Nach der schon Ende 2013 gemachten Ankündigung von Christophe Darbellay (cvp, VS), per Ende Legislatur sowohl von seinem Amt als Nationalrat als auch als CVP-Präsident zurückzutreten, tat sich parteiintern lange Zeit nicht viel hinsichtlich Nachfolge für das CVP-Präsidium. Die Medien vermuteten Anfang 2015, dass Darbellay wohl noch ein Jahr anhängen werde, weil die Neubesetzung bisher so harzig verlaufen sei. Als dieser allerdings öffentlich verneinte, weil er sich ganz auf seine Kandidatur für die Walliser Kantonsregierung 2017 konzentrieren wolle, und innerhalb der CVP auf einen Plan für die Wachablösung gedrängt wurde, fing das Kandidatenkarussell dann doch langsam an zu drehen. Freilich sagten zuerst zahlreiche potenzielle Kandidierende ab: Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) und Martin Candinas (cvp, GR) gaben berufliche und familiäre Gründe an, die gegen eine Präsidentschaft sprächen, und auch Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) und Viola Amherd (cvp, VS) wollten sich nicht zur Verfügung stellen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse Pirmin Bischof (cvp, SO), Filippo Lombardi (cvp, TI) und Gerhard Pfister (cvp, ZG) gehandelt. Lange hielten sich aber auch diese drei bedeckt bezüglich der Frage, ob sie überhaupt Ambitionen auf das Amt hegten. Dies führte in den Medien zu zahlreichen Spekulationen. Pfister wolle eine Art Philipp Müller (fdp, AG) der CVP werden und diese auf eine härtere Rechtsposition führen, während Lombardi Ambitionen habe, einst Doris Leuthard zu beerben, kommentierte etwa die Aargauer Zeitung das lange Schweigen. Für beides dürfe man sich nicht zu früh in Stellung bringen. Die NZZ forderte hingegen «Ordnung für den Hühnerhaufen»: Der neue Präsident werde eine entscheidende Rolle bei der Neuausrichtung der Partei spielen, die momentan in ganz verschiedene Richtungen strebe.
Mitte Dezember 2015 gab die CVP dann bekannt, eine Findungskommission bestehend aus Konrad Graber (cvp, LU), Filippo Lombardi, Viola Amherd, Marco Romano (cvp, TI) sowie Christophe Darbellay einzusetzen, die bis im Frühling mögliche Kandidierende präsentieren wolle. Bis Mitte Februar 2016 konnten Bewerbungen eingereicht werden. Schon kurz vor dieser Ankündigung wurde durch eine Indiskretion bekannt, dass sich Gerhard Pfister zur Verfügung stellen wollte. Er habe seine Kandidatur eigentlich erst im Januar 2016 ankündigen wollen, so Pfister. In den Medien wurde der Zuger als konservativer Politiker beschrieben, der am rechten Rand der Partei politisiere. Dies käme vor allem der SVP zupass, urteilte etwa der Tages-Anzeiger. Neben Pfister meldete niemand weiteres Ambitionen an und Mitte Februar verkündete die Findungskommission, dass sich insgesamt 13 Personen für das CVP-Präsidium beworben hätten, darunter «eine für das Amt des Präsidenten».
Ohne Konkurrenz wurde Gerhard Pfister schliesslich an der Delegiertenversammlung Ende April 2016 in Winterthur mit 340 von 376 Stimmen zum neuen Parteipräsidenten gekürt. Der ehemalige Zuger Kantonsrat (1998-2003) und seit 2003 im Nationalrat sitzende Pfister versprach, alles zu tun, was der CVP Erfolg bringe. Der nach 10-jähriger Amtszeit scheidende Präsident Christophe Darbellay wurde mit Applaus verabschiedet, der lauf Sonntags-Blick «eine Minute und 14 Sekunden» dauerte.
Ins erweiterte Präsidium wurden zudem Yannick Buttet (cvp, VS) und Ida Glanzmann-Hunkeler (cvp, LU) als Vizepräsident und Vizepräsidentin sowie die weiteren nationalen Parlamentsmitglieder Pirmin Bischof, Martin Candinas, Stefan Müller-Altermatt, Elisabeth Schneider-Schneiter und Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) und kantonalen Vertretungen Marianne Binder-Keller (AG, cvp) und Tino Schneider (GR, cvp) gewählt. Als Fraktionspräsident gehörte auch Filippo Lombardi von Amtes wegen dem Präsidium an.

