A l'occasion de la journée suisse des transports et de l'énergie à l'Expo de Milan, Doris Leuthard a annoncé l'ouverture du tunnel de base du Saint-Gothard prévue le 1er juin 2016.

Der Bundesbeschluss zur Genehmigung des Abkommens mit Frankreich bezüglich der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf wurde 2015 in den Räten behandelt. Dass die Bahnverbindung nach Annemasse (F) für die Region Genf eine wichtige Sache ist, war in den Räten unbestritten. Anlass zu Diskussionen gab die Finanzierung eines Streckenabschnitts auf französischem Boden durch die Schweiz. Bundesrätin Leuthard begründete diese Abweichung vom Territorialprinzip mit der Entlastung Genfs vom Grenzgängerverkehr deutlich, so dass der Nationalrat im März und der Ständerat im Juni 2015 ihre Zustimmung gaben.

Erstmals erfasste das BAV 2015 in enger Zusammenarbeit mit den Bahnen neben den personellen Risiken beim Transport gefährlicher Güter ebenfalls die Umweltrisiken auf Bahnstreckenabschnitten. Die Ergebnisse legten dar, dass auf dem 3652 km langen Bahnstreckennetz auf insgesamt 42 km Gefahren für Oberflächengewässer vertieft geprüft werden müssen und auf weiteren 10 km Umweltrisiken beim Grundwasser nicht ausgeschlossen werden können. Gemeinsam mit dem BAFU und den Störfallfachstellen sollen diese Abschnitte nun eingehend auf ihre Sicherheit überprüft und allfällig zu treffende Massnahmen zur Erhöhung der Sicherheit beschlossen werden. Die grösste Gefahr für das Oberflächenwasser geht gemäss Bericht von einem Streckenabschnitt bei Tecknau (BL) aus, wo die Bahnlinie direkt neben dem Eibach zu liegen kommt. Dort würden bei einem Bahnunglück giftige Stoffe direkt in das Gewässer gelangen und schliesslich in den Rhein fliessen. Der kritischste Streckenabschnitt in Bezug auf Risiken für das Grundwasser befindet sich bei Kiesen (BE).
Ungewollte Aufmerksamkeit erhielten die Erkenntnisse durch die nur wenige Tage darauf erfolgte Entgleisung eines mit Chemikalien beladenen Güterzuges bei Daillens (VD). Messungen ergaben, dass keine Chemikalien in angrenzende Oberflächengewässer geflossen sind. Der Unfallort gehörte nicht zu den im Bericht genannten risikobehafteten Streckenabschnitten.

Le 17 avril, Jacqueline Galant, la ministre belge de la Mobilité, était à Berne pour une visite de travail. Elle s'est entretenue avec son homologue suisse, Doris Leuthard, qui lui a présenté le système ferroviaire helvétique.

Alois Stöger, le ministre autrichien des transports, de l'innovation et de la technologie, a été accueilli à Berne par Doris Leuthard pour une visite de travail. Il a notamment été question du raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire européen à grande vitesse afin que l'efficacité du trafic international soit améliorée.

Ende März 2015 wurden die Betriebszahlen 2014 von den SBB bekannt gegeben. Einerseits konnten die SBB in allen Bereichen leicht zulegen und den Konzerngewinn um 56,6% auf CHF 373 Mio. steigern, andererseits nahm die Nettoverschuldung weiter zu und betrug mit CHF 7,7 Mia. das 15-fache des Betriebsergebnisses. Für die Gewinnsteigerung waren vor allem die gestiegenen Mieterträge aus dem Immobilienbereich sowie der Verkauf des alten und des neuen Hauptsitzes verantwortlich. Auch das Ergebnis aus dem Personenverkehr war um 8,1% höher als im Vorjahr und beim Güterverkehr resultierte gar eine Zunahme um 124,3% - dies hauptsächlich durch die Übernahme von Güterzügen der Deutschen Bahn auf der Nord-Süd-Achse. Die eigenen Mittel übersteigende Investitionen (vor allem in Rollmaterial) führten zur erneuten Zunahme der Nettoverschuldung. Der Bundesrat erwartet von den SBB eine Reduktion der Nettoverschuldung auf das 12-fache des Betriebsergebnisses. Sorgen bereiten den SBB nach wie vor der steigende Unterhaltsaufwand. Der Nachholbedarf im Unterhalt wird von den SBB auf CHF 2,5 Mia. beziffert - jährlich sind aber nur CHF 1,2 Mia. für den Unterhalt vorgesehen.

