In der Herbstsession 2022 kam die Änderung des Embargogesetzes zur Differenzbereinigung in den Ständerat. Der Nationalrat hatte in der Sommersession 2022 auf Antrag der APK-NR einen Artikel eingefügt, durch den der Bundesrat ermächtigt werden sollte, unter Berücksichtigung der Positionen der wichtigsten Handelspartner eigenständig Zwangsmassnahmen gegen Personen oder Entitäten zu erlassen, die für schwere Verletzungen des humanitären Völkerrechts oder der Menschenrechte verantwortlich zeichneten. Eine Mehrheit der APK-SR beantragte dem Rat, diesen Artikel wieder zu streichen, eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) wollte diesen jedoch beibehalten. Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) erklärte der kleinen Kammer, dass sich die SiK-SR in ihrem Mitbericht an die APK-SR klar gegen die Möglichkeit autonomer Schweizer Sanktionen ausgesprochen habe, da dies einen drastischen Wandel in der Schweizer Sanktionspolitik bedeuten würde. Die SiK-SR erachtete die Ergänzung des Nationalrats auch in Bezug auf Rechtsstaatlichkeit und Neutralität als problematisch. Die APK-SR sei daher mit 10 zu 2 Stimmen (bei 1 Enthaltung) dem Antrag der sicherheitspolitischen Kommission gefolgt.
Carlo Sommaruga gestand im Namen der Kommissionsminderheit zwar ein, dass die Änderung, die der Nationalrat vorgenommen hatte, einen Paradigmenwechsel darstelle würde. Dieser führe jedoch zu mehr Kohärenz zwischen den Verfassungswerten der Schweiz zur Achtung der Völkerrechte und der Menschenrechte auf der einen Seite und der Aussenpolitik auf der anderen Seite. Mit dem UNO-Beitritt oder der kürzlich erfolgten Übernahme der EU-Sanktionen gegen Russland habe man in der Vergangenheit ebenso Paradigmenwechsel vollzogen, ohne dass sich diese negativ auf die Neutralität, die Aussen- oder die Handelspolitik ausgewirkt hätten. Sommaruga zeigte sich nicht einverstanden mit der Einschätzung der SiK-SR bezüglich möglicher Probleme in Bezug auf die Schweizer Neutralität. Denn einerseits beziehe sich der neue Artikel auf Personen und Entitäten, nicht auf Staaten, andererseits verhalte man sich angesichts von schweren Völkerrechtsverbrechen ohnehin nicht neutral. Daniel Jositsch (sp, ZH), der ebenfalls der Kommissionsminderheit angehörte, erklärte zudem, dass derartige Sanktionen durchaus rechtsstaatlich seien. Die betroffenen Personen hätten auf alle Fälle Beschwerdemöglichkeit, entweder bei einer Ombudstelle – wie von der parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH; Pa. Iv. 19.501) gefordert – oder im Rahmen des Verwaltungsrechts. Der im Rat anwesende Bundesrat Parmelin bat die kleine Kammer, der Mehrheit zu folgen und den Artikel zu streichen. Der Vorschlag des Nationalrats berge die Gefahr von Gegenmassnahmen, darüber hinaus wären eigenständige Sanktionen ohne multilaterale Koordinierung ineffizient. Ausserdem sei unklar, nach welchen objektiven Kriterien man die Sanktionen aussprechen würde. Der Ständerat folgte der Empfehlung der Kommissionsmehrheit und strich den fraglichen Artikel wieder aus dem Gesetzesentwurf. Damit schuf er eine neuerliche Differenz zum Nationalrat, womit die Differenzbereinigung noch in der gleichen Session in eine weitere Runde ging.
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