Nachdem der Ständerat zu Beginn der Herbstsession 2021 die Änderung des FIFG beraten und einige Differenzen zum Nationalrat geschaffen hatte, beugte sich die grosse Kammer knapp zwei Wochen später und damit noch in derselben Session bereits wieder über die Vorlage. Die Differenz betreffend die Besteuerung von Stipendien an Nachwuchsforschende konnte rasch behoben werden. Hier folgte der Nationalrat dem Beschluss des Ständerates. Dadurch unterliegen diese Stipendien nun der ordentlichen Besteuerung. Der vom Ständerat aufgrund der Nicht-Assoziierung an Horizon Europe eingefügte Passus betreffend die Förderung von Projekten mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen wurde vom Nationalrat ebenso gutgeheissen. Die letzte Differenz betraf die Bandbreite der finanziellen Beteiligung der Umsetzungspartner. Minderheitssprecher Keller (svp, NW), der sich wie der Bundesrat und der Ständerat für eine Beteiligung der Umsetzungspartner in der Höhe von 40 bis 60 Prozent aussprach, erläuterte, dass er eine tiefere finanzielle Beteiligung der Umsetzungspartner für nicht ausgewogen halte; Innosuisse respektive der Bundeshaushalt werde dazu zu stark belastet. Zudem stelle sich die Frage, wie innovativ und zukunftsfähig ein Projekt überhaupt sei, das nur zu 30 Prozent selber finanziert werden könne. Christian Wasserfallen (fdp, BE), der die Position der Mehrheit der WBK-NR vertrat, sprach sich hingegen für eine Bandbreite von 30 bis 50 Prozent aus und begründete dies mit der Tatsache, dass eine tiefere Beteiligung der Industriepartner dafür sorgen könne, dass auch Projekte aus Disziplinen, die nicht sehr wertschöpfungsintensiv seien, umgesetzt werden könnten.
Der Nationalrat folgte dem Antrag der Mehrheit und blieb damit bei einer niedrigeren Beteiligung als dies der Ständerat zuvor gefordert hatte. Diese letzte Differenz konnte folglich nicht bereinigt werden.