Ein Postulat der FDP-Liberalen-Fraktion vom Mai 2014 beauftragte den Bundesrat mit der Überprüfung des Prozesses zur Bewertung und Priorisierung der Bahnausbauprojekte des zweiten Fabi-Ausbauschrittes (ab 2025). Der Bundesrat soll dem Parlament einen Bericht über die Priorisierung der Bahnausbauprojekte vorlegen. Die Priorisierungsmethodik des Bundesamtes für Verkehr basiert auf den Nachhaltigkeitsindikatoren Bahn (Niba). Ein externes Audit soll sicherstellen, dass das Niba-System transparent, nachvollziehbar und zweckmässig ist. In seiner Stellungnahme betonte der Bundesrat, dass die Niba periodisch von externen Stellen auditiert würden und erklärte sich bereit, dem Parlament dazu einen Bericht vorzulegen. Das Postulat wurde in der Herbstsession 2014 vom Nationalrat angenommen.

Mit einem Postulat beauftragte Ständerat Hêche (sp, JU) den Bundesrat, aufzuzeigen, wie die Eisenbahnverbindung Basel-Lausanne/Genf via Laufen/Delsberg während der Bauarbeiten im Bahnhof Lausanne gewährleistet werden kann. Diese Verbindung sei für den Kanton Jura und für das Laufental von grosser Bedeutung. Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulats und die kleine Kammer folgte diesem Antrag am 25. September 2014 diskussionslos.

Im September 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft zum Abkommen mit Frankreich bezüglich der Modernisierung und dem Betrieb der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf. Es geht dabei um die Ratifizierung des von Bundesrätin Leuthard und dem französischen Transportminister Frédéric Cuvillier im März 2014 unterzeichneten Abkommens zum Ausbau der Bahnverbindung Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (CEVA). Das Projekt, welches den Strassenverkehr in der Region Genf entlasten soll, beinhaltet den Bau einer neuen Bahnlinie von 14 km Länge in der Schweiz sowie ein zwei Kilometer langer Streckenabschnitt in Frankreich, dessen Finanzierung in Abweichung vom Territorialprinzip von der Schweiz geleistet werden soll. Die Kosten für die Bauarbeiten in der Schweiz sollen CHF 1'567 Mio. betragen, jene für das Streckenstück in Frankreich EUR 15,7 Mio. Der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Abkommens wurde 2014 vom Nationalrat nicht mehr behandelt.

Ein im März 2014 eingereichtes Postulat Regazzi (cvp, TI) verlangte vom Bundesrat einen Bericht über die Gestaltung der Marktordnung im nationalen Personenverkehr nach Ablauf der SBB-Konzession im Jahr 2017. Der Bericht soll Vor- und Nachteile einer Marktöffnung erörtern und aufzeigen, wie der Markt des Personenfernverkehrs nach Ablauf der SBB-Konzession gestaltet werden kann. Der Bundesrat erklärte sich in seiner Stellungnahme zum Postulat bereit, dem Parlament einen entsprechenden Bericht vorzulegen. Das Postulat wurde vom Nationalrat in der Sommersession angenommen.

Für das Jahr 2010 wurden in einer Studie zu Handen des ARE erstmals anhand einer vollständig aktualisierten Datengrundlage die externen und volkswirtschaftlichen Umwelt-, Unfall- und Gesundheitseffekte des Verkehrs in der Schweiz erhoben. Die Kosten wurden für zwölf Bereiche erhoben, darunter etwa Schäden am Wald, Lärm, Klima, Biodiversitätsverluste, Unfälle und luftverschmutzungsbedingte Gesundheitsschäden. Zudem wurden erstmals auch die externen Kosten im Luft- und Schiffsverkehr ermittelt und der Strassenverkehr wurde um den Fuss- und Veloverkehr ergänzt. Zudem wurden die positiven Effekte der körperlichen Betätigung im Langsamverkehr auf die Gesundheit mit einberechnet. Insgesamt beliefen sich die externen Kosten des Verkehrs auf CHF 9.4 Mrd.
Für den grössten Kostenanteil war dabei der motorisierte private Personen- und Güterverkehr auf der Strasse mit rund CHF 6.5 Mrd. verantwortlich. Auf den Schienenverkehr entfielen Kosten von CHF 740 Mio., auf den Schiffsverkehr von CHF 57 Mio. Für den Langsamverkehr resultierte ein Netto-Nutzen von rund CHF 400 Mio. In der Studie wurde darauf hingewiesen, dass diese Zahlen auch im Verhältnis zu den Verkehrsleistungen der einzelnen Verkehrsträger betrachtet werden müssen: Im Strassenverkehr werden deutlich mehr Personen und Güter transportiert als mit den anderen Verkehrsträgern.

Im Januar 2014 richtete die Neat-Aufsichtskommission ihren Bericht über die Oberaufsicht über den Bau der NEAT im Jahre 2013 an das Parlament, welches diesen in der Sommersession 2014 behandelte. Die Aufsichtskommission hielt fest, dass sowohl finanzielle wie auch zeitliche Risiken gesenkt werden konnten. Der Gesamtkredit konnte um CHF 185 Mio. reduziert werden, womit die Endkosten bei CHF 18.5 Mia. liegen sollen. Weiterhin wird die Inbetriebnahme des Gotthard-Basistunnels per 31.12.2016 erwartet. Die Situation beim Ceneritunnel ist weniger klar. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Vergabe der Bahntechnik durch die Alptransit Gotthard AG aufgehoben, so dass die Inbetriebnahme des Ceneritunnels (geplant für Dez. 2019) sich möglicherweise verzögert. Unklar sei die Situation der Zubringerstrecken in Deutschland und Italien. Während in Deutschland viele Einsprachen und Forderungen nach Lärmschutzmassnahmen offen sind, stimme die Zusammenarbeit mit Italien eher zuversichtlich. Bundesrätin Leuthard bedankte sich bei der Aufsichtskommission für deren Arbeit. Beide Kammern nahmen vom Bericht Kenntnis.

