Plusieurs textes parlementaires ont suggéré la suppression de l'assujettissement des invalides au payement de la taxe militaire. Ainsi en alla-t-il de la motion du député Schnider (pdc, LU) (Mo. 90.611), transmise sous forme de postulat, d'un texte de même nature, également transmis, du conseiller national Pini (prd, TI) (Po. 90.416) et d'une initiative, pendante, du canton du Jura (Iv.ct. 90.204).

Lors du vote final au Conseil national, le groupe socialiste réaffirma son opposition à cette réforme, stipulant qu'elle ne résolvait pas le problème posé par le statut des objecteurs de conscience. Elle pouvait, de surcroît, être considérée comme caduque en raison de la constitution d'une nouvelle commission d'experts sur ce problème, des initiatives populaires et parlementaire en cours ainsi que des propositions du groupe Schoch. La fraction écologiste exprima également son dépit de voir cette révision aboutir à une aggravation du statut des objecteurs (Le CN adopta la proposition de révision en votation finale par 93 voix contre 43).

Faisant suite au postulat du groupe radical de 1984 (Po. 84.486) et exigé, par le parlement, préalablement à toute décision concernant le nouvel avion de combat, le rapport «Politique de sécurité de la Suisse dans un monde en mutation» a été rendu public en octobre. Il répond indirectement à plusieurs autres interventions parlementaires, dont la motion transmise du sénateur Uhlmann (udc, TG) (Mo. 90.528) et celle, pendante, de la fraction UDC (Mo. 90.510), demandant toutes deux une nouvelle conception de la défense militaire suisse. Elaboré par le DMF en collaboration avec les autres départements, il présente globalement la politique menée en la matière ces dernières années. Constatant que la menace n'est plus exclusivement militaire, mais aussi démographique, écologique et économique, le gouvernement fixe cinq objectifs à la politique de sécurité: le maintien de la paix et de la liberté d'action de la Suisse, la protection de sa population et de ses bases d'existence, la défense du territoire national et la contribution à la stabilité internationale, plus spécifiquement en Europe. Pour ce faire, le Conseil fédéral conserve l'organisation militaire actuelle mais en la rendant plus souple et renforce l'action helvétique au niveau international en matière de maintien de la paix. Evoquant l'éventuelle adhésion de la Suisse à un système collectif de sécurité européen, préoccupation partagée par le Conseil national puisque celui-ci a transmis un postulat Burckhardt (pl, BS) (Po. 90.738) en la matière, l'exécutif s'interroge, mais sans répondre, sur l'avenir de la neutralité suisse. De même reste en suspens le problème du refus de servir, le gouvernement reconnaissant que le projet Barras sur la décriminalisation de l'objection de conscience ne constitue qu'une demi-mesure. Par contre, il se prononce tout à fait clairement contre une armée professionnelle à cause de son coût et du risque de la création d'une caste militaire mais aussi en raison de l'adéquation du système de milice avec la structure fédéraliste et l'évolution de la politique de sécurité.

Dans le dernier poste du programme des constructions 1990 figure notamment le crédit pour la deuxième étape de l'édification de la place d'armes de Neuchlen-Anschwilen (commune de Gossau, SG). Devant remplacer la caserne de Saint-Gall détruite en 1980 en raison des travaux de la N1, cette élévation, dont le montant de la première étape fut adopté par les Chambres en 1989, reste très controversée, notamment par les partis socialiste, écologiste, indépendant et évangélique ainsi que par I'ARNA (Aktionsgruppe zur Rettung von Neuchlen-Anschwilen). S'ils invoquent la protection de l'environnement, les adversaires du projet demandent plus concrètement une pause de réflexion afin de pouvoir tenir compte de la nouvelle architecture européenne ainsi que du futur concept «Armée 95». Les partisans de la place d'armes, parmi lesquels on trouve un comité ad hoc (ISGA (sigle allemand), communauté d'intérêts en faveur de lieux de formation militaire sensés et crédibles), les partis bourgeois gouvernementaux et les libéraux, plaident quant à eux pour une amélioration et un assainissement des infrastructures.
Au Conseil national, ces derniers l'emportèrent puisque les propositions de rejet du crédit, de redimensionnement du projet, de déplacement de la caserne dans un autre lieu ainsi que celle d'un vote consultatif des populations concernées furent toutes repoussées. De surcroît, la majorité de la grande chambre intégra au programme des constructions 1990 l'engagement financier nécessaire à la troisième phase de la construction de cette place d'armes (CHF 12.97 millions), afin d'éviter la répétition d'un tel débat en 1991. Le Conseil des Etats entérina cette extension, malgré une proposition s'y opposant de la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Le Conseil des Etats a transmis à l'unanimité, contre l'avis du Conseil fédéral inquiet de ses conséquences financières, la motion Miville (ps, BS) concernant les protections antibruit pour les stands de tir. Ce texte propose que la Confédération subventionne en partie les diverses mesures nécessaires pour rendre les installations de tir conformes aux exigences de la loi sur l'environnement et de l'ordonnance sur la protection contre le bruit, ces tâches dépassant souvent les moyens des communes et des cantons. Il charge donc le gouvernement de procéder à une révision de la loi sur l'organisation militaire afin d'y intégrer une telle disposition.

