Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Dass die Sprachpolitik in der Schweiz dem kantonalen Hoheitsrecht unterstellt ist, wurde spätestens mit dem aufkommenden Sprachenstreit im Jahr 2014 einer breiten Öffentlichkeit bewusst. Darauf, dass der Bund sich aber dennoch einbringen kann, indem er den Austausch zwischen Sprachregionen fördert und finanziell unterstützt, musste zunächst Nationalrätin Aline Trede (gp, BE) hinweisen. Mit ihrer eingereichten Motion wollte sie den Bundesrat auffordern, CHF 50 Mio. für Sprachaustauschprogramme für sich in Ausbildung befindende Personen bereitzustellen. Als der Sprachenstreit im Herbst 2015 längst seinen Peak erreicht hatte, war Trede aber als Volksvertreterin abgesetzt worden und der Vorstoss stand noch immer offen zur Diskussion. Im Winter 2015, mit dem Beginn der neuen Legislatur, nahm sich Maya Graf (gp, BL) der Motion an, bevor sie diese schliesslich im Herbst 2016 zurückzog. Mit Bezugnahmen auf die Erläuterungen von Bundesrat Berset begründete sie ihren Entscheid zum einen mit dem Postulat (Po. 14.3670) und der Kommissionsinitiative (Pa. Iv. 14.459) der WBK-NR – die Initiative war zwar wenige Wochen vor der Motion zurückgezogen worden, hatte aber zu einer Vorlage beigetragen, mit der die Stellung der Landessprache in der Schule gestärkt werden soll und die sich zu diesem Zeitpunkt in der Vernehmlassung befand – und zum anderen mit der Zusage des Bundesrats, die finanziellen Mittel zur Förderung des schulischen Austausches mit der Kulturbotschaft 2016–2020 zu erhöhen.

Die SGK des Nationalrates forderte den Bundesrat in einer Motion auf, das Bundesgesetz über die Krankenversicherung so zu ändern, dass Praktikumsplätze in privaten Praxen und ausserklinischen Bereichen im Rahmen der Ausbildung für nichtuniversitäre Gesundheitsberufe ermöglicht werden. Dadurch soll der sinkenden Anzahl von Ausbildungsplätzen bei steigendem Personalbedarf Rechnung getragen werden. Gegenwärtig dürfen Praktika nicht von privaten Praxen oder anderen ambulanten Leistungserbringern angeboten werden, was vor allem für Studierende diverser Fachhochschul-Studiengänge ein Problem darstelle. Vier Punkte sollen deswegen mit einer Neuregelung angegangen werden: Die Sicherstellung des Kompetenzenerwerbs, der in vielen Fachrichtungen zu einem relevanten Anteil in Praktika gewonnen wird; das Angebot an Praktikumsplätzen hoch halten, denn in den problematischen Studiengängen wird bereits ein Numerus clausus angewendet, was den Fachkräftemangel noch anheizt; ebendiesem Fachkräftemangel Einhalt gebieten, indem eine erhöhte Zahl von Praktikumsplätzen die Ausbildung in der Schweiz stärkt (wie im Rahmen von Gesundheit 2020 vorgesehen); und eine Gleichberechtigung von stationärem und ambulanten Bereich erzielen, da die Ausbildungskosten in diesen beiden Sparten gemäss Tarifkalkulation im KVG nicht gleichmässig abgegolten werden können. Die Motion war kommissionsintern umstritten, denn fast die Hälfte der 25-köpfigen Kommission stellte sich mit dem Antrag auf Ablehnung gegen das Anliegen.
Der Bundesrat teilte grundsätzlich die Sorgen und Vorschläge zur Lösung der geschilderten Problematik, er sah aber den Weg über das KVG als den falschen an. Die OKP sei eine Sozialversicherung und deswegen nicht geeignet, um Ausbildungen zu finanzieren. Die OKP sei dazu da, Kosten für medizinische Leistungen zu decken. Leistungen, die aufgrund des Risikos Krankheit anfallen, um Diagnosen zu stellen und um Behandlungen durchzuführen. Das durch die Prämien angehäufte Kapital solle nicht dazu dienen, Ausbildungskosten mitzutragen. Weil Fachkräftemangel, zu wenige Ausbildungsplätze sowie eine Ungleichbehandlung der Bereiche erkannt wurden, zeigte sich die Regierung aber bereit, den Kantonen bei der Lösungsfindung beizustehen und dem Parlament Bericht zu erstatten.
Im Nationalratsplenum wurde die Motion nur kurz behandelt und Kommissionssprecherin Schmid-Federer (cvp, ZH) brachte in ihrer Begründung für die Motion vor allem die Sorge um den Fachkräftemangel im Gesundheitsbereich zum Ausdruck, der zwar immer wieder zur Sprache käme, gegen den aber auch im Parlament jeweils nicht viel Konkretes unternommen werde. Mit diesem Vorstoss könne ein Schritt gegangen werden, der erst noch kostenneutral umgesetzt werden könnte. Gegen den Vorstoss stand Raymond Clottu (svp, NE) ein, der die Meinung des Bundesrats teilte, dass keinesfalls die OKP als Finanzierungskanal herhalten dürfe. Gleich argumentierte Bundesrat Berset, der die Meinung der Regierung vertrat und gegen die Motion warb, die allerdings mit 92 zu 89 Stimmen und 3 Enthaltungen knapp angenommen und damit dem Ständerat zur Weiterbearbeitung überlassen wurde.

Die mittlerweile fast schon traditionelle Bundesratssitzung ‚extra muros‘ fand 2016 in Lausanne statt. Der Kanton Waadt sei ein bedeutender Standort für Berufsbildung, Forschung und Innovation, was die Regierung mit ihrem Besuch würdigen wolle, so die Pressemitteilung. Anders als in den Vorjahren wurde der im Anschluss an die Sitzung geplante Besuch bei der Bevölkerung von Protestaktionen begleitet. Ein Aktivist eines Flüchtlingskollektivs wollte dem Bundesrat vergeblich einen Brief überreichen – er wurde von der Polizei abgeführt –, im Gebäude der Ecole des métiers skandierten einige Personen „Stopp Dublin“ und beim Apéro mit der Bevölkerung auf der Place Saint-François positionierten sich verschiedene Gruppierungen, um etwa mit Sprüchen auf Plakaten auf ihre Anliegen aufmerksam zu machen. Die „Jeunesse socialiste vaudoise“ überreichte Bundesrat Maurer während des Anlasses eine Petition. Freilich bestand für die Regierungsmitglieder keinerlei Gefahr. Auf das Bad in der Bevölkerung wolle und könne er denn auch nicht verzichten, gab etwa Bundesrat Alain Berset zu Protokoll. Wenn man den offenen Umgang mit den Menschen suche, dann müsse man auch mit solchen Aktionen rechnen. Die zahlreichen Selfie- und Autogrammjägerinnen und -jäger zeigten denn auch, dass die Idee der Sitzung ausserhalb des Bundeshauses durchaus auf Anklang stösst.