Obwohl sich National- und Ständerat einig waren, dass es einer Stärkung des Pflegesektors bedürfe, gingen die Meinungen zur diesbezüglichen Umsetzung im Rahmen des indirekten Gegenvorschlags zur Pflegeinitiative auseinander. In der Herbstsession 2020 nahm sich der Nationalrat erneut dem Geschäft an.
Mit 115 zu 76 Stimmen hielt er an seiner Position fest, dass die Kantone dazu verpflichtet werden sollen, Pflegefachkräften in Ausbildung mit einem Beitrag an die Lebenshaltungskosten finanziell unter die Arme zu greifen. Die Kantone sollen dabei während acht Jahren vom Bund unterstützt werden. Für die Ausbildungsoffensive kalkulierte die grosse Kammer CHF 469 Mio. seitens des Bundes ein. Damit blieb die Differenz zum Ständerat bestehen, der sich für die Freiwilligkeit seitens der Kantone ausgesprochen hatte und dessen Ansichten auch von Bundesrat Berset vertreten wurden. Durch das Prinzip der Freiwilligkeit könne eine übermässige Einmischung in die Autonomie der Kantone vermieden werden und die Kosten um rund CHF 100 Mio. auf CHF 369 Mio. gesenkt werden, so der Gesundheitsminister. Während Regine Sauter (fdp, ZH) derselben Auffassung war, da durch die Covid-19-Pandemie die öffentlichen Gelder bereits genug strapaziert würden, machte sich Barbara Gysi (sp, SG) für eine Verpflichtung der Kantone stark. Eine Kann-Formulierung könne zur Folge haben, dass sich nicht alle Kantone zur Unterstützung der angehenden Pflegefachleute bereiterklärten. Es sei allerdings notwendig, dass sich alle an der Pflegeoffensive beteiligen, denn um den Beruf attraktiver zu machen, müsse in die Ausbildung investiert werden. Nur so könne man verhindern, dass bis 2030 65'000 Pflegefachmänner und -frauen fehlten. Manuela Weichelt-Picard (al, ZG) merkte zudem an, dass gerade in den Grenzregionen viele Einrichtungen ohne die Grenzgängerinnen und -gänger schliessen müssten, die etwa im Kanton Genf 38 Prozent des Personals ausmachten.
Die zweite Differenz betraf die Kompetenzerweiterung bezüglich selbständiger Abrechnung gewisser Leistungen durch die Pflegenden ohne ärztliche Anordnung, wobei der Bundesrat diese Leistungen festlegen soll. Verena Herzog (svp, TG) erklärte für die SVP, dass man aufgrund der grösseren Zahl an Leistungserbringenden mit Mehrkosten rechnen müsse. Ähnlich sah dies die FDP.Liberale-Fraktion. Daher unterstützten die beiden Parteien die Version des Ständerates, der die selbständige Leistungsabrechnung an eine im Vorfeld mit den Krankenkassen abgeschlossene Vereinbarung binden wollte. Mitglieder der Ratslinken erachteten die Angst vor Mehrkosten hingegen als unbegründet und hoben hervor, dass durch die Kompetenzerweiterung vielmehr Kosten gespart werden könnten, da die Ärzteschaft, die nicht mehr für jede Leistung eine Anordnung verfassen müsste, entlastet würde. Diese Worte schienen den Nationalrat mehr zu überzeugen und so sprach er sich mit 114 zu 79 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen eine Vereinbarungspflicht mit den Versicherern aus.
Bezüglich der Ausweitung der Kompetenzen im Bereich der Delegation von Aufgaben an weniger qualifiziertes Personal durch Pflegefachpersonen folgte die grosse Kammer auf Anraten ihrer Kommission jedoch der kleinen, womit zumindest eine Differenz beseitigt werden konnte.