Nachdem der Ständerat einer Standesinitiative aus Zürich zum Bau des Brüttener Tunnels in der Variante kurz (Bassersdorf/Dietlikon-Winterthur) bis 2025 bereits 2013 keine Folge gegeben hatte, gab dies auch der Nationalrat am 21. März 2014 nicht. Da in der Beratung von FABI der Brüttener Tunnel bereits verhandelt worden sei, wobei zwar keine Realisierung bis 2025, aber doch Projektierungsarbeiten beschlossen worden seien, sei der Standesinitiative keine Folge zu leisten.

In Erfüllung der Motionen Büttiker (fdp, SO) (10.3921) und Hochreutener (cvp, BE) (10.3914) sowie zweier Motionen der Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte (12.3330 / 12.3401), welche 2012 überwiesen worden waren, legte der Bundesrat im Mai seine Botschaft zu Bau und Finanzierung eines 4-Meter-Korridors auf den Zulaufstrecken zur NEAT am Gotthard vor. Das Geschäft enthielt das Bundesgesetz über den Bau und die Finanzierung eines 4-Meter-Korridors sowie den Bundesbeschluss über den Gesamtkredit. Um die Gotthardachse bis 2020 in einen durchgehenden 4-Meter-Korridor umzubauen, sind zwischen Basel und der Alpensüdseite 170 Ausbaumassnahmen umzusetzen. Dazu zählen Tunnelanpassungen und Änderungen an Perrondächern, Fahrleitungen, Signalanlagen und Überführungen, sowie der Neubau des Bözbergtunnels. Die Massnahmen in der Schweiz wurden auf rund CHF 710 Mio. veranschlagt, die Massnahmen für Anschlüsse in Italien auf CHF 230 Mio. Die Finanzierung könne zunächst über den FinöV-Fonds und später über den Bahninfrastrukturfonds BIF vorgenommen werden. Der Bundesrat hielt fest, dass die Mittel ausreichten, um neben allen beschlossenen Projekten im Rahmen von FABI auch den 4-Meter-Korridor zu realisieren. Am 25. September trat der Ständerat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Die KVF-SR stellte den Mehrheitsantrag, den Artikel 1 des Bundesgesetzes so zu ändern, dass nicht nur die Gotthardstrecke erwähnt wird, sondern allgemein die Nord-Süd-Verbindung. Damit könnten auch Massnahmen auf der Lötschberg-Linie ergriffen werden, ohne dass eine Gesetzesänderung notwendig würde. Eine Minderheit Theiler (fdp, LU) beantragte die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages. Der Ständerat stimmte mit 23 zu 20 Stimmen für den Mehrheitsantrag. Die von der KVF-SR in Artikel 2 beantragte Streichung der Massnahmen in Giubiasco–Lugano Vedeggio (mit Kosten von CHF 10 Mio.) fand im Rat dagegen keine Mehrheit, er folgte dem Antrag des Bundesrates mit 26 zu 9 Stimmen. Hinsichtlich der Massnahmen für die Anschlüsse in Italien wollte die KVF-SR mit ihrem Mehrheitsantrag aufnehmen, dass für A-fonds-perdu-Beiträge an Italien ein überwiegendes Interesse der Schweiz gegeben sein muss. Ein Minderheitsantrag wollte verhindern, dass der Bundesrat eine Carte blanche für finanzielle Vereinbarungen mit Italien erhält. Der Rat folgte allerdings dem Mehrheitsantrag mit 31 zu 11 Stimmen und löste mit qualifiziertem Mehr von 36 zu 6 Stimmen die Ausgabenbremse. Bei der Finanzierung forderte die Mehrheit der KVF, dass diese zu einem Drittel aus Mineralölsteuererträgen und zu zwei Dritteln aus FinöV bzw. FABI erfolgen solle. Der Minderheitenantrag Imoberdorf (cvp, VS) beantragte dagegen die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages, welcher eine Finanzierung rein aus FinöV und später aus dem BIF vorsah. Gegen die Teilfinanzierung mit Mitteln aus dem Strassenverkehr wurde vorgebracht, dass von diesen Mitteln bereits sehr viel für den Schienenverkehr eingesetzt werde und dass eine weitere Beanspruchung dieser Mittel die Zustimmung zur Vignettenpreiserhöhung und zu FABI in den jeweiligen Volksabstimmungen gefährden könnte. Der Rat entschied deshalb gegen weitere Mittel aus dem Strassenverkehr und nahm den Minderheitsantrag mit 28 zu 15 Stimmen an. Eine Minderheit Stadler (glp, UR) wollte schliesslich die zulässigen Höchstmasse für Fahrzeuge und Fahrzeugkombinationen aufnehmen und zwar so, dass sogenannte Gigaliner (mit einer Länge von 25 Metern und einem Gewicht von bis zu 60 Tonnen) nicht zugelassen würden. Gegen diesen Vorschlag wurde vorgebracht, dass die Gesetzesebene der falsche Ort sei, um die Dimensionen von Fahrzeugen zu regeln und er wurde entsprechend mit 23 zu 15 Stimmen abgelehnt. