Die APK-SR hatte vor der Sommersession 2016 Stellung zur Motion Reimann (svp, SG) mit dem Titel «EU-Beitrittsgesuch, Klarheit schaffen» genommen und nach Stichentscheid des Präsidenten die Ablehnung ebenjener beantragt. Die Mehrheit der Kommission hatte die Motion für überflüssig befunden, während eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) gehofft hatte, durch die Annahme endlich Klarheit in der Sache schaffen zu können.
In der Beratung des Geschäfts während der Sommersession 2016 äusserte sich Ständerätin Seydoux-Christe (cvp, JU) als Sprecherin der Kommissionsmehrheit und bezeichnete den Inhalt der Motion als «unnötig», «bizarr» und «lächerlich». Die Vertreterin der Kommissionsminderheit – Karin Keller-Sutter – wies darauf hin, dass der Rückzug des Gesuchs aus Brüssel zwar keinen Vorteil, aber auch keinen Nachteil mit sich bringe und man dennoch nachdrücklich einen Schlussstrich ziehen würde. Der Ständerat tat es schliesslich dem Nationalrat gleich und nahm die Motion mit 27 zu 13 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) an.

Der Bundesrat beantragte im darauffolgenden Jahr die Abschreibung der Motion. Durch ein offizielles Schreiben setzte Bundespräsident Johann Schneider-Ammann den EU-Kommissionspräsidenten Jean-Claude Juncker davon in Kenntnis, dass das Gesuch gegenstandslos sei und als zurückgezogen angesehen werden müsse. Die EU nahm davon Kenntnis, womit die Motion erfüllt worden war. National- und Ständerat schrieben das Geschäft in der Sommersession 2017 ab.

Im Januar 2016 kam nach Monaten der Unsicherheit wieder Bewegung in den Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz. Bei einem Treffen des französischen Präsidenten François Hollande und Bundesrat Schneider-Ammann in Colmar (F) wurde eine Erklärung zur Beilegung des Konflikts unterzeichnet. Dass der Erklärung aber über Monate kein Abkommen folgte, führte bei den am Flughafen angesiedelten Unternehmen zu Nervosität. Im November 2016 konnten schliesslich Staatssekretär Yves Rossier und Christian Masset, Generalsekretär des französischen Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten und internationale Entwicklung, ein Abkommen erreichen, das den Streit beenden konnte. Gemäss dem Abkommen kommt im Schweizer Sektor des Flughafens weiterhin die Schweizer Mehrwertsteuer zur Anwendung. Die Unternehmenssteuereinnahmen des Flughafens werden zwischen Frankreich und der Schweiz aufgeteilt und es wird die französische Einkommenssteuer und die Schweizer Kapitalsteuer erhoben. Zudem wird der Aufwand der französischen Flugaufsichtsbehörde im Schweizer Sektor neu abgegolten.
Der Bundesrat genehmigte das Abkommen in seiner Sitzung vom 25. Januar 2017. Im Februar 2017 genehmigte die EU Frankreich eine Ausnahme, die es erlaubt, dass im Schweizer Sektor die Schweizer Mehrwertsteuer erhoben wird.

Im Oktober 2016 reiste der portugiesische Präsident Marcelo Rebelo de Sousa für einen zweitätigen Staatsbesuch in die Schweiz. Er wurde von Bundespräsident Schneider-Ammann in Genf begrüsst, der Bundesrat in corpore empfing den Gast danach in Bern. Der Besuch besass einen grossen symbolischen Wert, leben doch 270'000 Portugiesen in der Schweiz, die meisten davon in der Westschweiz. In den offiziellen Gesprächen wurden Bereiche zur engeren Kooperation festgelegt, so etwa im wirtschaftlichen Austausch, der Kooperation im Rahmen der UNO, in der Forschung sowie in der Energie-, Umwelt- und Klimapolitik. Bezüglich einer vertieften Zusammenarbeit in der Forschung sah sich die Schweiz aufgrund ihrer nicht vollständigen Assoziierung am Forschungsprogramm «Horizon 2020» eingeschränkt. Der zweite Tag des Staatsbesuchs stand im Zeichen der Kultur und der Berufsbildung – das Programm enthielt den Besuch eines Kunstmuseums und eines Industriebetriebs.

Die Flugreisen der Bundesräte waren auch 2016 ein mediales Thema. Anfang März veröffentlichte der Lufttransportdienst des Bundes seinen jährlichen Bericht mit den erbrachten Dienstleistungen. Insgesamt hatte die Regierung rund 680 Stunden des Jahres 2015 in der Luft verbracht. Gut ein Drittel davon entfielen auf den Aussenminister Didier Burkhalter (221 Stunden). Recht häufig in der Luft war auch Johann Schneider-Ammann (143 Stunden), wobei er häufig auch einen der vier zur Verfügung stehenden Helikopter benutzte (75 Stunden).

