Afin notamment de fournir une base solide aux débats parlementaires sur l’initiative « Oui à l’Europe! » et au contre-projet qu’il y a opposé, le Conseil fédéral a publié le très attendu rapport sur l’intégration 1999. Après un premier chapitre introductif et un deuxième très factuel qui donne un aperçu complet des répercussions sur la Suisse des politiques et programmes communautaires en cas d’adhésion à l’UE, de participation à l’EEE, d’entrée en vigueur des accords sectoriels ou de maintien du statu quo, c’est dans le troisième chapitre que le Conseil fédéral fait discrètement part de sa préférence à terme pour la voie de l’adhésion à l’UE. Selon lui, les développements de ces dernières années confirment et renforcent son opinion selon laquelle une pleine participation à l’Union européenne est dans l’intérêt prioritaire de la Suisse. Sans toutefois masquer certaines difficultés prévisibles comme un coût situé entre 3,1 et 3,9 milliards de francs suisses par an, le Conseil fédéral estime probable à long terme l’utilité d’une adhésion pour l’économie suisse. Par ailleurs, le fait que des questions importantes pour la Suisse (sécurité, concurrence fiscale, système social, cadre institutionnel de l’UE) ne soient toujours pas réglées sur le plan européen milite, selon lui, pour une adhésion prochaine de la Confédération afin qu’elle puisse faire entendre sa voix.
La stratégie du Conseil fédéral se résume ainsi à trois axes fondamentaux que sont le soutien du processus d’intégration, le désir d’améliorer l’accès au marché européen pour les exportations suisses tout comme la réduction des désavantages économiques subis et enfin la volonté d’agir contre l'isolement politique et culturel du pays. Pour ce faire, le gouvernement privilégie depuis 1991 la thèse de l’adhésion à l’UE comme la voie la plus adaptée pour la Suisse de défendre à terme ses intérêts sur le continent. Mais dans l’immédiat, il donne la priorité absolue à l’entrée en vigueur des accords bilatéraux et tant que celle-ci ne sera pas achevée, il n’a pas l’intention d'ouvrir des négociations d’adhésion. D’ailleurs, le Conseil fédéral continuera de suivre cette voie sectorielle aussi longtemps que les deux parties en manifesteront l’intérêt, est-il mentionné dans le rapport, mais simultanément, il considère que cette dernière présente des limites bientôt atteintes. Le chemin de l’adhésion à l’EEE n’est par contre plus celui préconisé par le Conseil fédéral. Il juge désormais que les faiblesses institutionnelles de l’accord EEE font que ce dernier ne peut plus être considéré comme une solution indépendante et durable pour les relations entre la Suisse et l’UE. A cet effet, le rapport rappelle que le pilier AELE au sein de l’EEE a perdu une grande partie de sa force depuis que l’Autriche, la Finlande et la Suède ont rejoint l’Union et que, surtout, cette tendance devrait encore se renforcer avec l’élargissement prévu de l’UE. Enfin, le Conseil fédéral rejette en bloc la voie solitaire déclinée en trois variantes. Premièrement, la conclusion d’accords sectoriels sans but d’adhésion lui paraît peu réaliste dans la mesure où, comme le montre la situation actuelle, c’est précisément le fait d’avoir à terme un objectif d’adhésion qui a permis d’entamer avec succès des négociations avec l’UE. La deuxième variante de la voie solitaire avec alignement sur l’UE, notamment sur le plan législatif et juridique (par exemple reconnaissance des diplômes), est à exclure absolument pour des raisons de souveraineté politique et, également, car rien ne pourrait assurer à la Suisse un juste retour des prestations économiques fournies. Troisièmement, la voie d’une politique « offshore » (construction du pays quasi uniquement basée sur les activités tertiaires comme le secteur bancaire ou les sociétés financières) de la part de la Suisse est également rejetée pour des raison de politiques nationale, sociale et économique et également en raison du risque de représailles de la part des autres pays.
Rapport sur l’intégration 1999