Nach der schon Ende 2013 gemachten Ankündigung von Christophe Darbellay (cvp, VS), per Ende Legislatur sowohl von seinem Amt als Nationalrat als auch als CVP-Präsident zurückzutreten, tat sich parteiintern lange Zeit nicht viel hinsichtlich Nachfolge für das CVP-Präsidium. Die Medien vermuteten Anfang 2015, dass Darbellay wohl noch ein Jahr anhängen werde, weil die Neubesetzung bisher so harzig verlaufen sei. Als dieser allerdings öffentlich verneinte, weil er sich ganz auf seine Kandidatur für die Walliser Kantonsregierung 2017 konzentrieren wolle, und innerhalb der CVP auf einen Plan für die Wachablösung gedrängt wurde, fing das Kandidatenkarussell dann doch langsam an zu drehen. Freilich sagten zuerst zahlreiche potenzielle Kandidierende ab: Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) und Martin Candinas (cvp, GR) gaben berufliche und familiäre Gründe an, die gegen eine Präsidentschaft sprächen, und auch Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) und Viola Amherd (cvp, VS) wollten sich nicht zur Verfügung stellen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse Pirmin Bischof (cvp, SO), Filippo Lombardi (cvp, TI) und Gerhard Pfister (cvp, ZG) gehandelt. Lange hielten sich aber auch diese drei bedeckt bezüglich der Frage, ob sie überhaupt Ambitionen auf das Amt hegten. Dies führte in den Medien zu zahlreichen Spekulationen. Pfister wolle eine Art Philipp Müller (fdp, AG) der CVP werden und diese auf eine härtere Rechtsposition führen, während Lombardi Ambitionen habe, einst Doris Leuthard zu beerben, kommentierte etwa die Aargauer Zeitung das lange Schweigen. Für beides dürfe man sich nicht zu früh in Stellung bringen. Die NZZ forderte hingegen «Ordnung für den Hühnerhaufen»: Der neue Präsident werde eine entscheidende Rolle bei der Neuausrichtung der Partei spielen, die momentan in ganz verschiedene Richtungen strebe.
Mitte Dezember 2015 gab die CVP dann bekannt, eine Findungskommission bestehend aus Konrad Graber (cvp, LU), Filippo Lombardi, Viola Amherd, Marco Romano (cvp, TI) sowie Christophe Darbellay einzusetzen, die bis im Frühling mögliche Kandidierende präsentieren wolle. Bis Mitte Februar 2016 konnten Bewerbungen eingereicht werden. Schon kurz vor dieser Ankündigung wurde durch eine Indiskretion bekannt, dass sich Gerhard Pfister zur Verfügung stellen wollte. Er habe seine Kandidatur eigentlich erst im Januar 2016 ankündigen wollen, so Pfister. In den Medien wurde der Zuger als konservativer Politiker beschrieben, der am rechten Rand der Partei politisiere. Dies käme vor allem der SVP zupass, urteilte etwa der Tages-Anzeiger. Neben Pfister meldete niemand weiteres Ambitionen an und Mitte Februar verkündete die Findungskommission, dass sich insgesamt 13 Personen für das CVP-Präsidium beworben hätten, darunter «eine für das Amt des Präsidenten».
Ohne Konkurrenz wurde Gerhard Pfister schliesslich an der Delegiertenversammlung Ende April 2016 in Winterthur mit 340 von 376 Stimmen zum neuen Parteipräsidenten gekürt. Der ehemalige Zuger Kantonsrat (1998-2003) und seit 2003 im Nationalrat sitzende Pfister versprach, alles zu tun, was der CVP Erfolg bringe. Der nach 10-jähriger Amtszeit scheidende Präsident Christophe Darbellay wurde mit Applaus verabschiedet, der lauf Sonntags-Blick «eine Minute und 14 Sekunden» dauerte.
Ins erweiterte Präsidium wurden zudem Yannick Buttet (cvp, VS) und Ida Glanzmann-Hunkeler (cvp, LU) als Vizepräsident und Vizepräsidentin sowie die weiteren nationalen Parlamentsmitglieder Pirmin Bischof, Martin Candinas, Stefan Müller-Altermatt, Elisabeth Schneider-Schneiter und Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) und kantonalen Vertretungen Marianne Binder-Keller (AG, cvp) und Tino Schneider (GR, cvp) gewählt. Als Fraktionspräsident gehörte auch Filippo Lombardi von Amtes wegen dem Präsidium an.

