Les réactions à ce projet allèrent de la satisfaction à la déception. Si le PDC, I'UDC et le PRD ont estimé que les plans d’«Armée 95» sont positifs, le premier voudrait voir réorganisés d'autres domaines de la politique de sécurité et le second regrette le plafonnement des dépenses militaires, alors que la nouvelle doctrine exige un armement sophistiqué. Pour la gauche et les écologistes, le projet du DMF ne constitue qu'une réforme de surface qui n'aborde pas les vrais problèmes.

En fin d'année 1991, le gouvernement a présenté son rapport sur le sujet, qui reprenait dans les grandes lignes les conclusions du juge Cornu, et a proposé le classement de la motion qui lui avait donné naissance. La CEP DMF a tenu à souligner que les résultats de l'enquête ne devaient pas être considérés comme définitifs, l'impossibilité de mener des investigations à l'étranger pouvant limiter certaines connaissances. Cependant, elle a indiqué qu'elle parvenait à une même appréciation des faits que le gouvernement et recommanda au parlement de prendre acte du rapport, ce qui fut fait. Le Conseil national dut toutefois surmonter une proposition de renvoi de la part du groupe socialiste. Ce dernier désirait que la CEP DMF complète ces travaux en appréciant le rôle joué par la CIA dans l'organisation du P-26 et par le P-26 dans le réseau d'organisations de résistance d'Europe occidentale, ainsi qu'en évaluant les problèmes liés à la neutralité au vu du degré de dépendance du P-26 envers les services secrets étrangers.

Le Conseil national a encore pris connaissance du rapport de la commission de gestion sur le suivi relatif à la CEP DMF. Selon ce document, le service de renseignement P-27 devrait être liquidé au début de l'année 1992 et transféré dans le groupement de l'Etat-major général, opération qui a semblé se dérouler de manière satisfaisante. D'autre part, certaines sources du P-27 pourraient être utilisées désormais par le Groupement renseignement et sécurité. La surveillance financière des services de renseignements devrait être renforcée afin d'éviter que ne se constitue un organisme à caractère privé. La commission demande, en outre, que les services de renseignements militaires renoncent à collecter des informations à l'intérieur du territoire suisse et que ses contacts avec le Ministère public soient limités.

Les Chambres ont transmis un postulat Ziegler (pdc, UR) et une motion Hari (udc, BE) (Mo. 91.3164), transformée en postulat, demandant au gouvernement de prendre des mesures afin de compenser, dans les régions concernées, la réduction des emplois du DMF qu'entraîne la réforme de l'armée ainsi que les mesures d'économie de la Confédération, notamment en ce qui concerne les entreprises d'armement et d'entretien.

Le Conseil national a transmis, sous forme de postulat, une motion du groupe démocrate-chrétien qui demande un réexamen d'urgence de la politique de sécurité. Parmi les mesures proposées figurent notamment la réorganisation du DMF, des entreprises d'armement et de la structure de direction de l'armée, ainsi que la réduction de la durée du service militaire et la mise en place d'un médiateur. La même Chambre a encore transmis la motion du conseiller aux Etats Uhlmann (udc, TG) (Mo. 90.528) demandant au Conseil fédéral un rapport sur une nouvelle conception de la défense nationale. Elle a également accepté le postulat Ledergerber (ps, ZH) (Po. 91.3196) invitant le gouvernement à concevoir et rédiger le plan directeur «Armée 95» de façon que le parlement puisse choisir entre plusieurs variantes relatives au nombre de soldats, à leur organisation ou à leur armement.

Les Chambres ont pris connaissance du rapport de la CEP DMF sur la démobilisation du P-26; la CEP a ainsi pu attester que les locaux du P-26 avaient été mis sous scellés, les contrats de bail résiliés, les armes, les munitions et autres objets inventoriés et remis à l'armée et les documents détruits ou archivés à des fins historiques par les soins du DMF. Le personnel, quant à lui, doit se voir attribuer de nouvelles fonctions au sein du DMF.

