Da der Ständerat den vom Nationalrat geforderten Artikel zum Erlass autonomer Sanktionen abgelehnt hatte, musste sich der Nationalrat in der Herbstsession 2022 im Rahmen der Differenzbereinigung ein zweites Mal mit der Änderung des Embargogesetzes auseinandersetzen. Zur Debatte stand weiterhin ebenjener fragliche Artikel, mit dem der Bundesrat ermächtigt werden sollte, eigenständig Personen und Entitäten, die an schwerwiegenden Verletzungen des humanitären Völkerrechts oder der Menschenrechte beteiligt sind, zu sanktionieren. Eine knappe Mehrheit der APK-NR empfahl der grossen Kammer, dem Beschluss des Ständerats zuzustimmen, während eine Minderheit Molina (sp, ZH) weiterhin an besagtem Artikel festhalten wollte. Fabian Molina warf dem Ständerat vor, die Schweizer Neutralität mit Teilnahmslosigkeit und «völliger Indifferenz» gleichzustellen und forderte den Nationalrat dazu auf, die Diskussion über eigenständige, personenbezogene Sanktionen weiterzuführen.

Die Fraktionssprecherinnen und -sprecher der FDP-Liberalen, der Mitte und der SVP drückten alle ihre Sorge darüber aus, dass ein Ja zu eigenständigen Sanktionen eine grundlegende Veränderung der Schweizer Neutralität nach sich ziehen würde, ohne dass eine Vernehmlassung oder eine ausführliche Diskussion über die Neutralitätspolitik stattgefunden hätte. Mehrmals wurde von dieser Seite auch kritisiert, dass eigenständige Sanktionen wenig wirksam seien. Bundesrat Parmelin sprach sich ebenfalls gegen eigenständige Sanktionen der Schweiz aus, die nicht nur die Sanktionspolitik des Landes neu ausrichten würden, sondern das Land auch stark exponieren und dessen Neutralität bedrohen würden. Zudem verfügten die zuständigen Stellen des Bundes nicht über die nötigen Kapazitäten, um autonome Sanktionen umzusetzen, so Parmelin.
Dem hielten die SP, die Grünen und die Grünliberalen entgegen, dass die Schweiz eine gewisse Verantwortung bei schweren Verbrechen und Menschenrechtsverletzungen wahrnehmen müsse. Personen und Organisationen, die in schwerer Weise das Völkerrecht verletzen, sollten mittels einer eigenständigen, kohärenten und proaktiven Sanktionspolitik verfolgt werden. Der eigenständige Erlass von Sanktionen würde auch nicht bedeuten, dass die Schweiz mit diesen Sanktionen alleine auf weiter Flur dastehen würde. Man könne derartige Ausweitungen beispielsweise mit der EU vorbesprechen, so das Argument der Minderheit.

Mit 103 zu 83 Stimmen folgte der Nationalrat dem Antrag der Mehrheit und stimmte dem Beschluss des Ständerats zu. Hauptgrund für den Meinungswandel war das Umschwenken der Mitte-Fraktion, die bei der ersten Beratung der Revision noch die Idee eigenständiger Sanktionen unterstützt hatte. Fraktionssprecherin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) betonte jedoch, dass man den Bundesrat mit dem Nein nicht aus der Pflicht nehme, eine zeitgemässe Sanktionspolitik zu prüfen und verwies auf eine hängige Motion der APK-NR (Mo. 22.3395). Mit dem Einschwenken des Nationalrats auf die Linie des Ständerats sollte das Embargogesetz also bloss geringfügig angepasst werden. Die Schweiz kann weiterhin nur Sanktionen der UNO, der EU und der OSZE übernehmen. Ausgebaut werden sollte nur die Kompetenz des Bundesrats, bereits übernommene Zwangsmassnahmen teilweise oder vollständig auf weitere Staaten und Personen ausweiten zu können, sofern das Interesse des Landes dies erfordert.

In der Schlussabstimmung stimmte die kleine Kammer einstimmig für die Annahme der Revision. Ganz anders der Nationalrat, der den Entwurf mit 118 zu 70 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) ablehnte. Die SVP, die im Verlauf der Herbstsession immer wieder die Übernahme der EU-Sanktionen gegen Russland kritisiert und eine Rückkehr zur integralen Neutralität gefordert hatte, wich von ihrem tags zuvor getroffenen Entscheid ab und versenkte die Revision gemeinsam mit der SP und den Grünen.

