In der Frühjahrssession 2017 gab es bezüglich des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 noch vier Differenzen zu klären. Eine erste bereinigte der Nationalrat, indem er dem Minderheitsantrag Maire (sp, NE) folgte und auf die zusätzliche Kürzung der Beiträge an die Regionalpolitik um CHF 10 Mio. verzichtete. Maire hatte den Nationalrat zuvor aufgefordert, sich mit den wirtschaftlich weniger privilegierten Regionen solidarisch zu zeigen und diese Beiträge nicht zu kürzen. Die neue Regionalpolitik sei für diese Regionen sehr wichtig, da sie ihnen zum Beispiel erlaube, ihre Industrie mithilfe von Innovationsprojekten zu diversifizieren oder die Attraktivität ihrer Region durch Tourismusprojekte zu steigern. Demgegenüber übte zum Beispiel Albert Vitali (fdp, LU) allgemeine Kritik an der Regionalpolitik, da diese – als Anschubfinanzierung für Projekte gedacht – zunehmend zu deren Dauerfinanzierung verwendet würde. Entsprechend sei eine grundsätzliche Überarbeitung notwendig, welche man über die Finanzen steuern könne. Bundesrat Maurer entgegnete, dass es beim Stabilisierungsprogramm lediglich um die Speisung des Fonds und nicht um die Ausgestaltung der Regionalpolitik gehe. Der Fonds sei zwar gut bestückt und würde eine Reduktion verkraften, da es hier jedoch um einen vergleichsweise geringen Betrag gehe, wäre die geplante zusätzliche Reduktion ein unnötiges negatives Signal an die Randregionen. Mit 96 zu 93 Stimmen bei 3 Enthaltungen pflichtete der Nationalrat der Minderheit Maire knapp bei und lehnte die zusätzliche Reduktion ab.

Eine weitere Differenz bereinigte der Ständerat in der nächsten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens. Die FK-SR hatte beantragt, dem Nationalrat bei den Sparanstrengungen im Eigenbereich entgegenzukommen, nachdem noch einmal klar gestellt worden war, dass die Zollstellen in Bargen, Ponte Tresa, Thônex-Vallard, St. Gallen und Buchs erhalten bleiben würden. Zudem hatte der Bundesrat am 22. Februar 2017 seinerseits für den Voranschlag 2018 Einsparungen im Eigenbereich von CHF 150 Mio. beschlossen – bat das Parlament bei dieser Gelegenheit jedoch darum, ihm die Freiheit zu geben, selbst zu entscheiden, wo diese Sparmassnahmen am ehesten möglich sind. Der Ständerat stimmte in der Folge dem Nationalrat in diesem Punkt mit 33 zu 9 Stimmen zu.

