Im Geschäftsbericht des Bundesrates gibt die Regierung seit 1996 jährlich Auskunft über ihre Geschäftsführung, die zudem mit den Jahres- und Legislaturzielen abgeglichen wird, um einen Soll-Ist-Vergleich und ein Controlling der Exekutive und der Verwaltung zu ermöglichen. Der Bericht 2016 beschrieb das erste Jahr der 50. Legislatur (2015-2019), die entlang von drei Leitlinien geplant worden war: Die nachhaltige Sicherung des Wohlstandes in der Schweiz, die Förderung des nationalen Zusammenhaltes und die Stärkung der internationalen Zusammenarbeit sowie die Sorge um Sicherheit und das Handeln als verlässliche Partnerin in der Welt. Diese Leitlinien sollen mit unterschiedlichen Jahreszielen erreicht werden. Von den 16 für das Jahr 2016 geplanten Zielen waren lauf Bericht drei vollständig, vier überwiegend und neun teilweise erreicht worden. Zu den lediglich teilweise realisierten Zielen gehörten etwa die Erneuerung und Entwicklung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zur EU, die nachhaltige Energieversorgung oder die Reformen und nachhaltige Finanzierung der Sozialwerke.
In den Räten berichteten die verschiedenen Sprecher der Aufsichtskommissionen über ihre Eindrücke, die mehrheitlich positiv waren. Im Ständerat gab allerdings das Verhältnis zwischen der Verwaltung und der Finanzkommission zu reden. Ein Anlass für das laut Joachim Eder (fdp, ZG) „etwas gereizte" Verhältnis war wohl der Bericht der EFK kurz vor der Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, der gerügt hatte, dass die Folgen von Finanzerlassen nicht immer genügend abgeschätzt würden. Eder zitierte auch aus einer Rede von Bundeskanzler Thurnherr, die dieser unter dem Titel „Die Aufsicht aus der Sicht eines Beaufsichtigten, am Beispiel der Bundesverwaltung" vor der Schweizerischen Gesellschaft für Verwaltungswissenschaften gehalten und darin vor zu viel Aufsicht gewarnte hatte. Eder wies darauf hin, dass nach Nachfrage beim Direktor der Eidgenössischen Finanzkontrolle, Michel Huissoud, die Kommunikation gut sei und man eine Empfehlung der EFK nicht als Befehl auffassen solle. Auch Bundesrätin Doris Leuthard kritisierte die „intensive Kommunikationstätigkeit, welche die Eidgenössische Finanzkontrolle ab und zu entfaltet, [als] nicht hilfreich", hob aber auch die gute Zusammenarbeit zwischen allen Amtsstellen hervor. Sie dankte für die positiven Berichte und zeigte sich insbesondere auch mit Blick auf andere Länder erfreut darüber, dass die Schweiz auf einem soliden, stabilen und sicheren Niveau funktioniere und sich stetig optimiere. Im Nationalrat lobte Leuthard die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative als gangbaren Weg, der die Beziehungen zur EU wieder etwas einfacher machen werde. Zudem wünscht sie sich, dass grundlegende Reformen im Gesundheitswesen angegangen werden. Die grosse Kammer nahm den Bericht stillschweigend zur Kenntnis und beide Räte gaben in der Sommersession Zustimmung zum Bundesbeschluss über die Geschäftsführung.

Mithilfe einer parlamentarischen Initiative wollte Joachim Eder (fdp, ZG) eine Stärkung des persönlichen Datenschutzes in der Aufsicht über die Krankenversicherung erreichen, indem Daten nur noch in gruppierter Form, also ohne mögliche Rückschlüsse auf Individuen, an die Aufsichtsbehörden geliefert werden dürften. So fehle der EFIND-Datenerhebung, bei der die Krankenversicherer dem BAG weitreichende individuelle Informationen zu allen Versicherten liefern, eine formalgesetzliche Grundlage: Die Nutzung von individuellen Daten der Versicherten sei weder erlaubt noch für die Durchführung der Aufsicht über die Krankenversicherung vonnöten. Somit verletze eine Weitergabe die Grundsätze der Rechtmässigkeit und der Verhältnismässigkeit und damit auch das Datenschutzgesetz. Einzig für die Umsetzung des Risikoausgleichs seien Individualdaten nötig, folglich sollen die Versicherer ausschliesslich die für diesen Zweck relevanten Daten der gemeinsamen Einrichtung zur Verfügung stellen. Sowohl die SGK-SR als auch die SGK-NR nahmen die parlamentarische Initiative mit 8 zu 1 Stimmen (3 Enthaltungen) respektive mit 17 zu 1 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) deutlich an. Nach ersten Anhörungen der betroffenen Akteure im Februar 2017 beschloss die SGK-SR, die Erarbeitung eines Erlassentwurfs einer Subkommission zu übertragen.