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat das Bundesgesetz einstimmig (bei 7 Enthaltungen) an. In der Debatte des Bundesbeschlusses zum Gesamtkredit forderte der Mehrheitsantrag der KVF-SR eine Erhöhung der Beiträge an Massnahmen in Italien (Lötschberg-Simplon-Linie) um zusätzliche CHF 50 Mio. Dagegen wurde von Bundesrätin Leuthard eingewendet, dass die Schweiz mit Italien in Verhandlungen stehe und es taktisch falsch sei, den gesprochenen Betrag noch vor Abschluss der Verhandlungen aufzustocken. Zudem sei es unschön gegenüber jenen Kantonen, deren Anliegen zu FABI aus finanziellen Gründen zurückgestellt worden seien. Bei je 21 Stimmen für und gegen den Mehrheitsantrag entschied der Stichentscheid des Präsidenten für den Mehrheitsantrag. Die Ausgabenbremse wurde mit 24 zu 18 Stimmen gelöst und in der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Bundesbeschluss zum Gesamtkredit mit 26 zu 15 Stimmen an. Am 5. Dezember trat der Nationalrat ebenfalls ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Im Nationalrat wurden die gleichen Punkte diskutiert wie im Ständerat. Die grosse Kammer folgte ihrer Schwester in der allgemeinen Formulierung des Geltungsbereichs entgegen einem Minderheitenantrag Binder (svp, ZH), welcher die Zustimmung zur bundesrätlichen Fassung forderte, mit 111 zu 73 Stimmen. Wie im Ständerat waren auch im Nationalrat die Beiträge an Italien umstritten: Während der Mehrheitsantrag der KVF-NR die Zustimmung zur ständerätlichen Fassung beantragte, forderte eine Minderheit 1 Binder (svp, ZH), dass der Bundesrat zwar selbständig Darlehen an Italien vergeben dürfe, für A-fonds-perdu-Beiträge aber die Zustimmung der Bundesversammlung vorzusehen sei. Eine Minderheit 2 Binder (svp, ZH) forderte die integrale Streichung des Artikels zu Beiträgen an Italien. Begründet wurde dies mit dem Territorialprinzip: Die Schweiz solle nur auf Schweizer Boden investieren. Dem wurde von grünliberaler, sozialdemokratischer und grüner Seite entgegengehalten, dass die NEAT ohne Anschluss im Süden nicht den vollen Nutzen zur Verkehrsverlagerung entfalten könne. Der Mehrheitsantrag wurde den beiden Minderheitsanträgen deutlich vorgezogen, Gegenstimmen kamen fast ausschliesslich aus der SVP-Fraktion. Die Ausgabe wurde mit 138 zu 48 Stimmen angenommen, nur die SVP-Fraktion trat auf die Ausgabenbremse. Eine Minderheit Hardegger (sp, ZH) verlangte die Aufnahme von Höchstmassen von Fahrzeugen und Fahrzeugkombinationen in Artikel 9 des Strassenverkehrsgesetzes sowie einen entsprechenden Verweis im Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor. Wie schon im Ständerat wurde dagegengehalten, dass dafür die Verordnungs- und nicht die Gesetzesebene vorgesehen sei. Der Nationalrat nahm den Minderheitenantrag Hardegger trotzdem mit 119 zu 60 Stimmen an. In der Gesamtabstimmung wurde das Bundesgesetz einstimmig mit 178 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. In der Debatte zum Bundesbeschluss über den Gesamtkredit verlangte eine Minderheit Huber (fdp, UR), der bundesrätlichen Vorlage nachzukommen und die vom Ständerat eingebrachten CHF 50 Mio. für Massnahmen in Italien auf der Lötschberg-Simplon-Linie zu streichen. Der Nationalrat folgte aber seiner Kommission und nahm den Bundesbeschluss im Sinne des Ständerates mit 104 gegen 72 Stimmen an, wobei die Gegenstimmen aus den Fraktionen von FDP und SVP stammten. Die Ausgabenbremse wurde gelöst und mit 115 zu 67 Stimmen wurde das Geschäft angenommen. Am 10. Dezember verhandelte der Ständerat die Differenz und folgte dem Nationalrat darin, die Höchstmasse von Fahrzeugen nicht ins Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor sondern ins Strassenverkehrsgesetz zu schreiben. In der Schlussabstimmung vom 13. Dezember nahm der Ständerat die Vorlage mit 37 zu 1 Stimme an, der Nationalrat mit 143 zu 36 Stimmen. Die Gegenstimmen kamen ausschliesslich aus der SVP-Fraktion.

