Die Beseitigung der sogenannten Kantonsklausel war für den Ständerat weiterhin kein dringliches Anliegen. Er hatte zwar 1993 mit der Überweisung einer parlamentarischen Initiative Schiesser (fdp, GL) der Reform grundsätzlich zugestimmt. Auf Antrag seiner Staatspolitischen Kommission (SPK) beschloss er nun, die Frist für die Ausarbeitung einer konkreten Vorlage um weitere zwei Jahre zu verlängern. Er drückte dabei die Hoffnung aus, dass sich die Neuerung in ein umfassenderes Projekt zur Regierungsreform würde einbauen lassen. Die Verfassungskommission des Ständerates möchte die Kantonsklausel auf jeden Fall nicht im Rahmen der laufenden Verfassungstotalrevision streichen, da diese materielle Neuerung die Grenzen einer „Nachführung“ sprengen würde. Ihr diesbezüglicher Entscheid fiel mit 10 zu 1 Stimmen deutlich aus.

Der Ständerat pflichtete dem Beschluss des Nationalrats bei, die Diskussion der Aufhebung der Verfassungsklausel, wonach nicht zwei Bundesräte aus demselben Kanton stammen dürfen, vorläufig zu sistieren. Die entsprechenden parlamentarischen Initiativen von Schiesser (fdp, GL) (93.407) resp. der Staatspolitischen Kommission des Nationalrats sollen erst dann wieder aktiviert werden, wenn das Anliegen nach Abschluss der Totalrevision der Bundesverfassung oder einer umfassenden Regierungsreform noch nicht erledigt ist.

Trotz dem negativen Urteil des Bundesrats hielt die Staatspolitische Kommission des Nationalrats an ihrem Vorschlag für eine ersatzlose Streichung der Verfassungsbestimmung, wonach nicht zwei Mitglieder der Landesregierung aus demselben Kanton stammen dürfen, fest. Obwohl die Sprecher der Fraktionen der SP und der FDP dem Problem keine Dringlichkeit zuerkennen wollten, und diejenigen der CVP und der LP föderalistische Einwände vorbrachten, beschloss der Nationalrat Eintreten und stimmte der Streichung der Kantonsklausel mit 61:48 Stimmen zu. Der Ständerat lehnte hingegen die Neuerung mit 28:9 Stimmen ab. Immerhin milderte er seinen Entscheid insofern, als er die Behandlungsfrist der 1993 überwiesenen parlamentarischen Initiative Schiesser (fdp, GL) (93.407), welche den Auslöser der Reform gebildet hatte, verlängerte. Die Volkskammer beschloss in der Folge, das Geschäft zu sistieren und abzuwarten, ob das Anliegen im Rahmen der geplanten Totalrevision der Verfassung oder der angestrebten umfassenden Regierungsreform berücksichtigt wird.

Am besten stehen die Realisierungschancen für die Forderung nach einer Revision der Verfassungsvorschrift, welche verlangt, dass nicht zwei amtierende Mitglieder der Landesregierung aus dem selben Kanton stammen dürfen. In Form von parlamentarischen Initiativen verlangten die LdU/EVP-Fraktion, sowie die Nationalräte Ruf (sd, BE) (93.410) und Wanner (fdp, SO) (93.403), dass maximal zwei Bundesräte aus dem gleichen Kanton kommen dürfen; der Genfer Ducret (cvp) postulierte gar die Streichung des Verfassungsartikels.

Die Staatspolitische Kommission des Nationalrats kam zum Schluss, dass dieses Problem sofort gelöst werden sollte. Um das Verfahren abzukürzen, formulierte sie im Einklang mit den erwähnten Initianten eine eigene parlamentarische Initiative mit dem Antrag, den entsprechenden Verfassungsartikel 96, Absatz 1, Alinea 2 BV ersatzlos zu streichen. In der Begründung zu ihrer Forderung führte sie aus, dass die im letzten Jahrhundert wichtigen Konfliktlinien zwischen den Kantonen, namentlich zwischen den katholischen einerseits und den drei grossen protestantischen (Zürich, Bern und Waadt) andererseits, weitgehend verschwunden seien. Zudem könne davon ausgegangen werden, dass die Bundesversammlung als Wahlbehörde von sich aus dafür sorgen werde, dass es nicht zu einer massiven und dauerhaften Übervertretung einzelner Kantone kommen werde. Die Erfahrung bei der Berücksichtigung der verschiedenen Sprachregionen mache deutlich, dass es dazu keiner geschriebener Vorschriften bedürfe. Im Ständerat hatte Schiesser (fdp, GL) mit einer parlamentarischen Initiative ebenfalls die Streichung der Kantonsklausel verlangt (93.407). Der Rat gab dieser Initiative mit relativ knappem Mehr Folge, allerdings mit dem Vorbehalt, dass dieser Entscheid nur bedeute, dass die Frage von der Staatspolitischen Kommission im Rahmen der Regierungsreform überprüft werden soll.