Nach der schon Ende 2013 gemachten Ankündigung von Christophe Darbellay (cvp, VS), per Ende Legislatur sowohl von seinem Amt als Nationalrat als auch als CVP-Präsident zurückzutreten, tat sich parteiintern lange Zeit nicht viel hinsichtlich Nachfolge für das CVP-Präsidium. Die Medien vermuteten Anfang 2015, dass Darbellay wohl noch ein Jahr anhängen werde, weil die Neubesetzung bisher so harzig verlaufen sei. Als dieser allerdings öffentlich verneinte, weil er sich ganz auf seine Kandidatur für die Walliser Kantonsregierung 2017 konzentrieren wolle, und innerhalb der CVP auf einen Plan für die Wachablösung gedrängt wurde, fing das Kandidatenkarussell dann doch langsam an zu drehen. Freilich sagten zuerst zahlreiche potenzielle Kandidierende ab: Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) und Martin Candinas (cvp, GR) gaben berufliche und familiäre Gründe an, die gegen eine Präsidentschaft sprächen, und auch Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) und Viola Amherd (cvp, VS) wollten sich nicht zur Verfügung stellen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse Pirmin Bischof (cvp, SO), Filippo Lombardi (cvp, TI) und Gerhard Pfister (cvp, ZG) gehandelt. Lange hielten sich aber auch diese drei bedeckt bezüglich der Frage, ob sie überhaupt Ambitionen auf das Amt hegten. Dies führte in den Medien zu zahlreichen Spekulationen. Pfister wolle eine Art Philipp Müller (fdp, AG) der CVP werden und diese auf eine härtere Rechtsposition führen, während Lombardi Ambitionen habe, einst Doris Leuthard zu beerben, kommentierte etwa die Aargauer Zeitung das lange Schweigen. Für beides dürfe man sich nicht zu früh in Stellung bringen. Die NZZ forderte hingegen «Ordnung für den Hühnerhaufen»: Der neue Präsident werde eine entscheidende Rolle bei der Neuausrichtung der Partei spielen, die momentan in ganz verschiedene Richtungen strebe.
Mitte Dezember 2015 gab die CVP dann bekannt, eine Findungskommission bestehend aus Konrad Graber (cvp, LU), Filippo Lombardi, Viola Amherd, Marco Romano (cvp, TI) sowie Christophe Darbellay einzusetzen, die bis im Frühling mögliche Kandidierende präsentieren wolle. Bis Mitte Februar 2016 konnten Bewerbungen eingereicht werden. Schon kurz vor dieser Ankündigung wurde durch eine Indiskretion bekannt, dass sich Gerhard Pfister zur Verfügung stellen wollte. Er habe seine Kandidatur eigentlich erst im Januar 2016 ankündigen wollen, so Pfister. In den Medien wurde der Zuger als konservativer Politiker beschrieben, der am rechten Rand der Partei politisiere. Dies käme vor allem der SVP zupass, urteilte etwa der Tages-Anzeiger. Neben Pfister meldete niemand weiteres Ambitionen an und Mitte Februar verkündete die Findungskommission, dass sich insgesamt 13 Personen für das CVP-Präsidium beworben hätten, darunter «eine für das Amt des Präsidenten».
Ohne Konkurrenz wurde Gerhard Pfister schliesslich an der Delegiertenversammlung Ende April 2016 in Winterthur mit 340 von 376 Stimmen zum neuen Parteipräsidenten gekürt. Der ehemalige Zuger Kantonsrat (1998-2003) und seit 2003 im Nationalrat sitzende Pfister versprach, alles zu tun, was der CVP Erfolg bringe. Der nach 10-jähriger Amtszeit scheidende Präsident Christophe Darbellay wurde mit Applaus verabschiedet, der lauf Sonntags-Blick «eine Minute und 14 Sekunden» dauerte.
Ins erweiterte Präsidium wurden zudem Yannick Buttet (cvp, VS) und Ida Glanzmann-Hunkeler (cvp, LU) als Vizepräsident und Vizepräsidentin sowie die weiteren nationalen Parlamentsmitglieder Pirmin Bischof, Martin Candinas, Stefan Müller-Altermatt, Elisabeth Schneider-Schneiter und Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) und kantonalen Vertretungen Marianne Binder-Keller (AG, cvp) und Tino Schneider (GR, cvp) gewählt. Als Fraktionspräsident gehörte auch Filippo Lombardi von Amtes wegen dem Präsidium an.