Le Conseil des Etats a facilement adopté le budget militaire proposé par le gouvernement; celui-ci, d'un montant global de CHF 6.27 milliards, était en augmentation de 137 millions par rapport à 1991, ce qui ne compensait que partiellement le renchérissement. Par ailleurs, alors que les dépenses d'armement diminuaient de 0.5%, celles d'exploitation augmentaient de 3.8%. Au Conseil national, une minorité de la commission, composée et soutenue par les socialistes, désira lui apporter toute une série de modifications; la principale d'entre elles consistait en une réduction linéaire de 10% (CHF 530 millions) des dépenses pour la défense nationale. Selon la minorité, cela s'imposait du fait des changements intervenus dans la situation internationale et de la nécessité d'équilibrer le budget fédéral. Cependant, toutes ces propositions furent repoussées et la grande chambre se conforma à la décision du Conseil des Etats.

Une polémique est née autour de la proposition de nommer la capitaine Mariette Paschoud au grade de major. Celle-ci, connue pour son soutien apporté aux thèses révisionnistes sur l'holocauste, avait déjà été la cause de divers scandales, notamment lorsqu'elle occupait le poste d'enseignante dont elle fut relevée. Sur proposition du chef du DMF, le gouvernement a finalement décidé de ne pas donner son aval à cette nomination.

Le Conseil fédéral a modifié l'ordonnance sur le service féminin de l'armée, afin que, dès le 1er janvier, les membres du SFA aient la possibilité de porter une arme. Cela répond à diverses demandes faites dans ce sens. L'arme, purement défensive, est un pistolet et son port est facultatif. Les 900 femmes intéressées à son obtention doivent suivre un cours de formation adéquat. Par ailleurs, pour rapprocher les performances des femmes de celles des hommes, il est également prévu de prolonger la formation des cadres du SFA. Les sous-officiers verront ainsi leur période d'instruction passer de trois à quatre semaines et les officiers de quatre à six semaines. En outre, il sera possible de suivre une formation de pilote de milice, sans toutefois pouvoir se charger de missions de combat.

A l'occasion d'un entretien avec l’ATS, Kaspar Villiger a exposé ses vues sur le rôle de la Suisse et de son armée au niveau international. Ainsi, selon lui, la Suisse devra, qu'elle adhère ou non à la CE, adapter sa politique de sécurité au contexte européen. Diverses options devraient ainsi être envisagées pour permettre à l'armée de tenir sa place. Cela signifie que le projet «Armée 95» devra être assez souple pour laisser toutes les portes ouvertes (redéfinition du concept de service obligatoire, réduction des forces, renoncement à certaines armes, etc.). Pour le chef du DMF, la Suisse devrait envisager une «neutralité différenciée»; neutralité stricte dans le cadre des conflits extraeuropéens, mais solidarité lorsqu'une menace pèserait sur l'ensemble de l'Europe. Cependant, il ne juge pas approprié de participer à une coalition internationale ou à une politique européenne de grande puissance, et entend ne pas remettre en cause le système d'armée de milice.

La chambre du peuple, après avoir transmis deux textes de même teneur en 1990, a accepté l'initiative du canton du Jura, demandant que toutes les personnes handicapées physiquement et mentalement soient exonérées du paiement de la taxe militaire. Le Conseil des Etats a fait de même.

Le Conseil fédéral s'est montré tout à fait opposé à l'initiative populaire «40 places d'armes, ça suffit! L'armée doit aussi se soumettre à la législation sur la protection de l'environnement» et en a demandé le rejet, estimant qu'il n'aurait, sans cela, plus le moyen d'assumer les tâches qui lui incombent. Il a précisé, dans son message, que si l'armée n'envisage pas aujourd'hui de construire de nouvelles places d'armes ou de nouveaux aérodromes, il n'en allait pas de même pour les places d'exercice ou de tir. Or, si ce texte était accepté et que des besoins supplémentaires en instruction se faisaient sentir, ou si certaines places devaient être abandonnées, l'armée devrait utiliser plus de terrains non militaires et occasionnerait des charges supplémentaires pour les places d'armes actuelles. Le second argument majeur du gouvernement concerne la disposition de l'initiative stipulant que les installations militaires doivent être soumises au même régime que les installations civiles et qu'elles doivent être régies par les législations fédérales et cantonales sur la protection de l'environnement, l'aménagement du territoire et la police des constructions. Or, les domaines où la Confédération est chargée d'exécuter des tâches d'intérêt national, tels les chemins de fer, les routes nationales ou l'aviation civile, ne sont soumis qu'à des prescriptions fédérales. L'initiative créerait donc une inégalité de traitement. De plus, elle rendrait impossible la sauvegarde du secret en matière militaire et créerait de trop longues procédures juridiques aux niveaux cantonal et communal. Concernant le cas de Neuchlen-Anschwilen (SG), le Conseil fédéral précise que, d'une part, il ne constitue pas une place d'armes supplémentaire mais remplace seulement la caserne de Saint-Gall et que, d'autre part, le projet est compatible avec les exigences de la protection de la nature.

