In der Wintersession 2020 eröffnete der Ständerat das Differenzbereinigungsverfahren zum Bundesgesetz über die Datenweitergabe der Versicherungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung. Die SGK-SR beantragte, die vom Nationalrat gegenüber dem ursprünglichen ständerätlichen Entwurf geschaffenen Änderungen abzulehnen, etwa bei der Frage, ob das Bundesamt den Zweck einer Datenlieferung vorgängig bekanntgeben müsse – die Definition der zulässigen Zwecke der Datenlieferungen sei ja eben genau das Ziel der Vorlage, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) als Kommissionssprecher und unter Nennung seiner Interessenbindung als Verwaltungsrat der CSS-Versicherung. In der Folge lehnte die kleine Kammer den entsprechenden Passus des Zweitrats stillschweigend ab. Zudem sprach sich der Ständerat gegen eine Ergänzung des Nationalrats aus, wonach die Daten nur jährlich geliefert werden sollen; zwar sei eine jährliche Datenlieferung geplant, in Ausnahmesituationen wie einer Pandemie solle sie jedoch häufiger möglich sein. Bezüglich der Lieferung von Aggregat- oder Individualdaten bestanden unterschiedliche Konzepte zwischen National- und Ständerat. Der Ständerat sah vor, üblicherweise Aggregatdaten liefern zu lassen, aber in im Gesetz vorab definierten Ausnahmesituation auch die Lieferung von Individualdaten zu ermöglichen. Der Nationalrat entschied sich hingegen für ein anderes Konzept, indem er die Aufzählung der Ausnahmesituationen des Ständerats als Liste derjenigen Situationen definierte, in welchen Aggregatdaten zu liefern seien, wie Ettlin erklärte. Gemäss dem Nationalrat sollten somit die Situationen, in denen überhaupt Daten geliefert werden, gegenüber dem ständerätlichen Vorschlag deutlich eingegrenzt werden; die Lieferung von Individualdaten sollte zudem nur noch in Ausnahmesituationen durch Anweisung des Bundesrates, sofern gleichzeitig verschiedenen Kritierien erfüllt würden, aber nicht mehr in vordefinierten Situationen, möglich sein. Diesen Konzeptwechsel lehnte der Ständerat ebenfalls ab.
Umstritten war im Rat einzig die Frage, ob aggregierte Daten auch zur Beurteilung und Überprüfung der Wirtschaftlichkeit und der Qualität der Leistungen im Bereich der Arzneimittel und den MiGeL verwendet werden sollten. Auf diesen Punkt hatte der Ständerat in der ersten Behandlungsrunde trotz eines entsprechenden Antrags des Bundesrates verzichtet, was der Nationalrat in der Folge bestätigt hatte; die Frage war somit eigentlich bereits vom Tisch. Welche zusätzlichen Daten weitergegeben werden sollen, solle der Postulatsbericht zu einer «kohärenten Datenstrategie für das Gesundheitswesen» (Po. 18.4102) zeigen, betonte Ettlin. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE) wollte die entsprechenden Punkte ebenfalls in die Liste der zu liefernden Daten aufnehmen, da hier die Kostenexplosion besonders gross sei. «Es gilt als gut gehütetes Geheimnis, weshalb ausgerechnet in diesen beiden Bereichen die vorhandenen Daten nicht weitergeleitet werden sollen», betonte er. Auch Gesundheitsminister Berset bat um die Lieferung dieser Daten; ansonsten könnten die Empfehlungen bezüglich MiGeL mangels Daten nicht erfüllt werden. Dennoch lehnte der Ständerat den Minderheitsantrag mit 26 zu 13 Stimmen ab.

Einen Tag nach Ablauf der Referendumsfrist am 8. Oktober 2020 erklärte Bundesrat Alain Berset Medienberichten zufolge das Referendum gegen die SwissCovid-App für gescheitert. Auf der Kurznachrichten-Plattform Twitter habe sich der Gesundheitsminister erfreut gezeigt und die Wichtigkeit der App für die Unterbrechung der Infektionsketten unterstrichen. Gegenüber der Aargauer Zeitung bestätigte François de Siebenthal als Sprecher des Referendumskomitees, dass die benötigten Unterschriften nicht beisammen seien. Wie der «Corriere del Ticino» ergänzte, sei die App bis zu diesem Zeitpunkt 2.5 Millionen Mal heruntergeladen worden.

