Im Mai 2020 wurden tausende tote Forellen im Naturpark Blausee (Kanton Bern) entdeckt. Im Juni desselben Jahres wurden sie in einem Labor untersucht. Laut Befund hatten die Fische krebserregende Stoffe und hohe Konzentrationen von Schwermetallen im Blut. Die Frage stellte sich, wie diese Stoffe in den Blausee und schliesslich in die Forellen gelangt waren. Seit Sommer 2018 wurde rund sechs Kilometer Luftlinie talaufwärts vom Blausee der BLS-Scheiteltunnel im Lötschberg saniert. Gemäss Recherchen von Tamedia und der TV-Sendung Rundschau sanierte die Berner Baufirma Marti dabei im Auftrag der BLS das Gleisbett und die Firma Vigier verarbeite das dabei anfallende Aushubmaterial. Dabei falle auch teilweise giftiges Aushubmaterial an; vor allem das Kleinstmaterial zwischen und unter dem Schotter sei gemäss dieser gross angelegten Recherche belastet. Das anfallende Material dürfe generell nur in einer Deponie verarbeitet werden und das mit Gift belastete Kleinstmaterial müsse als Giftmüll entsorgt werden. Weiter wurde berichtet, dass durch Videomaterialien, interne Aktennotizen und anderen Quellen aufgedeckt worden sei, dass dieses Material nicht korrekt entsorgt, sondern in die «normale» Kiesgrube Mitholz der Firma Vigier gebracht worden sei. Auch seien die alten Eisenbahnschwellen, die mit Teeröl belastet seien, in dieser Kiesgrube deponiert und weiter verarbeitet worden, was ebenfalls verboten sei. Die Kiesgrube sei nämlich keine Deponie und liege in einem Grundwassergebiet, durch welches unter anderem der Blausee gespeist werde.
Im Sommer 2020 habe das zuständige Berner Amt für Wasser und Abfall (AWA) die Situation vor Ort inspiziert, auch das BAV sei informiert worden, berichteten die Zeitungen weiter. Mitte Juni 2020 habe das AWA die Baufirma Marti und die BLS dazu aufgefordert, den gebrauchten Schotter in Zukunft in einer spezialisierten Anlage in Wimmis zu lagern. Zudem sei der Kiesgrubenbetreiber Vigier angewiesen worden, das Kleinstmaterial aus der Grube zu baggern. Tamedia warf den Behörden von Kanton und Bund vor, ein mangelhaftes Entsorgungskonzept bewilligt zu haben. Zudem habe die BLS als Bauherrin ihre Verantwortung zu wenig wahrgenommen. Vor allem aber hätten die Firmen Marti und Vigier versprochen, die Kiesgrube nur als Umladeplatz zu benutzen, stattdessen sei das Material dort aber längerfristig gelagert und sogar verarbeitet worden. Seit Ende Juni 2020 ermittele die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern, ob die inkorrekte Ablagerung der Materialien mit dem Sterben der Fische im Blausee in einem kausalen Zusammenhang steht.
Der zuständige Regierungsrat Christoph Neuhaus stimmte in einem Interview der Aussage zu, dass auf solchen Grossbaustellen mehr Kontrollen gemacht werden müssten. Er wollte sich aber nicht weiter zum laufenden Verfahren äussern. Jürg Grossen (glp, BE) forderte derweil Aufklärung und zeigte sich besorgt um die Qualität des Trinkwassers in dieser Region. Ende September 2020 wurde durch die GPK des Bernischen Grossen Rates eine Untersuchung eingeleitet. Die Grünen und die SP des Kantons Bern forderten derweil gar eine PUK; diese Forderung wurde durch die GPK jedoch abgelehnt. Im November 2020 kam es sodann zu einem runden Tisch mit allen beteiligten Akteuren. Dabei sei vereinbart worden, dass ein unabhängiges und umfassendes hydrogeologisches Gutachten der Kiesgrube Mitholz erstellt wird.
Während der Blick der Blausee AG um Stefan Linder (CEO des Swiss Economic Forum), Philipp Hildebrand (ehemaliger SNB-Präsident) und André Lüthy (CEO der Globetrotter Group) und ihren Argumenten in seiner Berichterstattung viel Platz einräumten, kritisierte die Weltwoche die Blausee AG und die Journalistinnen und Journalisten von Tamedia und Rundschau. Letztere hätten sich wie Privatdetektive aufgeführt, um eine reisserische Geschichte publizieren zu können. Die Firma Vigier habe nicht illegal gehandelt; die Blausee AG aber spiele sich auf und betreibe «Angstmacherei» bei der lokalen Bevölkerung. In Wirklichkeit gehe es der Blausee AG nur darum, an Geld zu gelangen, um die in die Jahre geratene Fischzuchtanlage zu sanieren.

Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Nachdem der Ständerat den Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI im Dezember 2012 um mehrere Ausbauprojekte ergänzt und mittels eines zusätzlichen Mehrwertsteuerpromilles auf CHF 6,4 Mrd. aufgestockt hatte, kam das Geschäft im Juni des Berichtjahres in den Nationalrat. Umstritten war vor allem der plafonierte Fahrkostenabzug. Der Mehrheitsantrag wollte dem ständerätlichen Vorschlag von einem Pauschalabzug von CHF 3'000 zustimmen. Eine Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte den Fahrkostenabzug dem Preis eines 2.-Klass-Generalabonnements gleichsetzen. Eine Minderheit Quadri (lega, TI) lehnte eine Plafonierung des Fahrkostenabzugs generell ab, da sie jene benachteilige, die auf das Auto angewiesen seien. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) forderte dagegen eine komplette Abschaffung des Fahrkostenabzugs, da dies ein falscher Anreiz des Staates sei. Ein Antrag Daniel Fässler (cvp, AI) verlangte einen Maximalbetrag von zehntausend Franken, während die ersten zweitausend nicht abzugsberechtigt wären. Alle Minderheits- und Einzelanträge konnten in der Abstimmung nicht gegen den Mehrheitsantrag bestehen. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) versuchte erfolglos, die vom Ständerat aufgenommene Mehrwertsteuer-Erhöhung zu verhindern. Der Nationalrat folgte dem Mehrheitsantrag für Bestätigung der Änderung der kleinen Kammer mit 125 zu 65 Stimmen. Bei der Vorlage zum Bundesgesetz über die Finanzierung und den Ausbau der Eisenbahninfrastruktur nahm der Nationalrat mit 124 zu 65 Stimmen den Antrag Fluri (fdp, SO) an, welcher forderte, dass ab 2019 die Hälfte der gesprochenen Mitteln aus Schwerverkehrsabgabe und zweckgebundener Verbrauchssteuer bis zur vollständigen Rückzahlung der Bevorschussung zur Verzinsung und Rückzahlung verwendet werden. Zum Ausbauschritt 2025 gab es im Nationalrat drei Anträge: Eine Minderheit Quadri (lega, TI) forderte die Aufnahme von Planungsarbeiten zur Umfahrung von Bellinzona. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) wollte den ursprünglichen, deutlich kleineren Ausbauschritt des Bundesrates jenem des Ständerates vorziehen. Eine Minderheit Hurter (svp, SH) bat darum, die Elektrifizierung und den Ausbau der Hochrheinbahn in den ersten Ausbauschritt aufzunehmen. Der Nationalrat folgte allerdings in allen Abstimmungen deutlich der Kommissionsmehrheit, welche die Vorlage des Ständerates übernehmen wollte. Ein Antrag Fluri (fdp, SO), welcher eine Verknüpfung aller Teile des FABI-Geschäfts verlangte, damit keine Unsicherheiten bezüglich der Referendumsfrist auftreten können, wurde vom Rat mit 142 zu 36 Stimmen angenommen. Beim Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für den Ausbauschritt 2025 zog der Rat den Mehrheitsantrag (Zustimmung zum Beschluss des Ständerates) dem Minderheitsantrag Huber (fdp, UR; Zustimmung zum Entwurf des Bundesrates) mit 142 zu 41 Stimmen vor. Einer Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) gelang es, den Ausbau der Hochrheinbahn durch die Hintertüre einzubringen: Der Nationalrat stimmte der von der Minderheit Hurter beantragten Änderung des Bundesbeschlusses vom 8. März 2005 über den Verpflichtungskredit für die erste Phase des HGV-Anschlusses mit 102 zu 82 Stimmen zu, erhöhte dort nachträglich den Kredit um CHF 100 Mio. auf CHF 1'190 Mio. und führte die Verbindung Schaffhausen-Basel im Bundesbeschluss auf. Mehrere Minderheitsanträge fanden keine Zustimmung, darunter etwa der Antrag Regazzi (cvp, TI), welcher auch die Seilbahnen und den Schienengüterverkehr in die langfristige Angebots- und Infrastrukturentwicklung einbeziehen wollte, der Antrag Huber (fdp, UR), welcher eine Befristung des Bahninfrastrukturfonds bis 2030 beabsichtigte oder der Antrag Quadri (lega, TI), welcher ein