Dans le contexte plus spécifique du seul P-26, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH) a souhaité, par le biais d'un postulat, que certains points liés aux finances ainsi qu'au personnel de l'organisation secrète de résistance soient éclaircis. Il s'agit plus particulièrement du montant total des dépenses faites, du degré d'implication de fonctionnaires fédéraux, de leur éventuelle indemnisation et de leur nom. La petite chambre a cependant rejeté ce texte après que Kaspar Villiger eut demandé de ne plus revenir sur cet épisode passé.

Après le Conseil national en 1989, le Conseil des Etats a adopté la modification du code pénal militaire décriminalisant le statut des objecteurs de conscience (projet Barras). Selon cette décision, l'objecteur ayant fait la preuve de son incapacité à concilier le service militaire avec ses valeurs éthiques fondamentales, sera reconnu coupable et astreint à un travail d'intérêt général d'une durée 1.5 fois plus longue que celle du service refusé.
Lors des débats dans la petite chambre, cette définition globale a néanmoins donné lieu à plusieurs objections visant, sans succès, à refuser le projet ou à en assouplir les différentes normes. Au niveau général, une proposition Reymond (pl, VD) de non-entrée en matière, basée sur les refus populaires, en 1977 et 1984, d'un véritable service civil, sur l'anticonstitutionnalité de la révision et sur le mécontentement qu'elle suscite, fut rejetée. L'extension de la notion d'objection authentique à tous les motifs de conscience, désirée par la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH), fut également repoussée, tout comme les suggestions en faveur d'une durée équivalente des deux services ou d'une astreinte civile 1.2 fois plus longue. Il en alla de même pour la proposition Masoni (prd, TI) demandant la suppression du verdict de culpabilité.

Dans le dernier poste du programme des constructions 1990 figure notamment le crédit pour la deuxième étape de l'édification de la place d'armes de Neuchlen-Anschwilen (commune de Gossau, SG). Devant remplacer la caserne de Saint-Gall détruite en 1980 en raison des travaux de la N1, cette élévation, dont le montant de la première étape fut adopté par les Chambres en 1989, reste très controversée, notamment par les partis socialiste, écologiste, indépendant et évangélique ainsi que par I'ARNA (Aktionsgruppe zur Rettung von Neuchlen-Anschwilen). S'ils invoquent la protection de l'environnement, les adversaires du projet demandent plus concrètement une pause de réflexion afin de pouvoir tenir compte de la nouvelle architecture européenne ainsi que du futur concept «Armée 95». Les partisans de la place d'armes, parmi lesquels on trouve un comité ad hoc (ISGA (sigle allemand), communauté d'intérêts en faveur de lieux de formation militaire sensés et crédibles), les partis bourgeois gouvernementaux et les libéraux, plaident quant à eux pour une amélioration et un assainissement des infrastructures.
Au Conseil national, ces derniers l'emportèrent puisque les propositions de rejet du crédit, de redimensionnement du projet, de déplacement de la caserne dans un autre lieu ainsi que celle d'un vote consultatif des populations concernées furent toutes repoussées. De surcroît, la majorité de la grande chambre intégra au programme des constructions 1990 l'engagement financier nécessaire à la troisième phase de la construction de cette place d'armes (CHF 12.97 millions), afin d'éviter la répétition d'un tel débat en 1991. Le Conseil des Etats entérina cette extension, malgré une proposition s'y opposant de la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).