Im Januar 2016 hatte Toni Brunner (svp, SG), der amtierende Parteipräsident der SVP, angekündigt, sein Amt niederzulegen. Der Toggenburger hatte der Partei acht Jahre lang vorgestanden und machte sie in seinem letzten Präsidialjahr bei den eidgenössischen Wahlen 2015 mit einem Wählendenanteil von 29.4 Prozent zur stärksten Partei seit Einführung der Proporzwahlen. Brunner hatte das Amt angetreten, als Christoph Blocher (svp, ZH) im Bundesrat nicht mehr bestätigt worden war und die SVP kurze Zeit als reine Oppositionspartei angeführt. Bei seinem Abtritt verfügte die SVP wieder über zwei Bundesräte. Neben Toni Brunner gab auch Christoph Blocher bekannt, sein Amt als Vizepräsident abzugeben, und auch der langjährige Generalsekretär der Partei, Martin Baltisser, der bereits in den 1990er Jahren und dann ein zweites Mal seit 2009 das Generalsekretariat geführt hatte, gab seinen Rücktritt bekannt. Dies wurde in der Presse als «Ende einer Ära» (Liberté) oder gar als «Zeitenwende» (NZZ) beschrieben.

Gleichzeitig mit der Bekanntgabe des Rücktritts von Brunner schlug die SVP-Leitung als Nachfolger den Berner Nationalrat Albert Rösti (svp, BE) vor. In der Presse wurde der «Null-Charisma-Mann» als «brav» (BaZ) bezeichnet. Er sei zwar «sanft im Auftritt, aber absolut linientreu» wusste der Tages-Anzeiger. Es könne deshalb von Kontinuität ausgegangen werden. Auch die Zeitung «Der Bund» rechnete nicht damit, dass sich mit einem Berner Präsidenten an der Ausrichtung der Partei etwas ändern werde. Die Zeit in der «eine gemässigte Berner SVP gegen den neoliberalen Zürcher Flügel kämpfte» sei vorbei. Immerhin habe der «Hardliner [...] Berner Rundungen» meinte die BZ. Da er im Gegensatz zu Toni Brunner gut französisch spreche, wurden der SVP mit Rösti grössere Chancen in der Romandie prophezeit. Rösti selber sprach sich in Interviews für Kontinuität aus. Er sehe es als Herausforderung, die Stärke der Partei zu halten, und es sei nicht ohne Risiko, eine Partei auf ihrem Höhepunkt zu übernehmen. An der Delegiertenversammlung Ende April 2016 wählte die Delegiertenversammlung dann ein neues SVP-Präsidium. Einstimmig wurde Albert Rösti mit 511 Stimmen (ohne Enthaltungen) zum neuen Präsidenten gewählt. Gegenkandidierende hatten sich keine gemeldet.

Die grösseren personellen Veränderungen an der Parteispitze betrachtete die Partei auch als guten Zeitpunkt, die seit den 1990er Jahren und dem Aufstieg der Partei kaum veränderten Organisationsstrukturen anzupassen. Von den Delegierten wurde zudem eine Statutenänderung gutgeheissen, die drei (statt bisher sieben) Vizepräsidien vorsah, die gemeinsam mit dem Präsidenten den Parteileitungsausschuss bilden, der das Tagesgeschäft der Partei führen soll. Ins Vizepräsidium wurden Céline Amaudruz (svp, GE), Thomas Aeschi (svp, ZG) und Oskar Freysinger (VS, svp) gewählt. Diesem Ausschuss gehörten zudem neben Christoph Blocher als Strategieverantwortlichen auch Walter Frey als Kommunikationsverantwortlicher, Thomas Matter (svp, ZH) als Finanzchef sowie Fraktionspräsident Adrian Amstutz (svp, BE) an. Damit werde die strategische Führung gestärkt und die Fachkompetenz in den Gremien erweitert, so die Partei in ihrem Jahresbericht. Zum neuen Generalsekretär hatte der Zentralvorstand bereits einen Tag vor der Delegiertenversammlung Gabriel Lüchinger gewählt.

