Die Wahl von Beat Walti (fdp, ZH) zum neuen Fraktionschef der FDP galt als Formsache, trat der seit 2014 im Nationalrat sitzende Kantonalzürcher Parteipräsident doch ohne Gegenkandidierende zur Wahl. Zwar wurde in den Medien zuerst vermutet, dass auch Christian Wasserfallen (fdp, BE) die Fraktion präsidieren wollte, dieser zog sich freilich früh mit dem Argument mangelnder Zeit zurück. Da Walti seit der Wahl des vorherigen Fraktionschefs Ignazio Cassis in den Bundesrat die FDP-Gruppe als Vize-Präsident ad interim geleitet und «keine Anlaufschwierigkeiten» gehabt hatte, wie Ständerat und Ex-FDP-Präsident Philipp Müller (fdp, AG) in den Medien betonte, wurde nicht mit Überraschungen gerechnet. In der Tat war nach der fraktionsinternen Wahl in den Medien zu lesen, dass der Zürcher einstimmig gewählt worden sei.

An der Delegiertenversammlung Mitte April 2016 in Bern wählte die FDP ein neues Präsidium. Philip Müller (fdp, AG), 2015 in den Ständerat gewählt, trat etwas überraschend als Präsident zurück, weil er sich ganz auf die Kantonsvertretung konzentrieren wolle. Er hatte das Amt 2012 von Fulvio Pelli (fdp, TI) als zuerst «belächelter Nichtakademiker» (NZZ) übernommen und wurde in Bern für seinen «unermüdlichen Einsatz» gefeiert, der als mitursächlich für die «Positivspirale» und die jüngsten eidgenössischen Wahlerfolge betrachtet wurde. Seine «direkte, bodenständige und ehrliche Art» habe geholfen, neue Wählerinnen und Wähler zu gewinnen, war der Medienmitteilung der Partei zu entnehmen.
Zur Nachfolgerin Müllers wurde Petra Gössi (fdp, SZ) gekürt – als einzige sich zur Verfügung stellende Kandidatin einstimmig und ohne Enthaltungen. Die 40-jährige ehemalige Schwyzer Kantonalparteipräsidentin war 2011 in den Nationalrat gewählt worden und hatte den Sitz 2015 erfolgreich verteidigt. In den Medien wurde der dritten Frau an der Spitze des Freisinns (nach Christiane Langenberger und Marianne Kleiner) wenig Kredit eingeräumt. Es werde für die als «trocken» geltende und in Bern noch nicht sehr bekannte Wirtschaftsberaterin nicht leicht werden, die FDP in ihrer momentanen Bestform zu halten, argwöhnte etwa der Sonntagsblick. Darüber hinaus könne sie sich im Gegensatz zu Müller kaum glaubhaft von der Finanzwirtschaft distanzieren. In einigen Medien wurde eine von ihr beratene Firma mit den Panama Papers in Verbindung gebracht. Le Temps prognostizierte einen «changement de génération, mais aussi du style».
Neben Gössi wurden neu Andrea Caroni (fdp, AR), Philippe Nantermod (fdp, VS) und Christian Vitta (Ti, fdp) ins Vize-Präsidium gewählt. Christian Wasserfallen (fdp, BE), von vielen Medien als Nachfolger für Müller gehandelt, und Christian Lüscher (fdp, VD) wurden im Vizepräsidialamt bestätigt. Gössi bezeichnete die fünf im Schnitt 40 Jahre alten Vizepräsidenten als ihre «Boygroup». Aus dem Präsidium zurückgetreten waren neben Müller auch Vincenzo Pedrazzini (SZ, fdp), Carlo Speziali (TI, fdp) und Isabelle Moret (fdp, VD). Nach ihrer Wahl zur neuen FDP-Präsidentin trat Gössi aus dem Vorstand des Gewerbeverbands und des Hauseigentümerverbands zurück.

Nach dem Rücktritt von Gabi Huber (fdp, UR) aus Bundesbern, musste die FDP ein neues Fraktionspräsidium bestimmen. Zwei Kandidaten wollten in die Fussstapfen der Urnerin treten: Christian Wasserfallen (fdp, BE) und Ignazio Cassis (fdp, TI), beide seit 2007 für die FDP im Nationalrat. In den Medien wurde auch eine mögliche Kandidatur von Beat Walti (fdp, ZH) diskutiert, der seit 2014 im Nationalrat sass. Nach den für die FDP erfolgreichen eidgenössischen Wahlen 2015 und kurz vor den anstehenden Gesamterneuerungswahlen des Bundesrats musste der Nachfolger der in der Presse als «eiserne Lady» bezeichneten Huber gefunden werden. Die Deutschschweizer Medien sahen Beat Walti als Favoriten, da ein Gespann aus Christian Wasserfallen und Parteipräsident Philipp Müller als zu rechts wahrgenommen werde und Ignazio Cassis zwar als Vertreter der lateinischen Schweiz punkten könne, aber als zu wenig stark gelte. Allerdings stellte sich Walti gar nicht zur Verfügung, da sich der zeitliche Anspruch des Amtes nicht mit seinem Beruf vereinbaren lasse. Die Wahl am 20. November fiel dann schliesslich auf Ignazio Cassis, der letztlich deutliche 38 von 54 Stimmen auf sich vereinen konnte. Die Medien waren sich einig, dass es für Cassis schwierig werden würde, Gabi Huber vergessen zu machen, die es geschafft habe, aus der losen FDP-Fraktion eine geschlossen auftretende liberale Kraft zu machen.