Approùvé à l'unanimité par le Conseil des Etats en juin, le programme des constructions 1991 s'élève à CHF 255.25 millions, soit une réduction de près de 115 millions par rapport à celui de 1990. Ce montant est le plus faible depuis 1984. Il maintient l'orientation initiée en 1990 en faveur de réalisations destinées à l'instruction. De cette somme, 40% (CHF 102 millions) sont affectés aux infrastructures de combat et de commandement, 34% (CHF 87 millions) sont destinés à l'instruction, 21% (CHF 54 millions) sont attribués à la logistique – principalement en faveur de la rénovation et des constructions de l'arsenal de Bière (VD) – le solde étant réparti entre dix crédits additionnels dus au renchérissement. Au Conseil national, la tranche annuelle de crédit de CHF 25 millions destinée à la construction du «bunker secret» du Conseil fédéral à Kandersteg (BE) fut particulièrement contestée. La gauche et les écologistes désiraient que le parlement se prononce d'abord sur un crédit d'engagement pour l'ensemble de l'ouvrage (environ 250 millions). Cette proposition fut rejetée. Par ailleurs, cette même Chambre a proposé de faire passer le crédit consacré à la rénovation des cantonnements de 10 à 15 millions, ce que le Conseil des Etats accepta ensuite facilement.

La grande chambre a transmis trois postulats Fierz (pe, BE) (Po. 91.3255, 91.3265 & 91.3266) concernant la réforme de certains modes de fonctionnement de l'armée. Le premier demande d'examiner l'importance du temps perdu dans les écoles de recrues et les cours de répétition, et d'essayer de remédier à ce problème. Le second propose d'étudier la formation militaire afin d'éliminer les formes en usage ainsi que les types d'entraînement désuets ne correspondant plus à notre époque. Le troisième vise à améliorer la formation et la préparation par une prolongation des écoles de sous-officiers et des cours de cadre, et une réduction de la durée des cours de répétition et des écoles de recrue.

La réaction des partis a été unanime. Ils ont tous désapprouvé les agissements des organisations secrètes et ont émis le souhait qu'à l'avenir les services helvétiques de ce type soient en permanence placés sous contrôle politique.

En décembre 1990, suite aux révélations de la commission d'enquête parlementaire (CEP DMF), les Chambres chargèrent, par le biais d'une motion (Motion 5), le Conseil fédéral d'enquêter sur d'éventuelles relations entre l'organisation suisse P-26 et d'autres organismes similaires fonctionnant ou ayant fonctionné dans certains pays européens (Organisations mises au grand jour par plusieurs enquêtes et révélations journalistiques, par exemple le réseau Gladio). Le gouvernement demanda alors au juge instructeur neuchâtelois Pierre Cornu de mener une enquête administrative. Celle-ci conclut à la réalité de l'existence d'entités de résistance (dites «stay behind organizations») dans divers pays européens, dont les représentants se réunissaient au sein de comités internationaux; ces derniers n'étaient cependant pas liés organiquement à l'OTAN, comme certaines rumeurs médiatiques le firent initialement croire. L'organisation secrète de résistance suisse P-26 et le service spécial P-27 ne participèrent pas à ces comités et n'entretinrent aucun contact avec eux. Par contre, ils eurent des relations bilatérales relativement étroites avec les services officiels britanniques. Ces contacts consistaient en la participation réciproque de cadres à des exercices et cours organisés dans les deux pays et auraient notablement influencé la structuration des organismes helvétiques.
D'autre part, la Suisse acquit, à la fin des années quatre-vingts et après approbation du chef de l'Etat-major général, du président de la délégation parlementaire des finances et du directeur du contrôle fédéral des finances, des moyens de communication appartenant au système Harpoon. Il était prévu d'installer une centrale de transmission de ce type en Grande-Bretagne, mais cette idée ne fut pas concrétisée. A ce propos, les conclusions de l'enquête mettent en doute la pertinence d'un tel achat en regard de la neutralité suisse, le système Harpoon devant être, à terme, employé par l'ensemble des organismes «stay behind» du continent.
L'investigation précise par ailleurs que, subjectivement, il n'y a pas eu violation de secrets militaires et de fonction puisque, si les cadres des P-26 et 27 ont communiqué aux services britanniques des informations confidentielles, ils n'ont pas voulu agir à l'encontre des intérêts de l'Etat.
Cependant, certaines sources journalistiques ont continué de s'interroger sur l'indépendance réelle des deux organismes suisses; en effet, il semblerait que les analogies entre le P-26 et les structures «Stay behind» européennes soient fort nombreuses, notamment en ce qui concerne les fondements idéologico-politiques, le mode de recrutement, l'organisation, les procédés d'instruction, les scénarios d'action et les moyens techniques (Harpoon).

