Der Nachtrag II zum Voranschlag 2017 beinhaltete neun Nachtragskredite in der Höhe von insgesamt CHF 107 Mio. Mehr als die Hälfte davon (CHF 60 Mio.) beantragte das Eidgenössische Personalamt zur Abfederung der Senkung des technischen Zinssatzes bei der Pensionskasse des Bundes, der Publica. Der Bundesrat wollte die für die Versicherten dadurch entstehenden Leistungseinbussen von 10 Prozent durch eine einmalige Einlage von CHF 160 Mio. auf die Altersguthaben und durch eine Erhöhung der Sparbeiträge auf maximal 5 Prozent reduzieren. Dies sollte mittels dreier Tranchen in den Jahren 2017 (70 Mio.), 2018 (70 Mio.) und 2019 (26 Mio.) geschehen, wovon CHF 10 Mio. der ersten Tranche mit den Sammelkrediten des EPA kompensiert würden. Im Gegenzug würden die Mitarbeitenden der Bundesverwaltung in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR) 2018 auf einen Teuerungsausgleich verzichten.
Weitere CHF 32 Mio. beantragte der Bundesrat nachträglich für Zahlungen bezüglich der Erweiterung der EU, wobei dieser Kredit grösstenteils Rückerstattungen an die Partnerstaaten für deren Projektausgaben beinhaltete. Dieser Nachtrag war nötig geworden, weil provisorische Auszahlungspläne oft nicht eingehalten werden konnten, sei es aufgrund von Projektverzögerungen durch komplexe Beschaffungsverfahren und Einsprüche, aufgrund der Frankenaufwertung oder weil für das Jahr 2016 geplante Auszahlungen aufgrund von Verzögerungen erst im Jahr 2017 getätigt werden konnten.
Die restlichen knapp CHF 15 Mio. verteilten sich auf sieben weitere Projekte. Der Kredit zur Zahlung von Vergütungszinsen in der Höhe von CHF 6.2 Mio. war mit der Autorisierung der FinDel bereits als Vorschuss ausbezahlt worden. Die Vergütungszinsen werden aufgrund des NFB in einem eigenen Kredit verbucht, jedoch war im Voranschlag 2017 aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Umsatzabgabe und eines Rechtsfalls bei der Mehrwertsteuer zu wenig Geld budgetiert worden. Da aber die Vergütungszinsen jeweils innert 30 Tagen fällig werden, war ein Vorschuss nötig geworden.

In der Wintersession 2017 behandelte zuerst der Ständerat das Geschäft gemeinsam mit dem Voranschlag 2018. Umstritten waren lediglich die flankierenden Massnahmen zur Senkung des technischen Zinssatzes bei der Publica. Eine Minderheit Hegglin (cvp, ZG), unterstützt von Werner Hösli (svp, GL), beantragte, diesen Nachtragskredit abzulehnen. Beide Ständeräte betonten, dass es für sie – und offensichtlich auch für die Bundesverwaltung, die ihnen keine entsprechenden Unterlagen in nützlicher Frist liefern konnte – schwierig sei, „den Beschluss und seine Folgen im Vergleich zu Leistungen anderer Körperschaften ein[zu]schätzen“. Bisher seien aber die Vorsorgewerke des Bundes grosszügig gewesen, vermutlich auch deutlich grosszügiger als diejenigen der Steuerzahler. Zudem würden diese Einlagen nicht zur Stabilisierung der Kasse beitragen, so dass bei einer paritätischen Ausfinanzierung einer allfälligen zukünftigen Unterdeckung der Bund wiederum werde zahlen müssen. Aus einem anderen Gesichtspunkt kritisierte Christian Levrat (sp, FR) den Vorschlag: Dadurch dass die Rekapitalisierung auf Kosten des Teuerungsausgleichs – der 2018 etwa CHF 33 Mio. ausmache – zustande komme, sei der hier bezahlte Betrag in fünf Jahren bereits wieder hereingeholt. Somit würde die Senkung des technischen Zinssatzes in den kommenden Jahren ausschliesslich von den Arbeitnehmenden bezahlt. Dies sei ein schlechter Deal für die Bundesangestellten. Zudem lägen die Leistungen der Publica höchstens im Mittelfeld, vor allem verglichen mit Pensionskassenleistungen von Grossunternehmen. Finanzminister Maurer betonte, dass dieses Paket eine Kompromisslösung mit den Personalverbänden darstelle und der Bund bei Lohnerhöhungen im Vergleich zur Privatwirtschaft eher hinterherhinke. Auch der Bund sei aber darauf angewiesen, die besten Mitarbeitenden anheuern zu können. Zudem hätten die Bundesangestellten seit dem Jahr 2000 deutlich mehr an den Primatwechsel bezahlt als der Bund. Wie bereits die FK-SR entschied sich auch der Ständerat, dem Bundesrat in diesem Anliegen zu folgen. Mit 24 zu 19 Stimmen (2 Enthaltungen) nahm er den Nachtragskredit an.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.