2014 schlug der Parteipräsident der SVP, Toni Brunner (svp, SG), der FDP flächendeckende Listenverbindungen für die eidgenössischen Wahlen im Herbst 2015 vor. Laut Medien erklärte sich die SVP dazu bereit, in kleinen Kantonen auf eigene Kandidierende zu verzichten, wenn überall sonst eine Allianz gebildet werde. Die FDP tat sich allerdings schwer mit diesem Angebot. Rein rechnerisch sind Listenverbindungen für den kleineren Partner in der Regel nicht vorteilhaft. Aber auch inhaltlich sahen zahlreiche FDP-Kantonalsektionen zu wenig Nähe zur SVP, um eine Zusammenarbeit einzugehen.
Vor diesem Hintergrund erteilte FDP-Parteipräsident Philipp Müller (fdp, AG) der SVP im Januar 2015 eine Absage für flächendeckende Listenverbindungen. In einzelnen Kantonen sei dies denkbar, die Basis sei aber in der grossen Mehrheit gegen eine engere Zusammenarbeit mit der SVP, die sich zusehends «radikalisiere», so Müller. Auch ein inhaltlicher bürgerlicher Schulterschluss – ein solcher war zusammen mit SVP und CVP vor allem in Wirtschaftsfragen geplant – dürfe nicht «zur Selbstaufgabe führen»; wenn sich die FDP der nach rechts driftenden SVP annähere, würde sie ihr «historisches Erbe» aufgeben. Die Weltwoche machte aus dem bürgerlichen Schulterschluss flugs einen «bürgerlichen Schulterschuss».
Bei einigen aktuellen kantonalen Parlaments- und Regierungswahlen (z.B. Luzern, Zürich oder Basel-Landschaft) war die Zusammenarbeit zwischen FDP und SVP zwar durchaus erfolgreich gewesen, kantonale Wahlen seien aber nicht das gleiche wie nationale Wahlen. Die nationale FDP-Parteispitze empfahl deshalb im Mai 2015 den Kantonalsektionen aus wahlarithmetischen und inhaltlichen Gründen, auf Listenverbindungen zu verzichten. Der Alleingang schärfe das Profil und demonstriere Unabhängigkeit, verteidigte der FDP-Präsident diese Empfehlung in den Medien. Das System Schweiz sei «nicht geeignet für verpflichtende Allianzen».
Letztlich verbanden sich die SVP und die FDP lediglich in den Kantonen Aargau, Basel-Landschaft und Schaffhausen. Die Nicht-Allianz zwischen den beiden Parteien trieb dabei seltene Blüten: Im Kanton Waadt nahm die jahrzehntelange Zusammenarbeit – als «exception vaudoise» bekannt – ein Ende. Und im Kanton Luzern verbanden sich die «Schwarzen» (FDP) zum ersten Mal überhaupt mit den «Roten» (CVP), was als Folge des verhinderten Zusammengehens von FDP und SVP interpretiert wurde.

Die Bilateralen Verträge seien der «Königsweg für die Beziehungen zur EU» – so das Credo der FDP, deren Delegierten an ihrer Versammlung Ende Juni 2015 in Amriswil ein Grundsatzpapier zur Ausrichtung der Europapolitik verabschiedeten. Nach dem Ja zur Masseneinwanderungsinitiative solle zwar die Zuwanderung besser kontrolliert, aber auch die Bilateralen gestärkt und modernisiert werden. Das Ja sei nicht als Nein zum bilateralen Weg zu deuten, so das Papier. Bedingung für erneuerte Beziehungen sei aber, dass die Stimmbevölkerung das letzte Wort bei der Übernahme von EU-Recht haben müsse. In einem Interview mit der «Schweiz am Wochenende» gab Parteipräsident Philipp Müller (fdp, AG) zu Protokoll, dass sich die FDP der «ultimativen Schlacht um die Rolle der EU» lustvoll stellen und sich dafür einsetzen werde, dass die bilateralen Verträge erhalten bleiben und weiterentwickelt werden. Umfragen schienen der Positionierung der FDP recht zu geben. Nicht mehr der SVP wurde viel Kompetenz in der EU-Politik zugeschrieben, sondern vermehrt dem Freisinn.

