Nach der schon Ende 2013 gemachten Ankündigung von Christophe Darbellay (cvp, VS), per Ende Legislatur sowohl von seinem Amt als Nationalrat als auch als CVP-Präsident zurückzutreten, tat sich parteiintern lange Zeit nicht viel hinsichtlich Nachfolge für das CVP-Präsidium. Die Medien vermuteten Anfang 2015, dass Darbellay wohl noch ein Jahr anhängen werde, weil die Neubesetzung bisher so harzig verlaufen sei. Als dieser allerdings öffentlich verneinte, weil er sich ganz auf seine Kandidatur für die Walliser Kantonsregierung 2017 konzentrieren wolle, und innerhalb der CVP auf einen Plan für die Wachablösung gedrängt wurde, fing das Kandidatenkarussell dann doch langsam an zu drehen. Freilich sagten zuerst zahlreiche potenzielle Kandidierende ab: Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) und Martin Candinas (cvp, GR) gaben berufliche und familiäre Gründe an, die gegen eine Präsidentschaft sprächen, und auch Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) und Viola Amherd (cvp, VS) wollten sich nicht zur Verfügung stellen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse Pirmin Bischof (cvp, SO), Filippo Lombardi (cvp, TI) und Gerhard Pfister (cvp, ZG) gehandelt. Lange hielten sich aber auch diese drei bedeckt bezüglich der Frage, ob sie überhaupt Ambitionen auf das Amt hegten. Dies führte in den Medien zu zahlreichen Spekulationen. Pfister wolle eine Art Philipp Müller (fdp, AG) der CVP werden und diese auf eine härtere Rechtsposition führen, während Lombardi Ambitionen habe, einst Doris Leuthard zu beerben, kommentierte etwa die Aargauer Zeitung das lange Schweigen. Für beides dürfe man sich nicht zu früh in Stellung bringen. Die NZZ forderte hingegen «Ordnung für den Hühnerhaufen»: Der neue Präsident werde eine entscheidende Rolle bei der Neuausrichtung der Partei spielen, die momentan in ganz verschiedene Richtungen strebe.
Mitte Dezember 2015 gab die CVP dann bekannt, eine Findungskommission bestehend aus Konrad Graber (cvp, LU), Filippo Lombardi, Viola Amherd, Marco Romano (cvp, TI) sowie Christophe Darbellay einzusetzen, die bis im Frühling mögliche Kandidierende präsentieren wolle. Bis Mitte Februar 2016 konnten Bewerbungen eingereicht werden. Schon kurz vor dieser Ankündigung wurde durch eine Indiskretion bekannt, dass sich Gerhard Pfister zur Verfügung stellen wollte. Er habe seine Kandidatur eigentlich erst im Januar 2016 ankündigen wollen, so Pfister. In den Medien wurde der Zuger als konservativer Politiker beschrieben, der am rechten Rand der Partei politisiere. Dies käme vor allem der SVP zupass, urteilte etwa der Tages-Anzeiger. Neben Pfister meldete niemand weiteres Ambitionen an und Mitte Februar verkündete die Findungskommission, dass sich insgesamt 13 Personen für das CVP-Präsidium beworben hätten, darunter «eine für das Amt des Präsidenten».
Ohne Konkurrenz wurde Gerhard Pfister schliesslich an der Delegiertenversammlung Ende April 2016 in Winterthur mit 340 von 376 Stimmen zum neuen Parteipräsidenten gekürt. Der ehemalige Zuger Kantonsrat (1998-2003) und seit 2003 im Nationalrat sitzende Pfister versprach, alles zu tun, was der CVP Erfolg bringe. Der nach 10-jähriger Amtszeit scheidende Präsident Christophe Darbellay wurde mit Applaus verabschiedet, der lauf Sonntags-Blick «eine Minute und 14 Sekunden» dauerte.
Ins erweiterte Präsidium wurden zudem Yannick Buttet (cvp, VS) und Ida Glanzmann-Hunkeler (cvp, LU) als Vizepräsident und Vizepräsidentin sowie die weiteren nationalen Parlamentsmitglieder Pirmin Bischof, Martin Candinas, Stefan Müller-Altermatt, Elisabeth Schneider-Schneiter und Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) und kantonalen Vertretungen Marianne Binder-Keller (AG, cvp) und Tino Schneider (GR, cvp) gewählt. Als Fraktionspräsident gehörte auch Filippo Lombardi von Amtes wegen dem Präsidium an.