In der Frühjahrssession 2020 behandelte der Nationalrat die drei verbliebenen Differenzen zur Zulassung von Leistungserbringenden. Bezüglich der Kompetenzverschiebungen zu den Versicherungen im Bereich der Qualitätsprüfung beantragte eine Minderheit Gysi (sp, SG), dem Ständerat zu folgen und auf die Verschiebungen zu verzichten. Mit 121 zu 71 Stimmen entschied sich der Nationalrat jedoch mehrheitlich für Festhalten. Auch betreffend das Beschwerderecht für die Versicherungen blieb die Differenz zur kleinen Kammer bestehen. Mit 107 zu 84 Stimmen hielt der Nationalrat an dieser «Machtverschiebung von den demokratisch gewählten Vertreterinnen und Vertretern der Kantone hin zu einzelnen Versicherern», wie Katharina Prelicz-Huber (gp, ZH) diesen Punkt kritisiert hatte, fest. «Die Versicherer nehmen hier letztlich die Interessen der Versicherten wahr», lobte hingegen Regine Sauter (fdp, ZH) diese Entscheidung.
Stillschweigend akzeptierte der Nationalrat hingegen den Antrag seiner Kommission, bezüglich der Frage zur Kann- oder Muss-Formulierung bei der Zulassungssteuerung durch die Kantone einzulenken. Die Kantone können somit zukünftig selbst entscheiden, ob sie Neuzulassungen von Ärztinnen und Ärzten bei überdurchschnittlichem Kostenanstieg aussetzen wollen oder nicht. Trotz eines Antrags auf Festhalten durch die Minderheit Sauter lenkte der Nationalrat schliesslich auch bei der Verknüpfung der Vorlage mit EFAS ein. Mit 115 zu 76 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgte die grosse Kammer diesbezüglich ihrer Kommission. Damit räumte der Nationalrat eines der grössten Hindernisse für eine Übereinkunft zur Zulassung der Leistungserbringenden aus dem Weg. Für ihre Fraktion sei dies ein Grund, die Vorlage in der Schlussabstimmung abzulehnen, hatte jedoch die freisinnige Minderheitensprecherin zuvor betont. Nun lag es folglich am Ständerat, die verbliebenen Differenzen zu bereinigen.

Im Dezember 2019 nahm sich der Nationalrat der Pflegeinitiative und dem von der SGK-NR ausgearbeiteten indirekten Gegenvorschlag an. Das Begehren des Berufsverbandes der Pflegefachfrauen und -männer hatte laut Initiativtext «eine ausreichende, allen zugängliche Pflege von hoher Qualität», die Sicherstellung von genügend diplomierten Pflegefachpersonen und einem ihrer Ausbildung und ihren Kompetenzen entsprechenden Einsatz zum Ziel.
Die Parlamentarierinnen und Parlamentarier waren sich darüber einig, dass die aktuelle Situation problematisch sei und durch das steigende Alter der Bevölkerung der Pflegebedarf erhöht werde. So rechne man zwischen 2017 und 2035 unter anderem mit einem Anstieg von rund 200'000 auf 360'000 über 80-Jährigen, die allenfalls pflegebedürftig würden, erklärte Ruth Humbel (cvp, AG). Gemäss Philippe Nantermod (fdp, VS) würden gegenwärtig lediglich 43 Prozent des erforderlichen Personals ausgebildet und 2030 würden hierzulande 65'000 Pflegende fehlen. Um den Mangel zu beheben, würden Pflegefachpersonen aus dem Ausland rekrutiert, was nicht nur ethisch fragwürdig sei – da die Ausbildung von einem Staat bezahlt werde, der nicht von dieser Investition profitiere –, sondern auch kostspielig werden könnte, erwäge doch die WHO, eine Steuer zur Entschädigung der Ausbildungsländer einzuführen, so Greta Gysin (gp, TI). Darüber dass Handlungsbedarf bestehe, herrschte Konsens. Der Rat war sich jedoch uneinig, ob die Pflegeinitiative das richtige Mittel sei, um der Problematik zu begegnen.