Da der Nationalrat in der letzten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens die verbliebenen zwei Differenzen nicht klären konnte, musste eine Einigungskonferenz einberufen werden. Offen geblieben waren die zwei Differenzen, von denen der Ständerat in den vorangegangenen Beratungen befürchtet hatte, dass sich die Sparanstrengungen des Bundes negativ auf die Kantonsfinanzen auswirken könnten. So wollten Bundesrat und Nationalrat Integrationsbeiträge an die Kantone in der Höhe von CHF 23,3 Mio. streichen, die – so die Befürchtung einer Mehrheit des Ständerats – stattdessen durch die Kantone hätten aufgebracht werden müssen. Bundesrat Maurer betonte im Rahmen der Parlamentsdebatte jedoch, dass es sich dabei weniger um eine Ausgabenreduktion als um eine Ausgabenverschiebung handle. So schaffe der Bundesrat zwar Unterstützungsmassnahmen mit schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis ab, erarbeite gleichzeitig aber auch neue, effizientere Projekte. Diese zielten insbesondere auf eine bessere Integration der neu angekommenen Asylbewerber durch Sprachkurse und eine Integrationsvorlehre ab. Auch die Reduktion des Bundesbeitrags an die Prämienverbilligung von 7,5 auf 7,3 Prozent sei gemäss Bundesrat Maurer keine Lastenverschiebung hin zu den Kantonen, da der Beitrag erst nach Annahme der Änderung des Ergänzungsleistungsgesetzes reduziert werden würde. Diese Änderung würde es den Kantonen erlauben, die dort eingesparten Gelder für die Prämienverbilligung einzusetzen. Als Kompromiss beschloss die Einigungskonferenz, dem Nationalrat bezüglich der Kürzung der Integrationskosten und dem Ständerat bezüglich den Kürzungen der Beiträge an die Prämienverbilligung zu folgen. Entsprechend werden einige bisherige Integrationsprogramme durch neue, effizientere Programme ersetzt. Gleichzeitig wird bezüglich des Bundesanteils an die Prämienverbilligung das Ergebnis der Ergänzungsleistungsreform abgewartet, in deren Rahmen diese Problematik nochmals besprochen werden soll. Die Einigungskonferenz nahm diesen Vorschlag mit 25 zu 1 Stimme an und die beiden Parlamentskammern folgten ihrem Votum: In der Schlussabstimmung sprachen sich der Ständerat mit 36 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung und der Nationalrat mit 139 zu 55 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die finale Version des Stabilisierungsprogrammes aus.

Auf Antrag der SVP-Fraktion behandelte das Parlament im Rahmen von Sondersitzungen zahlreiche Vorstösse zur Ausländer-, Asyl- und Einbürgerungspolitik. Die meisten vom Nationalrat überwiesenen Motionen wurden vom Ständerat abgelehnt. In beiden Kammern auf Zustimmung stiess eine Motion Maire (sp, NE), die den Bundesrat beauftragt, eine Integrationsplattform zu schaffen. Diese soll die Vertreterinnen und Vertreter von Bund, Kantonen, Gemeinden und betroffenen Institutionen zusammenbringen. Ebenfalls überwiesen wurden zwei Motionen Tschümperlin (sp, SZ). Die eine fordert ein bedarfsgerechtes Angebot von Sprachkursen, die andere verlangt eine wirksame Hilfe für die Betroffenen bei Zwangsheirat. Sie beauftragt den Bundesrat nach einer umfassenden Abklärung weiterführende Massnahmen zur Bekämpfung von Zwangsehen zu ergreifen, welche eine effektive Hilfe der betroffenen Personen vor Ort gewährleisten. Weiter sprachen sich auch beide Kammern für eine Motion Müller (fdp, AG) zur Verlängerung der Empfangsstellenhaft aus. Das Bundesamt für Migration kann eine spezielle Ausschaffungshaft verfügen, wenn der Wegweisungsentscheid in einer Empfangsstelle eröffnet wird und der Vollzug der Wegweisung absehbar ist. Nach geltendem Recht darf die Haft höchstens 20 Tage dauern, dies genügt in der Praxis in den wenigsten Fällen. Ausserdem überwies der Nationalrat eine weitere Motion Müller (fdp, AG) zum Aufenthaltsstatus eines Ausländers nach Nichtigerklärung des Bürgerrechts. Der Vorstoss wollte eine vom Bundesgericht aufgezeigte Gesetzeslücke schliessen und festlegen, dass die Einbürgerung künftig jede ausländerrechtliche Bewilligung erlöschen lässt. Der Ständerat änderte die Motion dahingehend ab, dass der Bundesrat bei der Schliessung der Gesetzeslücke die geltenden Zuständigkeitsregelungen zwischen Bund und Kantonen zu berücksichtigen habe. Der Nationalrat stimmte dem modifizierten Vorstoss in der Wintersession ebenfalls zu. Schliesslich hiess die Grosse Kammer ein Postulat Bischof (cvp, SO) gut, welches den Bundesrat dazu anhält, einen Bericht über die Steuerung der Zuwanderung aus der EU und aus Drittstaaten sowie über die ins Auge gefassten Massnahmen vorzulegen.