Eine Motion der ständerätlichen Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beauftragte den Bundesrat, Massnahmen aufzuzeigen, mit welchen die Finanzierung des regionalen Personenverkehrs langfristig sichergestellt werden soll und mit denen das Angebot besser auf die mit FABI beschlossenen Infrastrukturausbauten abgestimmt werden können. Zusätzlich soll das Bestellverfahren harmonisiert und vereinfacht werden, damit mehr Planungssicherheit für Transportunternehmen gegeben sei. Der Bundesrat unterstützte dieses Anliegen und wies darauf hin, dass Abklärungen zum Bestellverfahren bereits beim Bundesamt für Verkehr in Arbeit seien. Der Bundesrat beantragte die Annahme der Motion und der Ständerat folgte ihm und seiner Kommission und überwies die Motion am 10. Dezember des Berichtjahres. Im Nationalrat wurde die Motion im Berichtjahr noch nicht behandelt.

In seiner Botschaft zur Änderung des Bundesbeschlusses über den Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs vom 29. November zeigte der Bundesrat auf, wie er die Verkehrsverlagerung stützen und die Planungssicherheit im Schienengüterverkehr sichern will. Der Zahlungsrahmen für den unbegleiteten kombinierten Verkehr soll um fünf Jahre bis 2023 verlängert und gleichzeitig auf CHF 1'675 Mio. erhöht werden. Die Änderung des Bundesbeschlusses wird im März 2014 im Nationalrat behandelt.

In der Verkehrspolitik wollten die Grünen ihre Position für weniger Mobilität verteidigen. Bereits im Januar kündigte Co-Präsidentin Regula Rytz an, ein Referendum zu unterstützen, sollte der Bau einer zweiten Gotthardröhre beschlossen werden. Das bis anhin von den Grünen besetzte VCS-Präsidium wollte man ebenfalls nicht kampflos der SP überlassen: neben der letztlich gewählten Evi Allemann (sp, BE) trat deshalb auch Aline Trede (gp, BE) an. Mitte April brachten die Grünen zudem die Idee eines Gelegenheits-Halbtax-Abonnements in die Diskussion um die Preise im öffentlichen Verkehr ein. Die „Bahnkarte 25“ soll für CHF 50 im Jahr die Bahnreisen um 25% verbilligen. Damit würden Anreize für Gelegenheitszugfahrer gesetzt, die vermehrt auf die Strasse ausweichen würden, gab Regula Rytz, Co-Präsidentin der Grünen in einem Interview zu Protokoll. Eine ähnliche Idee war in Deutschland mit einigem Erfolg im Jahr 2002 eingeführt worden. Schliesslich forderten die Delegierten im November in einer Resolution, dass bis 2050 nur noch Autos auf Schweizer Strassen fahren dürfen, die mit grünem Strom fahren. Dies soll durch eine Erhöhung der Auto-Importsteuer und der Umwandlung von Parkplätzen in Standplätze mit Ladestationen erreicht werden. Darüber hinaus müsse möglichst rasch ein verursachergerechtes Mobility-Pricing eingeführt werden.

Ein Postulat von Siebenthal (svp, BE) verlangte vom Bundesrat einen Bericht über die Gesamtkosten der Schliessung von Verladebahnhöfen. Das Postulat betonte die Wichtigkeit des Netzes an Verladebahnhöfen und verwies auf die hohen Kosten, welche im Falle eines Sturmes wie „Lothar“ durch den Transport des Fallholzes ohne Verladebahnhöfe entstünden. Während der Bundesrat auf den Markt verwies und das Postulat deshalb zur Ablehnung empfahl, fand das Postulat im Nationalrat eine Mehrheit und wurde im September des Berichtjahres mit 102 zu 84 Stimmen überwiesen.

Die Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte verlangten vom Bundesrat in zwei fast gleichlautenden Postulaten einen Bericht über die Angebotsverbesserung auf der Hochrheinstrecke(13.3415 / 13.3451). Die Verbindung zwischen den Agglomerationen Basel und Schaffhausen führt über Deutsches Gebiet, ist nicht durchgehend elektrifiziert und mit Stundentakt wenig attraktiv. Zudem werden Schweizer Abonnemente nicht anerkannt. Da die Elektrifizierung und Anbindung dieser Strecke keinen Eingang in die Ausbauprojekte im Rahmen von FABI fand, verlangten die Kommissionen vom Bundesrat Abklärungen, wie die Strecke attraktiver eingebunden werden könnte. Die Elektrifizierung der Strecke wurde nur noch von der KVF-NR in das Postulat aufgenommen, für die KVF-SR stand die Anerkennung von Schweizer Abonnementen sowie die Anbindung an den Schweizer Taktfahrplan im Vordergrund. Die Kommissionen betonten das grosse Interesse der Regionen an einer attraktiven Hochrheinstrecke, welche auch den Knoten Zürich etwas entlasten würde. Da die Konzession zum Betrieb der Strecke von Baden-Württemberg 2016 neu vergeben werde, sei es notwendig, jetzt einen Bericht zu erarbeiten. Der Bundesrat teilte diese Ansicht und beantragte, die Postulate anzunehmen. Der Nationalrat überwies das Postulat am 17., der Ständerat am 25. September diskussionslos.