Rund drei Monate vor den eidgenössischen Wahlen 2015 gründete die CVP ihr Netzwerk „CVP International”. Ziel sei eine Vernetzung der Auslandschweizerinnen und Auslandschweizer. Mit dem von Filippo Lombardi, Patricia Mattle, Raymond Loretan und Daniel Wyss co-präsidierten Gremium soll ein Sprachrohr für die Anliegen der fünften Schweiz geschaffen werden. Das Gremium wolle sich für die Rechte der Schweizerinnen und Schweizer im Ausland einsetzen und sich für E-Voting stark machen. In der Pressemitteilung Ende Juli wurde zudem darauf hingewiesen, dass die CVP für die Wahlen 2015 keine Auslandschweizerliste vorsehe, sondern dass Kandidierende aus dem Ausland in die kantonalen Listen integriert würden.

An der Delegiertenversammlung Ende April 2015 kam es zu einer Änderung im Parteipräsidium der CVP. Anstelle der Vertreterin der Jungen CVP, Patricia Mattle (SG), wurde die Aargauer Grossrätin Marianne Binder-Keller ins Präsidium gewählt.

Ende April wurde Christoph Darbellay als CVP-Präsident bestätigt. An der Delegiertenversammlung in Colombier erhielt er als einziger Kandidat 166 von 175 Stimmen. Allerdings kündigte Darbellay an, im Verlaufe der Legislatur zurücktreten zu wollen. Mit ein Grund dafür dürfte die Amtszeitbeschränkung sein, die die CVP Wallis kennt. Darbellay dürfte entsprechend 2015 nicht mehr als Nationalrat kandidieren. Seine frühe Rücktrittsankündigung solle der Partei die Suche nach einem Nachfolger erleichtern, so Darbellay. Als mögliche Nachfolger wurden in der Presse der Zuger Nationalrat Gerhard Pfister oder der Solothurner Ständerat Pirmin Bischof gehandelt. In Colombier ebenfalls bestätigt wurden die Vizepräsidenten Dominique de Buman (FR) und Ida Glanzmann-Hunkeler (LU). Neu ins elfköpfige Präsidium wurden Martin Candidas (GR) und Filippo Lombardi (TI) gewählt. An der Delegiertenversammlung Ende August in Basel präzisierte Darbellay das Datum seines Rücktritts. Er werde nicht im Verlauf der Legislatur zurücktreten, sondern bis 2015 Parteipräsident bleiben.

Parteiintern umstritten war die Position der CVP zur Waffenschutzinitiative. Hatte sich der Vorstand der CVP-Frauen noch im Dezember 2010 für eine Annahme ausgesprochen, beschloss der Parteivorstand, dem auch die frühere Präsidentin der CVP-Frauen Ida Glanzmann angehörte, dann jedoch die Nein-Parole. An ihrer Versammlung vom 22. Januar folgten die Delegierten knapp mit 149 zu 110 Stimmen dem Vorstand. In der Folge sprachen sich neben den CVP-Frauen auch einige Kantonalsektionen für das Begehren aus: Die CVP der Kantone Zürich , Bern, Basel-Stadt, Appenzell Ausserrhoden und Waadt empfahlen alle die Initiative zur Annahme. In anderen Kantonen kam es teilweise zu sehr knappen Nein-Empfehlungen.

Nach acht Jahren im Amt trat die Präsidentin der CVP-Frauen, Ida Glanzmann-Hunkeler (LU), zurück. Für ihre Nachfolge kandidierten Esther Egger-Wyss (AG) und Babette Sigg Frank (ZH). Sigg Frank, bisher Präsidentin der Zürcher CVP-Frauen, konnte sich bei der Wahl durchsetzen.

