Im November kündigte Bundesrat Samuel Schmid seinen Rücktritt an. Durch ihre heftigen Angriffe auf ihn und seine Arbeit hatte die SVP zu dieser Entwicklung beigetragen. Der Partei bot sich nun die Möglichkeit einer Bundesratskandidatur. Mit Spannung wurde erwartet, ob die SVP erneut Christoph Blocher nominieren würde – was angesichts seiner geringen Wahlchancen einem freiwilligen Verbleib in der Opposition gleichgekommen wäre. Die SVP-Bundeshausfraktion entschied sich für ein Zweierticket mit Christoph Blocher und Ueli Maurer. Ueli Maurer wurde am 10. Dezember äusserst knapp in den Bundesrat gewählt – mit 122 Stimmen im dritten Wahlgang, was genau dem absoluten Mehr entsprach. Einer Wahl nahe war der Präsident des Bauernverbands, Hansjörg Walter (svp, TG) mit 121 Stimmen gewesen. Blocher erhielt im ersten Wahlgang 54 Stimmen. Walter hatte vor der Wahl erklärt, er würde das Bundesratsamt ablehnen. Nach Einschätzungen in der Presse setzte ihn die SVP-Parteispitze diesbezüglich stark unter Druck. Mit der Wahl Maurers konnte die SVP einen linientreuen Vertreter in die Regierung bringen.

Am 12. Dezember wurde anstelle von Christoph Blocher Eveline Widmer-Schlumpf (GR, svp) in den Bundesrat gewählt. Diese nahm die Wahl nach einer Bedenkzeit an. Die SVP hatte für den Fall der Abwahl von Blocher den Gang in die Opposition und den Ausschluss der SVP-Bundesräte aus der Fraktion beschlossen. Fraktionspräsident Baader wollte zunächst eine schriftliche Bestätigung aller SVP-Parlamentarier einholen, in der diese sich zur Unterstützung des Oppositionskurses verpflichten sollten. Aufgrund von Protesten aus dem liberalen Parteiflügel wurde aber auf diese Massnahme verzichtet. Einige Parlamentarier um den Berner Nationalrat Hans Grunder, die mit dem Oppositionskurs nicht einverstanden waren, überlegten sich, eine eigene Fraktion zu gründen. An einer Fraktionssitzung der SVP wurde schliesslich mit 60 zu 3 Stimmen folgendes beschlossen: Keine Abspaltung eines Teils der Fraktion und keine Bildung von Untergruppen, Ausschluss von Schmid und Widmer-Schlumpf aus der Fraktion und Verbot einer institutionalisierten Zusammenarbeit mit den SVP-Bundesräten. Fraktionspräsident Caspar Baader sagte, Opposition bedeute in erster Linie, dass die SVP Schmid und Widmer-Schlumpf nicht als ihre Bundesräte betrachte und diese demzufolge auch nicht schonen werde. Im Parlament wolle die SVP aber nach wie vor mitarbeiten.