Die Änderung des AHVG mit dem Ziel, den Behörden die systematische Verwendung der AHV-Nummer als Personenidentifikator zu ermöglichen und dadurch die Verwaltungsarbeit effizienter zu machen, wurde in der Sommersession 2020 vom Ständerat als Erstrat behandelt. Als Sprecher der SPK-SR, die die Vorlage mit 7 zu 4 Stimmen gutgeheissen hatte, wies Andrea Caroni (fdp, AR) zu Beginn der Debatte noch einmal darauf hin, dass der Datenschutz jederzeit gewährleistet sei und dass sich hinter den Neuerungen eben nicht «ein massiver Schritt in Richtung behördlicher Überwachung», sondern eine «sanfte technische Optimierung ohne nennenswerte Schwierigkeiten» verberge. Eine Minderheit um Daniel Fässler (cvp, AI) befand die Vorlage dagegen für unnötig und beantragte Nichteinreten. Es gehe gar nicht darum, ob die Verwaltungsbehörden die AHV-Nummer als Personenidentifikator verwenden dürfen oder nicht, sondern lediglich darum, ob es dafür in jedem Bereich einer spezialgesetzlichen Grundlage bedarf oder ob eine generelle Ermächtigung im AHVG geschaffen wird, führte Fässler aus. Falls in Zukunft ein neuer Anwendungsbereich dazukommen sollte, könne dafür eine spezialgesetzliche Grundlage geschaffen werden, weshalb man auf die vorliegende Revision «getrost verzichten» könne, schloss der Minderheitsvertreter. Bundesrat Alain Berset gestand der Kommissionsminderheit zu, dass die Vorlage keine grosse Veränderung gegenüber der heutigen Praxis mit sich bringe, vielmehr stelle sie aber für die Behörden aller drei Staatsebenen zweifelsfrei klar, wer wozu die AHV-Nummer verwenden dürfe – im Moment glichen die verschiedenen gesetzlichen Grundlagen einem «Dschungel». Man könne das Problem schon immer wieder unter den Teppich kehren, aber dadurch werde es nicht gelöst. Er appellierte deshalb an den Rat, «den Teppich ein letztes Mal anzuheben» und eine «vernünftige Lösung» zu finden, auch wenn kein grosser Enthusiasmus dafür vorhanden sei. Die kleine Kammer trat schliesslich mit 37 zu 6 Stimmen auf das Geschäft ein.
Inhaltlich hatte die Kommission eine einzige Änderung am bundesrätlichen Entwurf vorgenommen. Sie wollte, dass im Sinne einer Ausnahme auch tripartite Kommissionen, die die Einhaltung der allgemeinverbindlichen Gesamtarbeitsverträge überwachen, die AHV-Nummer verwenden dürfen, obwohl dies für private Zwecke generell untersagt ist. Bundesrat Berset sprach sich deutlich gegen eine solche Ausnahme aus, da die AHV-Nummer im Kampf gegen Schwarzarbeit nichts nütze, solange sie nicht mit anderen Daten ausser Name und Geburtsdatum verknüpft werden könne; so eine Möglichkeit für tripartite Kommissionen sei jedoch nicht vorgesehen und verlangte gegebenenfalls nach einer Aufsicht zur Sicherstellung des Datenschutzes, da es sich um private Akteure handle. Angesichts des einstimmigen Kommissionsantrags verzichtete der Innenminister jedoch auf einen Gegenantrag, womit die Änderung stillschweigend angenommen wurde. In der Gesamtabstimmung stimmte die kleine Kammer dem Gesetz mit 37 zu 5 Stimmen bei einer Enthaltung zu.

Im Frühjahr 2020 befassten sich auch die Staatspolitischen Kommissionen der eidgenössischen Räte mit den Massnahmen zur Bekämpfung der Corona-Pandemie. Nach Anhörungen des EDÖB und des BAG sprachen sich beide Kommissionen grundsätzlich für die Einführung einer Corona-Warn-App durch den Bund aus, forderten aber gleichzeitig, dass dies in einem transparenten politischen Verfahren, d.h. basierend auf einer soliden Rechtsgrundlage geschehen müsse. Sie reichten deshalb Ende April zwei gleichlautende Kommissionsmotionen ein (SPK-NR: Mo. 20.3144; SPK-SR: Mo. 20.3168), mit denen sie den Bundesrat aufforderten, die gesetzlichen Grundlagen zur Einführung einer solchen App zu schaffen. Gleichzeitig hielten sie fest, dass nur technische Lösungen ohne zentrale Speicherung von personenbezogenen Daten zulässig sein sollen und dass das Verwenden der App freiwillig sein müsse. Weil das sogenannte Proximity Tracing – je nach konkreter Ausgestaltung – grundsätzlich die Gefahr schwerer Grundrechtseingriffe berge, dürfe die gesetzliche Grundlage dafür nicht bloss in einer Notverordnung des Bundesrates angesiedelt, sondern müsse dem Parlament vorgelegt werden, begründeten die Kommissionen ihre Vorstösse.
