Mit acht Differenzen kam der Voranschlag 2018 schliesslich in die Einigungskonferenz. Hier setzte sich die Version des Nationalrats beim umstrittensten Punkt knapp mit 14 zu 12 Stimmen durch: Die durch die Ablehnung der Altersreform 2020 frei gewordenen CHF 442 Mio. sollen der AHV zugute kommen, allerdings muss der Betrag auf CHF 370 Mio. reduziert werden, damit die Schuldenbremse eingehalten werden kann. In den übrigen, finanziell weniger gewichtigen Punkten folgte die Einigungskonferenz dem Ständerat.
In der Ständeratsdebatte betonte die Präsidentin der FK-SR, Anita Fetz (sp, BS), dass sich der Ständerat über die gesamte Budgetdebatte mehrheitlich durchgesetzt habe – ausser bei den AHV-Millionen. Da sie in der Debatte für alle drei diskutierten Varianten – Einzahlung in die AHV, in den BIF und Verwendung zum Schuldenabbau – Vor- und Nachteile gehört habe, bat sie die Ständekammer, „auf der institutionellen Ebene nicht die gleichen Machtspiele [zu] machen [...] wie unser Schwesterrat“ und entsprechend den Entscheid der Einigungskonferenz anzunehmen. Dagegen sprach sich eine Minderheit Müller (fdp, AG) aus. Die CHF 370 Mio. seien „angesichts des effektiven Finanzbedarfs der AHV [...] eine Placebomassnahme“, und da die gesetzliche Grundlage dazu innert kürzester Zeit und ohne Vernehmlassung geschaffen werden müsste, stünde der Voranschlag auf unsicherem Boden. Dieser Minderheit folgte der Ständerat mit 25 zu 16 Stimmen bei 2 Enthaltungen und lehnte damit den Vorschlag der Einigungskonferenz ab.
„Der Ständerat hat das gemacht, was wir letztes Jahr mit dem Voranschlag gemacht haben. Die Welt dreht sich weiter“, kommentierte Thomas Müller (svp, SG) die ständerätliche Entscheidung in der abschliessenden Nationalratsdebatte.
Somit wurde für die noch offenen Positionen der jeweils tiefere Betrag der beiden Räte aus der dritten Beratungsrunde für den definitiven Voranschlag übernommen. Folglich flossen die CHF 442 Mio. in den Schuldenabbau, AHV und BIF erhielten keine zusätzlichen Gelder. Die Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge wurde um CHF 41 Mio. reduziert und folgte somit bereits nicht mehr der 2016 neu geschaffenen Schätzmethode des SEM. Bei der Zollverwaltung wurden keine 30 neuen Stellen für das Grenzwachtkorps geschaffen, die aufgrund des Stellenplafonds andernorts hätten kompensiert werden müssen. Der Betrag für die höhere Schulbildung wurde auf dem bundesrätlichen Vorschlag, der Sollwert bei der Bedarfsplanung auf 2 Prozent belassen und die Gelder der Stiftung Schweizerische Theatersammlung sowie die Entschädigungen an 17 Einsatzbetriebe des Zivildienstes wurden nicht gestrichen. Insgesamt änderte das Parlament damit den bundesrätlichen Vorschlag auf 15 Positionen. Dadurch umfasste der Voranschlag 2018 budgetierte Ausgaben von CHF 71.027 Mrd. und budgetierte Einnahmen von CHF 71.322 Mrd., was einem Überschuss von CHF 295 Mio. und einem strukturellen Überschuss von CHF 437 Mio. entspricht.

En mars, suite au conflit fiscal qui opposait l’UE et la Suisse, le ministre allemand des finances, Peer Steinbrück, a tenu des propos agressifs envers la Suisse. L’ambassadeur allemand à Berne, Axel Berg, a été convoqué au palais fédéral. Le parlement a critiqué les paroles du ministre allemand mais également le comportement du Conseil fédéral. Le conflit s’est envenimé notamment lors de la comparaison faite par le député Thomas Müller (pdc, SG) avec la gestapo. La polémique s’est ainsi également propagée en Allemagne. Hans-Rudolf Merz a alors rappelé l’importance de l’entretien de bonnes relations avec l’Allemagne et la chancelière allemande, Angela Merkel, s’est distanciée des propos ayant déclenché la polémique. Par la suite, Micheline Calmy-Rey s’est rendue à Berlin afin de discuter du secret bancaire avec le ministre allemand des affaires étrangères, Frank-Walter Steinmeier. Ce dernier a félicité la Suisse pour sa volonté d’intégrer les standards de l’OCDE dans l’échange d’informations fiscales et a montré la volonté d’enterrer l’escalade qui a suivit les propos de son collègue ministre des finances. Au mois de mai, une délégation parlementaire est allée à Berlin rencontrer Peer Steinbrück. Suite à cette rencontre, la délégation a affirmé que le ministre allemand n’exigerait plus d’échange automatique d’informations en matière fiscale. Finalement, Hans-Rudolf Merz s’est rendu à Berlin afin de rencontrer le ministre allemand des finances et de confirmer la volonté d’assouplir le secret bancaire. Cette rencontre a mis fin aux tensions qui ont opposé l’Allemagne et la Suisse.