In der Wintersession 2015 beschäftigten sich die Räte mit dem Voranschlag 2016, der vom Bundesrat im August verabschiedet worden war und Einsparungen im Umfang von CHF 1,3 Mrd., davon nach Angaben von Finanzministerin Widmer-Schlumpf rund CHF 870 Mio. Querschnittkürzungen, vorsah. Der als Erstrat fungierende Ständerat schuf in der ersten Lesung nur gerade eine Differenz zum Budgetvorschlag des Bundesrates. Auf Antrag seiner Finanzkommission (FK-SR) hiess er diskussionslos eine Aufstockung des Budgets für die Dachverbände der Familienorganisationen um CHF 770'000 auf neu CHF 2 Mio. gut. Ein Minderheitsantrag Häberli-Koller (cvp, TG), der die Ausfuhrbeiträge für landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte („Schoggigesetz“) um CHF 26,7 Mio. auf CHF 94,6 Mio. erhöhen wollte, scheiterte knapp mit 21 zu 23 Stimmen. Ebenso wurden Einzelanträge der Ständeräte Engler (cvp, GR), der die Beiträge an Schweiz Tourismus (19 zu 25 Stimmen) und für die Exportförderung (18 zu 23 Stimmen) aufstocken wollte, und Baumann (cvp, UR), der die Direktzahlungen an die Landwirtschaft auf dem Niveau des Vorjahres (CHF 2,8 Mrd.) belassen wollte (19 zu 21 Stimmen), abgelehnt. Grössere Anpassungen am bundesrätlichen Vorschlag nahm der Nationalrat vor. Gleich zu Beginn der Verhandlungen nahm die grosse Kammer mit 103 zu 84 Stimmen den Antrag einer von SVP, FDP und GLP unterstützen Minderheit Vitali (fdp, LU) an, die die Sach- und Betriebsausgaben des Bundes um CHF 125 Mio. kürzen und damit auf das Niveau des Jahres 2014 zurückschrauben wollte. Die von einer Minderheit Schibli (svp, ZH) geforderten Querschnittskürzungen bei den Bundesausgaben (CHF 3,1 Mrd.) und beim Personalaufwand (CHF 162 Mio.) gingen dem Nationalrat dann aber zu weit und wurden deutlich abgelehnt. Hingegen hiess die grosse Kammer mit 92 zu 91 Stimmen eine von einer Minderheit Pieren (svp, BE) geforderte Reduktion der Mittel für Massnahmen im Bereich der Geschlechtergleichstellung um CHF 2 Mio. gut. Der Landwirtschaft sprach der Nationalrat für 2016 indes mehr Mittel zu, als vom Bunderat vorgesehen gewesen war. Bei den Direktzahlungen an die Bauern und beim Schoggigesetz folgte die grosse Kammer mit 125 zu 56 Stimmen bzw. 117 zu 72 Stimmen den Mehrheitsanträgen ihrer Finanzkommission (FK-NR) und sprach sich dafür aus, die Beiträge im Vergleich zu 2015 nicht zu kürzen. In der zweiten Lesung hielt der Ständerat in sämtlichen Punkten am Vorschlag des Bundesrates fest, wobei bei den landwirtschaftlichen Differenzen wiederum nur wenige Stimmen den Ausschlag gaben. Der Nationalrat schwenkte seinerseits in der zweiten Lesung bei einer Differenz auf die Linie des Ständerates um. Mit 112 zu 77 Stimmen sprach er sich gegen die Budgetkürzung bei den Massnahmen zur Gleichstellung aus. Die gesamte SVP und ein Drittel der FDP-Liberalen-Fraktion hatten für die Kürzung gestimmt. Von den verbleibenden Differenzen konnte in der dritten und letzten Beratungsrunde dann nur noch eine bereinigt werden. Die kleiner Kammer folgte mit 23 zu 21 Stimmen einer Minderheit Hösli (svp, GL) und stimmte damit dem Vorschlag des Nationalrats zu, die Landwirtschaft nach 2015 auch 2016 mit Direktzahlungen in der Höhe von CHF 2,8 Mrd. zu unterstützen. Damit musste der Voranschlag wie bereits im Vorjahr vor die Einigungskonferenz.