Im Februar 2016 empfing Bundespräsident Schneider-Ammann den tunesischen Präsidenten Beji Caid Essebsi in Bern für einen zweitägigen Staatsbesuch. Die guten Beziehungen zwischen der Schweiz und der noch jungen tunesischen Demokratie sollten weiter vertieft werden. Insbesondere versuchte man, neue Potenziale in den Wirtschaftsbeziehungen der beiden Länder – Tunesien liegt auf Platz 10 der wichtigsten Schweizer Handelspartner in Afrika – zu finden. Darüber hinaus wurden sechs gegenseitige Verpflichtungserklärungen unterschrieben, etwa zur Prävention von Extremismus, zu Visabestimmungen für diplomatisches Personal und zur Zusammenarbeit im Ausbildungsbereich.
Die während des Besuchs erfolgte Gründung einer schweizerisch-tunesischen Freundschaftsgruppe verdeutlichte die überaus positive Beziehung der beiden Staaten. Ziel der Gruppe, die von Alt-Bundesrat Samuel Schmid präsidiert wird, ist es, staatliche und nicht-staatliche Akteure aus der Berufsbildung der beiden Länder miteinander zu vernetzen.

Johann Schneider-Ammann a rencontré le vice-président américain Joe Biden. La rencontre a permis de réaffirmer la volonté de coopérer sur les questions liées à la formation professionnelle. Cette volonté de coopération avait, pour la première fois, été établie en 2014, lors du premier Congrès international sur la formation professionnelle à Winterthur.

Johann Schneider-Ammann a participé à la Conférence ministérielle de l’AELE qui s'est tenue le 23 novembre à Genève. Il a été question des négociations en cours concernant les accords de libre-échange avec la Géorgie, l'Inde, l'Indonésie, la Malaisie, les Philippines et le Vietnam et des accords en vue avec la Turquie, le Canada et le Mexique. Par ailleurs, les ministres de l'AELE ont rencontré l'ambassadeur américain Michael Punke, représentant adjoint au commerce, qui les a informés de l'avancement des négociations de libre-échange entre les Etats-Unis et l'UE.

Le 10 novembre, Johann Schneider-Ammann s'est déplacé à Bruxelles pour une visite de travail. Il a d'une part participé à la rencontre annuelle des ministres de l'AELE et de l'Union européenne. D'autre part, le conseiller fédéral a rencontré les commissaires européens Jyrki Katainen et Carlos Moedas avec lesquels il a discuté de la relation entre la Suisse et l'UE et de la situation des chercheurs suisses au sein du programme Horizon 2020.

Début novembre, Johann Schneider-Ammann s'est rendu à Londres pour une visite de travail. Il y a rencontré son homologue britannique Francis Maude avec qui il a entre autre évoqué la situation économique de la Suisse, du Royaume-Uni et de l'Europe. Le chef du DEFR a également participé au lancement officiel du programme "CTI Market Entry Camp UK" auquel des start-up suisses peuvent participer afin de s'implanter sur la marché britannique.

Fin octobre, Johann Schneider-Ammann a effectué une visite à Belgrade où il a rencontré le Premier Ministre serbe Aleksandar Vucic. Les deux hommes ont abordé divers points, notamment les relations bilatérales entre la Suisse et la Serbie ainsi que le système dual de formation professionnelle. En outre, le chef du DEFR et le Ministre de l'éducation, des sciences et du développement technologique Srdjan Verbic ont inauguré le Technoparc Belgrad, un projet suisse d'assistance visant à développer la commercialisation et l'exportation de jeunes entreprises serbes dans le domaine de la haute technologie.

Le 16 septembre, le vice-premier ministre vietnamien Vu Van Ninh était en visite à Berne pour s'entretenir avec Johann Schneider-Ammann des relations économiques et bilatérales entre les deux pays. Il a également était question des négociations de libre-échange entre l'AELE et le Vietnam en cours depuis 2012.
Parallèlement, le SECO a désigné le Vietnam comme étant l'un des pays prioritaires de la coopération économique au développement de la Suisse. Par conséquent, 100 millions de francs ont été investis dans des projets au Vietnam au cours de la période 2013-2016.

Angela Merkel a été reçue à Berne le 3 septembre pour une visite officielle. A cette occasion, la chancelière fédérale allemande a pu s'entretenir avec les conseillers fédéraux Sommaruga, Schneider-Ammann, Leuthard et Burkhalter à propos de la politique européenne, de la voie bilatérale unissant la Suisse à l'UE et des défis que soulève actuellement la pression migratoire. Lors des discussions ont également été évoquées certaines problématiques relatives aux crises affectant le sud et l'est de l'Europe, ainsi que des questions politiques en lien avec le climat, l'énergie et les transports.