Am 30. März wurde der Parteipräsident der FDP, Philipp Müller (AG), an der Delegiertenversammlung in Schaffhausen einstimmig und mit stehenden Ovationen in seinem Amt bestätigt. Müller wurde auch in der Presse ein gutes Zeugnis ausgestellt. Seine direkte Art habe zur Popularisierung der Partei beigetragen. Die Linie der Partei sei deutlicher geworden und die Mitglieder aktiver. Das Klischee des „pseudo-UDC“, das ihm einige Liberale aus der Romandie vor seiner Wahl ins Präsidium 2012 angehängt hatten, habe sich nicht bestätigt. Im Gegenteil: Müller entpuppe sich als echter Liberaler. Seine Kollegen im Nationalrat attestierten ihm hohes Engagement. Allerdings eckte Müller mit seiner jovialen und teilweise ins vulgäre abdriftenden Art auch ab und zu an. Zudem gab es nach wie vor Stimmen, die Müller im Vergleich zu seinem Vorgänger, Fulvio Pelli (TI) nicht als nationalen Präsidenten, sondern als Deutschschweizer wahrnahmen. Dies war insbesondere deshalb ein Problem, weil die FDP in der Romandie stärker verankert ist. Im Schnitt unterstützen 20% der Romands die PLR, während die FDP in der Deutschschweiz durchschnittlich 13% Wählerstärke aufweist. Auch das Etikett des „Monsieur 18%“ blieb an ihm haften: Müller hatte vor 14 Jahren mit einer Initiative den Ausländeranteil auf 18% der Bevölkerung beschränken wollen. Vielleicht auch dank seinem Faible für Asylpolitik schaffte Müller aber den Spagat zwischen Wirtschaftspartei und Volksnähe – dies schienen zumindest Umfragen Ende März zu bestätigen. An der Delegiertenversammlung ebenfalls bestätigt wurde das bisherige Vizepräsidium, bestehend aus Christian Lüscher (GE), Isabelle Moret (VD), Carla Speziali (TI) und Christian Wasserfallen (BE). Als Wahlkampfleiter wurde Vincenzo Pedrazzini (SZ) bestimmt.

Mitte November kürte die Bundeshausfraktion die Kandidierenden für das zweite Vizepräsidium in beiden Parlamentskammern. 2016 wird die FDP den Vorsitz im Stände- und im Nationalrat innehaben. Die von einer Fraktion vorgeschlagenen Kandidierende werden im Normalfall gewählt und rücken vom zweiten Vize- zum ersten Vizepräsident bzw. vom ersten Vize- zum Präsidenten auf. Um das Amt im Nationalrat bewarben sich Christa Markwalder, Christian Wasserfallen und Andrea Caroni, während für die kleine Kammer einzig die Kandidatur von Raphaël Comte anstand. Das Ständeratsamt wäre eigentlich für den allerdings kurz zuvor verstorbenen Pankraz Freitag vorgesehen gewesen. Nominiert wurden schliesslich Markwalder und Comte.

Innerhalb der Partei sorgte die Familienpolitik für einigen Wirbel. Noch 2012 hatte die FDP mit einem Positionspapier für eine liberale Familienpolitik auf sich aufmerksam gemacht. Anfang Jahr hatte die Präsidentenkonferenz dann allerdings mit einem Nein zum Familienartikel einige FDP-Mitglieder und insbesondere die Frauensektion vor den Kopf gestossen. Die Differenzen innerhalb des Freisinns bezüglich seiner Familienpolitik kamen mit der SVP-Familieninitiative ein zweites Mal zu Tage. Mitte April sprach sich der Berner Nationalrat Christian Wasserfallen für eine Unterstützung des SVP-Begehrens aus. Es müsse ein Zeichen für die traditionelle Familie gesetzt werden. Die Partei fasste dann im Oktober allerdings eine überraschend deutliche Nein-Parole, was ihr prompt geharnischte Kritik seitens der SVP bescherte.

