Obwohl man in der FDP den Lead des Nein-Lagers nicht übernehmen wollte, trat schliesslich mit Andrea Caroni (fdp, AR) ein junges Aushängeschild die Führung der Kampagne gegen die Pädophileninitiative an. Caroni stellte ein überparteiliches Komitee zusammen, um den Rechtsstaat zu verteidigen. Die Initiative verletzte den Grundsatz der Verhältnismässigkeit, und der Automatismus sowie die fehlende Abstufung nach der Schwere einer Tat seien mit rechtsstaatlichen Ideen nicht vereinbar. Das Engagement war mutig, da ein Einstehen gegen die von Parteipräsident Philipp Müller als „unappetitliches Geschäft“ bezeichnete Initiative kaum Lorbeeren versprach. Allerdings gewannen Caroni und seine Partei damit durchaus an Profil.

Für einige auch hämische Kommentare sorgte der Misserfolg der FDP mit ihrer Bürokratie-Initiative. Das im Wahljahr als Vehikel hochstilisierte Volksbegehren forderte eine unbürokratische, einfache und effiziente Anwendung von Gesetzen. Früh zeichnete sich ab, dass das Unterschriftenquorum wohl nur knapp erreicht werden würde, weshalb in einem Kraftakt in den letzten beiden Monaten noch 20'000 Unterschriften gesammelt wurden. Noch-Präsident Pelli hatte die Initiative zur Prestigesache erklärt. Der Abgabetermin wurde gar von 17.30 auf 20.45 Uhr, also rund drei Stunden vor Ablauf der Sammelfrist, verschoben, da noch einzelne Unterschriftenbögen nachgereicht wurden. Die Bundeskanzlei musste – ein Novum in der Geschichte – die Initiative deshalb ausserhalb der Bürozeiten entgegennehmen. Die FDP übergab 100'650 Unterschriften, die allerdings in der Folge von der Bundeskanzlei noch geprüft werden mussten. Das Resultat dieser Prüfung war – nach dreimaliger Auszählung – dann aber eine bittere Pille für die Freisinnigen. Gültig waren nämlich nur 97'537 Unterschriften. Zum ersten Mal in der Geschichte musste damit eine Initiative mit mehr als 100'000 eingereichten Unterschriften als nicht zustande gekommen beurteilt werden. Das Scheitern der FDP wurde in der Presse als schmerzhaft, ja peinlich kommentiert. Die FDP habe nach eigenen Angaben 130 000 Mitglieder, schaffe es aber nicht, die nötigen Unterschriften für ein eigenes Begehren zu sammeln, so das Credo. Der Partei wurde allerdings zu Gute gehalten, dass sie mit dem Oppositionsinstrument Volksinitiative bisher keine Erfahrung gehabt habe. Mit dem Scheitern stand zwar die Initiativ- und Referendumsfähigkeit der Partei in Frage, einige Parteiexponenten deuteten die Niederlage aber in einen Sieg um. Der Kraftakt gegen Ende der Sammelphase habe gezeigt, dass die Partei durchaus fähig wäre, genügend Unterschriften für Volksbegehren zu sammeln; man müsse sich deshalb überlegen, auch in Zukunft zu diesem Instrument zu greifen. Gegen diese Idee stellte sich allerdings der neue Präsident der FDP, Philipp Müller.