Mitspracherecht der Gemeinden in Artikel 48b und 48d des Eisenbahngesetzes festschreiben wollte. Keine Zustimmung fand auch die Minderheit II Candinas (cvp, GR), welche wie der Ständerat die finanzielle Beteiligung der Kantone über die Zuständigkeit für die Publikumsanlagen regeln wollte. Die Finanzdirektorenkonferenz der Kantone hatte sich explizit für diese Lösung ausgesprochen und Bundes- und Ständerat unterstützten diese Regelung. Der Antrag Candinas wurde mit 142 zu 41 Stimmen verworfen. Der Nationalrat nahm alle Entwürfe in den Gesamtabstimmungen deutlich an, worauf die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat ging. In der kleinen Kammer sorgten nur zwei Differenzen für Diskussionen: Zum Einen die Kantonsbeteiligung an der Finanzierung, welche gemäss Nationalrat pauschal über die Bestellungen an den Regionalverkehr aufgeschlüsselt werden sollte, zum Anderen die Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zwecks Aufnahme und Finanzierung der Elektrifizierung der Hochrheinstrecke. Die Verkehrskommission des Ständerates beantragte bei der Kantonsbeteiligung die Zustimmung zum Entwurf des Nationalrates. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) forderte Festhalten am bundesrätlichen Vorschlag der Finanzierungsbeteiligung der Kantone via die Publikumsanlagen. Diese Lösung wurde nun entgegen der ersten Debatte als kompliziert und unzweckmässig bezeichnet, zudem wurde das Risiko betont, dass kleine und finanzschwache Kantone mit der Sanierung von grossen Bahnhöfen überfordert wären. Der Ständerat schwenkte mit 32 zu 8 Stimmen auf die Linie des Nationalrates ein. Während die Standesvertreter von Basel-Stadt, Basel-Landschaft und Schaffhausen für die vom Nationalrat aufgenommene Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zur Elektrifizierung der Hochrheinstrecke argumentierten, mahnten kritische Stimmen, dass das Projekt der Hochrheinbahn ein Ad-hoc-Projekt sei und keine grundsätzliche Prüfung durchlaufen habe wie die anderen Projekte, welche als Ausbauprojekte in FABI aufgenommen worden seien. Auch solle eine Investition auf deutschem Boden mittels Staatsvertrag geregelt werden. Der Ständerat entschied mit 32 zu 5 Stimmen gegen die Minderheit Janiak (sp, BL), welche Zustimmung zum Nationalrat beantragt hatte. Diese letzte Differenz wurde im Nationalrat am 17.Juni verhandelt. Eine Mehrheit der Kommission forderte die Zustimmung zum Ständerat. Eine Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) forderte Festhalten an der Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes. Hurter zog seinen Minderheitenantrag allerdings zurück, da sein Postulat bezüglich der Hochrheinbahn in der Kommission auf grossmehrheitliche Zustimmung gestossen war. Der Nationalrat schwenkte damit gemäss Mehrheitsantrag auf die Linie des Ständerates ein und räumte die letzte Differenz zu diesem aus. In den Schlussabstimmungen im Juni nahm der Ständerat die Vorlagen einstimmig an. Fast zeitgleich folgte der Nationalrat der kleinen Kammer und führte damit die Vorlage gegen die Nein-Stimmen einer Mehrheit der SVP-Fraktion zum Abschluss. Die Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ wurde in der Folge zurückgezogen. Über die FABI Vorlage wird im Februar 2014 an den Urnen befunden.

Im September überwies der Nationalrat ein Postulat Grossen (glp, BE), welches den Bundesrat beauftragt, Anpassungen der Trassenprioritäten zu prüfen, um das Verlagerungsziel im Güterverkehr zu erreichen. Trassenausbauten würden gemäss Postulat oft vom Personenverkehr beansprucht, auch wenn diese ursprünglich für den Güterverkehr geplant waren. Dies sei der Umsetzung des Verlagerungszieles hinderlich. Der Bundesrat äusserte in seiner Stellungnahme die Bereitschaft, die Kapazitätssicherung des Güterverkehrs zu prüfen. Das Postulat wurde mit 129 zu 54 Stimmen überwiesen.