Mit 103 zu 83 Stimmen lehnte der Nationalrat eine Motion Golay (mcg, GE) ab, die quasi einen Inländervorrang in der Bundesverwaltung gefordert hätte. Golay argumentierte, dass trotz 150'946 Arbeitslosen und 206'138 Stellensuchenden (Zahlen des Seco vom Januar 2015) zahlreiche Grenzgängerinnen und Grenzgänger in bundesnahen Betrieben (SBB, Post) beschäftigt seien. Insbesondere in Grenzkantonen könnten mit einer besonderen Berücksichtigung von Schweizerinnen und Schweizern die Sozialkosten gesenkt werden – so der Genfer in der Begründung seines Vorstosses.
In der Ratsdebatte wies Bundesrat Ueli Maurer darauf hin, dass mit der Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative bereits Schritte in die geforderte Richtung unternommen worden seien. Die Motion sei zudem aus zwei Gründen nicht erfüllbar. Erstens sei sie nicht kompatibel mit dem Personenfreizügigkeitsabkommen mit der EU und zweitens habe der Bundesrat gar keinen Einfluss auf die bundesnahen Betriebe. Er können diesen keine Vorschriften hinsichtlich ihrer Anstellungspolitik machen. Ob dieser Argumentation erstaunt die dennoch relativ starke Unterstützung der Motion, die nicht nur alle Mitglieder der SVP-Fraktion, sondern auch eine Zweidrittelsmehrheit der CVP-Fraktion hinter sich scharen konnte. Die Stimmen der mit Ausnahme der FDP geschlossenen anderen Fraktionen reichten allerdings aus, um die Idee zu versenken.

Das Heilmittelgesetz sollte die eidgenössischen Räte noch länger beschäftigen, denn auch während drei Sessionen im Jahr 2015 konnte noch keine Einigung erzielt werden. Im Mai war es – wieder in einer Sondersession – der Nationalrat, der das Geschäft voranzubringen versuchte. Ein Blick auf die Vorarbeit der SGK-NR gab jedoch Anlass zu Zweifeln, dass es zu einer speditiven Entscheidfindung kommen würde. Zahlreiche Kommissionsanträge auf Änderungen gegenüber der vom Ständerat verabschiedeten Version, auf Festhalten an der eigenen Fassung, Minderheitsanträge, aber auch Anträge auf Einlenken lagen vor.
Kommissionssprecher de Courten (svp, BL) fasste eingangs Debatte die Ausgangslage zusammen: Der Ständerat habe sich eher in Richtung des bundesrätlichen Entwurfs zurückbewegt, während die SGK-NR tendenziell dem eigenen Text treu bleiben wolle. So sei – und dies war der Antrag der Kommissionsmehrheit – bei den Punkten der Zulassung, der Forschungsanreize und der transparenten Marktregulierung wieder die eigene Fassung zu beschliessen. Bezüglich der Forschungsanreize zeigten Erfahrungen anderer Länder positive Effekte: Mit einer Gewährung von Marktexklusivität sollten Pharmafirmen motiviert werden, zu forschen und neue Arzneimittel auf den Markt zu bringen. Ebenso wollte der Nationalrat in seiner Erstfassung die in der EU bereits zugelassenen Medikamente vereinfacht auf den Schweizer Markt bringen können; einstimmig beantragte hierzu die Kommission ein Umstossen des ständerätlichen Beschlusses. Weitere Differenzen schuf die Kommission bezüglich der grundsätzlichen Abgabe von Arzneimittelrezepten durch Ärztinnen und Ärzte: Die Patientinnen und Patienten sollten selbst bestimmen können, wo sie die Medikamente beziehen wollen, weshalb Rezepte nicht direkt an die Verkaufsstellen geschickt werden sollten. Ebenso sollten Rezepte grundsätzlich auch bei Bestellungen von Versandapotheken vorhanden sein. Die Kommission wollte auch daran festhalten, dass sich eine Stiftung um die Publikation von Arzneimittelinformationen kümmern soll. Dem Ständerat hingegen folgen wollte man bezüglich der Einführung einer Antibiotikadatenbank in der Veterinärmedizin sowie bezüglich eines Verbots für die Ausfuhr von Medikamenten, die für Hinrichtungen verwendet werden können.
