Adoptée par les deux Chambres, la révision partielle de la loi sur l'organisation militaire (OM) introduira toute une série de mesures dont la plus importante réside dans la suppression du service complémentaire. Subséquemment, l'incorporation différenciée sera mise en oeuvre ainsi qu'une nouvelle réglementation des inspections (passant de neuf à trois) et l'inscription dans la loi du droit de plainte du militaire. Si les Conseils refusèrent tous deux la mention, dans la norme, d'un contrôle de sécurité dans le domaine militaire, une divergence apparut néanmoins quant à la dénomination de la fonction d'officier confiée à un soldat ou à un sous-officer ayant des connaissances particulières. Après avoir initialement proposé l'intitulé «fonction d'officier», le Conseil des Etats se rallia à la version choisie par la grande chambre, à savoir celle d'«officier spécialiste».
Les débats au Conseil national ne furent néanmoins pas dépourvus de critiques, le groupe socialiste ayant proposé, sans succès, le renvoi du projet au Conseil fédéral. L'estimant insuffisant, il demanda au gouvernement une révision fondamentale de l'OM, comprenant, par exemple, la suppression de la justice militaire en temps de paix, l'abandon de l'obligation de grader, l'interdiction d'utiliser l'armée afin de contrôler l'ordre intérieur, la création d'un véritable service civil et un accès facilité au service sans arme. Cependant, comme elle estima que le projet contenait aussi des points positifs, la fraction socialiste, par la suite, ne le combattit pas. Les deux propositions de la députée Leutenegger-Oberholzer (pe, BL) visant à supprimer les tirs obligatoires hors service et l'encouragement fédéral à l'instruction militaire préparatoire des jeunes furent rejetées.
La révision complète de l'arrêté concernant la formation des officiers fut également adoptée par le parlement.

A ces décisions s'opposèrent le lancement et l'aboutissement de l'initiative populaire «40 places d'armes, ça suffit! L'armée doit aussi se soumettre à la législation sur la protection de l'environnement». Initiée par l'ARNA en juin, soutenue par les socialistes, les écologistes, les indépendants et les évangéliques, elle fut déposée en décembre, munie de 120'983 signatures. Elle demande principalement l'interdiction de toute nouvelle construction de places d'armes en Suisse, avec un effet rétroactif au 1er avril 1990, ce qui entraînerait l'interdiction de l'édification de la seconde étape de la caserne de Gossau. Ce problème refera donc à plusieurs titres surface devant les Chambres car, bien qu'une première motion du député Rechsteiner (ps, SG) (Mo. 89.829) demandant la renonciation à la première phase de l'élévation de la place d'armes eût été rejetée par le Conseil national, une seconde motion du même homme, plus radicale puisqu'exigeant un moratoire total d'au moins cinq ans pour les achats, les constructions et les acquisitions de terrains à des fins militaires, est toujours pendante.

Ayant surmonté une proposition de renvoi du député Bodenmann (ps, VS), arguant de la nouvelle situation en Europe pour réduire les dépenses de l'armée, le programme des constructions 1990 donna par ailleurs lieu à une délibération à huis clos du Conseil national. Cette dernière, ayant trait au poste des ouvrages pour l'infrastructure de commandement, portait sur un crédit de CHF 56.5 millions relatif à l'abri du Conseil fédéral en cas de crise. Le groupe socialiste, bien que ne s'opposant pas véritablement au projet, souhaita, sans succès, qu'une délégation parlementaire puisse visiter cette installation dont la localisation et les coûts totaux sont strictement secrets.

