Le 5 décembre 2017, le Conseil des Etats s'est à son tour exprimé sur la reprise du règlement (UE) 2016/1624, relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes. La chambre haute a, à cette occasion, refusé l'instauration d'un plafonnement de 12 millions de francs pour la participation financière annuelle de la Suisse au projet Frontex, telle que voulue par une majorité du Conseil national. Par 38 voix contre 5, les sénatrices et sénateurs ont plaidé en faveur d'une facture de 15 millions de francs par année pour la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen, apportant ainsi leur soutien à la proposition du Conseil fédéral. La décision de la chambre des cantons s'est faite au grand dam du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre. Selon Thomas Minder (indépendant, SH), rapporteur de la minorité en faveur du maintien de la modification de la chambre basse, "l'agence Frontex est devenue un monstre bureaucratique dont les coûts sont incontrôlables."
A peine un jour plus tard, le 6 décembre 2017, le Conseil national, a, en deuxième lecture, donné raison au Conseil des Etats (105 voix pour, 61 contre et 10 abstentions). Alors que les groupes socialiste et vert'libéral se sont exprimés en accord avec la majorité, le groupe des Verts a quant à lui opté pour l'abstention.
Le projet a en définitive été adopté par les deux chambres du Parlement lors du vote final du 15 décembre 2017.