An der Delegiertenversammlung Mitte April 2016 in Bern wählte die FDP ein neues Präsidium. Philip Müller (fdp, AG), 2015 in den Ständerat gewählt, trat etwas überraschend als Präsident zurück, weil er sich ganz auf die Kantonsvertretung konzentrieren wolle. Er hatte das Amt 2012 von Fulvio Pelli (fdp, TI) als zuerst «belächelter Nichtakademiker» (NZZ) übernommen und wurde in Bern für seinen «unermüdlichen Einsatz» gefeiert, der als mitursächlich für die «Positivspirale» und die jüngsten eidgenössischen Wahlerfolge betrachtet wurde. Seine «direkte, bodenständige und ehrliche Art» habe geholfen, neue Wählerinnen und Wähler zu gewinnen, war der Medienmitteilung der Partei zu entnehmen.
Zur Nachfolgerin Müllers wurde Petra Gössi (fdp, SZ) gekürt – als einzige sich zur Verfügung stellende Kandidatin einstimmig und ohne Enthaltungen. Die 40-jährige ehemalige Schwyzer Kantonalparteipräsidentin war 2011 in den Nationalrat gewählt worden und hatte den Sitz 2015 erfolgreich verteidigt. In den Medien wurde der dritten Frau an der Spitze des Freisinns (nach Christiane Langenberger und Marianne Kleiner) wenig Kredit eingeräumt. Es werde für die als «trocken» geltende und in Bern noch nicht sehr bekannte Wirtschaftsberaterin nicht leicht werden, die FDP in ihrer momentanen Bestform zu halten, argwöhnte etwa der Sonntagsblick. Darüber hinaus könne sie sich im Gegensatz zu Müller kaum glaubhaft von der Finanzwirtschaft distanzieren. In einigen Medien wurde eine von ihr beratene Firma mit den Panama Papers in Verbindung gebracht. Le Temps prognostizierte einen «changement de génération, mais aussi du style».
Neben Gössi wurden neu Andrea Caroni (fdp, AR), Philippe Nantermod (fdp, VS) und Christian Vitta (Ti, fdp) ins Vize-Präsidium gewählt. Christian Wasserfallen (fdp, BE), von vielen Medien als Nachfolger für Müller gehandelt, und Christian Lüscher (fdp, VD) wurden im Vizepräsidialamt bestätigt. Gössi bezeichnete die fünf im Schnitt 40 Jahre alten Vizepräsidenten als ihre «Boygroup». Aus dem Präsidium zurückgetreten waren neben Müller auch Vincenzo Pedrazzini (SZ, fdp), Carlo Speziali (TI, fdp) und Isabelle Moret (fdp, VD). Nach ihrer Wahl zur neuen FDP-Präsidentin trat Gössi aus dem Vorstand des Gewerbeverbands und des Hauseigentümerverbands zurück.

Am 30. März wurde der Parteipräsident der FDP, Philipp Müller (AG), an der Delegiertenversammlung in Schaffhausen einstimmig und mit stehenden Ovationen in seinem Amt bestätigt. Müller wurde auch in der Presse ein gutes Zeugnis ausgestellt. Seine direkte Art habe zur Popularisierung der Partei beigetragen. Die Linie der Partei sei deutlicher geworden und die Mitglieder aktiver. Das Klischee des „pseudo-UDC“, das ihm einige Liberale aus der Romandie vor seiner Wahl ins Präsidium 2012 angehängt hatten, habe sich nicht bestätigt. Im Gegenteil: Müller entpuppe sich als echter Liberaler. Seine Kollegen im Nationalrat attestierten ihm hohes Engagement. Allerdings eckte Müller mit seiner jovialen und teilweise ins vulgäre abdriftenden Art auch ab und zu an. Zudem gab es nach wie vor Stimmen, die Müller im Vergleich zu seinem Vorgänger, Fulvio Pelli (TI) nicht als nationalen Präsidenten, sondern als Deutschschweizer wahrnahmen. Dies war insbesondere deshalb ein Problem, weil die FDP in der Romandie stärker verankert ist. Im Schnitt unterstützen 20% der Romands die PLR, während die FDP in der Deutschschweiz durchschnittlich 13% Wählerstärke aufweist. Auch das Etikett des „Monsieur 18%“ blieb an ihm haften: Müller hatte vor 14 Jahren mit einer Initiative den Ausländeranteil auf 18% der Bevölkerung beschränken wollen. Vielleicht auch dank seinem Faible für Asylpolitik schaffte Müller aber den Spagat zwischen Wirtschaftspartei und Volksnähe – dies schienen zumindest Umfragen Ende März zu bestätigen. An der Delegiertenversammlung ebenfalls bestätigt wurde das bisherige Vizepräsidium, bestehend aus Christian Lüscher (GE), Isabelle Moret (VD), Carla Speziali (TI) und Christian Wasserfallen (BE). Als Wahlkampfleiter wurde Vincenzo Pedrazzini (SZ) bestimmt.