In der Herbstsession 2022 kam die Änderung des Embargogesetzes zur Differenzbereinigung in den Ständerat. Der Nationalrat hatte in der Sommersession 2022 auf Antrag der APK-NR einen Artikel eingefügt, durch den der Bundesrat ermächtigt werden sollte, unter Berücksichtigung der Positionen der wichtigsten Handelspartner eigenständig Zwangsmassnahmen gegen Personen oder Entitäten zu erlassen, die für schwere Verletzungen des humanitären Völkerrechts oder der Menschenrechte verantwortlich zeichneten. Eine Mehrheit der APK-SR beantragte dem Rat, diesen Artikel wieder zu streichen, eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) wollte diesen jedoch beibehalten. Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) erklärte der kleinen Kammer, dass sich die SiK-SR in ihrem Mitbericht an die APK-SR klar gegen die Möglichkeit autonomer Schweizer Sanktionen ausgesprochen habe, da dies einen drastischen Wandel in der Schweizer Sanktionspolitik bedeuten würde. Die SiK-SR erachtete die Ergänzung des Nationalrats auch in Bezug auf Rechtsstaatlichkeit und Neutralität als problematisch. Die APK-SR sei daher mit 10 zu 2 Stimmen (bei 1 Enthaltung) dem Antrag der sicherheitspolitischen Kommission gefolgt.
Carlo Sommaruga gestand im Namen der Kommissionsminderheit zwar ein, dass die Änderung, die der Nationalrat vorgenommen hatte, einen Paradigmenwechsel darstelle würde. Dieser führe jedoch zu mehr Kohärenz zwischen den Verfassungswerten der Schweiz zur Achtung der Völkerrechte und der Menschenrechte auf der einen Seite und der Aussenpolitik auf der anderen Seite. Mit dem UNO-Beitritt oder der kürzlich erfolgten Übernahme der EU-Sanktionen gegen Russland habe man in der Vergangenheit ebenso Paradigmenwechsel vollzogen, ohne dass sich diese negativ auf die Neutralität, die Aussen- oder die Handelspolitik ausgewirkt hätten. Sommaruga zeigte sich nicht einverstanden mit der Einschätzung der SiK-SR bezüglich möglicher Probleme in Bezug auf die Schweizer Neutralität. Denn einerseits beziehe sich der neue Artikel auf Personen und Entitäten, nicht auf Staaten, andererseits verhalte man sich angesichts von schweren Völkerrechtsverbrechen ohnehin nicht neutral. Daniel Jositsch (sp, ZH), der ebenfalls der Kommissionsminderheit angehörte, erklärte zudem, dass derartige Sanktionen durchaus rechtsstaatlich seien. Die betroffenen Personen hätten auf alle Fälle Beschwerdemöglichkeit, entweder bei einer Ombudstelle – wie von der parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH; Pa. Iv. 19.501) gefordert – oder im Rahmen des Verwaltungsrechts. Der im Rat anwesende Bundesrat Parmelin bat die kleine Kammer, der Mehrheit zu folgen und den Artikel zu streichen. Der Vorschlag des Nationalrats berge die Gefahr von Gegenmassnahmen, darüber hinaus wären eigenständige Sanktionen ohne multilaterale Koordinierung ineffizient. Ausserdem sei unklar, nach welchen objektiven Kriterien man die Sanktionen aussprechen würde. Der Ständerat folgte der Empfehlung der Kommissionsmehrheit und strich den fraglichen Artikel wieder aus dem Gesetzesentwurf. Damit schuf er eine neuerliche Differenz zum Nationalrat, womit die Differenzbereinigung noch in der gleichen Session in eine weitere Runde ging.

Die APK-NR begann im Juni 2021 mit der Vorberatung der Änderung des Embargogesetzes. Der Bundesrat beantragte mit der Gesetzesänderung, das Verbot der Einfuhr von Feuerwaffen, Waffenbestandteilen und Munition sowie weiterer Güter für militärische Zwecke aus Russland und der Ukraine aufrechtzuerhalten. Darüber hinaus schlug er eine gesetzliche Grundlage vor, um in vergleichbaren Fällen nicht auf Basis der Bundesverfassung Entscheide fällen zu müssen. Die Kommission beschloss, sich mittels Anhörungen vertieft mit der Sanktionspolitik der Schweiz auseinanderzusetzen und die Beratung des Entwurfs auf einen späteren Zeitpunkt zu verschieben. In einer weiteren Sitzung im August 2021 entschied sie sich, die neusten Erwägungen der bundesrätlichen Koordinationsgruppe Sanktionspolitik abzuwarten, um den bundesrätlichen Entwurf dann gemeinsam mit der themenverwandten parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH; Pa.Iv. 19.501) zu behandeln. Erst im Mai 2022 stimmte die APK-NR der Revision des Embargogesetzes mit 19 zu 6 Stimmen zu. Eine Mehrheit sah darin die Möglichkeit einer kohärenten und ganzheitlichen Schweizer Sanktionspolitik, während eine Minderheit eine Verletzung des Neutralitätsgebots und eine Bedrohung für die Glaubwürdigkeit der Schweiz befürchtete.

