Bereits im März des Berichtsjahrs wurde über den Rücktritt von Bundesrat Hans-Rudolf Merz spekuliert, den dieser dann am 6. August ankündigte. Die FDP betonte ihren Anspruch auf den frei werdenden Bunderatssitz und warnte die anderen Parteien vor einem Spiel mit dem Feuer. Im Gegensatz zur Nachfolgeregelung bei Pascal Couchepin 2009 wirkte die FDP gut vorbereitet. Die Parteispitzen kündigten sofort an, nicht zu kandidieren. Als Kronfavoriten kristallisierten sich die St. Galler Regierungsrätin Karin Keller-Sutter und der Berner Nationalrat Johann Schneider-Ammann heraus, die Anfang September von der Bundeshausfraktion auch offiziell nominiert wurden. Ruedi Noser (ZH), Peter Malama (BS) und Ignazio Cassis (TI) scheiterten in der parteiinternen Ausmarchung. Bei den Wahlen vom 22. September setzte sich Johann Schneider-Amann gegen Keller-Sutter und vor allem gegen den SVP-Sprengkandidaten Jean-François Rime durch. An der Delegiertenversammlung Mitte Oktober in Herisau wurde Hans-Rudolf Merz mit stehenden Ovationen verabschiedet. Parteipräsident Pelli würdigte ihn als „erfolgreichsten Finanzminister Europas“, weil der Bund unter seiner Amtsführung die Schulden beträchtlich reduziert hat.

Der Rücktritt von Bundesrat Moritz Leuenberger kam für die meisten Beobachter überraschend, war doch erwartet worden, dass der SP-Magistrat 2011 noch ein weiteres Jahr als Bundespräsident amtieren würde. Die SVP kündigte sofort an, den SP-Sitz attackieren zu wollen. In der SP positionierten sich vier Frauen als potentielle Nachfolgerinnen. Der Baselstädter Regierungsrätin Eva Herzog und der St. Galler Nationalrätin Hildegard Fässler wurden lediglich Aussenseiterchancen eingeräumt. Schliesslich nominierte die SP-Fraktion Anfang September ein Zweierticket bestehend aus Nationalrätin Jacqueline Fehr (ZH) und Ständerätin Simonetta Sommaruga (BE). Bei den Bundesratsersatzwahlen setzte sich Simonetta Sommaruga im dritten Wahlgang gegen Jacqueline Fehr und im vierten Wahlgang gegen den SVP-Herausforderer Jean-François Rime durch. Einziger Wermutstropfen der Wahl der Berner Ständerätin war der drohende Verlust des Ständeratssitzes ihrer Partei.

Anfang April präsentierte die FDP-Parteileitung einen Vorschlag für drei Kernthemen, auf die sich die FDP konzentrieren solle: Erstens den Kampf für mehr und gute Arbeitsplätze, zweitens das Einstehen für den nationalen Zusammenhalt und die Sicherung der Sozialwerke und drittens den Einsatz für einen schlanken und bürgerfreundlichen Staat. Für die Umsetzung dieser Schwerpunkte sollen bekannte Persönlichkeiten aus der Partei, so genannte „Leuchttürme“, verantwortlich sein. Am Parteitag im April nahmen die Delegierten diesen Vorschlag an, alle Änderungsanträge scheiterten. Zu „Leuchttürmen“ wurden bestimmt: Johann Schneider-Ammann (NR BE) und Isabelle Moret (NR VD) für das Thema Arbeitsplätze, Christa Markwalder (NR BE) und Ignazio Cassis (NR TI) für das Thema sozialer Zusammenhalt und Sozialwerke sowie Philipp Müller (NR AG) und der Liberale Christian Lüscher (NR GE) für das Thema bürgerfreundlicher Staat. Mit der Ausrichtung auf drei Schwerpunkte wurde das Konzept der „vier Schweizen“, mit dem die FDP den Wahlkampf 2007 bestritten hatte, nach Einschätzungen in der Presse mehr oder weniger fallengelassen. Das Konzept hatte als zu abstrakt gegolten. Mit der Festlegung auf das neue Programm sollte nun auch die von Pelli gemachte Aussage gelten, dass zu schweigen habe, wer von der beschlossenen Parteilinie abweicht. Kontrovers diskutiert wurde der Gesundheitsartikel, zu dem die Parolenfassung anstand: Die Vorlage erhielt mit 110 Ja zu 81 Nein nur halbherzige Unterstützung, obwohl sie von FDP-Parlamentariern massgeblich mitentwickelt worden war. Pelli warb für den Gesundheitsartikel: Er stehe für die freie Wahl des Arztes und des Spitals, die monistische Finanzierung und einen kontrollierten Wettbewerb. Bundespräsident Pascal Couchepin hingegen bezeichnete die Vorlage als unnötig. Ein klares Nein gab es für die Einbürgerungsinitiative der SVP und die Initiative „für Volkssouveränität statt Behördenpropaganda“. Fulvio Pelli wurde von den Delegierten als Parteipräsident bestätigt, Ruedi Noser als Vizepräsident. Isabelle Moret (NR VD) wurde neu ins Vizepräsidium gewählt. Sie war die einzige Kandidatin für die Nachfolge der beiden zurücktretenden VizepräsidentInnen Léonard Bender (VS) und Gabi Huber (UR). Ein Platz im Vizepräsidium wurde für einen zukünftigen Vertreter der Liberalen frei gehalten.

In den kantonalen Parlamentswahlen erzielten die Sozialdemokraten insgesamt 22 zusätzliche Sitze: acht in St. Gallen, sieben in Basel-Stadt, vier in Schwyz, drei in Schaffhausen und einen im Thurgau; in Uri mussten sie einen Sitz abtreten. In den Regierungsratswahlen in Basel-Stadt ersetzte Eva Herzog (sp) den zurücktretenden Liberalen Ueli Vischer, in St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) den Christlichdemokraten Anton Grüninger, und in Uri schaffte die SP mit Markus Züst nach 1999 wieder den Sprung in die Regierung.