La chambre du peuple, par 77 voix contre 48, a rejeté l'initiative parlementaire Spielmann (pdt, GE), qui demandait l'abolition de la justice militaire en temps de paix. Elle a cependant accepté un postulat de sa commission, qui souhaite un rapport déterminant les secteurs de la justice militaire qui pourraient être soumis à la justice civile.

Le Conseil fédéral, afin de remplacer le commandant de corps Rolf Binder (partant pour la retraite), a nommé, au 1er janvier 1992, le commandant de corps Jean-Rodolphe Christen en qualité de chef de l'instruction. Ce dernier, âgé de 57 ans, commandait jusque-là le corps d'armée de campagne 1. Le divisionnaire Jean Abt, promu commandant de corps, lui a succédé à ce poste.

Le parti socialiste suisse a lancé une initiative populaire «pour moins de dépenses militaires et davantage de politique de paix». Ce texte entend modifier les dispositions transitoires de la Constitution fédérale afin que celles-ci mentionnent, dans un nouvel article, l'obligation faite à la Confédération de diminuer de 10% par exercice financier le budget du DMF, jus-qu'à concurrence d'une réduction totale de 50% des crédits par rapport à ceux de l'année de référence (à savoir, celle précédant la première réduction). Les montants ainsi libérés seraient affectés, selon ce texte, à la politique de paix ainsi qu'à la politique sociale. Par ailleurs, l'initiative mentionne explicitement le devoir, pour l'Etat, de pourvoir à la reconversion des entreprises fédérales d'armement et des administrations touchées par ces mesures.

Le Conseil national a adopté le postulat Brügger (ps, FR), souhaitant généraliser l'utilisation de techniques de simulation pour l'instruction de la troupe. A ce sujet, le commandant de corps Rolf Binder s'est prononcé en faveur d'une extension de l'utilisation des simulateurs; ceux-ci sont silencieux, ne polluent pas l'air, économisent les munitions et permettent de pallier le manque d'instructeurs, en particulier en ce qui concerne les armes sophistiquées.

Kaspar Villiger, lors d'un voyage en Hongrie, a convenu avec les autorités de ce pays de collaborer dans le domaine militaire. La Hongrie, intéressée par le système de milice helvétique, devrait ainsi envoyer des officiers (probablement dès 1992) suivre des cours en Suisse. Le chef du DMF a évoqué la possibilité, à moyen terme, que des échanges de vues réguliers aient lieu avec les forces hongroises. D'autre part, il a été décidé d'une collaboration entre les deux pays en matière de production d'équipement militaire.

En 1990, le SFA avait lancé une campagne publicitaire inédite à travers tout le pays par le biais d'envois directs afin de recruter des volontaires pour ce service. Selon le brigadier Eugénie Pollack, chef du SFA, celle-ci fut une réussite, puisque 2'500 personnes furent sérieusement intéressées et cent femmes s'étaient décidées, au début de l'année, à entrer dans l'armée. Malgré ce succès, le nombre de nouvelles inscriptions est cependant en recul.