Nach sieben Amtsjahren gab Fulvio Pelli (TI) am 21. April die Präsidentschaft der FDP ab. Karin Keller-Sutter (SG) wäre als Nachfolgerin zuoberst auf der Wunschliste gestanden, da sie aus der Deutschschweiz stammt, ein nationales Profil und die nötige Konsenskompetenz aufweise, die es für dieses Amt brauche. Die St. Galler Ständerätin sagte jedoch ab, weil für sie das Präsidialamt nicht mit dem Ständeratsmandat vereinbar sei. Mit Ruedi Noser (ZH), Philipp Müller (AG), dem Vizepräsidenten Vincenzo Pedrazzini (SZ), Andrea Caroni (AR), Martin Schmid (GR), Christian Wasserfallen (BE) oder Pankraz Freitag (GL) wurden in der Presse einige mögliche Namen genannt, die Findungskommission klagte jedoch über eine eigentliche Kandidatenflaute und zahlreiche Absagen. Anfang März stellte die Kommission dann mit Pankraz Freitag (GL) und Philipp Müller (AG) zwei unterschiedlich profilierte Papabili vor, die sich an verschiedenen Hearings in den Kantonen präsentieren mussten. Dem medial besser bekannten und in Bern auch besser vernetzten Müller wurden in der Presse die besseren Chancen eingeräumt: Dem gelernten Gipser wurde eher zugetraut, aus der FDP wieder eine Volksbewegung zu machen als dem von Wirtschaftskreisen unterstützte Glarner Mathematiklehrer. Müller hatte sich allerdings in der Romandie aufgrund seiner dezidierten und harten Asylpolitik nicht viele Freunde geschaffen. Zu einer Kampfwahl kam es jedoch nicht, da sich Freitag Mitte März als Kandidat zurückzog. Müller wurde am 22. April schliesslich ohne Gegenstimme mit 330 zu 0 Stimmen gewählt. Pelli wurde an derselben Abgeordnetenversammlung in Bern für seine Leistungen für die FDP mit stehenden Ovationen geehrt. Zwar habe er den Wählerschwund nicht aufhalten können, es sei ihm aber gelungen, interne Grabenkämpfe zu lindern. Darüber hinaus dürfe die Fusion mit den Liberalen als Erfolg verbucht werden. Die künftigen Erfolge der FDP würden auch eine Ernte von Pellis Wirken sein. Müller startete mit einer eigentlichen Tour de Suisse in sein Präsidium. Nach einigen Wochen mussten auch seine Kritiker anerkennen, dass der Neue für viel Schwung und eine grössere Nähe zur Basis sorge.

Für die fünf Sitze des Vizepräsidiums bewarben sich sechs Kandidierende. Um eine bessere regionale Vertretung zu erhalten, hatte die FDP das Vizepräsidium von vier auf fünf Sitze erweitert. Gewählt wurden Christian Lüscher (GE), Christian Wasserfallen (BE), Isabelle Moret (VD), Vincenzo Pedrazzini (SZ) und Carla Speziali (TI). Über die Klinge springen musste Carmen Walker-Späh (ZH).

Ambitioniertes Ziel der FDP bei den Nationalratswahlen war ein Wähleranteil von 20%. Dieses sollte mit der Diskussion über sichere Arbeitsplätze, sichere Renten und mehr Freiraum für die Bürgerschaft erreicht werden. Die Freisinnigen wollten dabei insbesondere auf Kosten der Polparteien zulegen, bei denen sie Verluste erwarteten und denen sie vorwarfen, das Erfolgsmodell Schweiz zu gefährden. Die Abgrenzung insbesondere gegenüber der SVP manifestierte sich auch in der fehlenden Bereitschaft der Partei, Listenverbindungen einzugehen: Lediglich im Kanton Waadt kam es zu einer Listenverbindung des Freisinns mit der SVP. Bei den Wahlen 2007 hatte es solche noch in neun Kantonen gegeben. Das offizielle Wahlkampfbudget wurde auf 2,6 Mio. CHF beziffert, wobei die Kandidierenden zusätzlich grosse eigene Beiträge für ihren Wahlkampf einsetzten. Die Wahlkampfleitung wurde Vincenzo Pedrazzini (SZ) übertragen. Ziel war ein schweizweit einheitlicher Wahlkampf. Parteipräsident Fulvio Pelli (TI) versuchte mit zahlreichen Aktionen schon früh den Wahlkampf anzukurbeln.

Nach dem Zusammenschluss mit der Liberalen Partei wurde in der FDP das Parteipräsidium neu zusammengesetzt. Neben Parteipräsident Fulvio Pelli und den bisherigen Vizepräsidenten Isabelle Moret und Ruedi Noser wurden Vincenzo Pedrazzini und Pierre Weiss (der ehemalige Präsident der Liberalen) ins Parteipräsidium gewählt. Die FDP-Geschäftsleitung, ein 28-köpfiges Gremium, wurde abgeschafft und durch eine Präsidenten-Konferenz (bestehend aus den Kantonalpräsidenten, dem Parteivorstand, den FDP-Bundesräten und dem Chef der internationalen FDP) ersetzt. Mit diesem Gremium sollen die Kantonalparteien besser eingebunden werden.