Rund ein Jahr nach seinem Amtsantritt als FDP-Präsident wurde Philipp Müller parteiintern ein gutes Zeugnis ausgestellt. Die zahlreichen Bedenken hinsichtlich seiner Ausbildung oder seiner harten Haltung in der Asylpolitik unmittelbar nach seiner Präsidentschaftswahl waren verstummt. Müller nahm sein grosses Ziel der „inneren Mobilisierung“ sehr ernst, war viel unterwegs und trat bei zahlreichen Ortssektionen auf. Er konnte sich zudem in verschiedenen Auftritten als Präsident Respekt verschaffen und seine Mediengewandtheit auch mit geschickt platzierten Provokationen unter Beweis stellen. Seine Ausbildung als Gipser kam ihm dabei gelegen, weil ihm seine Idee des „Volksfreisinns“ als authentisch abgenommen wurde. Mit einfachen, hemdsärmeligen Botschaften und Präsenz im öffentlichen Raum mache er die Partei wieder zu einem Produkt und halte sie so im Gespräch. Auch die Vorwürfe, dass die FDP lediglich Juniorpartner der SVP sei, waren seit Müllers Antritt seltener zu hören. Kritik kam allerdings von den FDP-Frauen, die von Müller mehr Engagement für Frauenanliegen und Ökologie verlangten. Diese beiden Themen hatte Müller eigentlich gleich nach seiner Wahl als prioritär angekündigt. Anstoss erregte auch die von Müller ab und an wenig zimperliche Verwendung von Kraftausdrücken in der Öffentlichkeit und gegenüber politischen Gegnern. Aufgrund der Wahlniederlagen wurde zudem kritisiert, dass der Aargauer zwar Publizität, aber keine Resultate bringe.

Einige Mühe bekundete die FDP bei der Parolenfassung zum Familienartikel. Bereits im Parlament zeigte sich die FDP-Fraktion in dieser Frage gespalten und die FDP-Frauen hatten bereits im Dezember 2012 ein Ja empfohlen. Dass die Nein-Parole dann schliesslich durch die Parteipräsidentenkonferenz und nicht an der Delegiertenversammlung gefasst wurde, führte zu einiger Kritik. Zudem liess der erst am 1. Februar 2013, also lediglich knapp einen Monat vor der Abstimmung gefasste Entscheid kaum mehr Zeit, sich in der Kampagne zu positionieren. Via Presse forderten einige FDP-ExponentInnen, dass alle Parolen in Zukunft von der Delegiertenversammlung gefasst werden müssen. In den FDP-Statuten ist allerdings vermerkt, dass die Präsidentenkonferenz – bestehend aus den Präsidenten der Kantonalparteien, dem FDP-Vorstand und den FDP-Bundesräten – beschliessen kann, ob eine Abstimmungsempfehlung selber getroffen oder den Delegierten vorgelegt wird. Das sei letztlich auch eine Frage der zeitlichen Machbarkeit, gab Präsident Müller zu Protokoll.