In der Sommersession 2022 befasste sich der Nationalrat mit dem Geschäft, das für allerlei Diskussionen sorgte. APK-NR-Sprecher Gerhard Pfister (mitte, ZG) verwies auf die lange Vorberatung in der Kommission, die dem sich wandelnden Kontext geschuldet gewesen sei. Der Kriegsausbruch im Februar 2022 habe die Beratungsweise des Geschäfts verändert und neue Fragen hinsichtlich der Kompatibilität mit der Neutralität und einer eigenständigen Sicherheitspolitik aufgeworfen. In Abweichung zur Vorlage des Bundesrats und der Erweiterung, die der Ständerat geschaffen hatte, schlug die Kommission ihrem Rat daher einen weiteren Absatz vor. Durch diesen sollte der Bundesrat ermächtigt werden, eigenständig Sanktionen gegen Personen oder Entitäten erlassen zu können, die schwere Verletzungen des humanitären Völkerrechts, der Menschenrechte oder ähnliche Verbrechen angeordnet oder begangen haben. Der Bundesrat hatte ursprünglich nur vorgeschlagen, Sanktionen auch auf Staaten ausweiten zu können, die bisher nicht von den Zwangsmassnahmen betroffen gewesen sind, sofern die Interessen der Schweiz dies erforderten. Der Ständerat hatte diesen Geltungsradius in der Folge auf «Personen oder Entitäten» ausgeweitet, wovon die APK-NR mit ihrem neuen Absatz zum autonomen Sanktionserlass deutlich abwich und stattdessen das Anliegen der oben erwähnten parlamentarischen Initiative Molina (Pa.Iv. 19.501) aufnahm.
Zahlreiche Ratsmitglieder nutzten die Eintretensdebatte, um allgemeine Überlegungen zur Schweizer Neutralität anzustellen. Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) meinte, dass die Möglichkeit zu eigenständigen Sanktionen die Handlungsfähigkeit des Landes erhöhe, und sah darin keinen Widerspruch zur Neutralität. Die Schweiz könne als vernetztes Land nicht zuschauen, denn auch ein neutraler Staat müsse Partei ergreifen, wenn die Demokratie und ihre Grundwerte bedroht würden. Diesen Standpunkt vertrat auch Sibel Arslan (basta, BS) im Namen der Grünen. Die grüne Fraktion sähe «keine Missachtung des Neutralitätsgebotes», wenn es dem Bundesrat frei stehe, Sanktionen Dritter auf Akteure seiner Wahl auszuweiten. Stattdessen erlaube die Vorlage eine kohärente und ganzheitliche Sanktionspolitik unter «Wahrung einer Neutralität, die Unrechtmässigkeit nicht duldet». Und auch FDP-Fraktionssprecherin Petra Gössi (fdp, LU) plädierte für Eintreten, da das Neutralitätskonzept des Bundes von 1993 eine Sanktionsteilnahme erlaube. Sie forderte, dass die Schweiz als neutrales Land eine Interessenabwägung machen müsse, statt eine Maximepolitik zu betreiben. Kritisch gegenüber dem Bundesrat zeigte sich Nationalrat Molina, der den ursprünglichen Entwurf der Revision als «Minireförmli» bezeichnete, die der gegenwärtigen Lage nicht gerecht werde. Tiana Angelina Moser (glp, ZH) vertrat die Meinung, dass die Revision eigentlich der Einhaltung und Sicherstellung der Neutralität diene, denn die eigenständige Anpassung eines Sanktionsregimes sei unter Umständen im Landesinteresse, insbesondere in Fällen, in denen die Neutralität ansonsten verletzt würde. Die SVP-Fraktion, allen voran Roger Köppel (svp, ZH), forderte hingegen eine Rückbesinnung auf die bewaffnete und umfassende Neutralität der Schweiz. Wirtschaftssanktionen seien mit dieser Neutralität nicht vereinbar, stattdessen schade man im Endeffekt allen Parteien, da Russland die Schweiz auch nicht mehr als Vermittlerin akzeptiere.
Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) verlangte, überhaupt nicht auf die Änderung des Embargogesetzes einzutreten. Laut Nidegger sind Sanktionen nur dann zu rechtfertigen, wenn sie zur Einhaltung des Völkerrechts beitragen, so wie in Artikel 1 des Embargogesetzes festgehalten. Er argumentierte, dass die vorgeschlagenen Änderungen der Kommission zur Folge hätten, dass Sanktionen auf Staaten ausgeweitet werden könnten, die das Völkerrecht gar nicht verletzt hätten. Denn da die Schweiz sowieso die Sanktionen der UNO und ihrer wichtigsten Handelspartner (also der EU) übernehme, sei es aus seiner Sicht unmöglich, dass zusätzliche von der Schweiz sanktionierte Staaten überhaupt gegen das Völkerrecht verstossen würden. Dadurch würde man also unschuldige Staaten bestrafen, weshalb die Vorschläge der APK-NR gegen Artikel 1 des Embargogesetzes verstiessen. Die grosse Kammer beschloss jedoch mit 131 zu 51 Stimmen, gegen den Widerstand der SVP, auf das Geschäft einzutreten.