Von den Unterstützerinnen und Unterstürzer der Initiative hervorgehoben wurde, dass der Beruf nicht die Anerkennung erhalte, die er verdiene. Zudem komme ihm laut Barbara Gysi (sp, SG) im Krankenkassengesetz nach wie vor der «Status eines Hilfsberufs» zu. Christian Lohr (cvp, TG), Dozent an verschiedenen Fachhochschulen für Pflegeberufe, unterstrich die Wichtigkeit der Pflegequalität, der Ausbildungsförderung und der Verbesserung der Arbeitsbedingungen. Es müsse auch etwas gegen die 46 Prozent Berufsaussteigerinnen und -aussteiger unternommen werden, zu denen sie selber auch gehöre, erklärte Manuela Weichelt-Picard (al, ZG). Die Sicherheit und das Leben der Bevölkerung stehe auf dem Spiel, so Franziska Ryser (gp, SG). Betont wurde von den Gegnerinnen und Gegnern der Initiative hingegen, dass das Regeln einzelner Berufsgruppen in der Verfassung nicht angezeigt sei und die Aufgabenverteilung zwischen Bund und Kantonen in Frage gestellt würde. Zudem sei die medizinische Grundversorgung bereits in Artikel 117a BV erwähnt, was in den Augen von Verena Herzog (svp, TG) genügte, um die Pflege zu stärken.
Der von der SGK-NR ausgearbeitete Gegenentwurf kam im Nationalrat besser an als die Volksinitiative. Jedoch gab es auch bezüglich Gegenvorschlag einige Abänderungswünsche bzw. Uneinigkeiten. Um dem Beruf Attraktivität zu verleihen, beabsichtigte eine Mehrheit der SGK-NR, den Pflegefachpersonen die selbständige Erbringung und Abrechnung einiger vom Bundesrat festgelegter Leistungen zu Lasten der OKP, die ohne ärztliche Anweisung erfolgen könne, einzuräumen. So könnten pro Jahr CHF 13 Mio. eingespart werden, erläuterte Benjamin Roduit (cvp, VS). Gegen diese Forderung sprachen sich neben dem Bundesrat auch die SVP und die FDP aus. Es bestehe die Gefahr, dass dadurch ein Präjudiz geschaffen würde und durch die grössere Zahl an Leistungserbringenden die Kosten für das Gesundheitssystem nicht abnähmen, sondern stiegen, was höhere Prämien zur Folge hätte. Eine Mehrheit der grossen Kammer liess sich allerdings nicht von diesen Worten überzeugen. Auf Anregung von Pierre-Yves Maillard (sp, VD) lehnte der Nationalrat ausserdem den Mehrheitsantrag der SGK-NR ab, dass entsprechende Leistungen Gegenstand von Vereinbarungen mit Versicherern sein müssten.
Weiter wurde bezüglich Ausbildungsförderung beschlossen, dass die Kantone den Krankenhäusern, Pflegeheimen und Spitex-Organisationen eine bestimmte Anzahl Ausbildungsplätze, die diese zur Verfügung stellen müssen, vorgeben sollen. Ebenfalls gutgeheissen wurde die Forderung, dass die Kantone dazu verpflichtet werden sollen, den angehenden Pflegefachpersonen an einer Höheren Fachschule oder Fachhochschule mit Ausbildungsbeiträgen zur Seite zu stehen. Der Bund soll die Kantone während acht Jahren für die beiden ebengenannten Punkte mit CHF 469 Mio. unterstützen. Betreffend Ausbildungsbeiträge hätten die SVP und die FDP gerne Einschränkungen auf hilfs- und unterhaltsbedürftige Personen vorgenommen. Regine Sauter (fdp, ZH) betonte, es gebe neben den Pflegestudiengängen HF oder FH auch andere Berufsbereiche, wo eine Weiterbildung anzustreben sei, dort werde allerdings auf die Eigenverantwortung der Studierenden gezählt. Damit konnte sie die Mehrheit ihrer Ratskolleginnen und -kollegen jedoch nicht überzeugen, gegen die Beiträge zu stimmen.