Début septembre, le chef du DEFR a accueilli le ministre du Travail des Etats-Unis d’Amérique, Thomas E. Perez. Les deux hommes ont signé à Berne la déclaration d'intention qui avait déjà été signée en juillet à Washington par Johann Schneider-Ammann et la ministre américaine du Commerce Penny Pritzker, également concernée par la coopération.

Le 22 août, le conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann a accueilli le vice-chef du gouvernement du Liechtenstein et ministre de l’Intérieur, de la Justice et de l’Economie, Thomas Zwiefelhofer. Cette visite de travail a donné lieu à des discussions autour du franc fort, des moyens d'améliorer la situation des travailleurs âgés et du renforcement de la formation professionnelle duale. Il a également été question de la recherche et de l'innovation. Deux domaines dans lesquels les deux pays pourraient collaborer encore plus étroitement dans le futur. Le ministre liechtensteinois s'est par ailleurs entretenu avec Eveline Widmer-Schlumpf à propos de la collaboration dans le domaine douanier.

Le 6 août, Johann Schneider-Ammann a représenté la Suisse lors de l'inauguration du nouveau canal de Suez.

Une délégation suisse s'est rendue à la Silicon Valley et à Washington pour une mission économique et scientifique. Elle était accompagnée par le chef du DEFR. Le voyage qui a duré du 5 au 10 juillet avait pour but de resserrer la coopération dans les domaines de l’innovation et de la formation professionnelle ainsi que de renforcer les liens économiques avec les États-Unis. Avant de retourner en Suisse, Johann Schneider-Ammann et son homologue américaine, la ministre Penny S. Pritzker, ont signé une déclaration d’intention sur la formation professionnelle.

Regierungsflugzeuge erhalten meist im Zusammenhang mit ihren despotischen Besitzern, die sich trotz der Armut ihrer Bevölkerungen teure Auslandreisen in Luxusjets leisten, Medienaufmerksamkeit. In der Schweiz stehen Flugreisen von Bundesräten hingegen eher selten im Fokus der schreibenden Zunft - wobei das Jahr 2015 eine Ausnahme zu sein scheint. Allerdings stand nicht die Ausstattung der Transportmittel zur Debatte - der Regierung stehen seit Mitte 2013 ein Falcon 900 EX-Jet und zwei Helikopter zur freien Verfügung - sondern die überraschend stark unterschiedliche Nutzung. So hatte etwa die Sonntagszeitung die Anzahl Helikopterflüge der Regierungsmitglieder für das Jahr 2014 recherchiert. Während Johann Schneider-Ammann rund 97 Stunden in einem Helikopter sass und damit laut der Sonntagszeitung Kosten von CHF 560'700 verursacht hatte, setzte sich Eveline Widmer-Schlumpf im Jahr 2014 gerade mal während rund eineinhalb Stunden in einen Helikopter und verursachte damit Kosten von CHF 16'000. Während die BDP-Magistratin für Auftritte in der Fernsehsendung "Arena" den Zug nehme, lasse sich Johann Schneider-Ammann mit dem Helikopter nach Leutschenbach fliegen - so die Sonntagszeitung. Allerdings muss relativiert werden: Geflogen werden die Helikopter von Armeepiloten, die damit die verlangten Trainingsstunden abgelten können, was sie ansonsten mit Leerflügen machen müssten.
Dies gilt auch für Flüge mit dem Bundesratsjet. So wurde etwa die durch Aussenminister Didier Burkhalter verursachten Kosten von CHF 460'000 für seine Arbeitsbesuche in Australien, Neuseeland und Vanuatu - wo vorher noch nie ein Schweizer Regierungsmitglied war - zuerst als bisher teuerste Reise eines Schweizer Aussenministers stark kritisiert. Ein Linienflug hätte die Staatskasse lediglich mit CHF 79'000 belastet. Rechnet man allerdings die Leerflüge auf, welche Militärpiloten hätten fliegen müssen, wenn Burkhalter nicht den Bundesratsjet gebucht hätte, hat die Reise lediglich CHF 46'000 an Kosten verursacht (die Kosten für die Flüge werden dem VBS übertragen) - war also letztlich nicht nur günstiger als mit einem Linienflug, sondern bot dem Aussenminister auch mehr Flexibilität.