Si, dans son rapport «Sécurité et paix», la Société suisse des officiers (SSO) propose une redéfinition de la neutralité helvétique, elle souhaite également transformer le service armé masculin en un service à la communauté obligatoire pour tous (donc y compris les femmes). Au moment où le DMF envisage une réduction des effectifs de l'armée, la SSO formule un projet ne tenant aucun compte des coûts financiers et sociaux qu'il suppose. Cette suggestion occulte certaines autres propositions intéressantes de ce compte rendu, telles que le renforcement de la mission de paix de la Suisse auprès des Nations Unies (casques bleus), l'amélioration de la formation et de l'instruction ainsi que l'intensification de l'information et de la communication au sein de l'armée et du DMF.
Le CE se préoccupe aussi du renforcement de la politique suisse de paix puisqu'il a transmis le postulat Jagmetti (prd, ZH) (Po. 89.711) allant dans ce sens.

Dans ce contexte, la reprise en considération, dans l'évaluation, de l'avion de combat français Mirage 2000 prend une autre signification. Il avait été éliminé de la procédure en 1987, notamment en raison de performances insuffisantes par rapport au cahier des charges. Selon Kaspar Villiger, trois raisons ont plaidé en faveur d'une réévaluation de l'appareil français dans sa version 2000-5 (spécialement étudiée pour la Suisse): ses hautes performances, son nouveau radar et son prix plus avantageux. Certains émettent néanmoins une autre hypothèse quant à ce soudain regain d'intérêt, déplaçant le débat jusqu'alors très technique sur un plan plus politisé. Dans le cadre des difficiles négociations européennes menées actuellement par la Suisse, il ne peut qu'être intéressant d'envisager l'achat d'un avion provenant de cette zone géographique, permettant de surcroît de rallonger d'autant la phase d'évaluation. Celle-ci pourrait être encore modifiée par l'offre faite à la Suisse par l'Union soviétique, désirant soumettre à cette même appréciation son avion de combat Mig29. Néanmoins, en raison de son manque de compatibilité avec les technologies occidentales, ce dernier ne semble pas avoir de réelles chances de succès.

Créé en 1940, le Service complémentaire féminin, devenu depuis 1984 le Service féminin de l'armée (SFA), a fété ses cinquante ans. Diverses modifications sont envisagées par ses cadres afin de le rendre plus attractif et de combler le déficit en recrues (effectif optimal: 3814 femmes; effectif réel: 3132). Ainsi, le devoir de service pourrait être réparti sur moins d'années (7 ou 8 ans, au lieu des 15 actuels), des cours pour officiers de protection atomique-chimique (SPAC), des fonctions d'aumôniers, de conductrices de chiens de catastrophe ainsi que de pilotes d'hélicoptères pourraient également être créés. Par ailleurs, la commission pour la défense nationale a approuvé une proposition qui autoriserait, si elle était acceptée par le gouvernement, le port d'arme facultatif au sein du SFA. Le brigadier Eugénie Pollak s'est déclaré favorable à une telle idée, à condition qu'il s'agisse d'une arme purement défensive et qu'une formation adéquate l'accompagne.

En juillet, J.-P. Delamuraz se rendit aussi aux USA où il eut des discussions notamment avec le président George Bush. Les sujets abordés par le chef du DFEP avec les autorités américaines firent référence à certains problèmes bilatéraux ainsi qu'à des aspects de coopération économique et commerciale (cycle Uruguay, situation en Europe). La Suisse obtint, par ailleurs, des Etats-Unis l'assurance que la clause de la nation la plus favorisée lui serait appliquée dans l'accès à la haute technologie américaine soumise à embargo dans le cadre du CoCom (Coordinating Committee for East West Trade Policy). Il rencontra aussi les présidents de la Banque mondiale, Barber Conable, et du FMI, Michel Camdessus, avec lesquels il évoqua le problème de l'admission formelle de la Suisse aux institutions de Bretton Woods.

