Outre le rapport sur l'affaire de l'aide-mémoire électronique, le Conseil des Etats a également pris acte du rapport publié par sa propre commission de gestion concernant les deux autres affaires (Diamant et Didacta). Exprimant largement les mêmes critiques que celles faites au sujet de l'affaire des CD-Rom, les sénateurs ont plus particulièrement dénoncé la totale liberté dont avait bénéficié le colonel Nyffenegger. Cette absence de surveillance de la part des plus hauts échelons de la hiérarchie – Conseil fédéral inclus – était, aux yeux des conseillers aux Etats, à l'origine du faramineux dépassement de budget relatif à la commémoration de la mobilisation de 1939. Rapporteur de la commission, le socialiste Aeby (FR) a souligné que le «chèque en blanc» donné au colonel Nyffenegger s'expliquait sans doute par le fait que les autorités, soucieuses avant tout de donner une image positive de l'armée à quelques mois de la votation sur sa suppression, avaient été peu regardantes sur les moyens. Relevant également l'opacité totale de la comptabilité du DMF en la matière, le sénateur socialiste a dénoncé une volonté de dissimuler au parlement l'importance des ressources financières engagées pour ces opérations de relations publiques.

Affaire Nyffenegger