Nach sieben Amtsjahren gab Fulvio Pelli (TI) am 21. April die Präsidentschaft der FDP ab. Karin Keller-Sutter (SG) wäre als Nachfolgerin zuoberst auf der Wunschliste gestanden, da sie aus der Deutschschweiz stammt, ein nationales Profil und die nötige Konsenskompetenz aufweise, die es für dieses Amt brauche. Die St. Galler Ständerätin sagte jedoch ab, weil für sie das Präsidialamt nicht mit dem Ständeratsmandat vereinbar sei. Mit Ruedi Noser (ZH), Philipp Müller (AG), dem Vizepräsidenten Vincenzo Pedrazzini (SZ), Andrea Caroni (AR), Martin Schmid (GR), Christian Wasserfallen (BE) oder Pankraz Freitag (GL) wurden in der Presse einige mögliche Namen genannt, die Findungskommission klagte jedoch über eine eigentliche Kandidatenflaute und zahlreiche Absagen. Anfang März stellte die Kommission dann mit Pankraz Freitag (GL) und Philipp Müller (AG) zwei unterschiedlich profilierte Papabili vor, die sich an verschiedenen Hearings in den Kantonen präsentieren mussten. Dem medial besser bekannten und in Bern auch besser vernetzten Müller wurden in der Presse die besseren Chancen eingeräumt: Dem gelernten Gipser wurde eher zugetraut, aus der FDP wieder eine Volksbewegung zu machen als dem von Wirtschaftskreisen unterstützte Glarner Mathematiklehrer. Müller hatte sich allerdings in der Romandie aufgrund seiner dezidierten und harten Asylpolitik nicht viele Freunde geschaffen. Zu einer Kampfwahl kam es jedoch nicht, da sich Freitag Mitte März als Kandidat zurückzog. Müller wurde am 22. April schliesslich ohne Gegenstimme mit 330 zu 0 Stimmen gewählt. Pelli wurde an derselben Abgeordnetenversammlung in Bern für seine Leistungen für die FDP mit stehenden Ovationen geehrt. Zwar habe er den Wählerschwund nicht aufhalten können, es sei ihm aber gelungen, interne Grabenkämpfe zu lindern. Darüber hinaus dürfe die Fusion mit den Liberalen als Erfolg verbucht werden. Die künftigen Erfolge der FDP würden auch eine Ernte von Pellis Wirken sein. Müller startete mit einer eigentlichen Tour de Suisse in sein Präsidium. Nach einigen Wochen mussten auch seine Kritiker anerkennen, dass der Neue für viel Schwung und eine grössere Nähe zur Basis sorge.

Weil die Tessiner FDP eine Amtszeitbeschränkung von 16 Jahren für Volksvertreter kennt, hätte Fulvio Pelli (TI) eigentlich nicht mehr zu den Nationalratswahlen antreten dürfen. Die Statuten sehen allerdings Sonderbewilligungen vor, die dem Parteipräsidenten und Aushängeschild der Tessiner FDP vom Parteivorstand auch gewährt wurden. Pelli selber kündigte an, solange im Nationalrat zu bleiben, wie er Präsident sei. Er war aufgrund der gehäuften Niederlagen seiner Partei bei kantonalen Wahlen und der intransparenten Kommunikation in seiner Funktion als Verwaltungsratspräsident bei der Tessiner Kantonalbank auch in der Südschweiz nicht unumstritten. Seine äusserst knappe Wiederwahl in den Nationalrat – 54 Stimmen verhalfen ihm dazu – liess die Kritiker ebenfalls nicht verstummen. Pelli selber gab nach der Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen bekannt, im April 2012 sein Amt abzugeben. Dies habe er bereits vor zwei Jahren beschlossen. Als potentielle Nachfolgerinnen und Nachfolger wurden Karin Keller-Sutter (SG), Philipp Müller (AG), Christian Wasserfallen (BE), Ruedi Noser (ZH) und Andrea Caroni (AR) ins Spiel gebracht. Keller-Sutter kündigte früh an, dass für sie das Amt als Parteipräsidentin mit jenem als Ständerätin unvereinbar sei. Eine Findungskommission wurde im Dezember eingesetzt und als Wahltermin der 21. April 2012 festgelegt.

An der Delegiertenversammlung vom 28. Februar in Bern wurde die Fusion von FDP und LP rückwirkend auf den 1. Januar 2009 juristisch besiegelt. Hauptthema der Versammlung war das Bankgeheimnis. Die Delegierten verabschiedeten eine Resolution, in der am Bankkundengeheimnis festgehalten wird. Dieses sei wichtig für den Schutz der Privatsphäre und dürfe nicht aufgeweicht werden. Um mit dem Druck des Auslands auf das Bankgeheimnis umzugehen, forderte die FDP eine Ausweitung des mit der EU abgeschlossenen Zinsbesteuerungsabkommens auf weitere Staaten und auch auf andere Vermögenserträge. An der Unterscheidung zwischen Steuerbetrug und Steuerhinterziehung wird im Positionspapier festgehalten. Darüber war man sich innerhalb der FDP allerdings nicht einig: Einen Tag nach der Delegiertenversammlung forderte Nationalrat Philipp Müller (fdp, AG) in der Sonntagspresse, dass die Schweiz gegenüber dem Ausland die Unterscheidung zwischen Steuerhinterziehung und Steuerbetrug fallen lassen solle.