Das Eintreten auf den Beschluss A (Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetz, welches dem Bundesrat freie Hand zur Organisation der Departemente erteilt) war unbestritten. Die Differenzen zum Ständerat waren von untergeordneter Bedeutung. Immerhin fand die vom Ständerat eingeführte Vorschrift, dass bei Abstimmungen im Bundesrat Stimmenthaltung nicht mehr zulässig sein soll, vor dem Nationalrat keine Gnade. In der Gesamtabstimmung wurde dieser Teil der Reform mit 121:1 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) gutgeheissen.

Um zu unterstreichen, dass für ihn damit die Bemühungen um eine Regierungsreform nicht abgeschlossen sind, entsprach der Ständerat anschliessend dem Wunsch des Bundesrats nicht, zwei 1991 überwiesene Motionen der FDP-Fraktion und von Kühne (cvp, SG) für eine Regierungsreform als erfüllt abzuschreiben. Gleichzeitig verlängerte er die Frist für die Bearbeitung der überwiesenen parlamentarischen Initiative Rhinow (fdp, BL), um gegebenenfalls die Reformarbeiten in eigener Regie weiterführen zu können.

Anlässlich der Beratungen der Staatspolitischen Kommission des Nationalrats drohte Steinemann (fp, SG) mit einem Referendum gegen die Einführung von zusätzlichen Staatssekretären. Um auf jeden Fall die Verlagerung der Organisationskompetenz vom Parlament auf den Bundesrat unbeschädigt über die Runden zu bringen, schlug die SP-Fraktion deshalb eine Aufteilung der Vorlage vor. Die Spitzen der drei anderen Regierungsparteien schlossen sich dieser Forderung an. Die Kommission verweigerte allerdings den Gehorsam und beschloss, das Paket dem Plenum als Ganzes vorzulegen. Sie lehnte auch den Antrag auf den Verzicht auf die zusätzlichen Staatssekretärposten deutlich ab und folgte in der Frage ihrer parlamentarischen Bestätigung dem Ständerat.

Am 7. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Kaspar Villiger mit 186 Stimmen (bei einem Mehr von 101) zum Bundespräsidenten für 1995. Zum Vizepräsidenten wurde mit 170 Stimmen Jean-Pascal Delamuraz gewählt.

Der Nationalrat lehnte auf Antrag seiner Staatspolitischen Kommission ebenfalls die beiden parlamentarischen Initiativen Hämmerle (sp, GR) (93.418) und Robert (gp, BE) für eine Volkswahl des Bundesrates - mit Quoten für Geschlechter und Sprachgebiete - mit deutlichem Mehr ab. Die Kommission begründete ihren Antrag einerseits mit den technischen Problemen, die bei der Erfüllung der Quoten auftreten würden. Zusätzlich formulierte sie aber auch Bedenken hinsichtlich der Auswirkungen einer Volkswahl auf die politische Kultur. Sie befürchtete insbesondere, dass damit die Personalisierung der Politik und der Trend zu populistischen Propagandakampagnen noch verstärkt würden.

Keinen Erfolg hatte auch die parlamentarische Initiative von Bär (gp, BE) für eine verfassungsmässig garantierte "angemessene" Vertretung beider Geschlechter in der Landesregierung. Eine knappe Mehrheit der vorberatenden Kommission schlug dem Nationalrat vor, dem Vorstoss keine Folge zu geben. Gegen die Stimmen der SP, der GP und Teilen der LdU/EVP-Fraktion und der CVP schloss sich das Plenum mit 93:53 Stimmen diesem Antrag an.

Auf keine Gegenliebe stiess bei der Vereinigten Bundesversammlung die Forderung der Grünen Robert (BE), dass analog zu Sachabstimmungen auch die Wahlen mit offener Stimmabgabe durchgeführt werden können. Keine Zustimmung fand aber auch die parlamentarische Inititative 93.414 Guinands (lp, VD) für eine Einschränkung der Wahlmöglichkeiten in dem Sinne, dass nur eine Woche im voraus angemeldete Kandidierende wählbar sein sollen.

Die dreifache Niederlage des Bundesrates - und des Parlaments - in der Volksabstimmung vom 12. Juni intensivierte die v.a. nach der gescheiterten EWR-Politik aufgekommene Diskussion darüber, inwiefern der Bundesrat noch das Vertrauen einer Mehrheit der Bürgerinnen und Bürger geniesse. Die Vox-Befragung nach der Volksabstimmung vom Juni zeigte, dass das Misstrauen in den Bundesrat heute vor allem bei der älteren Landbevölkerung - und dort insbesondere bei den Bauern - am stärksten verbreitet ist. Auch der Bundesrat selbst befasste sich mit diesem Thema und nahm sich vor, mit einer besseren Informationspolitik, klareren inhaltlichen Schwerpunkten und einer engeren politischen Einbindung aller Bundesratsparteien Glaubwürdigkeit und Vertrauen zurückzugewinnen.

