Im Dezember 2020 vereinbarten die Verkehrsministerien der Schweiz, Deutschlands, Frankreichs und Österreichs, den grenzüberschreitenden Bahnverkehr, und insbesondere das Nachtzugangebot, weiter zu fördern. Konkret gehe es um die gemeinsame Beschaffung von Rollmaterial, die Optimierung der Fahrpläne und die Entwicklung von Buchungsplattformen. BAV-Direktor Füglistaler zeigte sich erfreut über den politischen Support für diese verstärkte Zusammenarbeit und wies darauf hin, dass mit den Fern- und Nachtzügen auch der Klimaschutz gestärkt werde. Vincent Ducrot, CEO der SBB, liess verlauten, dass die Nachfrage nach klimafreundlichen Fern- und Nachtzügen weiter steigen werde. Er sei froh, dass nun auch die Deutsche Bahn und die SNCF für die Kooperation hätten gewonnen werden können, nachdem die SBB und die ÖBB bereits früher im Jahr eine Vereinbarung getroffen hätten. Ducrot war überzeugt, dass die Nachtzugverbindungen aus der Schweiz bis 2024 von sechs auf zehn Linien mit insgesamt 25 Destinationen ausgebaut werden können.

Im Herbst 2020 sorgte ein akuter Mangel an Lokführerinnen und Lokführern bei den SBB für Schlagzeilen. Die Medien berichteten, dass aufgrund dieses Engpasses bis Mitte Dezember 2020 täglich 200 Zugverbindungen ausfallen würden, vor allem im Raum Zürich und in der Westschweiz. In der Westschweiz wurde seitens einzelner Kundinnen und Kunden und in Form des FRC denn auch bald der Ruf nach einer Ausfallentschädigung laut. Diese wollten die SBB aber nicht entrichten und verwiesen auf Ersatzmassnahmen, wie etwa extra Busfahrten für die gestrichenen Zugverbindungen. Derweilen wurde SBB-CEO Vincent Ducrot dahingehend zitiert, dass die SBB diesen Mangel nun angehen würden, nachdem sie das Problem leider lange Zeit vernachlässigt und zu wenig Personal für den Führerstand ausgebildet hätten. Derzeit befänden sich 340 Personen in Ausbildung – so viele wie noch nie – und auch Frauen sollen gemäss SBB vermehrt für diesen Beruf gewonnen werden. Ein weiteres Problem sahen die Zeitungen jedoch auch im relativ tiefen Lohn und den herausfordernden Arbeitszeiten (Stichwort Nachtarbeit). Um den Beruf attraktiver zu machen, kündigten die SBB daher an, die Lokführerinnen und Lokführer künftig breiter auszubilden, damit sie mehrere Strecken und Zugtypen fahren können. Schliesslich wurde in den Medien auch von der Idee berichtet, Piloten in Lokführer umzuschulen, um den Engpass zu entschärfen. Ob sich diese Idee wirklich durchsetzen wird, blieb offen – in den Zeitungen wurde nur von einzelnen Personen berichtet, welche die Ausbildung zur Lokführerin oder zum Lokführer in Angriff genommen hatten.

Anfang Juli 2020 kündigte der neue Chef der SBB, Vincent Ducrot, an, das Nachtzugangebot der SBB ausbauen zu wollen. Dafür sollen die Österreichischen Bundesbahnen ÖBB die Züge für die SBB beschaffen und unterhalten. Etwaige Ziele wären etwa Rom, Barcelona oder Amsterdam. Die SBB zeigten sich überzeugt, dass die Nachfrage nach diesen Nachtverbindungen da sei und weiter wachsen werde. Sie wiesen aber auch darauf hin, dass die Verbindungen nicht kostentragend seien. Eine finanzielle Beteiligung des Bundes via Gelder aus dem neu zu schaffenden Klimafonds sei deshalb eine Voraussetzung für das Gelingen dieses Unterfangens. Die NZZ monierte in einem Meinungsartikel, dass es nicht die Aufgabe des Staates sei, eine kleine Anzahl von Reisenden via Klimafonds finanziell zu unterstützen. Für Benjamin Giezendanner (svp, AG) kam es nicht in Frage, dass die SBB Gelder aus dem neuen Klimafonds erhält, er kündigte an, dies mit einem Vorstoss (Po. 20.4019) verhindern zu wollen. Zum einen sei der Zweck des Klimafonds vom Parlament noch nicht abschliessend bestimmt und zum anderen würde es zu einer Wettbewerbsverzerrung führen, wenn die SBB in diesem Bereich subventioniert würde, während private Anbieter durch die Corona-Krise eh schon geschwächt seien. Dem pflichtete auch der Schweizerische Nutzfahrzeugverband ASTAG bei; für die Carbranche seien die Pläne der SBB ruinierend. Auch Aerosuisse zeigte sich ernüchtert und sprach von einer Wettbewerbsverzerrung. Die Grünen hingegen erachteten die Massnahme als Entzerrung des Wettbewerbs, da die Flugbranche bislang einseitig unterstützt worden sei, indem sie von der Mehrwertsteuerabgabe befreit war und auf internationalen Flügen keine Kerosinsteuer bezahlen musste.

Am 1. April 2020 trat der neue CEO der SBB Vincent Ducrot seine Stelle an. Im September 2019 hatte SBB-CEO Andreas Meyer seinen Rücktritt angekündigt, Anfang Dezember 2019 war Vincent Ducrot als sein designierter Nachfolger vorgestellt worden war. Ducrot hatte seine Karriere 1993 als Ingenieur bei der SBB begonnen und sich unter SBB-Generaldirektor Benedikt Weibel bis zum Leiter des Fernverkehrs hochgearbeitet. Er hatte danach die Führung der Freiburgischen Verkehrsbetriebe übernommen, von wo er nun an die Spitze des grössten Schweizer Bahnunternehmens zurückkehrte.
Der neue CEO übernahm die Leitung der Bundesbahnen in ihrer grössten Krise: Aufgrund der Covid-19-Pandemie hatte die SBB den Fahrplan ausgedünnt, rund ein Viertel der Züge fielen aus. Die Passagierzahlen brachen um 80 bis 90 Prozent ein, rund 150'000 Generalabonnemente wurden vorübergehend hinterlegt – Ducrot mochte die finanziellen Einbussen der Krise für die SBB bei seinem Amtsantritt nicht quantifizieren. Angesichts der Folgen der Pandemie schienen die anderen Sorgen der SBB – Pünktlichkeit, Sauberkeit, Sicherheit – aber geradezu zu verblassen.