Dans son avis sur le rapport de la CEP II, le Conseil fédéral insista sur la nécessité de tenir compte du contexte de l'époque ayant vu la création des organismes mentionnés, à savoir celui de la guerre froide. Il stipula par ailleurs que le parlement, depuis le rapport du groupe de travail Bachmann des commissions de gestion en 1981, devait avoir conscience des exigences contradictoires existant entre la sauvegarde du secret et le besoin d'un contrôle législatif. S'il reconnut qu'une activité de surveillance, à l'intérieur du pays, par le service de renseignements militaire était inadmissible, il nota néanmoins que le rapport de la CEP II ne confirmait pas l'hypothèse initiale d'un espionnage systématique de citoyens et d'organisations suisses. Par contre, il demeura emprunté quant à l'utilisation du «trésor de guerre» constitué par la P-26, s'élevant à CHF quelque six millions. Dans un premier temps, il envisagea de l'attribuer à la Croix-Rouge mais aucune suite concrète immédiate ne fut donnée à cette suggestion.

Lors des débats parlementaires sur ce rapport, toutes les propositions de la CEP II furent acceptées, comme elles le furent, auparavant, par le gouvernement. Ainsi en alla-t-il donc de l'initiative parlementaire demandant la création d'une délégation spéciale des deux Conseils chargée de contrôler les activités de l'administration liées aux renseignements et subordonnées au maintien du secret. En mars, la chambre basse avait transformé en postulat une motion Günter (adi, BE) (Mo 89.732) demandant une surveillance similaire (Signalons que le groupe radical a déposé une initiative parlementaire demandant la création d'une délégation à la sécurité chargée de surveiller les activités des organes de renseignement (Iv.pa. 90.233)). Ainsi en alla-t-il aussi de plusieurs motions exigeant des vérifications de sécurité dans le domaine militaire, l'examen des conventions de sauvegarde du secret et celui des relations de la P-26 avec l'étranger. Huit postulats furent également transmis, ayant trait notamment à la création d'un service de renseignement stratégique indépendant du DMF, à la suppression du cumul des fonctions de chef de la Police fédérale et de la Division sécurité, à l'interdiction, pour certaines divisions du DMF, de se livrer à des activités de surveillance en Suisse et à l'examen des relations réciproques des organes de contrôle. Au Conseil des Etats, le débat mit en évidence un clivage entre les radicaux, les démocrates du centre et les libéraux, minimisant la portée du rapport et justifiant ses découvertes les plus probantes par la guerre froide, les démocrates-chrétiens, ayant adopté une distance critique et les socialistes, indignés. Au Conseil national, où plus de cinquante orateurs prirent la parole, une scission semblable apparut entre la gauche et les écologistes qui, très sévères à l'égard de Kaspar Villiger, s'en prirent aux hauts fonctionnaires du DMF, et la droite qui réitéra son soutien au conseiller fédéral et souligna la responsabilité conjointe du gouvernement et du parlement.

Dans le cadre des discussions parlementaires sur le budget 1991 de la Confédération, les deux Chambres adoptèrent celui militaire présenté par le gouvernement. Au Conseil national, toutes les propositions de la gauche visant à le réduire ou à le geler furent rejetées. Constatant qu'il s'accroissait de 1,8% et sachant qu'un blocage des dépenses militaires est d'ores et déjà prévu par l'administration dans le plan financier 1992-1994 (ce qui signifie, en termes réels, un recul de CHF 2.1 milliards des dépenses dans ce domaine), la majorité de la chambre basse ne tint pas compte des arguments invoqués par les opposants au budget tels que la modification de la situation internationale ou les problèmes internes relatifs aux révélations de la CEP II. La seule proposition socialiste ayant trouvé grâce aux yeux des deux Chambres fut celle du député Lanz (ps, LU) demandant la suppression, dès 1991, de la convocation des troupes du Landsturm, d'ailleurs prévue par Armée 95. Une telle décision répondait à une volonté parlementaire puisque la grande chambre avait auparavant transmis deux postulats des députés Lanz (ps, LU) (Po. 90.730) et Kühne (pdc, SG) (Po. 90.801) allant dans ce sens.