Der Nationalrat befasste sich in der Sommersession 2022 mit der Motion der FK-SR nach einer Finanzhilfe für die SBB. Peter Schilliger (fdp, LU) beantragte im Namen der Mehrheit der FK-NR, die Motion abzulehnen. Ein erster Grund für die Ablehnung liege darin, dass die SBB keine sofortige Finanzspritze benötigten. Zweitens habe der Bundesrat zugesichert, dass die SBB ihre Nettoverschuldung bis ins Jahr 2030 aufgrund einer bundesrätlichen Vorlage zur Stärkung der Handlungsfähigkeit der SBB ausgleichen könnten. Schliesslich ziele diese Motion auf die Finanzen des BIF ab, dieser sei aber nicht dasselbe wie die SBB. Auch der Kommission sei es ein wichtiges Anliegen, dass die ausreichende finanzielle Ausstattung des BIF gesichert sei. Der Bundesrat habe indes bestätigt, dass «die Vergünstigung der Trassenpreise durch Direkteinlagen vom Bund in den Fonds voll kompensiert» würde. Felix Wettstein (gp, SO) bat den Rat im Namen der Kommissionsminderheit um Annahme der Motion. Diverse Infrastrukturprojekte seien aufgrund der Pläne des Bundesrates gefährdet; damit werde der Handlungsspielraum der SBB zu stark eingeengt. Finanzminister Maurer wiederum argumentierte, dass die Motion der FK-SR auf einem Missverständnis beruhe. Wie bereits von Peter Schilliger ausgeführt, dürfe man die SBB und die Infrastruktur nicht miteinander vermischen. Auch habe der Sprecher der Kommissionsmehrheit richtig ausgeführt, dass die fehlenden Gelder im BIF ausgeglichen würden. Maurer versicherte dem Rat, dass der STEP-Ausbauschritt 2035 vollumfänglich realisiert werde. Die Worte des Finanzministers vermochten den Rat jedoch nicht zu überzeugen; mit 115 zu 64 Stimmen bei 7 Enthaltungen nahm er die Motion an. Gegen den Vorstoss votierten die SVP-Fraktion, etwa die Hälfte der FDP.Liberalen-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der Mitte-Fraktion.

In der Herbstsession 2021 beriet das Parlament den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2021. Peter Hegglin (mitte, ZG) präsentierte die Nachtragskredite in der Höhe von CHF 644 Mio. dem Ständerat. Die FK-SR habe zwar alle bundesrätlichen Anträge gutgeheissen, störe sich jedoch an der «Kurzfristigkeit der Botschaft», zumal den Subkommissionen keine Zeit für eine vorgängige Beratung geblieben sei. «Nach mehr als eineinhalb Jahren Corona-Krise sollten wir wieder zum normalen zweiteiligen Nachtragskreditverfahren zurückkehren können», forderte der Kommissionssprecher. Kaum Aufmerksamkeit erzielte im Ständerat die Tatsache, dass die Vorgaben der Schuldenbremse aufgrund des Nachtragskredits nicht erfüllt werden könnten: Dieser Nachtragskredit würde das veranschlagte Defizit im ordentlichen Budget auf CHF 2.4 Mrd. erhöhen, obwohl dieses gemäss Schuldenbremse im Jahr 2021 nur bei CHF 1.9 Mrd. liegen dürfte. Hingegen kündigte Finanzminister Maurer an, dass der Bund Ende Jahr wohl CHF 5 Mrd. weniger an ausserordentlich verbuchten Corona-bedingten Kreditposten benötigen werde, als im Budget vorgesehen war. Dieses Geld werde folglich gemäss der vorgeschlagenen Änderung des Finanzhaushaltsgesetzes in den Abbau der Covid-19-Schulden fliessen.
Diskussionen gab es in der Folge zum Antrag, dem Bundesrat die Kompetenz zur Weitergabe von 4 Millionen Impfdosen des Covid-19-Impfstoffes AstraZeneca an die Covax-Initiative der WHO zu erteilen. Die Covax-Initiative setzt sich für einen weltweiten gerechten Zugang zu den Covid-19-Impfstoffen ein. Beat Rieder (mitte, VS) fürchtete sich vor einem Reputationsrisiko für die Schweiz, wenn sie Impfstoffe, die in der Schweiz nicht zugelassen sind, «einfach irgendwo in Drittländer exportiere[...]». Sinnvoller sei es, der Covax-Initiative den Gegenwert der Impfstoffe in Franken zu überweisen. Der Finanzminister anerkannte zwar den entsprechenden Vorbehalt, erachtete diesen «Beitrag der Schweiz» ob den zahlreichen, auch europäischen Staaten – wie der Kommissionssprecher ergänzte –, in denen der Impfstoff eingesetzt wird, dennoch als wertvoll. Ohne Gegenstimmen, aber mit 3 Enthaltungen, nahm der Ständerat den Nachtrag IIa sowie einstimmig den Bundesbeschluss II über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2021 an.

