Nachdem der Ständerat die bundesrätliche Vorlage ohne Änderungen gutgeheissen hatte, beugte sich in der Herbstsession 2023 auch der Nationalrat über die Botschaft zur Änderung des Eisenbahngesetzes (EBG) sowie zur Umsetzung der technischen Säule des 4. EU-Eisenbahnpakets. Für die KVF-NR erläuterten Isabelle Pasquier-Eichenberger (gp, NE) und Kurt Fluri (fdp, SO) die grosse Bedeutung der Harmonisierung technischer Vorgaben für die exportorientierte Bahnindustrie der Schweiz sowie für den Personenverkehr. Die Kommissionsmehrheit beantragte ihrem Rat, dem bundesrätlichen Entwurf vorbehaltlos zuzustimmen. Auch Bundesrat Albert Rösti unterstrich die Wichtigkeit des Eisenbahnpakets für den internationalen Eisenbahnverkehr, dessen integraler Bestandteil die Schweiz sei. Die grosse Kammer beschloss daraufhin Eintreten ohne Gegenantrag.
Anlass zu Diskussionen gab aber wie bereits im Ständerat das Verbandsbeschwerderecht von Behindertenorganisationen: KVF-NR-Mitglied Bruno Storni (sp, TI) beantragte dem Nationalrat mit einem Minderheitsantrag, das Verbandsbeschwerderecht für Behindertenorganisationen explizit in die Vorlage aufzunehmen, um das Behindertengleichstellungsgesetz einzuhalten. Er forderte, dass das BAV seine Aufgaben und Funktionen bezüglich der Gleichstellung von Menschen mit Behinderung im Schienenverkehr beibehalte. Das EU-Recht gehe im Bereich der Barrierefreiheit des öffentlichen Verkehrs weniger weit als das Schweizer Recht und bisher seien bei der European Railway Association (ERA) nur Teilaspekte der Schweizer Anforderungen aufgegriffen worden. Die Kommissionsmehrheit hatte sich laut Fluri mit 14 zu 6 Stimmen bei 3 Enthaltungen gegen den Minderheitsantrag ausgesprochen, da mit diesem die angestrebte Harmonisierung und Verfahrensbeschleunigung teilweise aufgehoben würde und die «verfassungsrechtlich zugesicherte Autonomie von Menschen mit Behinderungen» im bundesrätlichen Entwurf gewährleistet sei. Mitte und GLP teilten die Meinung der Kommissionsmehrheit und stellten sich gegen den Minderheitsantrag. Unterstützung fand der Antrag bei der SP und den Grünen. Die Fraktionen der SVP und FDP verzichteten auf ein Votum.
Auch der Bundesrat lehnte das Anliegen Stornis ab, da der Antrag «mit dieser Vorlage unvereinbar» sei. Die Zulassungsverfahren würden laut Rösti so wieder erschwert. Das BAV prüfe weiterhin die Einhaltung des Behindertengleichstellungsgesetzes, worüber es der ERA Bericht erstatte. Die spezifischen Schweizer Anforderungen würden dadurch von der ERA berücksichtigt. Das Schweizer Verbandsbeschwerderecht sei zudem nicht mit den EU-Bestimmungen vereinbar. Rösti versicherte aber, dass betroffene Personen weiterhin Beschwerde einlegen könnten. Der Nationalrat lehnte den Minderheitsantrag schlussendlich mit 121 zu 70 Stimmen ohne Enthaltung ab.
In der Gesamtabstimmung hiess die grosse Kammer den bundesrätlichen Entwurf sodann – wie bereits der Ständerat – einstimmig gut.

Noch in derselben Session kam die Vorlage in die Schlussabstimmung. Beide Räte sprachen sich einstimmig bei 195 bzw. 44 zu 0 Stimmen ohne Enthaltungen für die Annahme des Entwurfs aus, womit das Geschäft erledigt war.

Im März 2023 nahm sich der Nationalrat der Änderung des Güterverkehrsverlagerungsgesetzes und des entsprechenden Zahlungsrahmens an. Mit dem Gesetzespaket sah der Bundesrat vor, die sogenannte Rollende Landstrasse Rola – den Bahntransport für Lastwagen im alpinen Güterverkehr mit Begleitwagen für die Chauffeurinnen und Chauffeure – noch bis Ende 2026 weiterzuführen. Der dafür zu stellende Kredit von CHF 64 Mio. bis im Jahr 2027 beinhalte zudem die Liquidation der Rola. Ohne Weiterführung liefe die Rahmenvereinbarung mit der Betreiberin RAlpin AG bereits Ende 2023 aus, so der Bundesrat.