Le 22 juin, Johann Schneider-Ammann a pris part à la conférence des ministres de l’AELE à Schaan, au Liechtenstein. Les ministres se sont entretenus sur la politique de libre-échange et sur la relation entre l'AELE et l'Union européenne. Ils ont également signé une déclaration de coopération avec l’Équateur ainsi que le protocole d’adhésion du Guatemala à l’accord de libre-échange entre les pays de l’AELE et les pays d’Amérique centrale. À cette occasion, des représentants du Guatemala, du Costa Rica et du Panama s'étaient également déplacés.

Johann Schneider-Ammann s'est rendu en Inde du 15 au 17 mai. A Delhi, il a rencontré la ministre du commerce et de l’industrie Nirmala Sitharaman avec laquelle il a discuté des relations économiques bilatérales et des négociations de l’accord de libre-échange entre l’AELE et l’Inde. Le chef du DEFR s'est ensuite déplacé à Bangalore dans le sud du pays où il a lancé les CTI Market Entry Camps, une initiative de la Commission de la technologie et de l'innovation (CTI) gérée par swissnex India visant à promouvoir l'implantation de start-ups suisses en Inde. Le Conseiller fédéral était accompagné d'une délégation de représentants d'entreprises suisses et de membres de gouvernements cantonaux et du Conseil national.

En marge du 45e Symposium de Saint-Gall, une conférence annuelle autour du dialogue interculturel qui a lieu depuis 1970 sur le campus de l’Université de Saint-Gall (HSG), Johann Schneider-Ammann a mené des entretiens avec le premier ministre islandais, Sigmundur Davíð Gunnlaugsson, et le vice-premier ministre et ministre des Finances de Singapour, Tharman Shanmugaratnam.
Avec M. Gunnlaugsson, le chef du DEFR a surtout discuté des relations économiques bilatérales et des négociations en cours dans le cadre de AELE. Il a aussi été question des relations qu'ont les deux pays avec l'Union européenne.
Lors de l'autre rencontre, Johann Schneider-Ammann a discuté des relations économiques et commerciales entre la Suisse et Singapour avec son homologue singapourien.

Début avril, le conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann a effectué un déplacement à Paris pour rencontrer son homologue français Emmanuel Macron. Les deux ministres se sont entretenus sur divers sujets, notamment l'abandon du taux plancher par la BNS et la situation économique générale en Europe.

Avant de se rendre au Forum économique mondial (WEF) à Davos, Johann Schneider-Ammann a rencontré à Zurich son homologue chinois Gao Hucheng. Les deux hommes se sont entretenus sur l'accord de libre-échange entré en vigueur le 1er juillet 2014 et dont ils se sont montrés très satisfaits. Il a aussi été question du développement des négociations au sein de l’OMC, notamment en ce qui concerne l'instauration d'un système de règles uniformes pour tous les partenaires commerciaux.

Le 16 janvier, Johann Schneider-Ammann et un groupe de parlementaires se sont rendus à Berlin pour une visite de deux jours à la Semaine verte internationale. Mis à part la visite du plus grand salon du monde consacré à l'agro-alimentaire, à l'agriculture et à l'horticulture, le conseiller fédéral a été invité par M. Christian Schmidt, ministre allemand de l’agriculture, a représenté la Suisse au septième sommet international des ministres de l’agriculture. Dans le cadre de ce séjour, le chef du DEFR a également participé à divers entretiens bilatéraux.

Invité par la Maison Blanche, le chef du Département fédéral de l’économie, de la formation et de la recherche s'est rendu en janvier à Washington où il a participé à une table ronde avec la ministre du Commerce, Penny Pritzker, le ministre du Travail, Thomas Perez, et des responsables d’entreprises suisses. Johann Schneider-Ammann s'est dit fier de l'intérêt des Etats-Unis pour le système de formation professionnelle suisse. Il a aussi été question des relations économiques entre les deux pays.

Lors d’une table ronde, organisée à Washington par l’administration américaine, le modèle de formation duale helvétique a été au centre des débats. En effet, alors que Johann Schneider-Ammann (plr), ministre de l’économie, de la formation et de la recherche, ainsi que différents patrons d’entreprises suisses étaient venus pour débattre sur les raisons des investissements d’entreprises suisses sur le sol américain, le sujet s’est rapidement réorienté vers la Question de l’apprentissage. Les Etats-Unis, qui font face à un taux de chômage élevé chez les jeunes, souhaitent former plus d’employés qualifiés, afin de dynamiser leur industrie nationale. Alors qu’un premier contact avec le premier ministre Joe Biden sur la question de la formation professionnelle en Suisse avait été établi par Didier Burkhalter (plr) lors de son année présidentielle, cette rencontre a permis à la Suisse de relancer sa diplomatie auprès de l’administration Obama.