Der Bundesrat beantragte die Motionen zur Ablehnung, da einerseits die Anforderungen an die Anonymität und die Dezentralität in der Systemarchitektur der Schweizer App angelegt und damit sichergestellt seien. Andererseits falle die Einführung der freiwilligen App in die epidemienrechtlichen Befugnisse des Bundesrats, sodass dazu weder ein Gesetz noch eine Notverordnung vonnöten sei. Nachdem sich in den Plenardebatten beider Kammern in der ausserordentlichen Maisession herausgestellt hatte, dass der Bundesrat und die Kommissionen im Grunde genommen dieselben Ziele verfolgten, ging es im Wesentlichen darum, ob die App durch einen Parlamentsentscheid zusätzlich legitimiert werden sollte. Bundesrat Alain Berset erläuterte vor beiden Räten, dass die App zunächst ab Mitte Mai in eine mehrwöchige Pilotphase gehe, bevor sie der breiten Bevölkerung zur Verfügung gestellt werde. Im Falle der Annahme der Motionen würde der Bundesrat dem Parlament bis zur Sommersession ein dringliches Bundesgesetz als Grundlage für die Einführung der App vorlegen. Die Pilotphase würde aber in jedem Fall wie geplant durchgeführt, um das Projekt nicht auszubremsen. Im Anschluss an die Annahme des dringlichen Gesetzes durch das Parlament würde die App dann der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Dieses Vorgehen wurde schliesslich vom Ständerat mit 32 zu 10 Stimmen und vom Nationalrat mit 127 zu 55 Stimmen bei 11 Enthaltungen gutgeheissen, indem die Räte jeweils die von ihrer SPK eingereichte Motion annahmen.

Ende 2017 lancierte die Krankenkasse Helsana eine App mit dem Namen Helsana+, mit der man für verschiedene sportliche, aber auch soziale Aktivitäten wie Joggen, Fitnesstraining oder Vereinsmitgliedschaften Rabatte in der Zusatzversicherung bis CHF 300 sowie in der Grundversicherung bis CHF 75 erhält. Ähnliche Bonusprogramme für die Zusatzversicherungen gäbe es zwar schon länger, neu sei aber das entsprechende Angebot für die Grundversicherung, berichteten die Medien. Dieser Aspekt löste in der Presse breite Diskussionen aus. Mit dieser App eröffne die Helsana die «Jagd nach besten Risiken» erneut, empörte sich etwa Lukas Bäumle vom Seniorenrat. Die Belohnung von jungen, gesunden Personen diskriminiere die körperlich beeinträchtigten oder betagten Personen und führe zu einer neuen Art der Risikoselektion, pflichtete ihm Marianne Streiff-Feller (evp, BE) bei und auch Karl Vogler (csp, OW) und Gesundheitsminister Berset kritisierten, dass die App dem Solidaritätsgedanken der OKP wiederspreche und die Chancengleichheit verletze. Geteilt wurde die Kritik auch von verschiedenen Organisationen aus Konsumenten- und Patientenschutz und Pflege, Behindertenorganisationen sowie Gewerkschaften in einem Positionspapier. Sie verwiesen zudem auf technisch nicht versierte oder auf ihre Privatsphäre bedachte Personen, die ebenfalls diskriminiert würden.