An ihrer ersten Tagung in der 50. Legislatur Ende November 2015 bestätigte die neu zusammengesetzte CVP-Fraktion – fünf Nationalräte und vier Ständeräte waren nach den eidgenössischen Wahlen neu dabei – das Fraktionspräsidium der CVP. Sowohl Filippo Lombardi (TI) als Präsident als auch Viola Amherd (VS) als Vizepräsidentin wurden einstimmig gewählt.
Der restliche Fraktionsvorstand wurde zu Beginn der Wintersession 2015 konstituiert. Als Ersatz für den vor den Wahlen zurückgetretenen Peter Bieri (ZG) wurde Stefan Engler (GR) gewählt. Die restlichen Mitglieder – Pirmin Bischof (SO), Jean-Paul Gschwind (JU), Daniel Fässler (AI), Ruth Humbel (AG), Elisabeth Schneider-Schneiter (BL) und Brigitte Häberli-Koller (TG) – wurden allesamt bestätigt. Von Amtes wegen gehörte auch Parteipräsident Christoph Darbellay (VS) dem Vorstand an, obwohl er, der nicht mehr zu den Wahlen 2015 angetreten war, gar nicht mehr im Parlament vertreten war. In der CVP-Fraktion Unterschlupf finden auch die beiden EVP-Nationalrätinnen, weshalb auch Marianne Streiff (evp, BE) dem Fraktionsvorstand angehörte.

Eine alte Forderung der CVP, die Befreiung von Kindern von Krankenkassenprämien, wurde am Parteitag Ende August in Sempach mit einer Resolution bekräftigt. Das Anliegen war auch Gegenstand einer parlamentarischen Initiative von Ruth Humbel (AG), die allerdings in der nationalrätlichen SGK einen eher schweren Stand hatte. Mit der Resolution wollte die CVP-Basis Druck aufsetzen. Notfalls könne man sich auch die Lancierung einer Volksinitiative vorstellen.

Was sich bezüglich des neu zu besetzenden CVP-Fraktionspräsidiums bereits 2013 abgezeichnet hatte, wurde Anfang Januar 2014 vollzogen: Der Tessiner Ständerat Filippo Lombardi (cvp, TI) wurde zum neuen Fraktionspräsidenten gewählt. Lombardi war der einzige, der für das Amt kandidiert hatte und damit die Nachfolge des scheidenden Urs Schwaller (cvp, FR) antrat. Letzterer wurde an der Delegiertenversammlung in Bern im Januar mit grossem Lob verabschiedet. Schwaller verhehlte zwar nicht, dass er gerne eine breitere Auswahl gehabt hätte, die Aufgabe sei aber mit einem sehr hohen Zeitaufwand verbunden. Tatsächlich war Lombardi nicht der Wunschkandidat, haftete ihm doch nach wie vor das Stigma eines Verkehrssünders an – 2005 hatte er unter Alkoholeinfluss einen Verkehrsunfall verursacht. Weil er aber in der Zwischenzeit zwei Mal von der Tessiner Wahlbevölkerung wiedergewählt worden war, als Ständeratspräsident eine gute Figur gemacht hatte, die lateinischsprechenden CVP-Abgeordneten und die KMU-Vertreter hinter sich wusste, und vor allem weil sich kein anderer Kandidat gefunden hatte, wurde er Mitte Januar in Flüeli-Ranft mit 33 zu 8 Stimmen (vier leer und vier Diverse) gewählt. In der Presse wurde gemutmasst, dass sich der neue Fraktionspräsident, dem auch schon eine gewisse Dossierfaulheit vorgeworfen wurde, dank seiner Leutseligkeit und seinem professionellen Umgang mit den Medien für die anstehenden nationalen Wahlen durchaus auch als Trumpf erweisen könnte – umso mehr, als dass Parteipräsident Christophe Darbellay aufgrund einer Amtszeitbeschränkung nicht mehr für die nationalen Wahlen antreten darf. Vizepräsidentin blieb weiterhin Nationalrätin Viola Amherd (cvp, VS). Ende März wurde zudem Daniel Fässler (cvp, AI) neu in den Fraktionsvorstand gewählt.

