Auch im Referendum gegen die Erhöhung der Abgaben für die Autobahnvignette mischte die SVP mit. Aushängeschilder des erfolgreichen Referendumskomitees, das innert kürzester Zeit mehr als doppelt so viele Unterschriften wie nötig gesammelt hatte, waren die SVP-Nationalratsmitglieder Nadja Pieren (BE) und Walter Wobmann (SO) sowie Claude-Alain Voiblet, Grossrat des Kantons Waadt. Einen Grossteil der Administrationsarbeit leistete bei der Sammlung allerdings eine Gruppierung mit den Namen „Alpenparlament“. Die Organisation aus dem Berner Oberland wird von zwei ehemaligen Schweizer Demokraten geführt. Das Alpenparlament tritt im Internet mit Verschwörungstheorien auf und vertreibt „Therapiegeräte“, mit denen sich HIV oder Malaria heilen lasse. Nadja Pieren gab zu Protokoll, dass das Alpenparlament bei der SVP angefragt und dann die Administration für die Unterschriftensammlung übernommen habe; was die Gruppierung daneben machen würde, sei aber Privatsache.

Vor den Präsidentschaftswahlen im April wurde spekuliert, dass Christoph Blocher (ZH) seinen Rücktritt aus der Parteileitung geben würde. Blochers Strategie bei den nationalen Wahlen im Herbst 2011 und bei den Bundesratswahlen war auf parteiinterne Kritik gestossen. Diesen Spekulationen machte der ex-Bundesrat Mitte Februar ein Ende, indem er seine erneute Kandidatur ankündigte. Die Kritik verstummte hingegen nicht. Blocher sei vom Vorbild zur Hypothek für die Partei geworden; die Affäre Hildebrand schade der Partei. Seine Arbeit als Strategiechef hätte sich nicht ausbezahlt. Die Parteileitung schloss einen Rücktritt Blochers kategorisch aus, nominierte ihn wieder und wies darauf hin, dass die Kritik insbesondere in der Presse, nicht aber innerhalb der Partei laut sei. Parteipräsident Brunner (SG) habe den Übervater der SVP persönlich zu einer weiteren Amtszeit als Vizepräsident überreden müssen. Ebenfalls wieder antreten wollten Walter Frey (ZH) und Nadia Pieren (BE). Yvan Perrin (NE) trat hingegen aus dem Vizepräsidium zurück und für den im Januar zum Fraktionspräsidenten gewählten Adrian Amstutz (BE) musste ein Ersatz gefunden werden. Für den verwaisten Sitz der Vertretung der französischsprachigen Sektionen kündigten Oskar Freysinger (VS) und Grossrat Claude-Alain Voiblet (VD), der bei den Regierungswahlen im Kanton Waadt gescheitert war, ihr Interesse an. Eine Kandidatur reichten zudem die Schwyzer Kantonalpräsidentin und designierte Präsidentin der SVP-Frauen Judith Übersax und Nationalrat Luzi Stamm (AG) ein. Die Parteileitung regte vor den Wahlen am 5. Mai in Klingnau an, die Leitung von fünf auf sieben Personen zu vergrössern, damit unter anderem auch die französischsprachige Schweiz sowie die Frauen besser vertreten seien. Das Ressortsystem – unter anderem also auch die Funktion des Strategiechefs – solle hingegen wieder abgeschafft werden. Die Zeichen bei den Vorstandswahlen standen schliesslich auf Kontinuität: Präsident Toni Brunner wurde ohne Gegenstimme und das neue siebenköpfige Vizepräsidium (Blocher, Frey, Freysinger, Pieren, Stamm, Übersax, Voiblet) in globo und unter stehenden Ovationen mit 414 zu 6 Stimmen bestätigt bzw. gewählt. Kritik wurde an der Versammlung kaum laut. Im Gegenteil: Brunner, Blocher und die Partei wurden in mehreren emotionalen Voten von Abgeordneten gelobt. Gescholten wurden hingegen die Medien, die ein einseitiges und negatives Bild der SVP vermittelten.

Entgegen der Empfehlung des Zentralvorstands wählten die Delegierten an der Versammlung im Mai in Näfels die Berner Grossrätin Nadja Pierren als Nachfolgerin von Jasmin Hutter zur neuen Vizepräsidentin. Die von der Jungen SVP vorgeschlagene Pieren schlug die Nidwalder Landrätin Michèle Blöchliger knapp.