Doch nicht nur wegen möglicher Diskriminierung wurde die App kritisiert, sondern auch wegen dem Datenschutz. Gesundheitsdaten gelten gemäss Datenschutzgesetz als besonders schützenswerte Daten. Die Helsana erhalte nun dank der App viele persönliche Informationen und Gesundheitsdaten, wie die Informationen aus Fitnesstrackern, Fotos der Versicherten oder Angaben über Vereinsmitgliedschaften, berichtete die Presse. Zudem sammle und verkaufe die App gemäss der Stiftung Konsumentenschutz Unmengen von Daten im Hintergrund. Zwar erklärte die Helsana, keine heiklen Daten zu speichern und die Informationen nicht weiterzugeben, jedoch gewährten die AGB der Versicherung gemäss Konsumentenschutz sehr viel weiterreichende Möglichkeiten – unter anderem eine stillschweigende Änderung der Nutzungsart.
Auf Kritik stiess die App auch in der Bevölkerung. So zeigte eine Befragung von 3'055 Personen durch die Forschungsstelle Sotomo, dass eine Mehrheit der Bevölkerung verhaltensabhängige Krankenkassenprämien ablehnt. Entsprechend trafen sowohl eine Prämiensenkung für Achtsame (56%) sowie eine Prämienerhöhung für Unachtsame (60%) bei den Befragten insgesamt auf Ablehnung. Eine Umfrage der Stiftung für Konsumentenschutz verdeutlichte zudem, dass das Bonusprogramm der Helsana auch in der Branche selbst auf Kritik stiess. 6 von 15 grossen Krankenkassen gaben ausdrücklich an, Rabattsysteme in der Grundversicherung abzulehnen.

In der Folge reichten Karl Vogler (Ip. 18.3373), Marianne Streiff-Feller (Ip. 18.3282) und Prisca Birrer-Heimo (sp, LU; Ip. 18.3354) Interpellationen zu diesem Thema im Nationalrat ein. Darin fragten sie den Bundesrat, ob er auch der Meinung sei, dass solche Bonusprogramme dem Solidaritätsgedanken zuwiderlaufen würden, ob solche Programme gemäss KVG zulässig seien und welche gesetzlichen Massnahmen nötig seien, um solche Programme zu verhindern. Der Bundesrat verwies darauf, dass eine Ungleichbehandlung von Versicherten, Prämienrabatte für gesundes Verhalten sowie eine Zweckentfremdung der Prämiengelder in der Grundversicherung bereits jetzt unzulässig seien, weshalb er keine gesetzlichen Massnahmen als nötig erachte. Die Helsana verwende aber für ihr Rabattprogramm nur Gelder aus der Zusatzversicherung, nicht aus der Grundversicherung. Hingegen kritisierte der Bundesrat denselben Punkt, welcher im April 2018 bereits der Eidgenössische Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte (EDÖB), Adrian Lobsiger, angesprochen hatte. Diesem missfiel insbesondere der Zugriff der Zusatzversicherung der Helsana auf Daten der Grundversicherung, welchem die Versicherten für den Erhalt der Boni zustimmen müssten. Dies verstosse gegen das Datenschutzgesetz, da die Datenverarbeitung in den Sozialversicherungen einer gesetzlichen Grundlage unterliegen müssten, betonte er. Die Helsana erachtete die freiwillige Zustimmung der Individuen hingegen als «ausreichende rechtliche Grundlage»; zudem sei man damit nicht dem KVG unterworfen, weil die Prämien aus freien Mitteln der Versicherung, nicht aus den Geldern der OKP bezahlt würden.
Nachdem die Helsana der Aufforderung Lobsigers, das Bonusprogramm auf die Zusatzversicherung zu beschränken, nicht nachgekommen war, gelangte dieser vor das Bundesverwaltungsgericht, das nun entscheiden musste, ob «die Vergütungen das Prinzip des diskriminierungsfreien Zugangs zur Grundversicherung unterlaufe», wie es der Tagesanzeiger formulierte. Nicht Sache des Gerichtsverfahrens waren hingegen die Menge und die Verwendung der durch die App gesammelten Daten. Das Bundesverwaltungsgericht stützte Lobsigers Einschätzung teilweise. Es entschied, dass eine Einwilligung zur Weitergabe der Daten nur über die App nicht ausreiche und die Helsana die unrechtmässig beschafften Daten löschen müsse. Diesen Aspekt habe die Helsana aber bereits nach der Beschwerde des Datenschützers geändert, mittlerweile erfolge die Einwilligung bereits nach den gesetzlichen Vorgaben, berichteten die Medien. Offen liess das Gericht die Frage, ob das Bonusprogramm einer versteckten Prämienverbilligung gleichkomme und damit gegen das KVG verstosse.