Le 7 mars 2018, le Conseil national s'est également prononcé en faveur de l'accord additionnel au Fonds pour la sécurité intérieure et de la reprise du règlement (UE) n°514/2014 (107 voix pour, 74 contre et 9 abstentions lors du vote sur l'ensemble). Dans les rangs de la chambre du peuple, l'opposition au projet d'arrêté fédéral a été portée par les groupes parlementaires des Verts et de l'Union démocratique du centre. Tout comme leurs homologues européens, Lisa Mazzone (verts, GE) et Balthasar Glättli (verts, ZH) ont tour à tour dénoncé un instrument participant à la consolidation de la "forteresse Europe" et appelé à la création d'un espace européen propice au respect des droits de l'Homme. Sur la droite du spectre politique, Adrian Amstutz (udc, BE) a quant à lui souligné l'inefficacité du système Schengen dans la lutte contre l'immigration illégale.
Les chambres fédérales ont néanmoins toutes deux apporté leur soutien au projet présenté par le Conseil fédéral lors du vote final du 16 mars 2018 (109 voix pour, 74 contre et 9 abstentions au Conseil national / 36 voix pour, 6 contre et 0 abstention au Conseil des Etats).