In der Detailberatung musste sich der Nationalrat mit mehreren Minderheitsanträgen auseinandersetzen. Zwei davon stammten von Yves Nidegger, der die Bewahrung der Neutralität als gewichtigsten Faktor beim Erlass von Sanktionen festlegen lassen wollte. Darüber hinaus beantragte er auch die Streichung des von der APK-NR vorgeschlagenen Absatzes, mit dem der Bundesrat die Kompetenz zum eigenständigen Sanktionserlass erhalten hätte, sowie in einem Einzelantrag die Streichung des vom Bundesrat eingebrachten Artikels zur Ausweitung von Sanktionen. Zwei weitere Minderheiten Portmann (fdp, ZH) richteten sich ebenfalls gegen den neu vorgeschlagenen Artikel der APK-NR. Portmann wollte den Erlasstext insofern präzisieren, dass eine Ausweitung von Sanktionen nur möglich sein sollte, wenn die Schweiz unmittelbar bedroht ist oder mutmassliche Völkerrechtsvergehen vorliegen. Des Weiteren verlangte er, dass der Bundesrat den zuständigen Parlamentskommissionen im Falle einer Sanktionsausweitung einen Analysebericht zur Kompatibilität seiner Entscheidungen mit der schweizerischen Neutralität vorlegen müsse. Nationalrat Portmann warnte davor, das Embargogesetz drastisch zu ändern, bevor nicht eine ausführliche Debatte über die Neutralitätsfrage geführt worden ist. Schliesslich sei die Neutralität für die Schweizer Bevölkerung ein parteiübergreifender Grundwert, den man nicht ohne darüber zu sprechen «in den Kübel werfen» sollte. Eine letzte Minderheit Fischer (glp, LU) forderte schliesslich die Streichung eines vom Ständerat eingefügten Artikels, wonach Schweizer Unternehmen bei der Umsetzung von Sanktionen im internationalen Vergleich nicht benachteiligt werden dürfen. Diese Minderheit Fischer deckte sich mit der Forderung von Bundesrat Parmelin, der bereits im Ständerat vergeblich gegen diesen Artikel angekämpft hatte. Der WBF-Vorsteher sprach sich zudem gegen den Vorschlag der Kommission aus, dem Bundesrat die Kompetenz eigenständiger Sanktionserlasse zu verleihen, da dies eine radikale Änderung der Schweizer Sanktionspolitik bedeuten würde. Er lehnte sämtliche Minderheiten ab und empfahl die Annahme des bundesrätlichen Originalentwurfs.
In der Folge lehnte der Nationalrat sämtliche Minderheitsanträge ab. Den Minderheitsanträgen von Yves Nidegger stimmte jeweils nur die SVP-Fraktion zu, einzig beim Antrag zur Streichung der eigenständigen Sanktionserlasse erhielt die SVP Unterstützung durch die FDP, blieb mit 107 zu 82 Stimmen aber dennoch erfolglos. Auch der Minderheitsantrag Fischer wurde abgelehnt – jedoch mit umgekehrter Rollenverteilung – entgegen dem Willen der SP, der Grünliberalen und der Grünen. Die zwei Minderheiten Portmann wurden zwar von der SVP unterstützt, dies reichte jedoch gegen die geschlossene Ablehnung der Ratslinken und der Mitte nicht aus.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Vorschlag seiner aussenpolitischen Kommission mit 136 zu 53 Stimmen an und schuf damit eine Differenz zum Ständerat, der sich somit ein zweites Mal mit dem Entwurf befassen musste.