Im ersten Quartal 2013 sorgten die SBB mit einer beispiellosen Unfallserie für Verunsicherung bei der Kundschaft, in Medien und Politik. Bis Anfang März gab es bereits zehn Zwischenfälle, darunter aussergewöhnlich viele Entgleisungen, aber auch Zusammenstösse mit vielen Verletzten, so etwa in Neuhausen (SH), wo der Zusammenstoss von zwei Regionalzügen im Januar 26 Verletzte gefordert hatte. Die Sicherheit des Zugfahrens war im März ein wiederkehrendes Thema in den Medien. SBB-Verwaltungsratspräsident Ulrich Gygi verteidigte die SBB gegen den Vorwurf, die Sicherheit habe ihre Priorität zugunsten der Pünktlichkeit verloren und hielt fest, dass die Zwischenfälle kein Muster aufwiesen und also kein systematisches Problem vorliege. Ein Postulat Regazzi (cvp, TI) (13.3102) forderte im März ein externes Audit zur Erhöhung der Sicherheit des Eisenbahnnetzes, dies wurde im Nationalrat jedoch abgelehnt. Nach einem weiteren schweren Unfall mit einem Todesfall und mehreren Verletzten bei Granges-près-Marnand (VD) im Juli flammte die Diskussion erneut auf, bis Ende Jahr glich sich die Zahl der Zwischenfälle aber wieder dem mehrjährigen Durchschnitt an.