An ihrer Delegiertenversammlung am 26. April in Belp (BE) diskutierte die CVP kontrovers über den Gesundheitsartikel. Die CVP-Delegierten beschlossen die Nein-Parole mit 165 zu 63 Stimmen, dies trotz des Einsatzes für die Vorlage durch Krankenkassenlobbyisten innerhalb der Partei, wie der für Santésuisse tätigen Nationalrätin Ruth Humbel (AG). Vor allem die Delegierten aus der Romandie lehnten den Gesundheitsartikel fast geschlossen ab. Aber auch alle amtierenden CVP-Gesundheitsdirektoren waren dagegen. Das Hauptargument gegen den Gesundheitsartikel war, dass man den Krankenkassen nicht Steuergelder überlassen sollte, ohne dass diese einer demokratischen Kontrolle unterstehen würden. Zur SVP-Einbürgerungsinitiative beschlossen die Delegierten mit 272 zu 13 Stimmen die Nein-Parole. Die CVP besetzte zudem ihr erweitertes Präsidium mit 11 Mitgliedern (darunter der Fraktionspräsident Urs Schwaller als Mitglied von Amtes wegen). Parteipräsident Darbellay wurde bestätigt, ebenso die bisherigen Präsidiumsmitglieder Dominique de Buman (FR), Ida Glanzmann (LU), Lucrezia Meier-Schatz (SG), Luigi Pedrazzini (TI) und Heidi Z’Graggen (UR). Glanzmann wurde als Nachfolgerin von Bruno Frick zudem neben de Buman zur Vizepräsidentin der CVP Schweiz gewählt. Zu neuen Präsidiumsmitgliedern wurden in einer Kampfwahl Pirmin Bischof (SO), Kathrin Amacker (BL), Barbara Schmid-Federer (ZH) und Patricia Mattle (SG) bestimmt, letztere als Vertreterin der Jungen CVP. Die ebenfalls kandidierenden Ruth Humbel (AG) und Gerhard Pfister (ZG) hatten das Nachsehen.

Anfangs September in Aadorf (TG) gaben die Delegierten mit 214:8 Stimmen bei 3 Enthaltungen klar die Ja-Parole für die Vereinheitlichung der Familienzulagen heraus. Ohne Gegenstimme bei 2 Enthaltungen wurde ebenfalls die Ja-Parole zur Osthilfe beschlossen. Zuvor hatten Ständerat Philipp Stähelin die Bedeutung des Gesetzes hinsichtlich der guten Beziehungen zu Europa hervorgehoben und Doris Leuthard auf die Finanzierbarkeit der Vorlage hingewiesen.

Im September wählten die Christlichdemokraten Doris Leuthard zur Präsidentin; nachdem die Arbeit im Parteipräsidium durch die Schaffung von Ressorts besser aufgeteilt worden war, damit sie ihren Beruf als Anwältin weiter ausüben kann, hatte sich die Aargauer Nationalrätin im Juni bereit erklärt, die Parteileitung definitiv zu übernehmen. Im künftigen siebenköpfigen CVP-Präsidium stehen ihr der Schwyzer Ständerat Bruno Frick und der Freiburger Nationalrat Dominique de Buman als Vizepräsidenten, sowie, von Amtes wegen, Jean-Michel Cina (VS) als Fraktionschef zur Seite. Der Parteitag bestätigte zudem die Präsidiumssitze von CVP-Frauen-Präsidentin Ida Glanzmann (LU) und von Lucrezia Meier-Schatz (SG). Neu wurde der Tessiner Regierungsrat Luigi Pedrazzini ins Leitungsgremium aufgenommen.

Mitte Januar gaben sowohl die als Kronfavoritin für die Parteileitung gehandelte Vizepräsidentin Doris Leuthard (AG) als auch Bruno Frick (SZ) ihren Verzicht auf eine Kandidatur bekannt. Da die Suche nach einem geeigneten Nachfolger für Stähelin erfolglos blieb, entschied das Parteipräsidium, die Ersatzwahlen auf den Sommer zu verschieben. Doris Leuthard erklärte sich bereit, interimistisch die Parteigeschäfte zu übernehmen.