Der Bundesrat veröffentlichte seine Stellungnahme zum Vorschlag der Staatspolitischen Kommission des Nationalrats, die Verfassungsbestimmung, wonach nicht zwei Mitglieder der Landesregierung aus dem selben Kanton stammen dürfen, ersatzlos zu streichen. Er sprach sich gegen diese Neuerung aus. Dabei stützte er sich vor allem auf eine Vernehmlassung, welche ergeben hatte, dass sich von den nicht deutschsprachigen Kantonen nur gerade Genf dafür ausgesprochen hatte. Die Nationalratskommission zog aus der Vernehmlassung gegenteilige Schlüsse. Da eine deutliche Mehrheit der Kantone die Neuerung begrüsst hatte, beschloss sie, dem Plenum die Streichung der Kantonsklausel zu beantragen.

Kantone, Parteien und Verbände beklagten sich in letzter Zeit oft über die grosse Anzahl von Vorlagen, zu denen sie im Rahmen des Vernehmlassungsverfahrens Stellung nehmen sollen. Immer häufiger mussten sie den Bundesrat um eine Fristverlängerung ersuchen. Der Nationalrat überwies nun diskussionslos ein Postulat Leuba (lp, VD), welches eine Praxisänderung anregt. Eine Vernehmlassung soll - wie in der entsprechenden Verordnung eigentlich vorgesehen - nur noch bei Fragen von erheblicher politischer Bedeutung durchgeführt werden. Die daraus resultierende Reduktion der Zahl der Vernehmlassungen sollten es der Bundesverwaltung erlauben, die strikte Einhaltung der vorgesehenen Dauer von drei Monaten zu verlangen.

Der Ständerat befasste sich als erster mit den Vorschlägen des Bundesrats für die "Regierungsreform 93". Die vorberatende Kommission unterstützte das Projekt grundsätzlich, beantragte jedoch beim Kernpunkt der Vorlage, der Schaffung von zusätzlichen Staatssekretärposten, zwei wichtige Änderungen: Deren Zahl soll von maximal 21 auf 10 reduziert und ihre Wahl durch die Bundesversammlung bestätigt werden. Den ersten Antrag begründete sie mit dem Risiko eines Referendums infolge der entstehenden Kosten, den zweiten mit dem politischen Gewicht, das Staatssekretäre haben müssen, um den Bundesrat im Parlament und in aussenpolitischen Verhandlungen spürbar entlasten zu können. Im Plenum unterlag Zimmerli (svp, BE) mit seiner grundsätzlichen Opposition gegen die Schaffung von zusätzlichen Staatssekretärposten. Seiner Ansicht nach würde damit die Fortsetzung der Reform in Richtung eines zweistufigen Regierungskabinetts und zuungunsten der von ihm vorgezogenen Heraufsetzung der Zahl der Bundesräte präjudiziert. Die Zahl der Staatssekretäre wurde auf zehn begrenzt und mit Zweidrittelsmehrheit gegen den Widerstand des Bundesrates auch die Wahlbestätigung durch die Bundesversammlung eingeführt. Gegen den Willen des Bundesrats verbot die kleine Kammer im weiteren die Stimmenthaltung bei Abstimmungen in Bundesratssitzungen; diese Regel besteht auch in Kantonsregierungen und Richterkollegien. Die Neuerung, dass der Bundesrat über die Organisation der Departemente selbst entscheiden kann, blieb unbestritten. In der Gesamtabstimmung nahm der Rat die Reform mit 21 zu 3 Stimmen an.

Die Ersatzwahl für den Bundesrat hatte auch Auswirkungen auf kantonale Wahlen. Der Anteil der in kantonale Parlamente gewählte Frauen stieg stark an: in Solothurn verdreifachte er sich auf 34%, in Neuenburg kam es zu einer Verdoppelung auf 28%, im Aargau zu einem Anstieg von 18% auf 31% und sogar das diesbezüglich besonders konservative Wallis konnte sich dem mit "Brunner-Effekt" bezeichneten Phänomen nicht ganz entziehen und steigerte den Frauenanteil im Grossen Rat von 7% auf 11 %.