Im Gegensatz zum Ständerat lagen einige Tage später im Nationalrat drei Minderheitsanträge Guggisberg (svp, BE) vor. So verlangten die Minderheiten, die Nachtragskredite für das Globalbudget des BAG, den Beitrag an Gesundheitsschutz und Prävention zur Überwachung neuer Virusvarianten und denjenigen für das Globalbudget des BFS allesamt im Budget des EDI zu kompensieren. Der Minderheitensprecher verwies auf die CHF 24.4 Mrd., welche zur Bewältigung der Pandemie bereits bewilligt worden seien, sowie auf die zu erwartenden und bereits angekündigten Budgetunterschreitungen in der Höhe von bis zu CHF 8 Mrd. – auch im EDI. Folglich sollten diese nun zusätzlich beantragten Kredite departementsintern kompensiert werden. Nach zahlreichen Wortmeldungen bat der Finanzminister die grosse Kammer, auf die Kompensation zu verzichten, da damit die Transparenz verringert werde. Man wolle Ende Jahr klar ausweisen können, was die einzelnen Kreditpositionen gekostet haben und wo Kreditreste bleiben. «Ich glaube, wir sollten alles, was in dieser Krise ausserordentlich passiert ist, auch ausserordentlich ausweisen», begründete der Finanzminister seine ablehnende Haltung. Mit jeweils 140 respektive 139 zu 54 Stimmen lehnte der Nationalrat die drei Minderheitsanträge gegen den Widerstand der SVP-Fraktion ab. Keine Diskussionen gab es zu den übrigen Nachtragskrediten: Der Nationalrat hiess die Zusatzkredite über CHF 411 Mio. – etwa den Kredit zur Bewältigung der Covid-Pandemie (CHF 164 Mio.), den Kredit für die Passivzinsen (CHF 85 Mio.), den Verpflichtungskredit «Wald 2020-2024» (CHF 100 Mio.) – sowie die Investitionen über CHF 233 Mio. in den BIF stillschweigend gut und verabschiedete sie in der Gesamtabstimmung mit 155 zu 39 Stimmen. Auch der Bundesbeschluss II über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2021 wurde mit 153 zu 41 Stimmen gutgeheissen, wobei die ablehnenden Stimmen erneut von Mitgliedern der SVP-Fraktion stammten.

In der Frühjahrssession 2021 konnte das Parlament das Bundesgesetz über administrative Erleichterungen und die Entlastung des Bundeshaushalts bereits bereinigen – jedoch vorerst noch ohne die Bestimmungen zur Einführung von Pauschalen bei der Berechnung der Kostenbeteiligung für die Post- und Fernmeldeüberwachung (ÜPF), die der Nationalrat in ein zweites Projekt ausgelagert und dieses der RK-NR zur Vorberatung zugewiesen hatte.
Die verbliebenen Bestimmungen waren im Ständerat nicht umstritten. Die FK-SR hatte sich zuvor einstimmig für den Entwurf ausgesprochen. Finanzminister Maurer wies noch einmal darauf hin, dass mit diesem Gesetz zwar «nur» ein tiefer dreistelliger Millionenbetrag eingespart werden könne, dass damit aber Prozesse und Abläufe optimiert werden könnten. Der Prozess sei deshalb wertvoll, weil sich die gesamte Verwaltung mit dem Thema «Effizienzsteigerung» befasst habe. Einstimmig, mit 43 zu 0 Stimmen, nahm der Ständerat den Entwurf an.
Auch in den Schlussabstimmungen hiess das Parlament das Gesetz ohne Gegenstimmen gut (Ständerat: 44 zu 0 Stimmen; Nationalrat: 193 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen).