Ces diverses interventions ont provoqué des protestations véhémentes de la part des organisations de protection de l'environnement et de la nature. Celles-ci ont dénoncé ce qu'elles considèrent comme une entreprise de sabotage de la protection des marais au seul bénéfice des intérêts de la construction et du tourisme. Pour sa part, le Conseil fédéral a déclaré qu'il n'entendait pas trahir la volonté populaire, mais qu'il était prêt à poursuivre sa collaboration étroite avec les cantons et à examiner de près les cas où des conflits importants existent, quitte à réduire le nombre d'objets figurant dans l'inventaire des sites marécageux.
Plusieurs interventions parlementaires visent à affaiblir la protection des maraisDossier: Rothenthurm-Initiative (Schutz der Moore)