Die SVP-Fraktion beantragte erfolglos, auf das Geschäft gar nicht erst einzutreten, da die finanziellen Mittel besser anderorts eingesetzt werden sollten und die Rola sowieso nur als Übergangslösung angedacht gewesen sei. Mit 135 zu 51 Stimmen – sämtliche Gegenstimmen stammten aus der SVP-Fraktion – trat der Nationalrat jedoch auf das Geschäft ein.

Zu Diskussionen führte in der Detailberatung die Frage, bis wann die Rola weiterbetrieben werden soll. Dabei standen zwei Minderheitsanträge sowie der Antrag der KVF-NR zum Betrieb bis Ende 2028 zur Auswahl: Die Minderheit Wasserfallen (fdp, BE) beantragte, die Rola nur bis Ende 2024 zu betreiben und den Kredit entsprechend auf CHF 25 Mio. zu kürzen.
Die Minderheit Fluri (fdp, SO) übernahm den Bundesratsvorschlag, die Rola bis Ende 2026 zu betreiben, sie 2027 zu liquidieren und entsprechend den Kredit bei CHF 64 Mio. anzusetzen. Kurt Fluri argumentierte, dass bis 2027 Umladeterminals für Container in Novara (I) und Freiburg im Breisgau (D) fertiggestellt sein würden und eine weitere Verlängerung des Betriebs aus finanzpolitischer Sicht keinen Sinn ergebe. Dank der Terminals könnten die Container auf der Nord-Süd-Achse direkt von LKWs auf Güterwaggons umgeladen werden und der Transport samt Kraftfahrzeug werde nicht mehr benötigt. Ins selbe Horn blies auch Verkehrsminister Albert Rösti, der im Rat erklärte, dass die Bedeutung der Rola zurückgehe und Angebote im unbegleiteten kombinierten Verkehr – der Containerverlad ohne LKW und Chauffeure – attraktiver und günstiger geworden seien. Der Weiterbetrieb bis 2026 stelle entsprechend einen Kompromiss dar und die dadurch zu erzielenden Kosteneinsparungen gegenüber einem längeren Betrieb seien in der aktuell angespannten finanzpolitischen Lage des Bundeshaushalts «nicht unbedeutend». Die Mehrheit der Kommission befürchtete hingegen, dass eine Rückverlagerung auf die Strasse stattfinden könnte, falls die Rola zu früh beendet werde. Da das umgebaute Verladeterminal in Novara erst 2028 in Betrieb gehen werde und die Kapazitäten während des Umbaus eingeschränkt seien, seien eine Verlängerung des Betriebs bis 2028 und eine Liquidation im Jahr 2029 sinnvoll, erklärte etwa Barbara Schaffner (glp, ZH), welche in der Kommission den entsprechenden Antrag gestellt hatte.
Der Nationalrat hiess schliesslich mit 107 zu 80 Stimmen den Antrag der Kommission gut – die geschlossenen Fraktionen der SVP und der FDP.Liberalen opponierten erfolglos zugunsten der bundesrätlichen Pläne. Die Minderheit Wasserfallen blieb im Rat chancenlos. Nach Zustimmung zur Kommissionsmehrheit passierte auch die damit nötig gewordene Erhöhung des Kredits auf CHF 106 Mio. die Abstimmung erfolgreich. In der Gesamtabstimmung gab der Nationalrat der Änderung des Güterverlagerungsgesetzes und dem entsprechenden Zahlungsrahmen mit 114 zu 73 Stimmen bei 2 Enthaltungen grünes Licht. Opposition kam wiederum aus den Reihen der SVP und der FDP. Die Rola-Vorlage ging damit an den Ständerat.