Trotz verschiedentlichem Drängen autonomistischer Organisationen nahm der Bundesrat noch nicht Stellung zum Bericht. Im Dezember kündigte er an, dass er auch zu Beginn des Jahres 1994 seine Konsultationen mit den beiden betroffenen Kantonsregierungen fortsetzen wolle. Einig sei man sich in den bisherigen Treffen über die Notwendigkeit eines Dialog geworden, noch nicht aber über Form und Inhalt dieser Gespräche.

Die Vereinigte Bundesversammlung wählte am 8. Dezember bei einem absoluten Mehr von 111 Stimmen Otto Stich mit deren 167 zum Bundespräsidenten für das Jahr 1994. Kaspar Villiger wurde mit 198 Stimmen zum Vizepräsidenten gewählt.

Die vorberatende Kommission des Ständerates trat zwar oppositionslos auf die "Regierungsreform 93" ein, verlangte von der Verwaltung aber zusätzlich eine ausformulierte Variante mit einem parlamentarischen Bestätigungsrecht für die Wahl der Staatssekretäre.

Die Bundesratsersatzwahl für René Felber bot erneut Anlass zu Diskussionen über das Verbleiben der SP in der Regierung resp. über die Möglichkeit, in die Opposition zu gehen. Nachdem die Parteileitung angekündigt hatte, für den Fall einer Nicht-Wahl von Bundesratskandidatin Brunner (GE) keine Krisenszenarien öffentlich zu diskutieren, unternahmen verschiedene Partei-Exponenten dennoch entsprechende Schritte. Die Nichtwahl Brunners hatte bei der SP im übrigen einen starken Zuwachs an Partei-Mitgliedschaftsgesuchen zur Folge. In Anlehnung an den ausserordentlichen Parteitag, welcher 1984 nach der Nicht-Wahl Lilian Uchtenhagens als Bundesrätin durchgeführt worden war, plante die Parteileitung nach dem Scheitern Brunners erneut einen derartigen Parteitag zum Thema der Regierungsbeteiligung. Da sich die Begeisterung für das Thema nach der Bundesratsersatzwahl relativ rasch legte, kam gegen Ende des Berichtsjahres nur eine kleinere Tagung zu diesem Thema zustande, an welcher sich eine Mehrzahl der Beteiligten für das Verbleiben in der Regierung aussprach.

Am besten stehen die Realisierungschancen für die Forderung nach einer Revision der Verfassungsvorschrift, welche verlangt, dass nicht zwei amtierende Mitglieder der Landesregierung aus dem selben Kanton stammen dürfen. In Form von parlamentarischen Initiativen verlangten die LdU/EVP-Fraktion, sowie die Nationalräte Ruf (sd, BE) (93.410) und Wanner (fdp, SO) (93.403), dass maximal zwei Bundesräte aus dem gleichen Kanton kommen dürfen; der Genfer Ducret (cvp) postulierte gar die Streichung des Verfassungsartikels.

Die Staatspolitische Kommission des Nationalrats kam zum Schluss, dass dieses Problem sofort gelöst werden sollte. Um das Verfahren abzukürzen, formulierte sie im Einklang mit den erwähnten Initianten eine eigene parlamentarische Initiative mit dem Antrag, den entsprechenden Verfassungsartikel 96, Absatz 1, Alinea 2 BV ersatzlos zu streichen. In der Begründung zu ihrer Forderung führte sie aus, dass die im letzten Jahrhundert wichtigen Konfliktlinien zwischen den Kantonen, namentlich zwischen den katholischen einerseits und den drei grossen protestantischen (Zürich, Bern und Waadt) andererseits, weitgehend verschwunden seien. Zudem könne davon ausgegangen werden, dass die Bundesversammlung als Wahlbehörde von sich aus dafür sorgen werde, dass es nicht zu einer massiven und dauerhaften Übervertretung einzelner Kantone kommen werde. Die Erfahrung bei der Berücksichtigung der verschiedenen Sprachregionen mache deutlich, dass es dazu keiner geschriebener Vorschriften bedürfe. Im Ständerat hatte Schiesser (fdp, GL) mit einer parlamentarischen Initiative ebenfalls die Streichung der Kantonsklausel verlangt (93.407). Der Rat gab dieser Initiative mit relativ knappem Mehr Folge, allerdings mit dem Vorbehalt, dass dieser Entscheid nur bedeute, dass die Frage von der Staatspolitischen Kommission im Rahmen der Regierungsreform überprüft werden soll.