An der ersten Delegiertenversammlung der CVP im neuen Jahr verteidigte der noch bis Februar amtierende Parteipräsident Philipp Stähelin das Vorgehen der Fraktion bei der Bundesratswahl. Die Unzufriedenheit über dieses von der Parteileitung nicht eigens traktandierte Thema war offensichtlich. Gemäss der früheren Luzerner Nationalrätin Judith Stamm sei nicht klar, wie das Wahlgeschäft wirklich verlaufen sei, es hätte Möglichkeiten für einen anderen Ausgang gegeben. Mit 159:79 Stimmen lehnten die Christlichdemokraten gegen das Votum von Bundesrat Joseph Deiss den Gegenvorschlag zur Avanti-Vorlage ab, beschlossen mit 174:24 Stimmen die Nein-Parole zur Verwahrungsinitiative und empfahlen mit 125:22 Stimmen die Mietrechtsrevision zur Annahme.

Obschon die CVP einen aufwändigen Wahlkampf betrieben hatte, musste sie 7 Nationalratsmandate abgeben; besonders hoch waren die Verluste in ihren traditionellen Stammlanden. Als erste Reaktion auf die Wahlniederlage stellte CVP-Präsident Philipp Stähelin sein Amt zur Verfügung; die Parteileitung sprach ihm jedoch das Vertrauen aus. Sie schloss den Rückzug eines ihrer Bundesratsmitglieder zugunsten von Christoph Blocher (svp, ZH), den SVP-Präsident Ueli Maurer am Wahlabend gefordert hatte, aus; für die Regierungsbildung stehe die Handlungsfähigkeit des künftigen Bundesrates im Vordergrund. Dieser Entscheid stiess parteiintern nicht auf einhellige Zustimmung; so erklärte der ehemalige CVP-Präsident, Ständerat Carlo Schmid (AI), man käme um einen Bundesrat Blocher nicht mehr herum. Ende Oktober entschied die CVP-Fraktion mit 33:5 Stimmen, mit beiden Bundesratsmitgliedern zur Wiederwahl anzutreten und der Vereinigten Bundesversammlung damit die Entscheidung über die künftige Regierungszusammensetzung zu überlassen. Gemäss Fraktionschef Jean-Michel Cina (VS) anerkenne die CVP den Anspruch der SVP auf einen zweiten Bundesratssitz. Ihrer Meinung nach solle die SVP jedoch den Sitz des zurücktretenden FDP-Bundesrats Kaspar Villiger einnehmen; mit drei Sitzen im Bundesrat und mit der Bundeskanzlerin sei der gemäss Cina neu formierte Rechtsblock von SVP und FDP angemessen vertreten. Dieses Vorgehen stiess bei einigen CVP-Kantonalparteien wie jener von Luzern auf Kritik, weil diese auf die Zusammenarbeit mit der FDP angewiesen sind. Am 10. Dezember bestätigte das Parlament nicht CVP-Bundesrätin Ruth Metzler, sondern wählte Christoph Blocher (svp, ZH) in die Regierung. Die Parteileitung der CVP wies jegliche Mitschuld an der Abwahl ihres Regierungsmitglieds von sich und erklärte, die CVP wolle ihr Glück in einer „Politik der radikalen Mitte“ suchen und sich programmatisch erneuern. Die Fraktion werde Ende Januar 2004 in Klausur gehen und im Frühling einen „Grundsatzparteitag“ durchführen.

