An ihrer Delegiertenversammlung in Solothurn sprachen sich die Freisinnigen Anfang Jahr mit 253:1 Stimmen bei einer Enthaltung für die Ausdehnung der Personenfreizügigkeit auf die neuen EU-Staaten aus. In der kontradiktorischen Debatte zum Schengen-Abkommen gelang es dem Zürcher SVP-Nationalrat Hans Fehr zwar, das Gespräch auf das von Auns und SVP seit Monaten wiederholte Argument eines Verlusts der Sicherheit zu fixieren, doch die Delegierten beschlossen mit 219:4 Stimmen die Ja-Parole. Mit einer langandauernden, stehenden Ovation verabschiedeten die Freisinnigen anschliessend ihren wegen eines Burnout-Syndroms im November 2004 zurückgetretenen Parteipräsidenten Rolf Schweiger (ZG). Schweiger dankte für das ihm entgegengebrachte Verständnis; es sei ihm ein grosses Anliegen zu zeigen, dass psychische Krankheiten nicht zu Stigmatisierungen führen müssen.

Nachdem Parteipräsident Maurer in der Asylpolitik wenig Kompromissbereitschaft gezeigt hatte, mit den drei anderen Regierungsparteien eine «Koalition der Vernunft» einzugehen, kritisierten die beiden SVP-Funktionäre Baltisser (Generalsekretär) und Defago (Pressechef) mit Unterstützung von Fraktionschef Schmid öffentlich die harte Oppositionspolitik des »Zürcher Flügels» und forderten eine parteiinterne Grundsatzdiskussion über die Position der Partei über kurzfristige Wahlerfolge hinaus.
Nicht zum ersten Mal gerieten sich dabei auch Bundesrat Ogi und Blocher in die Haare: Ogi warnte einmal mehr vor dem Neinsager-Kurs der Partei und sah in der parteipolitischen Ausrichtung auf Unzufriedene längerfristig keine Erfolgsaussichten. In einem Zeitungsinterview attackierte Blocher seinen eigenen Bundesrat ungemein scharf und warf diesem die Verachtung des Volkes vor. Ein paar Tage später wurde das Interview von einem «Komitee pro Mittelstand», welchem der Zürcher Nationalrat Hans Fehr beratend zur Seite stand, in rund 20 Zeitungen als ganzseitiges Inserat aufgegeben. In einem parteiinternen Rundschreiben forderte Parteipräsident Maurer alle Mitglieder auf, den öffentlichen Auseinandersetzungen ein Ende zu setzen und kündigte eine Grundsatzdiskussion über die zukünftige Ausrichtung der Partei im Rahmen der angelaufenen Programmdiskussion an.
Nachdem die beiden Parteifunktionäre Baltisser und Defago ihren Rücktritt angedroht hatten, wurde das Arbeitsverhältnis nach einer Aussprache mit Parteipräsident Maurer in gegenseitigem Einvernehmen fortgesetzt