wahlempfehlung, die Grünen forderten die Wähler zum Einlegen leerer Wahlzettel auf. Die CVP und SVP unterstützten hingegen die freisinnige Kandidatin, die im ersten Wahlgang bei einer Beteiligung von 41,2% nur 18'568 Stimmen erreichte und damit das absolute Mehr deutlich verfehlte. Rund 11'500 Wählerinnen und Wähler gaben ihre Wahlzettel leer ab, während Agatha Wirth beachtliche 13'387 Stimmen für sich gewinnen konnte. Daraufhin zog Saskia Frei ihre Kandidatur zurück. Der nachnominierte Kandidat der Freisinnigen, Hanspeter Gass, hatte im zweiten Wahlgang keine Probleme, sich mit 22'920 Stimmen gegen Agatha Wirth (9076) sowie eine Kandidatin der Schweizerischen Bürgerpartei (sbp) und einen Kandidaten der rechtsextremen Volksaktion durchzusetzen. Die Stimmbeteiligung lag noch bei 37,8%. Somit blieb es bei der bisherigen Regierungszusammensetzung.

Ersatzwahl Regierungsrat Basel-Stadt 2006
Dossier: Kantonale Regierungswahlen 2006
Dossier: Kantonale Wahlen - Basel-Stadt