Angela Merkel a été reçue à Berne le 3 septembre pour une visite officielle. A cette occasion, la chancelière fédérale allemande a pu s'entretenir avec les conseillers fédéraux Sommaruga, Schneider-Ammann, Leuthard et Burkhalter à propos de la politique européenne, de la voie bilatérale unissant la Suisse à l'UE et des défis que soulève actuellement la pression migratoire. Lors des discussions ont également été évoquées certaines problématiques relatives aux crises affectant le sud et l'est de l'Europe, ainsi que des questions politiques en lien avec le climat, l'énergie et les transports.

Le président de la Confédération s'est rendu à Berlin le 18 février afin d'informer la chancelière allemande Angela Merkel sur les résultats de la votation sur l’initiative contre l’immigration de masse et la marche à suivre décidée par le Conseil fédéral. En effet, le Conseil fédéral a pris trois mesures: la définition d'un plan de mise en œuvre pour les travaux législatifs à venir et l'engagement de discussions exploratoires avec l’UE, la réunion du Comité mixte Suisse-UE pour examiner la situation et ses répercussions concernant l’accord sur la libre circulation des personnes et la clarification de la procédure concernant les négociations bilatérales en cours. Angela Merkel a exprimé la volonté de l'Allemagne d'engager un dialogue constructif en ce qui concerne la politique européenne de la Suisse.
Didier Burkhalter a égalemement rencontré le ministre des affaires étrangères allemand Frank-Walter Steinmeier afin de discuter d'une possible collaboration de l'Allemagne lors de la présidence suisse de l'OSCE.

Im Januar traf Bundespräsidentin Micheline Calmy-Rey bei einem Besuch in Berlin Bundeskanzlerin Angela Merkel. Im Zentrum der Gespräche stand die Schweizer Haltung zum Steuerstreit mit der EU und zum bilateralen Weg. Ebenfalls traf sich Calmy-Rey mit Bundespräsident Christian Wulff, mit dem deutschen Aussenminister Guido Westerwelle sowie mit Wirtschaftsminister Rainer Brüderle. Anfang Februar folgte die Aussenministerin der Einladung Ungarns und traf in Budapest den ungarischen Staatspräsidenten Pál Schmitt sowie den Aussenminister János Martonyi. Da Ungarn damals die EU präsidierte, standen die bilateralen Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU im Zentrum des Besuchs. Der Bilateralismus mit der EU war ebenfalls ein zentraler Bestandteil der Gespräche, welche Bundespräsidentin Calmy-Rey im Februar in Brüssel mit dem Präsidenten des Europäischen Rates, Herman Van Rompuy, mit EU-Kommissionspräsident José Manuel Barroso sowie mit dem Präsidenten des Europäischen Parlaments Jerzy Buzek führte. Im selben Monat stattete die Bundesrätin dem spanischen König Juan Carlos I. einen offiziellen Besuch ab. Das Treffen diente unter anderem der Vorbereitung des königlichen Besuchs in der Schweiz im Mai. Im März stattete die Bundespräsidentin Aserbaidschan einen offiziellen Besuch ab. Anfang April weilte sie zur Eröffnung der Schweizer Botschaft in Eriwan, der Hauptstadt Armeniens. Mitte desselben Monats traf die Bundespräsidentin in Wien den österreichischen Bundespräsidenten Heinz Fischer sowie Bundeskanzler Werner Faymann. Sie nutzte zudem die Gelegenheit für einen Besuch beim Direktor der Internationalen Atomenergiebehörde (IAEA). Ende Mai besuchte die Aussenministerin in Tiflis die politische Führung Georgiens. Anfang Juni wurde sie vom italienischen Premierminister Silvio Berlusconi in Rom empfangen, mit welchem sie vor allem über Steuerfragen diskutierte. Dabei drückte sie ihr Missfallen über die italienische Haltung im Steuerstreit aus. Italien hatte die Schweiz aufgrund ihres Steuerregimes auf eine schwarze Liste gesetzt und übte insbesondere auf den Tessiner Finanzplatz Druck aus. Mitte des Monats stattete die Bundesrätin Polen einen offiziellen Besuch ab, welches Anfang Juni von Ungarn die EU-Ratspräsidentschaft übernommen hatte. Dementsprechend stand wiederum das Verhältnis Schweiz-EU im Zentrum des Gesprächs. Ende Juni besuchte Micheline Calmy-Rey aufgrund des 100-jährigen Jubiläums der diplomatischen Beziehungen zwischen Rumänien und der Schweiz Bukarest. Zusammen mit Bundesrat Schneider-Ammann traf die Bundespräsidentin Mitte Juli den russischen Präsidenten Dimitri Medwedew zwecks Einweihung einer Zement-Fabrik von Holcim im russischen Kolomna. Dabei wurden diverse bilaterale und multilaterale Fragen diskutiert. Anfang August bereiste die EDA-Chefin Kenia und besuchte dabei ein UNHCR-Flüchtlingslager, welches mehrere hunderttausend Menschen beherbergt, die das von einer schweren Hungersnot betroffene Gebiet am Horn von Afrika verlassen mussten. In Vaduz traf Micheline Calmy-Rey Ende September am traditionellen Vierländertreffen die deutschen und österreichischen Bundespräsidenten Christian Wulff und Heinz Fischer sowie Fürst Alois von Liechtenstein. Ebenfalls Ende September nahm sie in Tunis am Task-Force-Treffen EU-Tunesien teil, das die europäischen Unterstützungsmöglichkeiten für eine nachhaltige Demokratisierung des Landes aufzeigen sollte. Auf Einladung der Aussenpolitischen Kommission des Europäischen Parlaments besuchte Micheline Calmy-Rey im Oktober Brüssel und erläuterte dem Parlament die Ziele der Schweizer Aussenpolitik. Mitte November stattete die Magistratin Kroatien einen offiziellen Besuch ab und wurde in Zagreb vom kroatischen Präsidenten Ivo Josipovic empfangen. Ebenfalls im November reiste sie nach Serbien, wo sie mit der politischen Führung des Landes zusammentraf. Den letzten Besuch im Ausland in ihrem Amtsjahr als Bundespräsidentin stattete Micheline Calmy-Rey der Türkei ab, wo sie in Ankara Präsident Abdullah Gül traf.