Im Spätjahr trat eine Findungskommission unter der Leitung von Peter Bieri (ZG) in Aktion, um einen Nachfolger für den Ende Berichtjahr zurücktretenden Fraktionspräsident Urs Schwaller zu suchen. Schwaller hatte bereits 2012 angekündigt, das Amt nicht mehr weiterführen zu wollen. Der ehemalige Freiburger Finanzdirektor Schwaller, 2003 in den Ständerat gewählt, war seit Dezember 2007 Präsident der Bundeshausfraktion. Lange wurden keine Namen von potentiellen Nachfolgern genannt. Bekannt wurde lediglich, dass sich einige von der Presse als Kronfavoriten gehandelte Parlamentarier selber aus dem Spiel nahmen, so etwa Gerhard Pfister (ZG), Elisabeth Schneider-Schneiter (BL) oder Viola Amherd (VS). Es wurde zudem gemutmasst, dass sich einige CVP-Schwergewichte – kolportiert wurden etwa auch die Namen Pirmin Bischof (SO) oder Konrad Graber (LU) – nicht zur Verfügung stellten, weil sie sich die Chance für mögliche Bundesratsweihen nicht verbauen lassen wollten, wurde doch gemunkelt, dass sich die amtierende Bundesrätin Doris Leuthard nach Ende der Legislatur eine neue Herausforderung suchen könnte. In die Offensive wagte sich Mitte Dezember schliesslich Filippo Lombardi (TI), der sich als einziger Kandidat für ein Hearing des KMU-Klubs, also des Wirtschaftsflügels der CVP-Fraktion, anmeldete. Lombardi war zwar in der Vergangenheit vor allem wegen Strassenverkehrsdelikten aufgefallen, konnte sich im Berichtsjahr als Ständeratspräsident aber rehabilitieren. Zudem durfte er auch aufgrund seiner perfekten Dreisprachigkeit auf einigen Zuspruch in der Fraktion hoffen. Die Fraktion wollte sich im Januar 2014 an ihrer Fraktionsklausur entscheiden.

Hatte die CVP im Januar bei der Veröffentlichung der Wahlpositionen in der Energiepolitik noch auf den Bau neuer Atomkraftwerke gesetzt, schwenkten einige CVP-Nationalräte im April auf eine atomfreie Zukunft um. Eine Motion ihres Parteikollegen Roberto Schmidt (VS), die den schrittweisen Ausstieg aus der Atomenergie verlangt, wurde von mehreren CVP-Nationalräten mitunterzeichnet. Mit einer deutlicheren Position in der Energiefrage wollte man auch auf die Verluste bei den kantonalen Wahlen in Zürich und Luzern, wo viele Wählerinnen und Wähler an die GLP verloren gegangen waren, reagieren. Nachdem CVP-Bundesrätin Doris Leuthard im Mai den als historisch gefeierten Atomausstieg der Schweiz propagiert hatte, gelang es der Parteispitze innerhalb kurzer Zeit, eine klare parteiinterne Mehrheit für die Ausstiegspläne zu schaffen. Bei der Abstimmung zur Motion im Nationalrat am 8. Juni stimmte die Fraktion fast geschlossen für einen Atomausstieg. Allein Arthur Loepfe (AI) stimmte dagegen und drei Aargauer Abgeordnete enthielten sich der Stimme (Egger-Wyss, Zemp, Humbel). Der rasche Umschwung wurde der Partei allerdings auch zum Vorwurf gemacht. Die CVP beweise in der Energiefrage eine gewisse Wendigkeit. So stiess auch ihr Vorschlag, als Alternative zum Atomstrom über den Autobahnen Photovoltaikdächer zu montieren, in der Presse eher auf Skepsis.

An ihrer Delegiertenversammlung am 26. April in Belp (BE) diskutierte die CVP kontrovers über den Gesundheitsartikel. Die CVP-Delegierten beschlossen die Nein-Parole mit 165 zu 63 Stimmen, dies trotz des Einsatzes für die Vorlage durch Krankenkassenlobbyisten innerhalb der Partei, wie der für Santésuisse tätigen Nationalrätin Ruth Humbel (AG). Vor allem die Delegierten aus der Romandie lehnten den Gesundheitsartikel fast geschlossen ab. Aber auch alle amtierenden CVP-Gesundheitsdirektoren waren dagegen. Das Hauptargument gegen den Gesundheitsartikel war, dass man den Krankenkassen nicht Steuergelder überlassen sollte, ohne dass diese einer demokratischen Kontrolle unterstehen würden. Zur SVP-Einbürgerungsinitiative beschlossen die Delegierten mit 272 zu 13 Stimmen die Nein-Parole. Die CVP besetzte zudem ihr erweitertes Präsidium mit 11 Mitgliedern (darunter der Fraktionspräsident Urs Schwaller als Mitglied von Amtes wegen). Parteipräsident Darbellay wurde bestätigt, ebenso die bisherigen Präsidiumsmitglieder Dominique de Buman (FR), Ida Glanzmann (LU), Lucrezia Meier-Schatz (SG), Luigi Pedrazzini (TI) und Heidi Z’Graggen (UR). Glanzmann wurde als Nachfolgerin von Bruno Frick zudem neben de Buman zur Vizepräsidentin der CVP Schweiz gewählt. Zu neuen Präsidiumsmitgliedern wurden in einer Kampfwahl Pirmin Bischof (SO), Kathrin Amacker (BL), Barbara Schmid-Federer (ZH) und Patricia Mattle (SG) bestimmt, letztere als Vertreterin der Jungen CVP. Die ebenfalls kandidierenden Ruth Humbel (AG) und Gerhard Pfister (ZG) hatten das Nachsehen.