Die Forderung der SVP, nach einem zweiten Regierungssitz, gehörte seit der Nichtbestätigung von Christoph Blocher (svp, ZH) nach den Wahlen 2007 zum Standardrepertoire der Volkspartei. Bei den Bundesratswahlen 2011 hatte sich die SVP mit ihrem nicht sehr professionellen Nominierungsverfahren praktisch selber aus dem Rennen genommen. Die Vehemenz der Forderung, nach einer adäquaten Regierungsbeteiligung, nahm 2015 gar noch zu und die Attacken der Volkspartei, vor allem auf den BDP-Bundesratssitz, wurden lauter. Die zahlreichen Kandidierenden, die vor den Parlamentswahlen als mögliche Herausforderer angepriesen wurden, dienten dabei einerseits als Nebelpetarden. Weil diese Ankündigungen und sofortigen Dementis, etwa von Toni Brunner (svp, SG) oder Adrian Amstutz (svp, BE), von den Medien bereitwillig aufgenommen und diskutiert wurden, schadete dies anderseits dem Wahlkampf der SVP in keinster Weise. Auch die anderen Parteien profitierten freilich von der medial breitgeschlagenen Diskussion um mögliche Szenarien für die nach den Gesamterneuerungswahlen anstehenden Bundesratswahlen. Die Bürgerlichen bestätigten zwar den prinzipiellen Anspruch der SVP auf einen zweiten Regierungssitz, Regierungsmitglieder, die ihre Sache gut machten, wolle man aber nicht abwählen. SP und GP betonten mit ebendiesem Argument, dass sie Eveline Widmer-Schlumpf (bdp) auf jeden Fall bestätigen wollten.
Die Ausgangslage änderte sich freilich nach der Demissionsankündigung der BDP-Bundesrätin. Die Linke pochte zwar auf einen neuen Mitte-Kandidaten, falls die SVP Kandidierende nominiere, die gegen die Bilateralen seien, und die Grünen sahen ebenfalls weit und breit keinen wählbaren SVP-Kandidierenden. Die restlichen Parteien signalisierten aber rasch, dass sie den Anspruch der SVP auf einen zweiten Bundesratssitz guthiessen und für Spielchen nicht zu haben seien. Dazu gehörte auch die Bestätigung, Bisherige nicht abwählen zu wollen. In der Tat wurde die Möglichkeit diskutiert, einen FDP-Bundesrat abzuwählen und mit einem Kandidierenden der Mitteparteien zu ersetzen, um eine rechtslastige Regierung mit 2 FDP und 2 SVP Magistraten zu verhindern. Die Chance für ein solches Szenario, war allerdings mehr als gering, würden doch dafür weder die FDP noch die SVP Hand bieten.
Rasch zeigte sich zudem, dass die Volkspartei das Nominierungsverfahren dieses Mal mit grösserer Sorgfalt angegangen war als vier Jahre zuvor. Aus den elf ursprünglichen Bewerbungen präsentierte die SVP nach ihrer Fraktionssitzung am 20. November drei Kandidierende aus den drei hauptsächlichen Sprachregionen: Thomas Aeschi (svp, ZG), Guy Parmelin (svp, VD) und Norman Gobbi (TI, lega). Der Tessiner Lega-Regierungsrat stellte sich unter das Banner der SVP, wollte aber auf kantonaler Ebene Legist bleiben. SVP-Fraktionspräsident Adrian Amstutz (svp, BE) wies darauf hin, dass Gobbi Mitglied der SVP Schweiz sei und das Gedankengut der SVP vertrete. Man kooperiere mit der Lega auf nationaler Ebene schon lange. Die Lega gehöre im Parlament schliesslich auch zur SVP-Fraktion. Gobbi sei von der Fraktion praktisch einstimmig nominiert worden (mit 72 von 74 Stimmen). Parmelin (svp, VD) siegte mit 48 zu 29 Stimmen über Oskar Freysinger (VS, svp) und Aeschi setzte sich im fünften Wahlgang mit 44 zu 37 Stimmen gegen Heinz Brand (svp, GR) durch. Ohne Chancen, oder gar nicht ins engere Auswahlverfahren aufgenommen, waren die Kandidaturen von Hannes Germann (svp, SH), Thomas Hurter (svp, SH), Res Schmid (NW, svp), Thomas de Courten (svp, BL), Albert Rösti (svp, BE) und David Weiss (BL, svp).
Die Dreier-Auswahl überraschte, waren doch im Vorfeld andere Favoriten gehandelt worden, die im Parlament eine breitere Unterstützung erhalten hätten. Die SVP machte aber von Anfang an klar, dass sie ihre – nach der Nicht-Bestätigung Blochers – in den Parteistatuten verankerte Regel, strikte anwenden werde. In diesem Sinne würden nicht nominierte, aber gewählte Kandidaten, die ihre Wahl dennoch annähmen, aus der Partei ausgeschlossen. Die Chancen für Hannes Germann (svp, SH), der laut der NZZ mehr Freunde im Parlament als in seiner Partei habe und der erste Bundesrat aus dem Kanton Schaffhausen gewesen wäre, oder für Heinz Brand (svp, GR), der lange als Kronfavorit aus der vernachlässigten Ostschweiz gegolten hatte, lagen damit praktisch bei Null. Es wurden zwar Szenarien für einen Sprengkandidaten aus der Reihe der SVP diskutiert und linke Stimmen kritisierten die Ausschlussregel als Erpressungsversuch, dem man sich nicht beugen werde. Mögliche Sprengkandidaten gaben allerdings rasch bekannt, eine allfällige Wahl nicht annehmen zu wollen.
Die SVP wurde nicht müde zu betonen, dass man mit dem sprachregional ausgewogenen Dreierticket eine echte Auswahl anbiete. Man sei der Forderung der SP und der CVP nachgekommen, einen Kandidierenden aus der Westschweiz aufzustellen und wolle als grösste Partei auch in der Regierung zwei Landesteile repräsentieren. Die Auswahl sorgte allerdings auch für Misstöne. Mit der Nominierung von Norman Gobbi (TI, lega) und Guy Parmelin (svp, VD) – der eine laut Presse bekannt für seine verbalen Entgleisungen, der andere ein politisches Leichtgewicht – wolle die SVP dem Parlament den Deutschschweizer Kandidaten Thomas Aeschi (svp, ZG) aufzwingen. Die Romandie wäre mit drei Sitzen deutlich übervertreten und Gobbi sei Vertreter der Lega. Dies sei keine echte Auswahl und der schweizerischen Konkordanz unwürdig – liess sich etwa Eric Nussbaumer (sp, BL) zitieren. Auch die NZZ kommentierte die Dreier-Nomination als Auswahl, die keine sei. In den Medien galt vorab der Zuger Thomas Aeschi als Kronfavorit. Er vertrete den neuen Stil der SVP, sei jung und ein Vertreter Blocher'scher Prägung – so etwa der TA. Die SVP wurde freilich nicht müde zu betonen, dass sie gerne Regierungsmitglieder aus unterschiedlichen Sprachregionen hätte.
Die Stimmen – auch aus der SVP – , die gerne eine breitere Auswahl aus der Deutschschweiz gehabt hätten, verstummten allerdings nicht. Es gebe durchaus Spielraum für einen (SVP-internen) Sprengkandidaten, zitierte das SGT Vertreter von SP und CVP. Immerhin war in den letzten 100 Jahren jeder fünfte gewählte Bundesrat wild, also nicht von der eigenen Partei nominiert worden. Freilich hatte die Volkspartei alle ursprünglich elf SVP-Kandidaten dazu bewegt, schriftlich zu bestätigen, eine Wahl als Sprengkandidat nicht anzunehmen.