La P-26 fut dirigée par un juriste de 58 ans, Efrem Cattelan, alias Rico, alors que le P-27 le fut par Ferdinand Knecht, colonel de milice, alias James. Ces deux «projets (P)» étaient issus de l'organisation conçue dans les années septante par le colonel Bachmann. Cependant, l'histoire de la P-26 – par ailleurs «explicitement» fondée dans sa mission actuelle en 1981 par le chef de l'Etat-major général Jörg Zumstein – est antérieure puisqu'elle remonte au postulat Jaeckle de 1956. Dotée en hommes (400 personnes mais effectif théorique de 800) et en armes (quelques centaines de pistolets-mitrailleurs, de pistolets et de fusils spéciaux ainsi que des grenades et des explosifs), la P-26 constituait, aux yeux de la CEP II, un danger potentiel pour l'ordre constitutionnel du pays car les autorités politiques n'en avaient pas le contrôle effectif. Le P-27, mis sur pied à partir de 1980, procédait notamment à la récolte de renseignements à l'étranger, théoriquement par le biais de méthodes nonconventionnelles, au traitement de ces informations ainsi qu'à des écoutes radio (Dans les faits, de telles méthodes non-conventionnelles semblent ne pas avoir été utilisées).
La CEP II conseilla, dans ses conclusions, une légalisation de ces domaines, voire le démantèlement de la P-26, souhait que le Conséil fédéral réalisa en proclamant la dissolution, le 14 novembre, de la P-26 et, le 12 décembre, du P-27, cette dernière résultant de la divulgation du nom de son chef.

Avant la votation du 26 novembre 1989 sur l'initiative demandant la suppression de l'armée, le chef du DMF avait créé une commission chargée d'analyser les différents mécontentements populaires suscités par l'armée et de proposer, sur cette base, des réformes. Composée de 22 membres provenant de différents milieux (politiciens, sociologues, militaires, journalistes), elle fut présidée par le conseiller aux Etats Schoch (prd, AR) et compta dans ses rangs les députés David (pdc, SG) et Jeanprêtre (ps, VD). Dans son rapport final, la commission Schoch ne remet pas en question les principes de défense, d'armée de milice et d'obligation de servir. Mais, parmi plus de cinquante propositions, elle suggère de remplacer le service militaire obligatoire par une obligation générale de servir. Celle-ci serait caractérisée par une liberté de choix la plus grande possible entre services armé et civil de même durée, les femmes disposant d'une possibilité identique sur la base du volontariat. Par ailleurs, le groupe Schoch propose également une réorganisation de la conduite et de l'instruction de l'armée (style coopératif et communicatif; davantage de moyens pour la formation), une nouvelle conception de l'information (médiateur), la professionnalisation des instructeurs et le remplacement des tribunaux militaires par des tribunaux cantonaux. En matière de politique de sécurité, il souhaite la création d'un institut de recherche sur la paix et d'un Conseil ayant une fonction analytique et dynamique. Parmi les dispositions transitoires envisagées figure notamment celle d'un service civil de remplacement pour les objecteurs de conscience, fondé sur la preuve par l'acte.

Composé principalement d'officiers de milice et de fonctionnaires du DMF, le groupe de travail indépendant Napf propose la modification de l'article 18 de la Constitution fédérale (sur l'obligation de servir) afin d'y ancrer le principe d'un service à la communauté. Cette formule diffère de celle de la commission Schoch puisqu'elle n'offre pas un libre choix entre services militaire et communautaire, l'affectation à ce dernier se faisant en fonction des contingents cantonaux (Lorsque les contingents fixés pour chaque canton sont remplis, il est alors possible d'affecter certaines personnes au service communautaire). De plus, les deux types d'obligation n'ont pas la même durée (service communautaire 1,5 fois plus long) et le critère du grave conflit de conscience demeure.

Le groupe radical (Mo. 90.447) et le député Blocher (udc, ZH) (Mo. 90.428) déposèrent des textes demandant la création d'un département fédéral de la défense, regroupant l'armée, la protection civile, les engagements en faveur de la paix et le Corps suisse d'aide en cas de catastrophe. A cette dernière insertion s'opposa catégoriquement son directeur, Charles Raedersdorf.

Le Conseil national a transmis le postulat Meier (ds, ZH) souhaitant une semaine de cinq jours pour les recrues et les soldats en cours de répétition et, sous forme de postulat, la motion Spielmann (pdt, GE) (Mo. 89.701) demandant une diminution généralisée de la durée des obligations militaires.

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Dans le domaine budgétaire, les deux initiatives parlementaires des députés Hubacher (ps, BS), demandant le référendum financier en matière d'armement, et Oehler (pdc, SG) (90.227), souhaitant une révision du système de la planification financière du DMF, ont été rejetées par la commission du Conseil national.