Die grosse Kammer beugte sich in der Wintersession 2021 als Erstrat über die Vorlage zur Änderung des Personenbeförderungsgesetzes. Die Rednerinnen und Redner betonten in der Debatte über das Eintreten, welches von keiner Fraktion bestritten wurde, die Relevanz des öffentlichen Verkehrs für die Mobilität der Schweizer Bevölkerung. Es gebe jedoch einen Reformbedarf bei gewissen Punkten des Systems; dieses solle daher durch vereinfachte Verfahren, mehr Transparenz, eine höhere Effizienz und eine Stärkung des Service public verbessert werden, erläuterte Kommissionssprecherin Pasquier-Eichenberger (gp, GE).
In der Detailberatung gaben vor allem zwei Punkte zu reden. Einer betraf die Umsetzung von vier gleichlautenden parlamentarischen Initiativen, die vergünstigte ÖV-Tageskarten für Schulklassen gefordert hatten. Die Mehrheit der KVF-NR hatte das Gesetz in Umsetzung dieser Initiativen mit einem entsprechenden Passus ergänzt. Zu diesem Mehrheitsantrag der Kommission gesellten sich noch zwei Minderheitsanträge. Der erste Minderheitsantrag Bregy (mitte, VS) verlangte, dass der Bundesrat einen Maximaltarif für diese Tageskarten definieren kann und der Bund die Mindereinnahmen, die den Transportunternehmen durch die Vergünstigung der Tageskarten entstehen, ausgleicht. Der zweite Minderheitsantrag Wasserfallen (fdp, BE) hingegen wollte den ganzen Passus zu den Tageskarten streichen, da er eine «Marktverzerrung zugunsten des bestellten öffentlichen Verkehrs» befürchtete, welche privatwirtschaftliche Unternehmen diskriminiere. Der Nationalrat entschied sich von den drei Anträgen für den Minderheitsantrag Bregy.
Der zweite grössere Diskussionspunkt betraf eine von der Mehrheit der Kommission eingebrachte Regelung zum Kartellrecht bei der Vertriebsinfrastruktur im Bereich des öffentlichen Verkehrs – genannt Nova. Diese wird für den Vertrieb von Angeboten des öffentlichen Verkehrs verwendet. Die Kommissionsmehrheit beantragte, dass das Kartellrecht hier keine Anwendung finden solle, weil «der Vertrieb und die Tarifgestaltung im öffentlichen Verkehr schon genügend reguliert seien», wie Kurt Fluri (fdp, SO) für die Mehrheit erläuterte. Eine Minderheit Wasserfallen hingegen wies darauf hin, dass auch private Unternehmen diese Plattform nutzten, weshalb es opportun sei, diese Infrastruktur dem Kartellrecht zu unterstellen. Der Minderheitsantrag Wasserfallen wurde auch von Verkehrsministerin Sommaruga unterstützt, er fand jedoch im Nationalrat keine Mehrheit.
Im Übrigen folgte die grosse Kammer den Vorschlägen ihrer vorberatenden Kommission und blieb damit im Wesentlichen auf der Linie des Bundesrats.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat der Vorlage mit 135 zu 53 Stimmen zu. Die ablehnenden Stimmen stammten von der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion, welche einige Minderheitsanträge mitunterstützt oder gar initiiert hatte und sich mit diesen meist nicht hatte durchsetzen können.

Der Nationalrat behandelte in der Wintersession 2020 die parlamentarische Initiative Bäumle (glp, ZH) zur Einführung eines Mobility-Pricings. Bäumle führte aus, dass ein Mobility-Pricing zur Glättung von Verkehrsspitzen beitragen könne. Dafür würde eine neue Benutzungsgebühr für die Verkehrsinfrastrukturen geschaffen. Im Gegenzug würden aber andere Steuern und Abgaben (beispielsweise die Nationalstrassenabgabe) abgeschafft, weshalb insgesamt keine finanzielle Mehrbelastung für die Bevölkerung entstehe. Bäumle insistierte, dass das Thema nun angegangen werden müsse, in den letzten Jahren sei «wenig bis nichts passiert». KVF-NR-Minderheitssprecherin Schaffner (glp, ZH) befürchtete des Weiteren, dass lediglich Pilotprojekte durchgeführt werden, weil eine Verfassungsänderung, auf die dieser Systemwechsel bei der Finanzierung der Mobilität wohl hinauslaufe, nicht angepackt werden wolle.