Einen Tag nach der Bundesratswahl gab Philipp Stähelin seinen Rücktritt als Parteipräsident nach nur zweieinhalb Jahren Amtsdauer bekannt. Mit seinem Rücktritt zu Beginn einer neuen Legislatur wolle er der neuen Parteiführung ermöglichen, die eidgenössischen Wahlen 2007 in aller Ruhe vorzubereiten. Das neue Präsidium solle an einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung Anfang 2004 gewählt werden. Der neue Präsident müsse laut Stähelin ein Mitglied des Parlaments sein, da eine enge Verbindung zur nationalen Politik wichtig sei, und von der Fraktion getragen werden. Er würde sich besonders freuen, wenn eine Frau seine Nachfolge anträte. Als Favoriten gehandelt wurden Vizepräsidentin Doris Leuthard (AG), Ständerat Bruno Frick (SZ), Nationalrätin Lucrezia Meier-Schatz (SG), Nationalrätin Thérèse Meyer (FR) und Fraktionschef Jean-Michel Cina (VS). Die Junge CVP forderte den Ausschluss von Ständerat Carlo Schmid (AI) aus Partei und Fraktion. Falls noch andere Fraktionsmitglieder bei den Bundesratswahlen für Christoph Blocher statt Ruth Metzler gestimmt hätten, solle auch gegen diese ein Parteiausschlussverfahren eingeleitet werden.

Drei Wochen vor den Wahlen sprach sich Parteipräsident Philipp Stähelin an einem ausserordentlichen CVP-Parteitag in Basel mit Nachdruck für starke Mitteparteien und die Beibehaltung der Konkordanz aus und rechtfertigte damit den zweiten Bundesratssitz der CVP. Die beiden CVP-Bundesratsmitglieder skizzierten die aus ihrer Sicht wichtigsten Herausforderungen der kommenden Legislatur: Rentenalter, Konsolidierung der bilateralen Beziehungen mit der EU, Prioritätensetzung bei den staatlichen Ausgaben, mehr Wettbewerb und Marktöffnung sowie echte Familienpolitik, das heisst steuerliche Entlastung der Familien. Die CVP wolle am Rentenalter 65 festhalten; um die Renten zu finanzieren, sollten die Kinder früher eingeschult werden und junge Erwachsene somit früher die Berufstätigkeit aufnehmen. Praktisch diskussionslos hiessen die Delegierten schliesslich einen 34 Punkte umfassenden „Wahlvertrag der CVP mit dem Schweizervolk“ gut.

An ihrer Delegiertenversammlung in Genf präsentierte sich die CVP als Partei der Familien: Einstimmig und ohne Enthaltung hiess sie einen bezahlten Urlaub für erwerbstätige Mütter gut, obwohl das Parlament die Vorlage zur Mutterschaftsversicherung noch nicht zu Ende beraten hatte; die Stellungnahme war als Antwort auf die Referendumsdrohung der SVP gedacht. Im Hinblick auf die eidgenössischen Wahlen vom Herbst warb Parteipräsident Philipp Stähelin in seiner Rede „Nachwuchs fördern heisst Renten sichern“ dafür, der Familienpolitik einen neuen Stellenwert einzuräumen.

Die für die Nachfolge zuständige Arbeitsgruppe unter der Leitung von Nationalrat Peter Hess nominierte den Thurgauer Ständerat Philipp Stähelin als neuen Präsidenten und schlug die St. Galler Nationalrätin Lucrezia Meier-Schatz, den Tessiner Ständerat Filippo Lombardi und die Präsidentin der CVP Frauen und Nachfolgerin von Brigitte Hauser, Ida Glanzmann, als Mitglieder des CVP-Präsidiums vor. Der Walliser Nationalrat Jean-Michel Cina sollte im Hinblick auf die Erneuerungswahlen 2003 die Verantwortung für die Strategie- und Programmarbeit der Partei übernehmen. Mitte Mai bestätigten die CVP-Delegierten in Wil die neue Leitung und beriefen die Aargauer Nationalrätin Doris Leuthard anstelle von Rosmarie Zapfl ins Vizepräsidium. Damit wurden alle ursprünglich als Favoriten für die Nachfolge Durrers gehandelten Personen in die neue Parteileitung eingebunden.

Ende Februar gründeten wertkonservative CVP-Parlamentarier um Nationalrat Hans Werner Widrig (SG) und Ständerat Philipp Stähelin (TG) eine neue parlamentarische Untergruppe „Werte und Gesellschaft“, um den Mitte-Links-Kurs der Mehrheit der Fraktion zu korrigieren und um der SVP in den CVP-Stammlanden entgegenzutreten.