Le groupe radical (Mo. 90.447) et le député Blocher (udc, ZH) (Mo. 90.428) déposèrent des textes demandant la création d'un département fédéral de la défense, regroupant l'armée, la protection civile, les engagements en faveur de la paix et le Corps suisse d'aide en cas de catastrophe. A cette dernière insertion s'opposa catégoriquement son directeur, Charles Raedersdorf.

Le Conseil national a transmis le postulat Meier (ds, ZH) souhaitant une semaine de cinq jours pour les recrues et les soldats en cours de répétition et, sous forme de postulat, la motion Spielmann (pdt, GE) (Mo. 89.701) demandant une diminution généralisée de la durée des obligations militaires.

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Dans le domaine budgétaire, les deux initiatives parlementaires des députés Hubacher (ps, BS), demandant le référendum financier en matière d'armement, et Oehler (pdc, SG) (90.227), souhaitant une révision du système de la planification financière du DMF, ont été rejetées par la commission du Conseil national.