Zum ersten Mal in ihrer Geschichte hielt die SVP Ende 2013 mehr als 20 Regierungssitze. Neu konnte sie bei den Gesamterneuerungswahlen für die Regierung in den Kantonen Wallis und Neuenburg ausgerechnet in zwei Kantonen der Westschweiz eine Regierungsbeteiligung erringen. Die Nationalräte Oskar Freysinger (VS) und Yvan Perrin (NE) holten für ihre Partei überraschend, aber letztlich relativ deutlich ein Regierungsmandat. Während Perrin auf ein Doppelmandat verzichtete, gab Freysinger bekannt, bis Ende Legislatur sowohl im Nationalrat zu bleiben, als auch den Walliser Regierungsposten zu behalten. Im Rahmen einer Bilanz nach 100 Tagen Regierungstätigkeit bezeichnete er das Doppelmandat als machbar – trotz Absenzen in den Sessionen der eidgenössischen Räte. Die Angriffe der SVP auf Regierungssitze in den Kantonen Solothurn und Genf scheiterten hingegen deutlich. Darüber hinaus musste die SVP einen Sitzverlust in der Regierung des Kantons Appenzell Ausserrhoden verkraften, wo der Rücktritt von Hans Diem nicht kompensiert werden konnte. Die SVP ist in Herisau damit nur noch mit einem Regierungsmitglied vertreten, das neu 5 FDP- und einem SP-Mandatsträger gegenübersteht. Bei Ersatzwahlen schaffte es die SVP im Kanton Basel-Landschaft, ihren Sitz zurück zu erobern. Die FDP hatte darauf verzichtet, ihre Vakanz wieder zu besetzen und der SP gelang es knapp nicht, den SVP-Kandidaten Thomas Weber zu schlagen. In der Presse wurde gemutmasst, dass die Volkspartei ihre Strategie, mit Provokation zu punkten, vermehrt durch Charmeoffensiven austausche, um sich als Regierungspartei empfehlen zu können. Mit den total 21 Regierungssitzen Ende Berichtjahr (13,5% aller 156 kantonalen Exekutivmandate) blieb die SVP allerdings hinter FDP, CVP und SP Juniorpartnerin.

Im Nachgang zum Anlass in Lupfig kam es zu einer heftigen Debatte in der Presse, einerseits, weil Exponenten des Zürcher Flügels Bundesrat Samuel Schmid am Parteitag als halben SVP-Bundesrat verunglimpft hatten, nachdem er sich in einem Zeitungsinterview von der Asylinitiative der SVP distanziert hatte, andererseits, weil die Parteispitze dem Unterwalliser SVP-Parteipräsidenten Oskar Freysinger nicht Einhalt geboten hatte, als dieser sexistische und die Regierung diffamierende Verse vorgetragen hatte. Der Berner Altständerat und Rechtsprofessor Ulrich Zimmerli erklärte seinen Austritt aus der Partei, weil er sich für die destruktive Politik der SVP schäme. In der Presse ging das Gerücht um, Bundesrat Schmid erwäge einen Parteiaustritt. Nach einer dreistündigen Aussprache mit der SVP-Fraktion erklärten die Parlamentarier, sie stünden hinter Bundesrat Schmid. Freysinger, der von der nationalen Parteileitung nicht gemassregelt worden war, trat Ende November als Präsident der SVP Unterwallis zurück, nachdem auf sein Haus ein Brandanschlag verübt worden war.