Adoptée par les deux Chambres, la révision partielle de la loi sur l'organisation militaire (OM) introduira toute une série de mesures dont la plus importante réside dans la suppression du service complémentaire. Subséquemment, l'incorporation différenciée sera mise en oeuvre ainsi qu'une nouvelle réglementation des inspections (passant de neuf à trois) et l'inscription dans la loi du droit de plainte du militaire. Si les Conseils refusèrent tous deux la mention, dans la norme, d'un contrôle de sécurité dans le domaine militaire, une divergence apparut néanmoins quant à la dénomination de la fonction d'officier confiée à un soldat ou à un sous-officer ayant des connaissances particulières. Après avoir initialement proposé l'intitulé «fonction d'officier», le Conseil des Etats se rallia à la version choisie par la grande chambre, à savoir celle d'«officier spécialiste».
Les débats au Conseil national ne furent néanmoins pas dépourvus de critiques, le groupe socialiste ayant proposé, sans succès, le renvoi du projet au Conseil fédéral. L'estimant insuffisant, il demanda au gouvernement une révision fondamentale de l'OM, comprenant, par exemple, la suppression de la justice militaire en temps de paix, l'abandon de l'obligation de grader, l'interdiction d'utiliser l'armée afin de contrôler l'ordre intérieur, la création d'un véritable service civil et un accès facilité au service sans arme. Cependant, comme elle estima que le projet contenait aussi des points positifs, la fraction socialiste, par la suite, ne le combattit pas. Les deux propositions de la députée Leutenegger-Oberholzer (pe, BL) visant à supprimer les tirs obligatoires hors service et l'encouragement fédéral à l'instruction militaire préparatoire des jeunes furent rejetées.
La révision complète de l'arrêté concernant la formation des officiers fut également adoptée par le parlement.

A ces décisions s'opposèrent le lancement et l'aboutissement de l'initiative populaire «40 places d'armes, ça suffit! L'armée doit aussi se soumettre à la législation sur la protection de l'environnement». Initiée par l'ARNA en juin, soutenue par les socialistes, les écologistes, les indépendants et les évangéliques, elle fut déposée en décembre, munie de 120'983 signatures. Elle demande principalement l'interdiction de toute nouvelle construction de places d'armes en Suisse, avec un effet rétroactif au 1er avril 1990, ce qui entraînerait l'interdiction de l'édification de la seconde étape de la caserne de Gossau. Ce problème refera donc à plusieurs titres surface devant les Chambres car, bien qu'une première motion du député Rechsteiner (ps, SG) (Mo. 89.829) demandant la renonciation à la première phase de l'élévation de la place d'armes eût été rejetée par le Conseil national, une seconde motion du même homme, plus radicale puisqu'exigeant un moratoire total d'au moins cinq ans pour les achats, les constructions et les acquisitions de terrains à des fins militaires, est toujours pendante.

Ayant surmonté une proposition de renvoi du député Bodenmann (ps, VS), arguant de la nouvelle situation en Europe pour réduire les dépenses de l'armée, le programme des constructions 1990 donna par ailleurs lieu à une délibération à huis clos du Conseil national. Cette dernière, ayant trait au poste des ouvrages pour l'infrastructure de commandement, portait sur un crédit de CHF 56.5 millions relatif à l'abri du Conseil fédéral en cas de crise. Le groupe socialiste, bien que ne s'opposant pas véritablement au projet, souhaita, sans succès, qu'une délégation parlementaire puisse visiter cette installation dont la localisation et les coûts totaux sont strictement secrets.

La P-26 fut dirigée par un juriste de 58 ans, Efrem Cattelan, alias Rico, alors que le P-27 le fut par Ferdinand Knecht, colonel de milice, alias James. Ces deux «projets (P)» étaient issus de l'organisation conçue dans les années septante par le colonel Bachmann. Cependant, l'histoire de la P-26 – par ailleurs «explicitement» fondée dans sa mission actuelle en 1981 par le chef de l'Etat-major général Jörg Zumstein – est antérieure puisqu'elle remonte au postulat Jaeckle de 1956. Dotée en hommes (400 personnes mais effectif théorique de 800) et en armes (quelques centaines de pistolets-mitrailleurs, de pistolets et de fusils spéciaux ainsi que des grenades et des explosifs), la P-26 constituait, aux yeux de la CEP II, un danger potentiel pour l'ordre constitutionnel du pays car les autorités politiques n'en avaient pas le contrôle effectif. Le P-27, mis sur pied à partir de 1980, procédait notamment à la récolte de renseignements à l'étranger, théoriquement par le biais de méthodes nonconventionnelles, au traitement de ces informations ainsi qu'à des écoutes radio (Dans les faits, de telles méthodes non-conventionnelles semblent ne pas avoir été utilisées).
La CEP II conseilla, dans ses conclusions, une légalisation de ces domaines, voire le démantèlement de la P-26, souhait que le Conséil fédéral réalisa en proclamant la dissolution, le 14 novembre, de la P-26 et, le 12 décembre, du P-27, cette dernière résultant de la divulgation du nom de son chef.