Die Kommissionssprecher Fluri (fdp, SO) und Romano (cvp, TI) erläuterten, weshalb sich die Mehrheit der Kommission gegen Folge geben entschieden habe. Anhand einer theoretischen Wirkungsanalyse im Kanton Zug habe aufgezeichnet werden können, dass die Umsetzung eines Mobility Pricings sehr komplex sei und aufgrund der unterschiedlichen Zuständigkeiten alle drei Staatsebenen einzubeziehen seien. Die Kommission sei zum Schluss gekommen, dass ein Gesetz zur Ermöglichung von Pilotversuchen einer Verfassungsänderung vorzuziehen sei. Damit folge sie der Linie des Bundesrates.
Aufgrund der Erläuterungen der Kommissionsmehrheit zog Nationalrat Bäumle seine parlamentarische Initiative zurück; er wolle damit eine parallele Gesetzgebung vermeiden.

Nachdem der Ständerat den Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI im Dezember 2012 um mehrere Ausbauprojekte ergänzt und mittels eines zusätzlichen Mehrwertsteuerpromilles auf CHF 6,4 Mrd. aufgestockt hatte, kam das Geschäft im Juni des Berichtjahres in den Nationalrat. Umstritten war vor allem der plafonierte Fahrkostenabzug. Der Mehrheitsantrag wollte dem ständerätlichen Vorschlag von einem Pauschalabzug von CHF 3'000 zustimmen. Eine Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte den Fahrkostenabzug dem Preis eines 2.-Klass-Generalabonnements gleichsetzen. Eine Minderheit Quadri (lega, TI) lehnte eine Plafonierung des Fahrkostenabzugs generell ab, da sie jene benachteilige, die auf das Auto angewiesen seien. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) forderte dagegen eine komplette Abschaffung des Fahrkostenabzugs, da dies ein falscher Anreiz des Staates sei. Ein Antrag Daniel Fässler (cvp, AI) verlangte einen Maximalbetrag von zehntausend Franken, während die ersten zweitausend nicht abzugsberechtigt wären. Alle Minderheits- und Einzelanträge konnten in der Abstimmung nicht gegen den Mehrheitsantrag bestehen. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) versuchte erfolglos, die vom Ständerat aufgenommene Mehrwertsteuer-Erhöhung zu verhindern. Der Nationalrat folgte dem Mehrheitsantrag für Bestätigung der Änderung der kleinen Kammer mit 125 zu 65 Stimmen. Bei der Vorlage zum Bundesgesetz über die Finanzierung und den Ausbau der Eisenbahninfrastruktur nahm der Nationalrat mit 124 zu 65 Stimmen den Antrag Fluri (fdp, SO) an, welcher forderte, dass ab 2019 die Hälfte der gesprochenen Mitteln aus Schwerverkehrsabgabe und zweckgebundener Verbrauchssteuer bis zur vollständigen Rückzahlung der Bevorschussung zur Verzinsung und Rückzahlung verwendet werden. Zum Ausbauschritt 2025 gab es im Nationalrat drei Anträge: Eine Minderheit Quadri (lega, TI) forderte die Aufnahme von Planungsarbeiten zur Umfahrung von Bellinzona. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) wollte den ursprünglichen, deutlich kleineren Ausbauschritt des Bundesrates jenem des Ständerates vorziehen. Eine Minderheit Hurter (svp, SH) bat darum, die Elektrifizierung und den Ausbau der Hochrheinbahn in den ersten Ausbauschritt aufzunehmen. Der Nationalrat folgte allerdings in allen Abstimmungen deutlich der Kommissionsmehrheit, welche die Vorlage des Ständerates übernehmen wollte. Ein Antrag Fluri (fdp, SO), welcher eine Verknüpfung aller Teile des FABI-Geschäfts verlangte, damit keine Unsicherheiten bezüglich der Referendumsfrist auftreten können, wurde vom Rat mit 142 zu 36 Stimmen angenommen. Beim Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für den Ausbauschritt 2025 zog der Rat den Mehrheitsantrag (Zustimmung zum Beschluss des Ständerates) dem Minderheitsantrag Huber (fdp, UR; Zustimmung zum Entwurf des Bundesrates) mit 142 zu 41 Stimmen vor. Einer Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) gelang es, den Ausbau der Hochrheinbahn durch die Hintertüre einzubringen: Der Nationalrat stimmte der von der Minderheit Hurter beantragten Änderung des Bundesbeschlusses