En début d’année, le gouvernement allemand s’est vu proposer des données volées dans le cadre de sa lutte contre la fraude fiscale. Elles auraient concerné 1500 clients d’un établissement bancaire helvétique. La chancelière allemande, Angela Merkel, s’est montrée favorable à l’achat et à l’utilisation de cette liste. Suite à cela, l’UDC a exigé la suspension immédiate des négociations relatives à la conclusion d’une convention de double imposition (CDI) et a déposé une plainte auprès du Ministère public de la Confédération. Le PLR a déclaré que l’utilisation de ces données a rendu difficile la continuation des négociations et la majorité de ses parlementaires fédéraux ont demandé au gouvernement de porter plainte devant la Cour internationale de justice. Le PDC a réclamé des sanctions aggravées pour la violation du secret bancaire et le PS a condamné le vol de données. Toutefois, la Suisse a semblé isolée et ne pas avoir les moyens de répondre à son principal partenaire économique. Le Conseil fédéral a effectivement rejeté l’idée d’un gel des négociations car il estime que la conclusion de CDI avec l’ensemble des membres de l’UE pourrait rendre caduque les demandes insistantes afin de conclure un accord multilatéral intégrant un échange automatique d’informations. Enfin, d’autres offres de données volées ont été faites à différents Länder. Ces affaires font suite à celles des données volées à la filiale HSBC de Genève et revendues au gouvernement français. Le conflit s’est légèrement apaisé lorsque les gouvernements des deux pays ont paraphé une nouvelle CDI à la fin du mois de mars, puis lorsque des parlementaires suisses sont allés rencontrer leurs homologues allemands en octobre.