In seiner Ende Oktober dem Parlament zugeleiteten Botschaft nahm der Bundesrat die verlangte Präzisierung der Aufgaben der Staatssekretäre vor. Dabei legte er fest, dass diese auch Führungsaufgaben bei der Verwaltung der Departemente oder bei der Leitung einzelner Bundesämter übernehmen sollen. Er beharrte aber darauf, ihre Wahl in vollständig eigener Kompetenz vornehmen zu dürfen; als Hauptargument gegen eine parlamentarische Bestätigung führte er die Gefahr einer Verpolitisierung von Personalentscheiden an. Für die später zu verwirklichende grundlegendere Regierungsreform folgte der Bundesrat den Empfehlungen der Arbeitsgruppe Eichenberger, und schloss sowohl den Wechsel zu einem präsidialen System als auch zu einem parlamentarischen Konkurrenzsystem aus. Von den ursprünglich diskutierten Modellen verbleiben – zumindest für den Bundesrat – noch deren zwei in der Wahl: die Erhöhung der Zahl der Bundesräte und die Bildung einer zweistufigen Exekutive mit einem Regierungskollegium und Fachministern.

Die Ersatzwahl löste auch eine Reihe von parlamentarischen Initiativen zum Prozedere der Bundesratswahl aus. So verlangten Robert (gp, BE) und Hämmerle (sp, GR) die Volkswahl mit einer Quotenregelung für die Sprachregionen und — zumindest Hämmerle — auch für die Geschlechter. Diese Quoten möchte auch Gross (sp, ZH) einführen. Er will die Wahl jedoch weiterhin der Bundesversammlung überlassen, schlug aber die Einführung des Proporzsystems vor.

Im Juni gab der Bundesrat seinen Vorentwurf für eine "Regierungsreform 93" in eine kurze Vernehmlassung. Dieser als Sofortmassnahme konzipierte Vorschlag kann über eine Gesetzesrevision verwirklicht werden; die eine Verfassungsrevision voraussetzenden Vorschläge der Arbeitsgruppe Eichenberger möchte der Bundesrat erst zu einem späteren Zeitpunkt angehen. Die Reform sieht vor, dass jeder Departementsvorsteher zu seiner Entlastung einen bis drei Staatssekretäre einstellen kann, wobei er flexibel über deren Einsatz entscheiden darf. Die Wahl soll allerdings durch den Gesamtbundesrat erfolgen. Da diese Staatssekretäre mit beratender Stimme an Bundesratssitzungen teilnehmen können, dürften sie auch im Verkehr mit dem Ausland und mit dem Parlament als Regierungsvertreter anerkannt werden. In der als Konferenz durchgeführten Vernehmlassung gaben die Bundesratsparteien ihr grundsätzliches Einverständnis zu den zusätzlichen Staatssekretären, regten jedoch eine präzisere Definition ihrer Funktion an. Die drei bürgerlichen Parteien verlangten zudem wenigstens eine Bestätigung ihrer Wahl durch das Parlament, um ihr politisches Gewicht, namentlich auch im Verkehr mit dem Ausland, zu vergrössern.

Sur proposition de sa commission de politique extérieure, le Conseil national a classé l'initiative parlementaire Zbinden (ps, AG) qui demandait d'améliorer la transparence et le déroulement des processus de décisions concernant la politique économique extérieure ainsi qu'un renforcement du rôle de l'Assemblée fédérale sur cette question. Les commissaires ont estimé que la plupart des mesures contenues dans l'initiative étaient déjà réalisées avec la révision de la loi sur les rapports entre les conseils approuvée en votation populaire en septembre 1992.
(c.f. aussi: L'influence de l'Assemblée fédérale sur la politique étrangère ici et ici)

Au début de l'année, le chef du DFAE a annoncé son retrait du Conseil fédéral pour le 31 mars 1993. Après une convalescence faisant suite à son opération d'un cancer de la prostate durant l'été 1992, R. Felber s'était engagé avec énergie en faveur du traité de l’EEE. Estimant que son état de santé ne lui permettait pas d'assumer la tâche de conseiller fédéral, il a finalement décidé en janvier 1993 de démissionner. Durant les cinq ans sous la responsabilité de R. Felber, la politique étrangère de la Confédération a connu de profondes réorientations dans le domaine de la politique européenne et concernant la redéfinition de la neutralité suisse.

La succession de R. Felber à la tête du DFAE suscita diverses prises de position; de nombreuses voix s'exprimèrent notamment pour qu'un alémanique reprenne ce département afin de mieux transmettre le message de la politique étrangère auprès des citoyens d'outre-Sarine; deux conseillers fédéraux semblaient intéressés par le poste: A. Ogi et F. Cotti. Finalement, le Conseil fédéral désigna F. Cotti comme nouveau chef du DFAE.