Die Debatte im Plenum entfachte sich als Erstes an der Marktexklusivität, wobei es um die Inumlaufbringung neuer Arzneimittel ging. Die Kommission wollte mehrheitlich erneut den Unterlagenschutz für Arzneimittel für seltene Krankheiten streichen und stattdessen auf Marktexklusivität setzen, während der Ständerat sich für den Unterlagenschutz ausgesprochen und dessen Frist gar verlängert hatte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte den Unterschied aus Sicht der Minderheit: Bei Marktexklusivität dürften nur Medikamente auf den Markt gebracht werden, die «sicherer und wirksamer [sind] als das bereits zugelassene Präparat». Dadurch gebe es kaum Forschungsanreize in Bereichen, in denen es bereits Medikamente gebe. Eine Minderheit Carobbio (sp, TI) wollte darum der kleinen Kammer mit dem Argument folgen, dass dadurch eine Monopolisierung der Herstellung verhindert würde. Unterstützt wurde sie von der grünliberalen und der sozialdemokratischen Fraktion sowie von Gesundheitsminister Berset. Jedoch entschied sich das Ratsplenum gegen den Unterlagenschutz und schuf damit die erste Differenz zum Ständerat – mit 108 zu 80 Stimmen obsiegte der Kommissionsantrag. Ebenso beharrten die Nationalrätinnen und Nationalräte darauf, dass in der EU bereits seit einigen Jahren zugelassene Arzneimittel auch in der Schweiz vereinfacht in Umlauf gebracht werden können. Damit hielt man an der eigenen Fassung fest, wenn auch mit einem leicht abgeänderten Text. Ein Ausfuhrverbot von Medikamenten, die für illegale Zwecke verwendet werden oder als Zusatzstoff für Hinrichtungen eingesetzt werden können, wurde von einer Minderheit Borer (svp, SO) bekämpft. Es gehe hierbei jedoch nicht um Hinrichtungen – die Minderheit befürworte diese keineswegs. Vielmehr beträfe die Bestimmung Medikamente, die in vielen Bereichen der Human- und Veterinärmedizin verwendet würden. Das Plenum folgte in dieser Frage jedoch der Kommissionsmehrheit und dem Ständerat: Mit 108 zu 78 Stimmen sprach sich der Nationalrat gegen den Willen der SVP- und der FDP-Liberalen-Fraktion für das Exportverbot aus. Bezüglich Verschreibungspflicht und Rezept-Ausstellung hielt der Nationalrat an seinen Bestimmungen fest.
Lange diskutierte der Nationalrat in der Folge über die Marktaufsicht und die Frage der Integrität der Heilmittel abgebenden Personen, aber auch über das Ziel, Korruption im Bereich des Arznei- und Heilmittelmarktes zu verhindern. Ignazio Cassis (fdp, TI) führte in seinem Beitrag aus, dass es darum gehe, zu bestimmen, über welche Preismechanismen das BAG respektive die Regierung eine Kontrolle ausüben solle: nur über Arzneimittel oder über alle Heilmittel, die eben auch weitere medizinische Produkte wie Spitalbetten, Spritzen, Pflaster und anderes medizinisches Material umfassten. Aus Sicht des Ständerates, des Bundesrates sowie von Minderheiten Cassis, Gilli (gp, SG) und in leicht abweichender Formulierung von einer Minderheit de Courten (svp, BL) solle der Markt für Letzteres die Preise definieren, während das Heilmittelinstitut Swissmedic eine Aufsichtsrolle über die Arzneimittelpreise wahrnehmen solle. Die Anträge wurden gegeneinander ausgemehrt und letztlich blieb derjenige Gillis stehen. Demnach dürfen Arzneimittel, welche mit Rabatten gehandelt oder verkauft werden, keinen Einfluss auf die Wahl der Therapie haben. Zudem müssen Rabatte ganz oder teilweise an den Kostenträger weitergegeben und zur Verbesserung der Behandlung eingesetzt werden.
In weiteren Anpassungen betreffend andere Gesetze und Übergangsbestimmungen folgte der Nationalrat mehrheitlich dem Ständerat oder modifizierte dessen Beschlüsse leicht.

Dans le cadre des développements de l'acquis de Schengen, le Conseil fédéral a demandé, début avril, au parlement d'approuver un arrêté fédéral sur l’échange de notes entre la Suisse et l’UE concernant la reprise du règlement (UE) n° 1053/2013. Ce règlement vise à créer un mécanisme d'évaluation et de contrôle de l'acquis Schengen afin de garantir une intervention plus efficace en cas de problèmes liés à la législation Schengen.
Lors de la session d'été, le Conseil des États s'est prononcé sans discuter à l'unanimité en faveur de cet arrêté fédéral. En revanche, il y a eu matière à discussion au sein du Conseil national. En effet, une minorité UDC (Golay (mcg, GE), Borer (udc, SO), Bortoluzzi (udc, ZH), Fehr (udc, ZH), Geissbühler (udc, BE), von Siebenthal (udc, BE)) s'est opposée à l'entrée en matière. Le Conseiller national Golay (udc, GE) a exprimé ses doutes concernant l'efficacité de ce mécanisme d'évaluation. Il a également souligné que le groupe UDC n'avait pas l'intention de servir de marionnette à l'UE. Car bien que la Suisse ait le droit de participer à cet échange, elle n'a aucun droit de vote contrairement aux autres États Schengen. Le Conseil national n'a pas partagé l'opinion de la minorité et s'est prononcé en faveur de l'arrêté fédéral par 125 voix contre 55 et 13 abstentions.
Lors du vote final le 26 septembre, les deux Chambres ont donné leur feu vert. Le Conseil des États par 41 voix contre 2 et 2 abstentions, le Conseil national par 124 voix contre 63 et 10 abstentions.