An ihrer ersten Tagung in der 50. Legislatur Ende November 2015 bestätigte die neu zusammengesetzte CVP-Fraktion – fünf Nationalräte und vier Ständeräte waren nach den eidgenössischen Wahlen neu dabei – das Fraktionspräsidium der CVP. Sowohl Filippo Lombardi (TI) als Präsident als auch Viola Amherd (VS) als Vizepräsidentin wurden einstimmig gewählt.
Der restliche Fraktionsvorstand wurde zu Beginn der Wintersession 2015 konstituiert. Als Ersatz für den vor den Wahlen zurückgetretenen Peter Bieri (ZG) wurde Stefan Engler (GR) gewählt. Die restlichen Mitglieder – Pirmin Bischof (SO), Jean-Paul Gschwind (JU), Daniel Fässler (AI), Ruth Humbel (AG), Elisabeth Schneider-Schneiter (BL) und Brigitte Häberli-Koller (TG) – wurden allesamt bestätigt. Von Amtes wegen gehörte auch Parteipräsident Christoph Darbellay (VS) dem Vorstand an, obwohl er, der nicht mehr zu den Wahlen 2015 angetreten war, gar nicht mehr im Parlament vertreten war. In der CVP-Fraktion Unterschlupf finden auch die beiden EVP-Nationalrätinnen, weshalb auch Marianne Streiff (evp, BE) dem Fraktionsvorstand angehörte.

Wie bereits im Vorjahr war die Asylpolitik auch im Berichtjahr Anlass für parteiinterne Differenzen. Für die am 9. Juni zur Abstimmung stehende Revision des Asylgesetzes hatten die Delegierten mit 146 zu 28 Stimmen zwar die Ja-Parole gefasst, die CVP-Frauen empfahlen allerdings ein Nein. Zudem engagierten sich einige CVP-Exponentinnen und Exponenten – darunter etwa die Ständerätin Anne Seydoux (JU) und die Nationalräte Jacques Neirynck (VD) und Barbara Schmid-Federer (ZH) – in einem „Grundwerte-Apell“ für mehr Augenmass und Fairness im Asylbereich. In der Zeitung „Blick“ war von der „CVP-Linken“ die Rede, die „Darbellays Rechtsdrall stoppen“ wolle. Die CVP Waadt drohte gar mit einem Austritt aus der Mutterpartei, sollte der Rechtsrutsch innerhalb der Partei noch weiter gehen. Nur kurz nach dem Urnengang im Juni, an dem die Revision angenommen wurde, präsentierte die CVP ein aktualisiertes Positionspapier, in dem neben der Gleichbehandlung der Flüchtlinge bei der Arbeitsvermittlung, weiteren Bundeszentren und unentgeltlichem Rechtsschutz für Asylsuchende auch eine Erteilung ordentlicher, jährlich zu prüfender Aufenthaltsbewilligungen gefordert wurden. Mit der Schaffung von 3 000 Stellen bei den Kantonalpolizeien und weniger Hürden für bedingte Strafen solle der Kriminaltourismus besser bekämpft werden. Die in Vorgängerpapieren geforderte DNA-Datenbank oder die Eingrenzung der Aufenthaltsorte für Personen mit negativem Asylentscheid fanden sich im neuen Papier nicht mehr.

Immerhin wurde das Ziel, stärkste Partei der kleinen Kammer zu bleiben, erreicht. Allerdings mussten auch bei den Ständeratswahlen Verluste verkraftet werden. Mit insgesamt dreizehn Mandaten präsentierte sich die CVP zwar um zwei Sitze stärker als die FDP und SP (je elf Sitze), musste aber im Vergleich zu 2007 per Saldo zwei Mandate abgeben. Den Urner Sitz hatte die Partei bereits bei den Ersatzwahlen 2010 an die GLP verloren. Bei den ordentlichen Wahlen büsste sie zudem beide Sitze in den Kantonen Schwyz und St. Gallen ein. In Schwyz konnte der langjährige Ständerat Bruno Frick seinen Sitz nicht gegen die Angriffe der SVP halten. Im Kanton St. Gallen fiel der Sitz der CVP der SP zu. Auch hier verteidigte mit Eugen David ein langjähriger Ständerat seinen Sitz erfolglos. David trat nicht mehr zum zweiten Wahlgang an und mit ihrem Ersatzkandidaten war die CVP gegen die Angriffe von links und rechts chancenlos. Dass sie im Vergleich zu 2007 nicht drei Mandatsverluste beklagen musste, verdankte sie Pirmin Bischof, der den Sitz der FDP im Kanton Solothurn erobern konnte. Ihre Sitze verteidigen konnte die CVP zudem in den Kantonen Luzern (Graber), Nidwalden (Niederberger), Zug (Bieri), Freiburg (Schwaller), Appenzell Innerrhoden (Bischofberger), Tessin (Lombardi), Wallis (Fournier und Imoberdorf) und Jura (Seydoux). Neue CVP-Kantonsvertreter verteidigten den Sitz ihrer Partei in den Kantonen Uri (Isidor Baumann), Graubünden (Stefan Engler) und Thurgau (Brigitte Häberli). Chancenlos waren die Christlichdemokraten in den Kantonen Zürich, Bern, Basel-Landschaft, Aargau, Waadt, Neuenburg und Genf.