Nachdem der Ständerat den Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI im Dezember 2012 um mehrere Ausbauprojekte ergänzt und mittels eines zusätzlichen Mehrwertsteuerpromilles auf CHF 6,4 Mrd. aufgestockt hatte, kam das Geschäft im Juni des Berichtjahres in den Nationalrat. Umstritten war vor allem der plafonierte Fahrkostenabzug. Der Mehrheitsantrag wollte dem ständerätlichen Vorschlag von einem Pauschalabzug von CHF 3'000 zustimmen. Eine Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte den Fahrkostenabzug dem Preis eines 2.-Klass-Generalabonnements gleichsetzen. Eine Minderheit Quadri (lega, TI) lehnte eine Plafonierung des Fahrkostenabzugs generell ab, da sie jene benachteilige, die auf das Auto angewiesen seien. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) forderte dagegen eine komplette Abschaffung des Fahrkostenabzugs, da dies ein falscher Anreiz des Staates sei. Ein Antrag Daniel Fässler (cvp, AI) verlangte einen Maximalbetrag von zehntausend Franken, während die ersten zweitausend nicht abzugsberechtigt wären. Alle Minderheits- und Einzelanträge konnten in der Abstimmung nicht gegen den Mehrheitsantrag bestehen. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) versuchte erfolglos, die vom Ständerat aufgenommene Mehrwertsteuer-Erhöhung zu verhindern. Der Nationalrat folgte dem Mehrheitsantrag für Bestätigung der Änderung der kleinen Kammer mit 125 zu 65 Stimmen. Bei der Vorlage zum Bundesgesetz über die Finanzierung und den Ausbau der Eisenbahninfrastruktur nahm der Nationalrat mit 124 zu 65 Stimmen den Antrag Fluri (fdp, SO) an, welcher forderte, dass ab 2019 die Hälfte der gesprochenen Mitteln aus Schwerverkehrsabgabe und zweckgebundener Verbrauchssteuer bis zur vollständigen Rückzahlung der Bevorschussung zur Verzinsung und Rückzahlung verwendet werden. Zum Ausbauschritt 2025 gab es im Nationalrat drei Anträge: Eine Minderheit Quadri (lega, TI) forderte die Aufnahme von Planungsarbeiten zur Umfahrung von Bellinzona. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) wollte den ursprünglichen, deutlich kleineren Ausbauschritt des Bundesrates jenem des Ständerates vorziehen. Eine Minderheit Hurter (svp, SH) bat darum, die Elektrifizierung und den Ausbau der Hochrheinbahn in den ersten Ausbauschritt aufzunehmen. Der Nationalrat folgte allerdings in allen Abstimmungen deutlich der Kommissionsmehrheit, welche die Vorlage des Ständerates übernehmen wollte. Ein Antrag Fluri (fdp, SO), welcher eine Verknüpfung aller Teile des FABI-Geschäfts verlangte, damit keine Unsicherheiten bezüglich der Referendumsfrist auftreten können, wurde vom Rat mit 142 zu 36 Stimmen angenommen. Beim Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für den Ausbauschritt 2025 zog der Rat den Mehrheitsantrag (Zustimmung zum Beschluss des Ständerates) dem Minderheitsantrag Huber (fdp, UR; Zustimmung zum Entwurf des Bundesrates) mit 142 zu 41 Stimmen vor. Einer Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) gelang es, den Ausbau der Hochrheinbahn durch die Hintertüre einzubringen: Der Nationalrat stimmte der von der Minderheit Hurter beantragten Änderung des Bundesbeschlusses vom 8. März 2005 über den Verpflichtungskredit für die erste Phase des HGV-Anschlusses mit 102 zu 82 Stimmen zu, erhöhte dort nachträglich den Kredit um CHF 100 Mio. auf CHF 1'190 Mio. und führte die Verbindung Schaffhausen-Basel im Bundesbeschluss auf. Mehrere Minderheitsanträge fanden keine Zustimmung, darunter etwa der Antrag Regazzi (cvp, TI), welcher auch die Seilbahnen und den Schienengüterverkehr in die langfristige Angebots- und Infrastrukturentwicklung einbeziehen wollte, der Antrag Huber (fdp, UR), welcher eine Befristung des Bahninfrastrukturfonds bis 2030 beabsichtigte oder der Antrag Quadri (lega, TI), welcher ein Mitspracherecht der Gemeinden in Artikel 48b und 48d des Eisenbahngesetzes festschreiben wollte. Keine Zustimmung fand auch die Minderheit II Candinas (cvp, GR), welche wie der Ständerat die finanzielle Beteiligung der Kantone über die Zuständigkeit für die Publikumsanlagen regeln wollte. Die Finanzdirektorenkonferenz der Kantone hatte sich explizit für diese Lösung ausgesprochen und Bundes- und Ständerat unterstützten diese Regelung. Der Antrag Candinas wurde mit 142 zu 41 Stimmen verworfen. Der Nationalrat nahm alle Entwürfe in den Gesamtabstimmungen deutlich an, worauf die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat ging. In der kleinen Kammer sorgten nur zwei Differenzen für Diskussionen: Zum Einen die Kantonsbeteiligung an der Finanzierung, welche gemäss Nationalrat pauschal über die Bestellungen an den Regionalverkehr aufgeschlüsselt werden sollte, zum Anderen die Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zwecks Aufnahme und Finanzierung der Elektrifizierung der Hochrheinstrecke. Die Verkehrskommission des Ständerates beantragte bei der Kantonsbeteiligung die Zustimmung zum Entwurf des Nationalrates. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) forderte Festhalten am bundesrätlichen Vorschlag der Finanzierungsbeteiligung der Kantone via die Publikumsanlagen. Diese Lösung wurde nun entgegen der ersten Debatte als kompliziert und unzweckmässig bezeichnet, zudem wurde das Risiko betont, dass kleine und finanzschwache Kantone mit der Sanierung von grossen Bahnhöfen überfordert wären. Der Ständerat schwenkte mit 32 zu 8 Stimmen auf die Linie des Nationalrates ein. Während die Standesvertreter von Basel-Stadt, Basel-Landschaft und Schaffhausen für die vom Nationalrat aufgenommene Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zur Elektrifizierung der Hochrheinstrecke argumentierten, mahnten kritische Stimmen, dass das Projekt der Hochrheinbahn ein Ad-hoc-Projekt sei und keine grundsätzliche Prüfung durchlaufen habe wie die anderen Projekte, welche als Ausbauprojekte in FABI aufgenommen worden seien. Auch solle eine Investition auf deutschem Boden mittels Staatsvertrag geregelt werden. Der Ständerat entschied mit 32 zu 5 Stimmen gegen die Minderheit Janiak (sp, BL), welche Zustimmung zum Nationalrat beantragt hatte. Diese letzte Differenz wurde im Nationalrat am 17.Juni verhandelt. Eine Mehrheit der Kommission forderte die Zustimmung zum Ständerat. Eine Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) forderte Festhalten an der Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes. Hurter zog seinen Minderheitenantrag allerdings zurück, da sein Postulat bezüglich der Hochrheinbahn in der Kommission auf grossmehrheitliche Zustimmung gestossen war. Der Nationalrat schwenkte damit gemäss Mehrheitsantrag auf die Linie des Ständerates ein und räumte die letzte Differenz zu diesem aus. In den Schlussabstimmungen im Juni nahm der Ständerat die Vorlagen einstimmig an. Fast zeitgleich folgte der Nationalrat der kleinen Kammer und führte damit die Vorlage gegen die Nein-Stimmen einer Mehrheit der SVP-Fraktion zum Abschluss. Die Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ wurde in der Folge zurückgezogen. Über die FABI Vorlage wird im Februar 2014 an den Urnen befunden.

