Noch vor der Präsentation des „Projet triangulaire“ hatte es in der hochschulpolitischen Gerüchteküche zu brodeln begonnen. An der ETH Zürich waren angesichts des Verteilkampfs um die Geldmittel zur Finanzierung der anstehenden Reformen im ETH-Bereich Befürchtungen geäussert worden, der Genferseeraum werde bevorzugt behandelt. Unmut machte sich im weiteren an der Lausanner Architekturabteilung gegen die Pläne des neuen EPFL-Präsidenten, Patrick Aebischer, bemerkbar. Aebischer, der auf den 1. März die Nachfolge von Jean-Claude Badoux antreten sollte, wollte den im Entstehen begriffenen Lausanner Neubau, der die Architekturabteilung als einzige noch in der Stadt verbleibende Sektion der EPFL in das Hochschulgelände am Genfersee integrieren soll, teilweise der Biologie zuweisen, die neu an der EPFL geführt werden wird. Statt auf den 1. März trat Aebischer den Präsidentenposten erst gegen Ende des Monats an, da seine Wahl, aber auch seine Nomination dreier Vizepräsidenten auf ungewöhnlich starke Opposition gestossen war und eine regelrechte Krise an der EPFL ausgelöst hatte. Insbesondere der Nomination von Stefan Catsicas – wie Aebischer ein Mediziner und im biotechnologischen Bereich tätig – schlug von Seiten einer Mehrheit der Professorenschaft Widerstand entgegen – unter anderem in Form eines Protestschreibens an Bundesrätin Dreifuss. Die Biowissenschaften seien durch Aebischers Kommen überstürzt und ohne vorgängige Konsultation der Betroffenen zum neuen Entwicklungsschwerpunkt an der EPFL erkoren worden. Inakzeptabel sei es, dass dieser Schwerpunkt in der Schulleitung durch Catsicas und Aebischer nun auch noch doppelt vertreten werde; Präsident und Vizepräsident dürften nicht aus der gleichen Disziplin stammen. Mangelnde Kommunikation und Intransparenz führten dazu, dass zahlreiche Presseberichte teilweise den Eindruck entstehen liessen, die Hochschulpolitik werde von einem kleinen, der Gentechnologie freundlich gesinnten Kreis um ETH-Rat-Präsident Francis Waldvogel, Staatssekretär Kleiber sowie Aebischer und Catsicas selbst bestimmt. Als der ETH-Rat Mitte März die drei Vizepräsidenten gemäss dem Vorschlag Aebischer wählte, zeigte sich der Lehrkörper enttäuscht und forderte, dass im Rahmen der Reorganisation künftig Transparenz bei der Zuteilung von Stellen und Finanzen herrsche.
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