vom 8. März 2005 über den Verpflichtungskredit für die erste Phase des HGV-Anschlusses mit 102 zu 82 Stimmen zu, erhöhte dort nachträglich den Kredit um CHF 100 Mio. auf CHF 1'190 Mio. und führte die Verbindung Schaffhausen-Basel im Bundesbeschluss auf. Mehrere Minderheitsanträge fanden keine Zustimmung, darunter etwa der Antrag Regazzi (cvp, TI), welcher auch die Seilbahnen und den Schienengüterverkehr in die langfristige Angebots- und Infrastrukturentwicklung einbeziehen wollte, der Antrag Huber (fdp, UR), welcher eine Befristung des Bahninfrastrukturfonds bis 2030 beabsichtigte oder der Antrag Quadri (lega, TI), welcher ein Mitspracherecht der Gemeinden in Artikel 48b und 48d des Eisenbahngesetzes festschreiben wollte. Keine Zustimmung fand auch die Minderheit II Candinas (cvp, GR), welche wie der Ständerat die finanzielle Beteiligung der Kantone über die Zuständigkeit für die Publikumsanlagen regeln wollte. Die Finanzdirektorenkonferenz der Kantone hatte sich explizit für diese Lösung ausgesprochen und Bundes- und Ständerat unterstützten diese Regelung. Der Antrag Candinas wurde mit 142 zu 41 Stimmen verworfen. Der Nationalrat nahm alle Entwürfe in den Gesamtabstimmungen deutlich an, worauf die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat ging. In der kleinen Kammer sorgten nur zwei Differenzen für Diskussionen: Zum Einen die Kantonsbeteiligung an der Finanzierung, welche gemäss Nationalrat pauschal über die Bestellungen an den Regionalverkehr aufgeschlüsselt werden sollte, zum Anderen die Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zwecks Aufnahme und Finanzierung der Elektrifizierung der Hochrheinstrecke. Die Verkehrskommission des Ständerates beantragte bei der Kantonsbeteiligung die Zustimmung zum Entwurf des Nationalrates. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) forderte Festhalten am bundesrätlichen Vorschlag der Finanzierungsbeteiligung der Kantone via die Publikumsanlagen. Diese Lösung wurde nun entgegen der ersten Debatte als kompliziert und unzweckmässig bezeichnet, zudem wurde das Risiko betont, dass kleine und finanzschwache Kantone mit der Sanierung von grossen Bahnhöfen überfordert wären. Der Ständerat schwenkte mit 32 zu 8 Stimmen auf die Linie des Nationalrates ein. Während die Standesvertreter von Basel-Stadt, Basel-Landschaft und Schaffhausen für die vom Nationalrat aufgenommene Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zur Elektrifizierung der Hochrheinstrecke argumentierten, mahnten kritische Stimmen, dass das Projekt der Hochrheinbahn ein Ad-hoc-Projekt sei und keine grundsätzliche Prüfung durchlaufen habe wie die anderen Projekte, welche als Ausbauprojekte in FABI aufgenommen worden seien. Auch solle eine Investition auf deutschem Boden mittels Staatsvertrag geregelt werden. Der Ständerat entschied mit 32 zu 5 Stimmen gegen die Minderheit Janiak (sp, BL), welche Zustimmung zum Nationalrat beantragt hatte. Diese letzte Differenz wurde im Nationalrat am 17.Juni verhandelt. Eine Mehrheit der Kommission forderte die Zustimmung zum Ständerat. Eine Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) forderte Festhalten an der Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes. Hurter zog seinen Minderheitenantrag allerdings zurück, da sein Postulat bezüglich der Hochrheinbahn in der Kommission auf grossmehrheitliche Zustimmung gestossen war. Der Nationalrat schwenkte damit gemäss Mehrheitsantrag auf die Linie des Ständerates ein und räumte die letzte Differenz zu diesem aus. In den Schlussabstimmungen im Juni nahm der Ständerat die Vorlagen einstimmig an. Fast zeitgleich folgte der Nationalrat der kleinen Kammer und führte damit die Vorlage gegen die Nein-Stimmen einer Mehrheit der SVP-Fraktion zum Abschluss. Die Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ wurde in der Folge zurückgezogen. Über die FABI Vorlage wird im Februar 2014 an den Urnen befunden.