In der Gesamtabstimmung wurde der indirekte Gegenvorschlag mit 124 zu 68 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) angenommen. Abgesehen von der SVP und einer Mehrheit der FDP stimmten alle Parteien dem Gegenentwurf zu. Die Pflegeinitiative konnte die Mehrheit des Nationalrates indes nicht überzeugen und so empfahl er dem Volk und den Ständen das Begehren mit 107 zu 82 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) zur Ablehnung, wobei die SP, die Grünen, aber auch vereinzelt Mitglieder der FDP.Liberalen-, der GLP- sowie der Mitte-Faktionen für Annahme der Initiative plädierten.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Nationalrat die Reform der Ergänzungsleistungen, die er ob ihrer Länge in drei Blöcke unterteilte. Er schuf zahlreiche Differenzen zum Ständerat, insbesondere bezüglich der Voraussetzungen für den EL-Bezug. So beantragte die SGK-NR die Einführung einer Vermögensschwelle in der Höhe von CHF 100'000 für Alleinstehende, CHF 200'000 für Verheiratete und CHF 50'000 bei Kindern: Übersteigt das Vermögen diese Schwelle, sollen keine Ergänzungsleistungen beantragt werden können. Davon ausgeschlossen sollen jedoch von den Betroffenen oder ihren Partnern bewohnte Liegenschaften sein, sofern die Betroffenen ein hypothekarisch gesichertes Darlehen zulasten des Wohneigentums und zugunsten der EL-Stelle aufnehmen. Silvia Schenker (sp, BS) sprach sich in ihrem Minderheitsantrag gegen eine solche Änderung aus – nicht weil sie eine Vermögensschwelle prinzipiell ablehne, sondern weil dieser Antrag nicht in der Vernehmlassung war und daher noch zahlreiche Fragen dazu offen seien. Mit dieser Ansicht standen die SP- und die Grünen-Fraktion jedoch alleine da, mit 137 zu 52 Stimmen nahm der Nationalrat die Einführung einer Vermögensschwelle an. Eine weitere Differenz bei den Voraussetzungen schuf der Nationalrat, indem er gegen zwei Minderheitsanträge einem Antrag der SGK-NR folgte, wonach ein Verbrauch von mehr als 10 Prozent des Vermögens pro Jahr ab Entstehung des Anspruchs auf EL bei der IV, bei der AHV ab zehn Jahren vor der Pensionierung, als Vermögensverzicht gelten solle, sofern der Verbrauch „ohne wichtigen Grund“ erfolge (94 zu 86 Stimmen bei 9 Enthaltungen; 136 zu 53 Stimmen bei 1 Enthaltung). Für den Bezug von Ergänzungsleistungen beantragte die Mehrheit der SGK-NR überdies eine zehnjährige Karenzfrist, während der sich die Betroffenen ununterbrochen in der Schweiz aufgehalten haben müssen. Es setzte sich jedoch eine Minderheit I Aeschi durch, die den Bezug stattdessen von einer mindestens zehnjährigen Beitragsdauer in die AHV abhängig machen wollte (104 zu 83 Stimmen, 4 Enthaltungen).

Auch bezüglich der anerkannten Ausgaben schuf der Nationalrat einige Differenzen zum Schwesterrat. Gegen eine Minderheit Feri nahm er den Vorschlag der SGK-NR auf Reduktion der Finanzierung des allgemeinen Lebensbedarfs für Kinder unter zwölf Jahren sowie ab dem zweiten Kind um ein Sechstel an (137 zu 53 Stimmen). Bezüglich der Mietzinsen bestätigte der Nationalrat zwar die vom Ständerat beschlossene Schaffung verschiedener Regionen, strich jedoch auf Antrag einer Minderheit II Pezzatti die dritte Region und reduzierte die vom Ständerat beschlossenen Beträge zur Erstattung von Mietzinsen für Alleinstehende sowie für zusätzliche im Haushalt lebende Personen (139 zu 53 Stimmen). Deutlich löste der Rat für den Antrag auch die Ausgabenbremse (187 zu 3 Stimmen bei 3 Enthaltungen). Der Nationalrat stimmte auch dem Antrag der Minderheit Clottu zu (102 zu 90 Stimmen), wonach diese Mietzins-Beträge von den Kantonen um 10 Prozent gekürzt werden können und der Bundesrat die Einteilung überprüfen muss, wenn sich der Mietpreisindex um 10 Prozent verändert. Eine Minderheit