Avant la votation du 26 novembre 1989 sur l'initiative demandant la suppression de l'armée, le chef du DMF avait créé une commission chargée d'analyser les différents mécontentements populaires suscités par l'armée et de proposer, sur cette base, des réformes. Composée de 22 membres provenant de différents milieux (politiciens, sociologues, militaires, journalistes), elle fut présidée par le conseiller aux Etats Schoch (prd, AR) et compta dans ses rangs les députés David (pdc, SG) et Jeanprêtre (ps, VD). Dans son rapport final, la commission Schoch ne remet pas en question les principes de défense, d'armée de milice et d'obligation de servir. Mais, parmi plus de cinquante propositions, elle suggère de remplacer le service militaire obligatoire par une obligation générale de servir. Celle-ci serait caractérisée par une liberté de choix la plus grande possible entre services armé et civil de même durée, les femmes disposant d'une possibilité identique sur la base du volontariat. Par ailleurs, le groupe Schoch propose également une réorganisation de la conduite et de l'instruction de l'armée (style coopératif et communicatif; davantage de moyens pour la formation), une nouvelle conception de l'information (médiateur), la professionnalisation des instructeurs et le remplacement des tribunaux militaires par des tribunaux cantonaux. En matière de politique de sécurité, il souhaite la création d'un institut de recherche sur la paix et d'un Conseil ayant une fonction analytique et dynamique. Parmi les dispositions transitoires envisagées figure notamment celle d'un service civil de remplacement pour les objecteurs de conscience, fondé sur la preuve par l'acte.

Ces altérations successives de la décision s'expliquent par les critiques croissantes envers cette acquisition, visant le coût financier, les qualités techniques du F-18 et son adéquation avec les objectifs de la défense suisse. Si, initialement, c'était surtout le parti socialiste qui s'opposait à cette opération, demandant que le dossier d'évaluation soit rendu public, il a, depuis lors, été rejoint par le parti écologiste et certains partis bourgeois. Ainsi, les démocrates-chrétiens et ceux du centre, s'ils demeurent fondamentalement favorables à l'achat d'un nouvel avion de combat, souhaitent une réflexion plus approfondie, voire le renvoi d'une ou deux années de la décision, ainsi que la réévaluation du F-16. Les radicaux, bien que soutenant leur conseiller fédéral, s'inquiètent néanmoins du montant final de la facture.

Composé principalement d'officiers de milice et de fonctionnaires du DMF, le groupe de travail indépendant Napf propose la modification de l'article 18 de la Constitution fédérale (sur l'obligation de servir) afin d'y ancrer le principe d'un service à la communauté. Cette formule diffère de celle de la commission Schoch puisqu'elle n'offre pas un libre choix entre services militaire et communautaire, l'affectation à ce dernier se faisant en fonction des contingents cantonaux (Lorsque les contingents fixés pour chaque canton sont remplis, il est alors possible d'affecter certaines personnes au service communautaire). De plus, les deux types d'obligation n'ont pas la même durée (service communautaire 1,5 fois plus long) et le critère du grave conflit de conscience demeure.

Le groupe radical (Mo. 90.447) et le député Blocher (udc, ZH) (Mo. 90.428) déposèrent des textes demandant la création d'un département fédéral de la défense, regroupant l'armée, la protection civile, les engagements en faveur de la paix et le Corps suisse d'aide en cas de catastrophe. A cette dernière insertion s'opposa catégoriquement son directeur, Charles Raedersdorf.

Le Conseil national a transmis le postulat Meier (ds, ZH) souhaitant une semaine de cinq jours pour les recrues et les soldats en cours de répétition et, sous forme de postulat, la motion Spielmann (pdt, GE) (Mo. 89.701) demandant une diminution généralisée de la durée des obligations militaires.

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Un problème supplémentaire réside dans le missile américain air-air Amraam (Advanced Medium Range Air-to-Air Missile). Berne envisageait de doter le F-18 de ce type d'engin afin de compenser une réduction du nombre des aéronefs, mais l'armée américaine vient d'en interrompre la production en raison de défauts de fabrication.

En février et mars, K. Villiger effectua une visite officielle de six jours aux Etats-Unis. Ses entretiens avec son homologue américain Richard Cheney ainsi qu'avec des représentants de la firme McDonnell Douglas portèrent sur l'achat des avions de combat F/A-18 Hornet.

Dans le domaine budgétaire, les deux initiatives parlementaires des députés Hubacher (ps, BS), demandant le référendum financier en matière d'armement, et Oehler (pdc, SG) (90.227), souhaitant une révision du système de la planification financière du DMF, ont été rejetées par la commission du Conseil national.