Konkrete politische Gründe für die Nichtwahl Brunners liessen sich eigentlich kaum ausmachen. Sie hatte zwar seinerzeit der GSoA-Initiative für eine Abschaffung der Armee zugestimmt, das traf aber auch auf Dreifuss zu. Sowohl bürgerliche als auch linke Kommentatoren ordneten sie — wie auch Matthey und die schliesslich gewählte Dreifuss — dem gemässigt-reformistischen Flügel innerhalb der SP zu. Dass es auch nicht um die Frage ging, ob der Bundesrat ein reines Männergremium bleiben soll, zeigte die Wahl von Ruth Dreifuss. Ausschlaggebend dürfte wohl gewesen sein, dass die jugendlich und spontan wirkende Brunner dem Rollenverständnis einer Mehrzahl der Parlamentarier nicht entsprach. Darüber hinaus zeigte der Wahlvorgang aber auch auf, dass sowohl der SP als auch den drei bürgerlichen Regierungsparteien zumindest momentan ausserordentlich viel an der Beibehaltung der sogenannten Zauberformel für die Regierungszusammensetzung gelegen war.

Die am folgenden Tag vorgenommene Departementsverteilung entsprach weitgehend den Erwartungen. Flavio Cotti wechselte ins EDA, für welches auch Koller Interesse nachgesagt worden war, und überliess damit der Neugewählten das von ihr bevorzugte Departement des Innern.

Am 10. März trat die Bundesversammlung erneut zusammen. Vor dem Bundeshaus demonstrierten rund 10'000 Frauen und Männer für die Wahl Brunners. Das sonst während Sessionen übliche Demonstrationsverbot auf dem Bundesplatz war von den Berner Behörden in Absprache mit Nationalrats-Präsident Schmidhalter (cvp, VS) aufgehoben worden. Matthey erklärte, dass er die vor einer Woche erfolgte Wahl nicht annehme, da er von der SP-Fraktion nicht unterstützt werde. In der Geschichte des Bundesstaates war es bisher fünfmal zu einer Nichtannahme der Wahl zum Bundesrat gekommen; zum erstenmal geschah dies jetzt auf Druck einer Partei. Von einigen Staatsrechtlern wurde die Durchführung dieser Wahl deshalb heftig kritisiert. Für diesen nun eingetretenen Fall einer Nichtannahme hatte die SVP-Fraktion eine Verschiebung der Wahl um eine Woche vorgeschlagen. Sie begründete diesen Antrag damit, dass die zwei Tage zuvor nominierte Kandidatin Dreifuss noch zuwenig bekannt sei. Zudem könne unter diesen Begleitumständen — gemeint war damit vor allem die gleichzeitig auf dem Bundesplatz stattfindende Demonstration — eine seriöse Wahl nicht vorgenommen werden. Der auch von den Liberalen, der AP und der SD/Lega unterstützte Ordnungsantrag wurde mit 117 zu 62 Stimmen abgelehnt.

Vor dem Wahlgang kam es nochmals zu einer kurzen Diskussion. Die LP gab bekannt, dass sie keine der beiden Kandidatinnen unterstützen werde, und die FDP rief zur Wahl von Ruth Dreifuss auf. Im ersten Wahlgang erhielten Brunner und Dreifuss fast gleich viele Stimmen (90 resp. 92). Deren 54 entfielen auf die freisinnige Nationalrätin Spoerry (ZH), welche daraufhin erklärte, dass sie nicht kandidiere und die Stimmen einer welschen Frau gegeben werden sollten. Auch im zweiten Wahlgang erreichte keine der Kandidatinnen das absolute Mehr; aber Dreifuss steigerte sich auf 112 Stimmen. Brunner kam noch auf deren 86; sie forderte daraufhin diejenigen, welche ihr die Stimme gegeben hatten, zur Unterstützung von Dreifuss auf. Im dritten Wahlgang wurde Ruth Dreifuss bei einem absoluten Mehr von 96 Stimmen — die Vertreter der AP sowie ein Teil der SD/Lega-Fraktion hatten den Saal verlassen, 38 Abgeordnete legten leer ein — mit 144 Stimmen gewählt. Sie nahm die Wahl an, womit der Kanton Genf seit 1919 erstmals wieder in der Landesregierung vertreten ist. Mit Ruth Dreifuss ist zudem zum erstenmal eine Angehörige der jüdischen Religionsgemeinschaft in der Landesregierung vertreten.