Am 16. September wählte die Vereinigte Bundesversammlung den Nachfolger von Pascal Couchepin. Es standen sich die beiden Kandidaten der FDP-Fraktion, Didier Burkhalter und Christian Lüscher und der Kandidat der CVP, Urs Schwaller, gegenüber. Die SP und die GP unterstützten Schwaller, wobei eine Minderheit der SP erklärte, aus gesellschafts- und aussenpolitischen Gründen Burkhalter zu bevorzugen. Die SVP sprach sich für Lüscher aus und die BDP für beide Freisinnige. Im ersten Wahlgang lag Schwaller mit 79 Stimmen vor Lüscher mit 73 und Burkhalter mit 58; der Tessiner freisinnige Ständerat Dick Marty erhielt 34 Stimmen. Für den linksliberalen Marty hatten sich unter anderem Repräsentanten der SP und die Tessiner Grünen ausgesprochen. Im zweiten Wahlgang konnte Schwaller auf Kosten von Marty auf 89 Stimmen zulegen, Lüscher und Burkhalter kamen auf je 72. In der dritten Runde kam Schwaller auf 95 Stimmen und Burkhalter überholte mit 80 Stimmen Lüscher (63), worauf sich letzterer zugunsten von Burkhalter zurückzog. Im vierten Wahlgang fiel die Entscheidung: Bei einem absoluten Mehr von 120 wählte das Parlament mit 129 Stimmen Didier Burkhalter zum neuen Bundesrat; Schwaller hatte 106 und Lüscher 4 Stimmen erhalten. Da kein anderes Regierungsmitglied Wechselgelüste hatte, übernahm der 49jährige Burkhalter von Couchepin das EDI.
Bundesratsersatzwahl 2009 – Nachfolge von Pascal CouchepinDossier: Bundesratswahlen seit 2008