Die Neat-Aufsichtsdelegation richtete im April 2013 ihren Bericht über die Oberaufsicht über den Bau der Neat im Jahr 2012 an das Parlament. Die Bauarbeiten seien auf Kurs, der Gotthardbasistunnel könne voraussichtlich planmässig 2016 eröffnet werden. Mit dem Abschluss der Bohrarbeiten am Gotthard hätten die Unsicherheiten weiter abgenommen. Etwas unsicher seien jedoch die Fortschritte auf den Zulaufstrecken, insbesondere beim Ausbau der Rheintalbahn in Deutschland. Beide Parlamentskammern würdigten sowohl die Arbeit der beteiligten Betriebe, als auch die Aufsichtstätigkeit des Bundesrates und die Arbeit der parlamentarischen Aufsichtsdelegation. Beide Kammern nahmen vom Bericht Kenntnis, der Ständerat am 5. Juni, der Nationalrat am 19. Juni 2013.

Die im Rahmen der Bahnreform 2 vom Bundesamt für Verkehr (BAV) angekündigte Überprüfung der Rentabilität von Regionalverkehrsstrecken hatte einigen Wirbel verursacht, in Vernehmlassungsantworten war die Rede von „Kahlschlag“. In den Verordnungsänderungen zum zweiten Schritt der Bahnreform 2 schwächte der Bundesrat die Überprüfung nun ab: Regionalbahnen mit einem Kostendeckungsgrad von unter 30% hätten vor der Anschaffung neuen Rollmaterials einen alternativen Betrieb mit Bussen zu prüfen. Es sei aber kein Automatismus vorgesehen, d.h. Regionalbahnlinien sollen nicht allein aufgrund eines tiefen Kostendeckungsgrades stillgelegt werden, sondern nur, wenn sich der Busbetrieb als wirtschaftlichere und kundenfreundliche Alternative anbiete. Zudem übernahm die Schweiz mit dem zweiten Schritt der Bahnreform 2 wichtige Elemente der Interoperabilitäts- und Sicherheitsrichtlinie der EU, was den grenzüberschreitenden Bahnverkehr vereinfachen soll.

Im März 2014 wiesen die SBB ihre Betriebszahlen für 2013 aus. Die Bundesbahnen beförderten im Berichtjahr erstmals durchschnittlich eine Million Passagiere pro Tag (Zunahme gegenüber dem Vorjahr um 3,7%). Die Anzahl Personenkilometer stieg auf 17,77 Mrd. und lag damit nach dem Einbruch im Vorjahr leicht über dem Ergebnis von 2011 (17,75 Mrd.). Die SBB begründen die gestiegene Anzahl Personenkilometer mit Angebotsverbesserungen in der Romandie. Trotz der Zunahme von Passagieren und Personenkilometern wies die SBB einen um 44% geschrumpften Konzerngewinn aus. Grund für den Gewinnrückgang seien die gestiegenen Trassenpreise, welche mit der Preiserhöhung vom Dezember 2012 nicht vollständig kompensiert werden konnten. Auch zusätzliche Unterhaltsarbeiten an der Infrastruktur belasteten die Rechnung. SBB Cargo schrieb erstmals seit über vierzig Jahren schwarze Zahlen: Die Kosteneinsparungen durch die Reduktion von Bedienpunkten führten in Kombination mit dem Zuwachs an Kunden zu einem Gewinn von CHF 14,7 Mio. Im April wurde bekannt, dass DB Schenker, eine Gütertransport-Tochterfirma der Deutschen Bahn, ihre Aufträge per 2014 nicht mehr mit der BLS Cargo abwickeln wird, sondern mit der SBB Cargo. Die BLS Cargo verliert damit ihren wichtigsten Kunden: Rund 5'000 Züge über die Gotthardstrecke fallen weg (von total 6'000 Zügen). Die BLS Cargo muss deshalb rund 80 Stellen streichen. Die SBB Cargo teilte mit, dass sie mit dem neuen Auftraggeber bestehende Kapazitäten besser nutzen könne und dass auch die Einstellung von zusätzlichem Personal (auch von der BLS Cargo) möglich sei.

Im Februar teilte der Verband öffentlicher Verkehr (VöV) mit, dass auf Anfang 2015 die sogenannte öV-Karte eingeführt werden soll. Diese Karte soll andere Abonnemente, Karten und Fahrausweise ersetzen: Abonnemente und Fahrausweise können auf der Karte gespeichert und mittels Abfragegerät vom Personal des Transportunternehmens auf ihre Gültigkeit überprüft werden. Die grossen Transportunternehmen versprechen sich Einsparungen durch Synergieeffekte, zudem ist die öV-Karte ein erster Schritt auf dem Weg zu differenzierten Preisen, indem sie die Sammlung von Daten über die individuelle Benützung des öffentlichen Verkehrs möglich macht. Kritische Stimmen wiesen denn auch auf das Problem des Datenschutzes hin. Kleine Transportunternehmen fürchten zudem hohe Kosten bei der Einführung von Karte und Lesegeräten.