Nach sieben Amtsjahren gab Fulvio Pelli (TI) am 21. April die Präsidentschaft der FDP ab. Karin Keller-Sutter (SG) wäre als Nachfolgerin zuoberst auf der Wunschliste gestanden, da sie aus der Deutschschweiz stammt, ein nationales Profil und die nötige Konsenskompetenz aufweise, die es für dieses Amt brauche. Die St. Galler Ständerätin sagte jedoch ab, weil für sie das Präsidialamt nicht mit dem Ständeratsmandat vereinbar sei. Mit Ruedi Noser (ZH), Philipp Müller (AG), dem Vizepräsidenten Vincenzo Pedrazzini (SZ), Andrea Caroni (AR), Martin Schmid (GR), Christian Wasserfallen (BE) oder Pankraz Freitag (GL) wurden in der Presse einige mögliche Namen genannt, die Findungskommission klagte jedoch über eine eigentliche Kandidatenflaute und zahlreiche Absagen. Anfang März stellte die Kommission dann mit Pankraz Freitag (GL) und Philipp Müller (AG) zwei unterschiedlich profilierte Papabili vor, die sich an verschiedenen Hearings in den Kantonen präsentieren mussten. Dem medial besser bekannten und in Bern auch besser vernetzten Müller wurden in der Presse die besseren Chancen eingeräumt: Dem gelernten Gipser wurde eher zugetraut, aus der FDP wieder eine Volksbewegung zu machen als dem von Wirtschaftskreisen unterstützte Glarner Mathematiklehrer. Müller hatte sich allerdings in der Romandie aufgrund seiner dezidierten und harten Asylpolitik nicht viele Freunde geschaffen. Zu einer Kampfwahl kam es jedoch nicht, da sich Freitag Mitte März als Kandidat zurückzog. Müller wurde am 22. April schliesslich ohne Gegenstimme mit 330 zu 0 Stimmen gewählt. Pelli wurde an derselben Abgeordnetenversammlung in Bern für seine Leistungen für die FDP mit stehenden Ovationen geehrt. Zwar habe er den Wählerschwund nicht aufhalten können, es sei ihm aber gelungen, interne Grabenkämpfe zu lindern. Darüber hinaus dürfe die Fusion mit den Liberalen als Erfolg verbucht werden. Die künftigen Erfolge der FDP würden auch eine Ernte von Pellis Wirken sein. Müller startete mit einer eigentlichen Tour de Suisse in sein Präsidium. Nach einigen Wochen mussten auch seine Kritiker anerkennen, dass der Neue für viel Schwung und eine grössere Nähe zur Basis sorge.

Für die fünf Sitze des Vizepräsidiums bewarben sich sechs Kandidierende. Um eine bessere regionale Vertretung zu erhalten, hatte die FDP das Vizepräsidium von vier auf fünf Sitze erweitert. Gewählt wurden Christian Lüscher (GE), Christian Wasserfallen (BE), Isabelle Moret (VD), Vincenzo Pedrazzini (SZ) und Carla Speziali (TI). Über die Klinge springen musste Carmen Walker-Späh (ZH).

Weil die Tessiner FDP eine Amtszeitbeschränkung von 16 Jahren für Volksvertreter kennt, hätte Fulvio Pelli (TI) eigentlich nicht mehr zu den Nationalratswahlen antreten dürfen. Die Statuten sehen allerdings Sonderbewilligungen vor, die dem Parteipräsidenten und Aushängeschild der Tessiner FDP vom Parteivorstand auch gewährt wurden. Pelli selber kündigte an, solange im Nationalrat zu bleiben, wie er Präsident sei. Er war aufgrund der gehäuften Niederlagen seiner Partei bei kantonalen Wahlen und der intransparenten Kommunikation in seiner Funktion als Verwaltungsratspräsident bei der Tessiner Kantonalbank auch in der Südschweiz nicht unumstritten. Seine äusserst knappe Wiederwahl in den Nationalrat – 54 Stimmen verhalfen ihm dazu – liess die Kritiker ebenfalls nicht verstummen. Pelli selber gab nach der Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen bekannt, im April 2012 sein Amt abzugeben. Dies habe er bereits vor zwei Jahren beschlossen. Als potentielle Nachfolgerinnen und Nachfolger wurden Karin Keller-Sutter (SG), Philipp Müller (AG), Christian Wasserfallen (BE), Ruedi Noser (ZH) und Andrea Caroni (AR) ins Spiel gebracht. Keller-Sutter kündigte früh an, dass für sie das Amt als Parteipräsidentin mit jenem als Ständerätin unvereinbar sei. Eine Findungskommission wurde im Dezember eingesetzt und als Wahltermin der 21. April 2012 festgelegt.