Au mois d’août, la chancelière allemande, Angela Merkel, est venue en Suisse dans le cadre de son « Energiereise » afin de visiter la nouvelle centrale hydroélectrique de Rheinfelden. Elle n’a pas été reçue par le Conseil fédéral.

À l’automne, l’OFAC a publié les résultats de l’étude sur les nuisances sonores générées par le trafic de l’aéroport de Zurich, tant sur territoire allemand que suisse. Annoncée par la Chancelière allemande, Angela Merkel, et le président de la Confédération, Pascal Couchepin, lors de leur rencontre en 2008, cette étude a été réalisée conjointement par le Centre aérospatial allemand et par le Service suisse en matière de bruit. Il est notamment ressorti des résultats que les nuisances occasionnées sur sol allemand par les avions qui atterrissent à Zurich par l’approche septentrionale (53 décibels) n’excèdent pas les valeurs prescrites par la loi allemande (60 à 65 décibels). Du côté suisse, les réactions ont fusé en faveur de la suppression des restrictions de vol sur le sud de l’Allemagne, alors que le ministre allemand des transports, Peter Ramsauer, et diverses autorités locales du Bade-Würtemberg ont plaidé pour le statu quo.

En mars, suite au conflit fiscal qui opposait l’UE et la Suisse, le ministre allemand des finances, Peer Steinbrück, a tenu des propos agressifs envers la Suisse. L’ambassadeur allemand à Berne, Axel Berg, a été convoqué au palais fédéral. Le parlement a critiqué les paroles du ministre allemand mais également le comportement du Conseil fédéral. Le conflit s’est envenimé notamment lors de la comparaison faite par le député Thomas Müller (pdc, SG) avec la gestapo. La polémique s’est ainsi également propagée en Allemagne. Hans-Rudolf Merz a alors rappelé l’importance de l’entretien de bonnes relations avec l’Allemagne et la chancelière allemande, Angela Merkel, s’est distanciée des propos ayant déclenché la polémique. Par la suite, Micheline Calmy-Rey s’est rendue à Berlin afin de discuter du secret bancaire avec le ministre allemand des affaires étrangères, Frank-Walter Steinmeier. Ce dernier a félicité la Suisse pour sa volonté d’intégrer les standards de l’OCDE dans l’échange d’informations fiscales et a montré la volonté d’enterrer l’escalade qui a suivit les propos de son collègue ministre des finances. Au mois de mai, une délégation parlementaire est allée à Berlin rencontrer Peer Steinbrück. Suite à cette rencontre, la délégation a affirmé que le ministre allemand n’exigerait plus d’échange automatique d’informations en matière fiscale. Finalement, Hans-Rudolf Merz s’est rendu à Berlin afin de rencontrer le ministre allemand des finances et de confirmer la volonté d’assouplir le secret bancaire. Cette rencontre a mis fin aux tensions qui ont opposé l’Allemagne et la Suisse.

Les négociations avec l’Allemagne concernant les restrictions de survol du territoire allemand pour les atterrissages à l’aéroport de Zurich sont au point mort, malgré l’entretien que le président de la Confédération, Pascal Couchepin, a eu à ce sujet avec la Chancelière allemande, Angela Merkel, lors de la visite officielle de cette dernière en Suisse en avril de l’année sous revue. En septembre, dans sa réponse à une interpellation du conseiller aux Etats Felix Gutzwiller (prd, ZH), le Conseil fédéral a précisé que, si l’entretien avait bien débouché sur un accord pour la création d’un groupe de travail binational, le mandat de ce dernier était encore en phase d’élaboration.

La Chancelière allemande Angela Merkel s’est rendue en Suisse fin avril pour une visite officielle de travail. Elle a été reçue par Pascal Couchepin, Hans-Rudolf Merz, Micheline Calmy-Rey et Moritz Leuenberger. Les entretiens ont notamment porté sur les relations bilatérales entre la Suisse et l’Allemagne, la coopération européenne et l’aéroport de Zurich-Kloten.

La conseillère fédérale Micheline Calmy-Rey a rencontré la chancelière allemande Angela Merkel lors du WEF de Davos.