Quadranti hatte diesbezüglich eine regelmässige Überprüfung nach zwei Jahren gefordert, war jedoch deutlich gescheitert (133 zu 58 Stimmen, 1 Enthaltung). Stark umstritten war im Ständerat die Frage gewesen, welche Kosten bei den Krankenkassenprämien angerechnet werden sollen. Dabei wurden vier verschiedene Optionen diskutiert: Die Mehrheit der SGK-NR wollte dem Bundesrat folgen und die kantonalen Durchschnittsprämien anrechnen, solange diese die effektiven Kosten nicht übersteigen; der Ständerat hatte entschieden, die Prämie des drittgünstigsten Krankenversicherers im Kanton zu vergüten; eine Minderheit I Carobbio befürwortete die Auszahlung von Durchschnittsprämien, selbst wenn diese die effektiven Kosten aufgrund von Prämienverbilligungen übertreffen; und eine Minderheit II Humbel setzte auf die massgebende Prämie des Kantons. Letztere Option setzte sich gegen den Antrag der Kommissionsmehrheit durch (138 zu 53 Stimmen), nachdem dieser zuvor gegenüber der Minderheit I bevorzugt worden war (138 zu 53 Stimmen). Nicht nur auf der Ausgaben-, auch auf der Einkommensseite nahm die grosse Kammer Korrekturen vor: Zwar war man sich mit dem Ständerat darüber einig, dass das Erwerbseinkommen von Ehegattinnen und -gatten, die selber keine Rente beziehen, stärker angerechnet werden soll als bisher. Der Nationalrat folgte jedoch entgegen dem Antrag der Minderheit Barrile, die wie der Ständerat nur 80 Prozent anrechnen wollte, der Kommissionsmehrheit: Neu soll das Einkommen der Ehepartner vollständig angerechnet werden (103 zu 87 Stimmen bei 1 Enthaltung).

Bezüglich der Finanzierung der EL respektive der Massnahmen zur Reduktion der Anzahl EL-Bezügerinnen und -Bezüger hatte sich im Ständerat die Frage nach der Möglichkeit auf Kapitalbezug in der zweiten Säule als besonders umstritten gezeigt. Anders als der Erstrat wollte die Mehrheit der SGK-NR den Versicherten die Möglichkeit offenlassen, ihre Pensionskassengelder zur Hälfte als Kapitalabfindung zu beziehen. Dagegen wehrte sich eine Minderheit I Humbel, die dem Ständerat folgen wollte, während eine Minderheit II Sauter das geltende Recht, das den Bezug eines Viertels des Altersguthabens als Kapitalleistung erlaubt, bevorzugte. Letztere Position setzte sich in der grossen Kammer deutlich durch (Mehrheit vs. Minderheit I: 139 zu 49 Stimmen bei 1 Enthaltung; Mehrheit vs. Minderheit II: 14 zu 170 Stimmen bei 4 Enthaltungen). Um jedoch der im Ständerat vielfach betonten erhöhten Gefahr, durch einen Kapitalbezug später auf Ergänzungsleistungen angewiesen zu sein, zu reduzieren, beantragte die Kommissionsmehrheit, die Leistungen bei einem teilweisen oder vollständigen Kapitalbezug um 10 Prozent pro Jahr zu kürzen. Der Nationalrat unterstützte diesen Antrag gegen zwei Minderheitsanträge (106 zu 83 Stimmen; 119 zu 66 Stimmen bei 1 Enthaltung). Auch bei der Auszahlung der Pensionskassengelder für Firmengründungen schuf die grosse Kammer eine Differenz zum Ständerat, indem sie einem Minderheitsantrag de Courten folgte, der keine Einschränkungen der Auszahlungen beabsichtigte. Deutlich sprach sich die grosse Kammer auch für einen Minderheitsantrag Humbel aus, wonach rechtmässig bezogene Leistungen aus dem Nachlass der Leistungsbezügerinnen und -bezüger – bei Ehepaaren aus dem Nachlass des Zweitverstorbenen – zurückzuerstatten seien, sofern und inwieweit dieser CHF 50'000 übersteige (181 zu 7 bei 1 Enthaltung).

In der Gesamtabstimmung nahm der Rat seine neue Version zur Reform der Ergänzungsleistungen mit 125 zu 53 Stimmen bei 13 Enthaltungen an. Unzufrieden zeigten sich die SP- und die Grünen-Fraktion, während sich ein Drittel der CVP-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der GLP- und der BDP-Fraktion der Stimme enthielten.