Le Conseil des Etats a décidé de suivre le Conseil national s'agissant des traces dans les produits importés de pesticides interdits en Suisse. Le rapporteur de la majorité de la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats (CSEC-CE), Jakob Stark (udc, TG), a défendu un projet qui permettrait, d'une part, de protéger les consommatrices et consommateurs et, d'autre part, de mettre sur un pied d'égalité les producteurs suisses et étrangers. Pour la minorité et le Conseil fédéral, les normes en vigueur sont suffisamment strictes et ces contrôles relèvent de la compétence cantonale, comme expliqué par Andrea Gmür-Schönenberger (centre, LU) et Alain Berset. De plus, la Suisse est partie prenante du Codex Alimentarius de la FAO et de l'OMS qui fixe des normes internationales à cet égard. Prendre des décisions «entre quatre murs» – pour reprendre les mots du ministre de l'intérieur –irait à l'encontre des engagements de la Suisse.
La décision est finalement revenue à la présidente de la chambre des cantons, Brigitte Häberli-Koller (centre, TG), alors que 20 parlementaires ont voté pour et 20 contre la motion (2 abstentions). Le vote favorable de la présidente donne pour mandat au Conseil fédéral d'appliquer cette motion.